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【Mol Cell】分子和细胞生物学中的冷冻电子显微镜(Cryo-EM)(三)

电子断层扫描是解析包含完整细胞区域的纳米级样本的三维结构的重要工具。细胞内部并不规则且拥挤,其内部结构在二维投影图像中会重叠。然而,远非一个混沌不堪的“细胞内容”,细胞内部实则高度有序。冷冻电子断层扫描能够揭示出细胞内部的瞬态超级复合体和长程相互作用,例如,不同细胞机制在病毒工厂中以协调的大型装配方式运作。从倾斜系列数据开始,断层图重构相对直接,尤其是当样品含有用于帮助对齐倾斜视图的基准标记时,因为这些倾斜角度是已知的(图5)。对于倾斜样品的三维散焦校正更为复杂,但可行,如在NovaCTF中实现的那样(Turonova等人,2017年)。

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Science:Julich-Brain:一个新的细胞结构水平的概率脑图谱

细胞结构是人类大脑在微结构上出现分离的基本生物原理,但就目前为止,还没有出现一个考虑到细胞层面及个体差异的人类脑图谱出现。本文介绍了Julich(德国于利希)实验室的最新研究成果——Julichu-Brain,这是一个包含皮层区域和皮层下核的细胞结构图的3D图谱。该图谱以概率的方式考虑了个体大脑之间的差异。除此以外,构建这样的一个脑图谱是需要大量的数据和工作量的,开发过程中需要开发嵌套的、相互依赖的工作流(working pipeline),使用该工具流可以检测大脑区域之间的边界、数据处理、追踪来源,以及灵活地执行不同工作流程,以处理不同空间尺度上的大量数据(这个工作流可能在日后起到更多的作用,开发更多的研究成果)。使用间隙映射的方法可以补充皮层映射,以实现完全的皮层覆盖。并且本图谱的开发考虑后续的动态进展,随着图谱绘制在不同方面的进展的调整,本图谱可以支持健康受试者和患者的神经影像学研究,以及建模和仿真,并可进行互操作,以连接其他脑图谱和资源。文章发表在Science杂志。

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传递数据背后的故事——图表设计

图表设计是数据可视化的一个分支领域,是对数据进行二次加工,用统计图表的方式进行呈现。数据是事实或观察的结果,是对客观事物的逻辑归纳,通常一个具体的数字比一个模糊的说法更加具有可信度和说服力。但单纯的数字本身并不能提供足够的影响力,假设一个淘宝女装卖家3月份的成交金额是50万,这个数据本身并不能说明什么问题,但是当你加上4月份60万,5月份的成交金额70万等多个月的数据,通过折线图的方式呈现,可以判断出成交金额是上升趋势,再结合去年同时段的销售曲线进行对比和其他维度信息的补充(图1-1),可能推断出是因为换季所带来得销量增长,店铺可以考虑加大夏季款的上新。所以我们说图表是解读数字的一种强有力的手段。

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论文简述 | Voxel Map for Visual SLAM

在现代视觉SLAM系统中,从关键帧中检索候选地图点是一种标准做法,用于进一步的特征匹配或直接跟踪.在这项工作中,我们认为关键帧不是这项任务的最佳选择,因为存在几个固有的限制,如弱几何推理和较差的可扩展性.我们提出了一种体素图表示来有效地检索视觉SLAM的地图点.通过以光线投射方式对摄像机frustum进行采样来查询来自摄像机姿态的可见点,这可以使用有效的体素散列方法在恒定时间内完成.与关键帧相比,使用我们的方法检索的点在几何上保证落在摄像机的视野内,并且遮挡点可以在一定程度上被识别和去除.这种方法也很自然地适用于大场景和复杂的多摄像机配置.实验结果表明,我们的体素图与具有5个关键帧的关键帧图一样有效,并且在EuRoC数据集上提供了显著更高的定位精度(在RMSE平均提高46%),所提出的体素图表示是视觉SLAM中基本功能的一般方法,并且可广泛应用.

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