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ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

面处理描述了应该使用哪些变量来分割数据,以及如何排列它们。刻面是一个强大的工具,可以研究不同的模式是否相同或不同于条件 ?...在ggplot2中,层负责创建我们在绘图上感知到的对象。层由四个部分组成:数据和几何映射、统计变换(STAT)、几何对象(GEOM)和位置调整(Wickham 2010)。一个图可能有多个图层。...因此,通过具体说明各几何层的参数,可以改变审美属性。在这种情况下,我们改变了最适合的点的颜色、大小和线条的颜色。更改颜色的另一个重要应用是将不同颜色映射到源数据集中的类别变量的不同级别。...刻面是一个强大的工具,可以用来研究不同条件下的模式是相同的还是不同的。...刻面是在一个图中绘制多个图形。faceting的功能类似于lattice包中的panel。它经常出现在微生物组学研究的出版物上。在ggplot2中,刻面可以通过两种主要方式执行:网格刻面和包裹刻面。

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【数学】到底什么是拓扑?

它只考虑物体间的位置关系而不考虑它们的形状和大小。 概念解释 注意:以下内容大部分来自知乎:硬核科普:什么是拓扑? 即使这两个对象在几何形状上有所不同,但它们在拓扑上完全等价。...我们可以将橡皮泥拉伸成可以想象的任何奇怪形状,但在拓扑结构世界中,所有这些形状都完全相同。...我们可以想象在粘合图上行走与在“吃豆人”中的原理类似,当吃豆人到达世界的一侧时,它可以从另一侧出来。...如果我们想象吃豆人在粘合图上移动,当它进入一侧时,它将从同一颜色的另一侧冒出来,而箭头确定了它前进的方向。 假设吃豆人进入圆环粘合图的右侧,那么它将从左侧出现。...、相交、交叠、相等、相接、包含于、包含; 线-面空间关系5种:相离、相接、进入、穿越、包含于; 线-体空间关系5种:相离、相接、进入、穿越、包含于; 面-面空间关系10种:相离、相接、交叠、相等、包含于

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    「图隐私攻击与防御技术」最新2022研究综述

    本文首先从隐私信息所包含的内容、不同的隐私泄露场景,以及敌手模型三个方 面深入地剖析了图数据在使用中存在的隐私风险,然后重点从攻击和防御两个角度展开介绍..... 4 隐私防御  为抵御上述针对图数据的隐私攻击,研究者结合不同地隐私防御技术,提出了多种隐私防御的算法,本节将从图上的隐私防御技术、隐私防御算法, 以及图的隐私性与可用性三方面展开介绍。...如何找到可用性的牺牲与隐私性保证之间的平衡点是设计隐私保护算法的关键。然而,图中隐私信息类型丰富,不同结点之间具有很强的关联性,给图数据隐私性与可用性的量化与隐私方案设计带来了更大的挑战。...多次收集及动态发布时,在保证结点、边及属性隐私安全的同时,还需要保证同一时间序列下数据的一致性,如:同一时间序列下相同结点的身份代码要一致;此外发布数据中边的存在性、图中的语义信息等要符合原始图的演化规律等...而已有的针对机器学习的隐私保护策略,则面 临着针对图训练数据隐私定义难,对关联数据扰动难等问题。因此如何在保证模型可用性的同时提出可行的隐私保护方法是未来一个可能的探索领域。

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    使用bokeh-scala进行数据可视化(2)

    当然如果只有光秃秃的“柱子”没有任何说明也完全不能表达出柱状图的效果,我们可以使用Text类来创建文本对象添加到“柱子”的上方,代码如下: val textPosition = column(left.value.map...xs与ys中List个数要相等,并且每个List中的元素个数也要相等,相当于每一个x坐标均对应一个y坐标,这样就会出现多组坐标首尾相连。...也可以为每组List设置不同的fill_color,可以得到不同的填充效果。...,这里要创建一个GMapPlot对象,然后要创建一个GMapOptions对象,用于设置地图的一些常用属性,如显示的层级以及显示的经纬度坐标等。...有了GMapPlot对象,就可以像之前创建其他可视化图元那样创建在地图上的可视化图元,如点、线、面等。效果如下图所示: ?

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    模具从设计到试模,不能忽视那些环节!

    由下道工序保证的尺寸,应在图上标写注明'工艺尺寸'字样。如果成型后除了修理毛刺之外,再不进行其他机械加工,那么工序图就与制件图完全相同。...通常就把工序图画在模具总装图上。 1. 绘制总装结构图 绘制总装图尽量采用1:1的比例,先由型腔开始绘制,主视图与其它视图同时画出。 模具总装图应包括以下内容: 1)模具成型部分结构。...把应用最多的一种粗糙度标于图纸右上角,如标注'其余3.2。'其它粗糙度符号在零件各表面分别标出。...(4)模具结构方面 1)分型面位置及精加工精度是否满足需要,会不会发生溢料,开模后是否能保证塑料制件留在有顶出装置的模具一边。...2)脱模方式是否正确,推广杆、推管的大小、位置、数量是否合适,推板会不会被型芯卡住,会不会造成擦伤成型零件。 3)模具温度调节方面。加热器的功率、数量;冷却介质的流动线路位置、大小、数量是否合适。

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    数控加工大师傅的9个加工秘笈,CNC加工必须要熟悉和了解的知识

    加工高度应高出虎钳平面5毫米左右,目的是保证牢固性,同时不伤及虎钳。此种装夹属一般性的装夹,装夹高度还与工件大小有关,工件越大,则装夹高度相应增大。...2、铜公的做法: 选出要做铜公的面,补全该补的面,或延长该延的面,保证铜公的所有边缘大于要打的边缘同时不伤及其它产品的面,去掉不必要的清不到的平面角(与平面角相交处是更深的胶位),补成规则形状;找出铜公最大外形...,用一边界然后投影到托面;定出基准框大小,剪掉掉托面,到此铜公图基本完成;备料:长*宽*高,长与宽≥Ymax与Xmax为基准框实际铜料的长宽必须大于图上基准框。...2、当有现成的加工面时,使图上的现成面对0(z),平面能分中则分中,否则以现成边碰数(单边)加工面则要校核实际高度,宽,长与图纸差别,按实际的料来编程。一般情况,先加工成图上的尺寸再加工图上形状。...3、刀路设计由以下因素决定: 具体外形(如平面与其它面),陡峭面与平坦曲面。 两面之间是否利角(利角则分开)。 两部分是否要求不同(要不要留余量,余量的多少,光洁度的要求不同)。

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    R语言画图时常见问题

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 1 如何在同一画面画出多张图?...修改绘图参数,如 par(mfrow = c(2,2)) 或 par(mfcol = c(2,2)); par():mar设置图离四个边缘的距离;bg设置背景颜色;xaxt和yaxt设置坐标轴标签的类型...简要地说,高水平绘图命令可以在图形设备上绘制新图;低水平绘图命令将在已经存在图形上添加更多的绘图信息,如点、线、多边形等;使用交互式绘图命令创建的绘图,可以使用如鼠标这类的定点装置来添加或提取绘图信息。...参考函数 col2rgb() 10 如何调整所绘图形的大小?...barplot():space设置bar图间的间距;horiz设置bar的方向是垂直或水平;beside设置height为矩阵时,每列元素的bar排列方式;add设置是否将barplot加在当前已有的图上

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    医学统计学:总体均数的估计与假设检验

    ,根据P 值作出的推断结论具有概率性,因此其结论不可能完全正确,可能发生如下「两种错误」: ?...保证对比组间的均衡性,除对比的主要研究因素外,其他可能影响结果的因素在对比组间应相同或相近。 「不同类型的资料应选用不同的检验方法」。...可信区间用于说明量的大小即推断总体参数(如总体均数)的范围,而假设检验用于推断质的不同即判断两总体参数是否不等。两者既相互联系,又有区别。...如果所分析的数据服从正态分布,则在 P-P 图和 Q-Q 图上的数据点应分布在从「左下」到「右上」的直线附近(如下图所示),否则数据点偏离直线较远。 ?...这里我们仅介绍两样本方差比较的 检验。 image.png ? image.png 不同的公式对应不同特点的原始数据,如第二个公式适用于原始数据较小或有 0 时。

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    52个数据可视化图表鉴赏

    气泡地图可以很好地比较地理区域的比例,而不会出现区域面积大小引起的问题。但是,气泡地图的主要缺陷是,过大的气泡可能会与贴图上的其他气泡和区域重叠,因此需要对此加以说明。...14.分级统计图 (不同省份销售利润的高低,由颜色代表) 分级统计地图是一种主题地图,其中区域的阴影或图案与地图上显示的统计变量(如人口密度或人均收入)的测量值成比例。...分级统计图法可反映布满整个区域的现象(如地貌切割密度)、呈点状分布的现象(如居民点的密度)或线状分布的现象(如河流密度或道路网密度),但较多的是反映呈面状但属分散分布的现象,如反映人口密度、某农作物播种面积的比...桑基图最明显的特征就是,始末端的分支宽度总各相等,即所有主支宽度的总和应与所有分出去的分支宽度的总和相等,保持能量的平衡。 41.散点图 (全球各地进行的 100 次地表温度 (°C) 观察。...流图通过使用流动的有机形状显示不同类别数据随时间的变化,这些形状有点像河流。这使得流图在美学上更令人愉悦,看起来更吸引人。 在流图中,每个单独流形状的大小与每个类别中的值成比例。

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    数据可视化,除了炫目你真的看懂内涵了嘛?

    ▌南丁格尔玫瑰图 ? •昵称——“扇形图”、“就那个……那个……那放射型的那个饼图”等。...比如死亡率这种数据在直方图上看,微弱的差别很容易被忽视,然而放到南丁格尔玫瑰图上,由于面积的放大效应,微弱的差别也会如同真实的生命一样看起来触目惊心。 ▌和弦图 ?...图例说明:用于表示数据间的关系和流量。外围不同颜色圆环表示数据节点,弧长表示数据量大小。内部不同颜色连接带,表示数据关系流向、数量级和位置信息,连接带颜色还可以表示第三维度信息。...3、如果数据节点过多就看瞎了…… ▌桑基图 ? •背景——是一种特定类型的流程图,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。...•特征——始末端的分支宽度总各相等,即所有主支宽度的总和应与所有分出去的分支宽度的总和相等。 •典型应用——一切需要关注物质、能量、信息转化量的场景,如生产制造、节能减排等。 作者:李柄燊

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    数学可证明:酒鬼总能找到回家的路

    定理:把一张当地的地图平铺在地上,则总能在地图上找到一点,这个点下面的地上的点正好就是它在地图上所表示的位置。...如果取两张大小相同的纸,把其中一张纸揉成一团之后放在另一张纸上,根据布劳威尔不动点定理,纸团上一定 存在一点,它正好位于下面那张纸的同一个点的正上方。...当 n = 1 时,博苏克-乌拉姆定理则可以表述为,在任一时刻,地球的赤道上总存在温度相等的两个点。...那么,他们所报的温度值在中间一定有“相交”的一刻,这样一来我们也就找到了赤道上两个温度相等的对称点。 平分火腿三明治 ?...它是由数学家亚瑟•斯通(Arthur Stone)和约翰•图基(John Tukey)在 1942 年证明的,在测度论中有着非常重要的意义。

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    【AI初识境】从头理解神经网络-内行与外行的分水岭

    就好比在图像中识别一只猫,到底怎样的一幅图片才是猫图,传统的图像描述算子就很难完全定义,保证覆盖到各类场景。...大脑的基本感知单元就是神经元,一个神经元所影响的刺激区域就叫做神经元的感受野,即receptive field,不同神经元感受野的大小和性质都不同。...当刺激On型感受野中心时,细胞就兴奋,如第一列第一排的图。刺激周边时,细胞就抑制,如第一列第二排的图,Off型图则反之。...一个二维卷积的案例如上,在图像上滑动,取与卷积核大小相等的区域,逐像素做乘法然后相加。 例如原始图像大小是5*5,卷积核大小是3*3。...而池化层则可以对输入的特征图进行压缩,一方面使特征图变小,简化网络计算复杂度;一方面进行特征压缩,提取主要特征。 一般而言池化操作的池化窗口都是不重叠的,所以池化窗口的大小等于步长stride。

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    【AI初识境】从头理解神经网络-内行与外行的分水岭

    就好比在图像中识别一只猫,到底怎样的一幅图片才是猫图,传统的图像描述算子就很难完全定义,保证覆盖到各类场景。...大脑的基本感知单元就是神经元,一个神经元所影响的刺激区域就叫做神经元的感受野,即receptive field,不同神经元感受野的大小和性质都不同。...当刺激On型感受野中心时,细胞就兴奋,如第一列第一排的图。刺激周边时,细胞就抑制,如第一列第二排的图,Off型图则反之。...一个二维卷积的案例如上,在图像上滑动,取与卷积核大小相等的区域,逐像素做乘法然后相加。 例如原始图像大小是5*5,卷积核大小是3*3。...而池化层则可以对输入的特征图进行压缩,一方面使特征图变小,简化网络计算复杂度;一方面进行特征压缩,提取主要特征。 一般而言池化操作的池化窗口都是不重叠的,所以池化窗口的大小等于步长stride。

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    深度学习中的软注意力分析及代码

    模型 如上图,模型把图片经过CNN网络,变成特征图。 LSTM的RNN结构在此上运行Attention模型,最后得到主题输出。 编码 特征图均匀地切割成多个区域,表示为 ?...L表示切割的区域个数。 如区域大小为14×14,D=196。 输出的主题y可以编码为 ? K是字典的单词个数,C是句子长度。...函数 fatt采用多层网络实现,利用前一时刻的隐藏状态 ht−1 与 L 个特征区域,分别得到每个区域的权重 αti 。...下图上一排为 soft 模型,下一排为 hard 模型。 ? LSTM中的记忆单元与隐藏单元的初始值,是两个不同的多层感知机,采用所有特征区域的平均值来进行预测的: ?...来保证感兴趣的所有区域的权重和为1。 另外,可以加入一个新的正则化,每一个区域在 TT 步中,被观察的权重拉近: ? 这个正则的加入,可以使得生成的主题更加丰富。就是结果更好嘛!

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    圆堆图circle packing算法可视化分析电商平台网红零食销量爬虫采集数据

    大数据 "对于今天来说可能已经不再是一个新词,但数据如何在营销中发挥更深远的作用,一直是很多营销人思考的问题。...主题一 不同类型活动的网红零食商品销量分析 通过雷达图,我们以二维形式展示多维活动销量数据。但是,它有一个局限,就是数据点最太多,容易无法辨别。因此,我们筛选出最热门的12个活动类型。...总的来看,自营旗舰店的商品销量更高。其中个别区间如区间75-100元为例,它对应的商品往往是各类小众网红零食商品,这个市场尚未被大品牌自营旗舰店完全抢占。...主题三 圆堆图circle packing算法分析不同类型和活动的网红零食评价 圆堆 circle packing 定义很简单:一堆互不相交的圆。将不同的圆堆积在一起,用于展示圆之间的大小关系。...本文我们通过不同类型活动和是否自营的商品评价进行圆堆图分析,比较他们之间的关系。 由于各电商平台与经营者,经营者与经营者之间良莠不齐,在这种情况下,存在平台自营与非自营的区分。

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    地图坐标

    ,分别绕Xt、Yt、Zt的旋转角;最后是比例校正因子,用于调整椭球大小。...,因而,即使用同一个椭球面,不同的地区由于关心的位置不同,需要最大限度的贴合自己的那一部分,因而大地基准面就会不同。...分带时既要控制长度变形使其不大于测图误差,又要使带数不致过多以减少换带计算工作,据此原则将地球椭球面沿子午线划分成经差相等的瓜瓣形地带,以便分带投影。通常按经差6度或3度分为六度带或三度带。...六度带可用于中小比例尺(如 1:250000)测图,三度带可用于大比例尺(如 1:10000)测图,城建坐标多采用三度带的高斯投影。...由于高斯-克吕格投影每一个投影带的坐标都是对本带坐标原点的相对值,所以各带的坐标完全相同,为了区别某一坐标系统属于哪一带,在横轴坐标前加上带号,如(4231898m,21655933m),其中21即为带号

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    最强大的GNN出现了!

    DE 本质上捕获了要学习表示的节点集与图中每个节点之间的距离,其中包括与图相关的重要度量,如最短路径距离和广义 PageRank 得分。...但是,具有不同颜色的节点应该有不同的表示,因为它们在结构上不是等价的(或者说是“同构”)。此外,WLGNN 不能区分虚圆突出显示的所有节点对,无论这些节点对是否有连边。...给定要学习其结构表示的节点集,图上节点的 DE 被定义为从感兴趣的节点集中的每个节点到该节点的随机游走的一组落地概率的映射。...此外,通过允许 DE 控制 WLGNN 的聚合过程来进一步增强 DEGNN,这产生了另一个模型 DEAGNN。 由于 DE 完全依赖于图的结构,独立于节点标识符,因此具有归纳和泛化能力。...在表达能力方面,这两个模型能够区分嵌入在几乎所有稀疏规则图中的两个非同构的大小相等的节点集(包括节点、节点对、…、整体图),其中如果没有可用的区分节点/边属性,则 WLGNN 总是失效。

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    深度学习算法优化系列二十 | TensorRT 如何进行细粒度的Profiling

    TensorRT优化训练好的神经网络模型以产生可部署的运行时推理引擎 从图上可以看到,TensorRT主要做了下面几件事,来提升模型的运行速度。 TensorRT支持FP16和INT8的计算。...,目前的网络一方面越来越深,另一方面越来越宽,可能并行做若干个相同大小的卷积,这些卷积计算其实也是可以合并到一起来做的。...TensorRT可以针对不同的算法,不同的网络模型,不同的GPU平台,进行 CUDA核的调整,以保证当前模型在特定平台上以最优性能计算。...不同的硬件如P4卡还是V100卡甚至是嵌入式设备的卡,TensorRT都会做优化,得到优化后的engine。...我们一起来看一下使用TensorRT后,这个原始的计算图会被优化成了什么样子。 首先,在没有经过优化的时候Inception Block如Figure1所示: ?

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