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BIB | pNovo3:使用排序学习框架进行精确的多态从头测序

基于串联质谱数据肽测序是猎枪蛋白质组学的关键技术,可以用于识别没有任何数据库的肽和组装未知蛋白质。然而,由于串联质谱的离子覆盖率低,如果某些连续的氨基酸的支持性片段离子全部丢失,则无法确定其顺序。...主要方法是使用专门的序列数据库来识别肽和蛋白质,SEQUEST。...主要方法是使用专门的序列数据库来识别肽和蛋白质,然而尽管数据库搜索具有无可争议的普及性,但它仍然需要参考数据库来检索候选多肽,因此它不能搜索没有任何蛋白质组数据库的物种(微生物群落)或未知的蛋白质(单克隆抗体...从头测序不需要任何参考数据库,所以它在鉴定的蛋白质序列方面有不可替代的优势。例如,许多研究已经使用的测序方法来组装单克隆抗体。 尽管已经提出了许多从头测序工具。但从头测序的精确性仍然是值得怀疑的。...4.通过频谱合并来提高结果正确率,在通过SVM-rank的输出分数对每个光谱的10个候选序列进行重新排序后,在预先设定的容许范围内(620ppm),对具有相似的离子质量的不同光谱进行进一步检查检查它们是否是由同一肽产生的

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Nat. Biotechnol. | 用机器学习预测多肽质谱库

这些新方法,包括递归神经网络和卷积神经网络,使用预测的计算谱库而不是实验谱库,在分析蛋白质组学数据时达到更高的灵敏度或特异性。机器学习正在激发涉及大型搜索空间的应用,免疫肽组学和蛋白质基因组学。...原则上,它可以容纳不属于任何标准碎片离子系列的非标准峰,目前大多数预测方法都没有考虑这些峰。缺点是样品中没有获得谱库质谱的任何肽都会在分析中丢失。...更常见的是利用现有的 DDA 数据集,这些数据集存放在公共原始数据存储库中。这种情况下,可以确保肽被正确识别到可选择的错误发现率 (FDR),因此可以作为准基本事实。...实践中重要的是模型如何在有限数量的训练实例下执行,因为在给定的技术或生物环境中可用光谱的数量可能会受到限制。...DIA 应用 DIA 数据分析工作流程可细分为以光谱为中心和以肽为中心的方法。以光谱为中心的软件工具从 DIA 数据体和碎片特征中组装伪 DDA 光谱,然后将其提交给传统的搜索引擎。

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Drug Discov Today|小分子药物的特性趋势分析和可开发性评估

药物分子不尽如人意的理化性质,高亲油性,会直接影响药物的性质(溶解性、毒性、疗效和可制造性),导致临床上的损耗率升高。...数据整理、分配和量化 药物再利用中心的分子的开发阶段数据被注释为临床、I期、II期、III期、撤消或上市。...随着时间的推移,FDA批准的口服分子的离子类分布没有明显变化(图2b),阴离子只占批准数量的20%∼。与其他离子类相比,带负电荷的酸类也有较高的血浆蛋白结合率、较低的分布容积和较低的体内清除率。...体内清除率被认为是ADMET过程中最难预测的,因为它更依赖于化学结构而不是物理化学性质;离子化强烈影响清除率(由于血浆蛋白结合)。Mw对清除率没有影响,但随着cLogP的增加而增加。...随着时间的推移,FDA批准的口服分子有一个明显的Mw和RBs增加的趋势(图1),但在这里提出的数据中,没有迹象表明这些性质中的任何一个会影响化合物的损耗,这可以从推出的、临床(活性或非活性)和临床分子之间的相对大小差异看出

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MyBatis为了解决二级缓存脏读问题,究竟做了那些骚操作!

,而是暂存在TransactionalCache中,在事务提交后再将过程中存放在其中的数据提交到二级缓存,如果事务回滚,则将数据清除掉!...可以把暂存区理解为一个中间容器,它是为了保证一个事务原子性的容器,它存储这一个提交操作的全部数据,待提交操作执行后,再将暂存区的内容一次性刷新到二级缓存空间内!...忽略讨论之外的代码.... } 此时不仅恍然大悟,原来命中一次的原因是这样,只有提交了之后,才会被刷新进二级缓存区,所以提交后的查询才被命中缓存,那么话又说回来,用意何在?...image-20200710135312612 基于上图反之,我们在进行修改操作的时候,依旧不能够直接清空二级缓存空间,而是伪清除(留存一个清除标记),待提交操作的时候,才真正的执行删除操作!...一个修改操作,修改完数据后,将二级缓存清空,但是此时数据异常,发生回滚!事实上,数据没有修改成功,我们是不应该去清空二级缓存的,这是不应该的!所以在没有提交,是不能清空缓存区的!

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Hudi关键术语及其概述

Hudi采用MVCC设计,其中压缩操作合并日志和基本文件生成的文件片,清理操作清除未使用/旧的文件片,回收DFS上的空间。...Table Types & Queries Hudi表类型定义了如何在DFS上索引和布局数据,以及如何在这样的组织上实现上述基本单元和时间轴活动(即数据是如何写入的)。...Merge on read:使用基于列(parquet)+基于行(avro)的文件格式的组合存储数据。 更新被记录到增量文件中(基于行),然后被压缩以同步或异步地生成新版本的列式文件。...增量查询:根据给定的提交/压缩,查询只要查询写入表的数据。 这有效地提供了更改流来支持增量数据管道。 读优化查询:查询给定提交/压缩操作时的表的最新快照。...您所见,旧查询没有看到当前用粉红色编码的正在提交的文件,但在提交后开始的查询将获得数据。因此,查询不受任何写失败/部分写的影响,只在已提交数据上运行。

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MCE | 神经退行性疾病——比癌症更残忍

蛋白质聚集可以通过各种细胞事件调节,包括各种不同类型的压力、分子拥挤或局部微环境,金属离子浓度。...■ 谷氨酸释放抑制剂谷氨酸释放抑制剂 BW-619C89 能阻断钠离子通道,抑制突触兴奋性氨基酸的释放。动物试验中,缺血前后给药均可有效缩小梗死体积。...GABA 受体激活后能抑制兴奋性神经毒作用, Muscimol、MK-801 等。■ 自由基清除剂缺血缺氧导致脑组织发生一系列还原反应,其中脂质产生的氧自由基是再灌注脑损伤的重要因素。...因此很有必要开发的神经保护药物。MCE 推出一系列神经信号通路、神经退行性疾病及神经保护相关化合物库,以支持神经相关疾病相关的科学研究。...相关化合物库作用神经保护化合物库收录了 400+ 种具有潜在神经保护作用的化合物,这些化合物主要靶向神经保护通路中的主要靶点,离子通道,钠离子通道,腺苷 A1 受体等;是开发神经保护药物,研究神经保护机制的有效工具

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日本将限制23项半导体设备出口!对中国半导体产业影响几何?

其中,道制造设备主要包括:光刻设备、刻蚀设备、薄膜沉积设备(包括PECVD、LPCVD、ALD等)、离子注入设备、清洗设备、化学机械抛光(CMP)设备、过程控制设备以及扩散设备。...2、刻蚀设备 刻蚀是指通过溶液、离子等方式剥离移除硅、金属材料、介质材料等晶圆表面材料,从而达到集成电路芯片结构设计要求的一种工艺流程。...,薄膜厚度、关键尺寸、刻蚀深度、表面形貌等物理性参数的量测。...此外,KKR把原本在日立国际电气集团中承担半导体生产设备和成膜工艺技术的资产进行汇总,于2018年6月成立了的Kokusai Electric。...大福的洁净室存储、搬运系统被广泛应用于半导体、液晶等平板显示器制造行业,在许多世界著名企业均有销售。大福集团曾是2018年全球十五大半导体设备厂商。

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把RNN植入体内,仅凭一张“薄片”,就能直接检测你有无心律异常 | Science子刊

可植入体内的人工神经网络 首先,神经拟态芯片存储和计算为一体(因此没有冯·诺依曼瓶颈),靠的是更近一步的模拟生物神经网络的工作方式来解决问题。...再加上它可以对离子浓度变化进行响应,完全可用于生物信号监测。 材料选好了,如何在芯片上实现神经拟态,也就是如何部署物理神经网络?...由于它被设想的使用场景是植入体内,所以每个实验都是在磷酸盐缓冲盐水中进行的,这是是一种渗透压和离子浓度与人体相匹配的盐水溶液。...MIT-BIH数据集是MIT提供的研究心律失常的数据,为国际上三个公认可作为标准心电数据库之一。 而且在这个过程中,系统消耗的功率比心脏起搏器小。...另外,除了监测生物电信号,它们的用途还可以扩展到对生物流体的分析,例如餐和餐后血液参数的实时监测。

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浅谈信息系统终止时如何确保信息资产的安全

二、信息系统终止的主要工作要求 在开始谈如何在信息系统终止时确保信息资产的安全,我们首先谈一下信息系统终止时在网络安全保护方面的主要工作要求。...4、信息系统在终止、部分终止或转移,包含数据的设备或存储介质等应按照数据安全管理策略,完全、彻底、安全的清除或覆盖,确保无法被恢复重用,对含有敏感信息的重要设备或存储介质,应选择有资质的机构进行安全销毁...(2)存储介质处理方案的编制、评审和审批 根据存储介质承载信息的敏感程度制定对存储介质的处理方案,包括数据清除存储介质销毁等,存储介质包含敏感信息,应按照国家相关部门的规定进行处理。...针对那些并非真正意义上废弃,而是需要转移的对象,需借助业务迁移技术,变更云服务商,应将原云计算平台的数据和业务系统迁移到云计算平台。...数据备份技术包括完全备份、增量备份以及差分备份等。 3、数据销毁 数据销毁是指采取各种技术手段,确保将存储在介质中的数据予以彻底清除,达到无法恢复、无法外传的目的。

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AI无法颠覆化学?谷歌DeepMind论文被爆重大缺陷,伦敦大学教授建议撤回Nature

XRD爱好者们请看两篇推文的「」、「六边形」Mg3MnNi3O8的PXRD图样。它看起来非常立体,非常类似Fm-3m空间群。...我们没有原始的XRD数据,但看起来这很可能是一个立方体图案,但实际上这是28年报道过的一种固溶体。 那么这个MnAgO2呢?拟合同样很糟糕。...这篇文章旨在证明,自主智能体可以根据文本挖掘的历史合成数据和ab initio热化学数据MaterialsProject),就如何合成给定材料做出决策。...XRD中最大峰的位置与引入元素的离子半径成反比,表明它确实被掺入了靶材结构中。较大的离子Hf4+ 和Zr4+)导致晶格的显著膨胀,向较低角度的偏移证明了这一点。...较小的离子Fe3+)导致较少的膨胀,但仍与已知的参考相Sb2Pb2O7有很大不同。

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十项新技术包括哪些技术?_建筑十项新技术那些

PRAM闪存则采用垂直二极管和三维晶体管结构,不需要在储存数据擦除旧数据,因而是非易失性的,也就是说,在电子设备关闭时仍能保存数据。   ...等离子电弧汽化技术   等离子电弧汽化技术的基本原理是,将电流和气体(氩、氮)通入用水冷却的特种喷嘴内,造成强烈的压缩电弧而形成温度极高的等离子流。...数据云技术(datecloud)   在当今的数字化时代,你会经常将需要的数据拷贝到可重写光盘、闪存设备上,或者在这些存储器之间互相转存,或者通过电子邮件传送。...与其他同类产品相比,网络硬盘综合了各种优点,是一种功能强大、操作便捷、大容量、异步的存储工具。有了它,你不必再为如何在办公场所、学校、网吧以及家里之间共享个人文件而犯愁。...本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

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在Oracle中,数据库块的结构有哪几个部分?

当Server Process需要查询一个正在被事务修改,但是尚未提交数据时,就根据ITL上的Uba定位到对应Undo镜像数据位置。...-B-- 包含ITL记录的Undo数据。 --U- 事务已经提交,但是锁还没有清除(快速提交)。...如果是快速提交,那么在提交的时候,会将事务表和每一个数据块的ITL槽进行清除。但是锁定标记可能没有清除,等下次用到的时候再进行清除。...如果是延迟提交,那么在提交的时候,只是将事务表进行清除,并没有对ITL事务槽进行清除,每一行的锁定标记也没有清除。因此,C和U的情况特别多。...0x1说明事务在该数据行上的锁还没清除,并且该锁指向01号事务槽。lb: 0x0说明事务在该数据行上的锁已经被清除,未被锁定。lb为0x2说明未提交,存在行锁。

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【DB笔试面试529】在Oracle中,数据库块的结构有哪几个部分?

当Server Process需要查询一个正在被事务修改,但是尚未提交数据时,就根据ITL上的Uba定位到对应Undo镜像数据位置。...-B-- 包含ITL记录的Undo数据。 --U- 事务已经提交,但是锁还没有清除(快速提交)。...如果是快速提交,那么在提交的时候,会将事务表和每一个数据块的ITL槽进行清除。但是锁定标记可能没有清除,等下次用到的时候再进行清除。...如果是延迟提交,那么在提交的时候,只是将事务表进行清除,并没有对ITL事务槽进行清除,每一行的锁定标记也没有清除。因此,C和U的情况特别多。...0x1说明事务在该数据行上的锁还没清除,并且该锁指向01号事务槽。lb: 0x0说明事务在该数据行上的锁已经被清除,未被锁定。lb为0x2说明未提交,存在行锁。

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机器学习过程的三个坑,看看你踩过哪一个

他们历经数月,从数千次运行的等离子机中提取了数据,其中的设定会随着我们的设备调整、部件磨损和多种尝试有所变化。...比如说模型可能刚辨认出了哪些孔处在培养皿的边缘 ,一种检查模型的简易方法就是让模型去预测其他方面,培养皿的位置、哪一块培养皿,或者图片来源的批次。如果算法能做到这一点,那你最好对结果持怀疑态度。...可以用一个模型侧重你关心的问题,比如离子是高能还是低能,细胞是否健康,其他模型则用来清除干扰因子。如果后者结果很强,那么请将数据标准化,做些进一步的实验,或者调整一下结论。...比如说从一个方程开始描述水波如何在一维进行传播吧。该算法的任务是从当前的时间步长来重复预测下一步,在这方面可以准备两种略微不同的方法与训练模型。...所有从事机器学习的人都正处在一个神奇的点上——计算能力、数据和算法交织在一起,在机器学习的的协助下碰撞出了的美妙火花 ,利用好这个机会将是整个科学界义不容辞的责任。

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【DB笔试面试681】在Oracle中,什么是块清除(Block Cleanout)?

♣ 答案部分 块清除(Block Cleanout)是指清除存储数据块头部与锁相关的信息,其实质是在清除块上的事务信息,包括数据的行级锁和ITL信息(包括提交标志、SCN等),块清除不需要生成Redo...③ 在修改数据之前,需要记录镜像(Before Image)信息,这个信息以Undo Record的形式存储在回滚段中,回滚段头事务槽指向该记录。...在提交事务的时候,如果被修改过的数据块仍然在Buffer Cache之中,那么Oracle可以清除ITL信息,这叫作快速块清除(Fast Block Cleanout),也叫提交清除(Fast Commit...在提交事务的时候,如果被修改过的数据块已经被写回到数据文件上(或大量修改超出Buffer Cache的10%的部分),再次读出该数据块进行修改,显然成本过于高昂,对于这种情况,Oracle选择延迟块清除...如果有如下的操作,那么可能会受到块清除的影响: l 将大量数据批量加载到数据仓库中; l 在刚刚加载的所有数据上运行UPDATE(产生需要清理的块); l 让别人查询这些数据 因此,建议在批量加载了数据

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WEB安全新玩法 阻止订单重复提交

我们看看如何在不修改网站源代码的前提下,使用 iFlow 通过透明加入一次性令牌来阻止订单的重复提交攻击。...用户在点击提交订单按钮时,JS 代码发出 AJAX 请求将随机令牌随同订单信息一起发出,iFlow 截获请求,检查参数中的令牌是否与保存的令牌一致,并清除本地存储中保存的令牌。...由于在第一次正常提交后,iFlow 已经清除了本地存储中保存的令牌,因此后续的重复提交被 iFlow 拒绝。...否则,将存储变量 order_token 清除,将请求参数 order_token 消除 (以免影响后端应用),然后发给后端 Web 服务器。...注意:上述会话中的 order_token 标志是保存在服务器端的 iFlow 存储中的,在浏览器端是看不到数据更无法进行伪造的。

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机器学习

他们历经数月,从数千次运行的等离子机中提取了数据,其中的设定会随着我们的设备调整、部件磨损和多种尝试有所变化。...比如说模型可能刚辨认出了哪些孔处在培养皿的边缘 ,一种检查模型的简易方法就是让模型去预测其他方面,培养皿的位置、哪一块培养皿,或者图片来源的批次。如果算法能做到这一点,那你最好对结果持怀疑态度。...可以用一个模型侧重你关心的问题,比如离子是高能还是低能,细胞是否健康,其他模型则用来清除干扰因子。如果后者结果很强,那么请将数据标准化,做些进一步的实验,或者调整一下结论。...比如说从一个方程开始描述水波如何在一维进行传播吧。该算法的任务是从当前的时间步长来重复预测下一步,在这方面可以准备两种略微不同的方法与训练模型。...所有从事机器学习的人都正处在一个神奇的点上——计算能力、数据和算法交织在一起,在机器学习的的协助下碰撞出了的美妙火花 ,利用好这个机会将是整个科学界义不容辞的责任。

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DDoS攻击的工具介绍

1.低轨道离子加农炮(LOIC) 1.1 什么是低轨道离子加农炮(LOIC)?   低轨道离子加农炮是通常用于发起DoS和DDoS攻击的工具。...,是一种拒绝服务攻击工具,旨在通过以惊人的缓慢速度提交表单数据来使Web服务器保持捆绑状态。...3.然后,该工具通过将表单数据分解为小至每个1字节的数据包,以10秒钟左右的随机间隔将这些数据包发送到服务器,从而拉长提交表单数据的过程。 4.工具持续无限期提交数据。...Web服务器将保持连接打开以接受数据包,因为攻击行为与连接速度较慢的用户提交表单数据的行为类似。在这个时候,Web服务器处理正常流量的能力就会受损。   ...易受攻击的服务器的缓解措施可以分为3大类: 1.增加服务器可用性 – 增加服务器在任何时间允许的最大客户端数量,这将增加攻击者使服务器过载必须建立的连接数。

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『 懒人10分钟—Linux学习篇(四)』解决磁盘扩容问题

0 3 知识点补充 磁盘存储容量计算: 磁盘上的数据都存放于磁道上。磁道就是磁盘上的一组同心圆,其宽度与磁头的宽度相同。...磁盘的数据传输是以块为单位的,所以磁盘上的数据也以块的形式进行存放。这些块就称为扇区(sector),每个磁道通常包括10~100个扇区。...所谓的格式化,是指将磁盘空间按照一定的磁盘阵列排布方法,有序且很规则得划分为若干个扇区,然后再把其中的所有存储介质的电离子清除,使之上面不管有无数据,都清零。...在格式化中,要插入一些停顿位,写入一些辅助位,使得格式化后的容量小于格式化的容量。...磁盘格式化后能存储有用信息的总量称为存储容量,其计算公式如下: 存储容量 = n×t×s×b 其中n为保存数据的总盘面数;t为每面磁道数;s为每道的扇区数;b为每个扇区存储的字节数。

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