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ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

面处理描述了应该使用哪些变量来分割数据,以及如何排列它们。刻面是一个强大的工具,可以研究不同的模式是否相同或不同于条件 ?...4.3.2 使用gglot()创建绘图时的简单概念 Ggplot2的算法很简单:您提供数据,告诉ggplot2如何将变量映射到几何,使用什么图形,它负责细节。...刻面是在一个图中绘制多个图形。faceting的功能类似于lattice包中的panel。它经常出现在微生物组学研究的出版物上。在ggplot2中,刻面可以通过两种主要方式执行:网格刻面和包裹刻面。...~y+z))对两个变量执行刻面,两个变量都按列显示,绘图将基于一个变量与另一个变量的级别并排显示。这种可视化使得两个分类变量的比较非常有效。...在这个公式中,我们可以看到使用**+运算符**将附加变量z加到y上。 使用facet_wrap(公式)将一大系列绘图分解为多个小绘图 wrap刻面将一系列大绘图生成单个类别的多个小绘图。

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R语言从入门到精通:Day17 (ggplot2绘图)

在之前的教程中,我们在学习各类数据分析方法的过程中学习创建了各种各样的普通图形和特殊图形,它们大部分都是利用R的基础绘图系统创建的。...它通过全面一致的语法帮助我们将多变量的数据集进行可视化,并且很容易生成R自带图形难以生成的图形。...ggplot2包在定义组或面时使用因子(factor)(主要涉及函数facet_grid())。 ggplot2很强大,能够创建各种各样的信息图。可惜,强大也带来了复杂性。...了解了ggplot2的基本语法之后,我们首先介绍几何函数及其能够创建的图形类型,然后详细了解函数aes(),以及如何利用它来对数据进行分组。接下来,将考虑刻面和网格图形的建立。...函数ggplot()指定要绘制的数据源和变量,几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示(使用点、条、线和阴影区)。表1列出了几种常见的几何函数(目前有37个几何函数可供使用)。 表1,几何函数 ?

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    跟我一起ggplot2(1)

    ,rlm,glm)      (3) geom="boxplot" 绘制箱线图 ,当x为属性变量(factor),y为数值变量时      II.单变量图      (4)...你可以将它想象成是一个三维的数组:分面构成了二维平面,然后图层给予其在新的维度上的扩展。在这个例子中,不同图层上的数据是一样的,但是从理论上来讲,不同的图层中可以有不同的数据。...ggplot2中的基本概念 将数据中变量映射到图形属性。映射控制了二者之间的关系。 ? 标度:标度负责控制映射后图形属性的显示方式。具体形式上来看是图例和坐标刻度。...图层(Layer):数据、映射、几何对象、统计变换等构成一个图层。图层可以允许用户一步步的构建图形,方便单独对图层进行修改。 ? 分面(Facet):条件绘图,将数据按某种方式分组,然后分别绘图。...分面就是控制分组绘图的方法和排列形式。 ? 总结 关于ggplot2的绘图功能还有待进一步挖掘。

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    「R」ggplot2数据可视化

    其所属的分组不由它们在矩阵中的位置决定,而是在一个单独的列中指定。 术语 数据是我们想要可视化的对象。它包含了若干变量,变量存储于数据框的每一列。...ggplot2包提供了分组和小面化的方法。分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意,ggplot2包在定义组或面时使用因子。...用几何函数指定图的类型 ggplot()函数指定要绘制的数据源和变量,几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示。目前,有37个几何函数可供使用。以下列出常用的函数。...分组 在R中,组通常用分类变量的水平(因子)来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形(在ggplot2中也称为刻面图)。下表给出了相关的语法,var,rowvar,colvar是因子。

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    R for data science (第一章) ②

    使用ggplot2进行数据可视化② 添加其他变量的一种方法是aesthetics。 另一种对分类变量特别有用的方法是将绘图分割为多个子图,每个子图显示一个数据子集。...要在两个变量的组合上构建绘图,请将facet_grid()添加到绘图调用中facet_grid()的第一个参数也是一个公式。 这次公式应该包含两个用〜分隔的变量名。 ?...如果这听起来很奇怪,我们可以通过在原始数据上叠加线条然后根据drv着色所有内容来使其更清晰。 请注意,此图包含同一图表中的两个geom!我们将很快学会如何在同一个地块中放置多个geoms。...许多geom,如geom_smooth(),使用单个几何对象来显示多行数据。对于这些geoms,您可以将组审美设置为分类变量以绘制多个对象。 ggplot2将为分组变量的每个唯一值绘制一个单独的对象。...实际上,每当您将美学映射到离散变量时,ggplot2都会自动将这些geoms的数据分组(如线型示例中所示)。依靠这个特征很方便,因为群体aesthetic本身并没有增加传说或区别特征与geoms。

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    R语言画图时常见问题

    1 如何在同一画面画出多张图?...R中的绘图命令可以分为高水平(High level) 、 低水平 (Low level) 和交互式(Interactive)三种绘图命令。...简要地说,高水平绘图命令可以在图形设备上绘制新图;低水平绘图命令将在已经存在图形上添加更多的绘图信息,如点、线、多边形等;使用交互式绘图命令创建的绘图,可以使用如鼠标这类的定点装置来添加或提取绘图信息。...在 R 中可以通过绘图参数 par(new = TRUE)使得绘制第二个绘图 (hight-level plot) 时保留第一个绘图区域,这样两张绘图会重叠在一起,看起来就是双坐标图。...barplot():space设置bar图间的间距;horiz设置bar的方向是垂直或水平;beside设置height为矩阵时,每列元素的bar排列方式;add设置是否将barplot加在当前已有的图上

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    seaborn的介绍

    提示数据集说明了组织数据集的“整洁”方法。你会得到最出seaborn的,如果你的数据集,这种方式组织,并且在更详细的解释如下。 我们绘制了一个带有多个语义变量的分面散点图。...一个分类变量将数据集拆分为两个不同的轴(面),另一个确定每个点的颜色和形状。 所有这一切都是通过单次调用seaborn函数完成的relplot()。...请注意我们如何仅提供数据集中变量的名称以及我们希望它们在绘图中扮演的角色。与直接使用matplotlib时不同,没有必要将变量转换为可视化的参数(例如,用于每个类别的特定颜色或标记)。...最后,在与底层matplotlib函数(如scatterplot()和plt.scatter)直接对应的情况下,其他关键字参数将传递给matplotlib层: ?...我们上面使用的“fmri”数据集说明了整齐的时间序列数据集如何在不同的行中包含每个时间点: 学科 时间点 事件 区域 信号 0 S13 18 STIM 顶叶 -0.017552 1 S5 14 STIM

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    01-C++基础-第一章-C++简介与C++简史

    传统上,程序员使用编汇语言来满足这些需求,编汇语言依赖于计算机的内部机器语言。然而,汇编语言是低级(low-level)语言,即直接操作硬件,如直接访问CPU寄存器和内存单元。...其理念是设计与问题的本质特性相对于的数据结格式。         在C++中,类是一种规范,它描述了这种新型数据的格式,对象时根据这种规范构造的特点数据结构。        ...例如,绘图程序可能定义表示矩形、直线、圆、画刷、画笔的类。类定义描述了对每个类可执行的操作,如移动圆或旋转直线。然后您便可以设计一个使用这些类的对象的程序。...从低级组织(如类)到高级组织(如程序)的处理过程叫做自下而上(bottom-up)的编程。      OOP编程并不仅仅是将数据和方法合并为类定义。...名称C++来自C语言中的递增运算符++,该运算符将变量加1。名称C++表面,它是C的扩充版本。  计算机程序将实际问题转换为计算机能够执行的一系列操作。

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    Python 最常见的 120 道面试题解析

    Python 中的局部变量和全局变量是什么? python 是否区分大小写? Python 中的类型转换是什么? Python 中有哪些内置类型? python 中是否需要缩进?...在 Python 中怎样定义封装? 你如何在 Python 中进行数据抽象? python 是否使用了访问说明符? 如何在 Python 中创建一个空类? object()有什么作用?...解释如何在 Django 中设置数据库。 举例说明如何在 Django 中编写 VIEW? 提及 Django 模板的组成部分。 在 Django 框架中解释会话的使用?...如何使用 NumPy / SciPy 制作 3D 绘图/可视化?...给定成本矩阵成本[] []和成本[] []中的位置(m,n), 将一个集合划分为两个子集,使得子集和的差异最小 给定一组非负整数和一个值和,确定是否存在给定集合的子集,其总和等于给定总和。

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    python数据可视化第三方库有哪些_数据可视化!看看程序员大佬都推荐的几大Python库…

    数据可视化是数据分析中极为重要的部分,而数据可视化图表(如条形图,散点图,折线图,地理图等)也是非常关键的一环。...Matplotlib Matplotlib是Python的数据可视化库和二维绘图库,它是Python社区中最流行,使用最广泛的绘图库。它带有跨多个平台的交互式环境。...它可以用于使用各种GUI工具箱(例如Tkinter,GTK +,wxPython,Qt等)将绘图嵌入到应用程序中。...Seaborn具有各种面向数据集的绘图功能,可对其中具有整个数据集的数据框和数组进行操作。它在内部执行必要的统计汇总和映射功能,以创建用户所需的信息图。...Ggplot也与熊猫紧密相连,因此最好将数据保留在DataFrames中。 Altair Altair是Python中的统计数据可视化库。

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    Python可视化库Matplotlib绘图入门详解

    每个 Matplotlib.pyplot 中的函数会对当前的图像进行一些修改,例如:产生新的图像,在图像中产生新的绘图区域,在绘图区域中画线,给绘图加上标记,等等…… Matplotlib.pyplot...柱状图(bar chart),是一种以长方形的长度为变量的表达图形的统计报告图,由一系列高度不等的纵向条纹表示数据分布的情况,用来比较两个或以上的价值(不同时间或者不同条件),只有一个变量,通常利用于较小的数据集分析...用两组数据构成多个坐标点,考察坐标点的分布,判断两变量之间是否存在某种关联或总结坐标点的分布模式。 散点图将序列显示为一组点。值由点在图表中的位置表示。类别由图表中的不同标记表示。...2D饼图为圆形,手画时,常用圆规作图。 仅排列在工作表的一列或一行中的数据可以绘制到饼图中。饼图显示一个数据系列中各项的大小与各项总和的比例,数据点显示为整个饼图的百分比。...为了构建直方图,第一步是将值的范围分段,即将整个值的范围分成一系列间隔,然后计算每个间隔中有多少值。这些值通常被指定为连续的,不重叠的变量间隔。间隔必须相邻,并且通常是(但不是必须的)相等的大小。

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    matlab 图像填充斜线_怎么更改柱形图的填充

    接下来主要介绍特殊图形的绘制方法,主 要图形包括:条形图、区域图、饼状图、柱状图、 离散图、罗盘图、羽毛图、…… [0,7,-2,2]); MATLAB提供的统计分析绘图函数还有很多,例如, 用来表示各元素占总和的百分比的饼图...(pie)、面 积图(area)、柱状图(hist)、罗盘图(compass)和…… 作为一个功能强大的工具软件,Matlab 具有很强的图形处理功能,提供了大量的 … 实验五 MATLAB 绘图一、...函数,绘 制条形图时可使用 函数,绘制柱状图,用以表示数据值 的分布情况时可使用 函数。...提供图形用户界面的…… 在 Matlab 中,一 般将数据从最大值到最小值之间等分成 试成绩。用柱状图显示结果。 10 份,用柱状图显示。...如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

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    ggplot2包图形参数(坐标轴、分面、配色)整理

    《R数据可视化手册》重点讲解R的绘图系统,指导读者通过绘图系统实现数据可视化,主要侧重于解决具体问题,是R数据可视化的实战秘籍。...当你修改x标度和y标度的范围时,任何在范围以外的数据都会被移除,换言之,超出范围的数据不仅不会被展示,而且会被完全移出考虑处理的数据范围,统计量的计算都会基于修剪后的数据。...分面 5.1 使用分面将数据分割绘制到子图中 使用facet_grid()或facet_wrap()函数,并指定根据哪个变量来分割数据。...facet_wrap( ~ class) # class为变量 facet_wrap()默认使用相等数量的行和列,比如说分面为4时,行与列为2x2;分面为5时,为3x3。...6.2 将变量映射到颜色上 对于几何对象,将colour或fill参数的值设置为数据中某一列的列名即可。

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    这些条形图的用法您都知道吗?

    有两点需要说明,一方面,在ggplot2绘图过程中均采用图层思想,将多个图形进行叠加和设置;另一方面,图层思想是通过代码中的加号(+)表现出来的。...、边框色、填充色等),但要求属性值来自于原始的绘图数据data; data:指定绘图所需的原始数据,如果使用默认的NULL值,则图形数据将来自于ggplot函数;如果指定一个明确的数据框,则该数据框将覆盖...函数中; na.rm:bool类型的参数,在剔除绘图数据中的缺失值时,是否不返回警告信息,默认为FALSE; show.legend:bool类型的参数,是否显示条形图的图例信息,默认为NA,即表示显示图例...;如果设置为FALSE,则不显示任何图例;如果设置为TRUE,则显示图例; inherit.aes:bool类型的参数,绘图时是否延用ggplot函数中的数据和轴属性,默认为TRUE;根据作者的经验,如果...如果绘图数据涉及的是双离散变量单数值变量或者双数值变量单离散变量时,也可以借助于geom_bar函数绘制堆叠条形图、百分比堆叠条形图、交错条形图和对比条形图。

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    【数据可视化】Matplotlib 从入门到精通学习笔记

    当您对一个数据集进行分析时,如果使用数据可视化的方式,那么您会很容易地确定数据集的分类模式、缺失数据、离群值等等。...,具体来说,饼状图显示一个数据系列中各项目的占项目总和的百分比。...Matplotlib 提供了一个 pie() 函数,该函数可以生成数组中数据的饼状图。您可使用 x/sum(x) 来计算各个扇形区域占饼图总和的百分比。...下面是一个简单示例,绘制了两天内同一时刻,天气温度随时间变化的折线图:```pythonfrom matplotlib import pyplot as pltx = 5, 8, 12, 14, 16,...通俗地讲,它反映的是一个变量受另一个变量的影响程度。 散点图将序列显示为一组点,其中每个散点值都由该点在图表中的坐标位置表示。对于不同类别的点,则由图表中不同形状或颜色的标记符表示。

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    文本挖掘|R语言助力简·奥斯丁部分作品的情感分析

    分析文本情感思路是把文本看成多个单词的情感内容的组合,把整个文本的情感内容看成单词的情感内容的总和。典型文本分析的思维导图: ? 01 关于情感数据集 tidytext包提供了对几种情感词汇的访问集。...03 绘图 在x轴上对索引进行绘图,让索引跟踪文本部分的叙述时间,了解叙事弧中情感是如何变化的。...从图中可看出,每一部小说的情节是如何在故事的轨迹上向着积极或消极的情绪变化的。...miss这个词在情绪分析时出现异常,可以把miss这个加入停止词中,在语料库构建过程中,通过删除停止词而不被统计。那么如何把miss这个词加入停止词词典中呢?...使用bind_rows()轻松地将“miss”添加到LXL的停止词列表中。

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    更强的可视化:最全ggplot2扩展包整理

    本期为大家分享一个网站 ggplot2 extensions - gallery,该网站中包含了若干使用ggplot2及其扩展包实现的可视化案例,并附有详细绘图步骤和R语言代码。...ggpubr:简化使用ggplot2生成的图形的美化和扩展功能 graph:ggraph在绘制数据结构(图形、网络、树、层次结构) cowplot 可以将多个ggplot2图形组合成一个布局,支持绘制漂亮的图形排版...ggh4x:定制刻面、多种色标和其他选项 ggbeeswarm 在较小的数据集中展示每个数据点的分布和密度。 survminer:利用ggplot2绘制生存曲线图。...ggalluvial:绘制流程图和分层桑基图 ggridges:绘制密度图和堆叠图,用于展示数据在一个连续变量上的分布。 ggside:用于创建分面图(faceted plots)的扩展包。...ggforce 提供额外的几何对象和统计图层,例如箭头、曲线等,增强了ggplot2的绘图功能。 GGally 轻松地创建复杂的多变量图形和数据可视化。

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    正则化(2):与岭回归相似的 Lasso 回归

    岭回归模型通过在训练模型中引入少量偏差,从而减少该模型在多个数据集中的方差。 ?...lasso回归可减少创建模型中的参数(如减少无关变量的参数个数)。 当λ=0时,lasso回归与最小二乘法直线回归一致。 当λ>0时,随着λ的增大,lasso回归中直线的斜率逐渐减小,直至为0。 ?...岭回归不能减少模型中的参数,只能缩小模型中某些参数的数值(如降低无关变量参数的系数值)。 ? 这是两种正则化回归最主要的区别。...结合以上讨论,我们可以总结出: 如果模型中含有较多的无关变量时,因lasso回归可以将无关变量排除,故lasso回归比岭回归模型更优,其在不同数据集中的方差更小。...相反,如果模型中大多数变量为相关变量时,因岭回归不会误删一些变量,故岭回归比lasso回归模型更优,其在不同数据集中的方差更小。 那我们应该如何在两种回归中做出更优的抉择呢?

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    【深度学习创作】用《权力的游戏》前五部训练RNN生成第六部(原理解析)

    除了介绍这一深度学习的新“创作”,本文也将简单地介绍,为什么RNN有如此神威? 《权力的游戏》(英语:Game of Thrones)是一部中世纪史诗奇幻题材的美国电视连续剧。...深度学习的基础模型之一 RNN无疑是深度学习的主要内容之一,它允许神经网络处理序列数据,如文本、音频和视频。...它们可以用于将序列编码至不同层级的理解(抽象层次不同的知识表示)、标注序列,甚至从头开始生成新序列。一个 RNN cell在处理序列数据时一直被重复使用,Share Weights。...RNN的核心特征是“循环”, 即系统的输出会保留在网络里, 和系统下一刻的输入一起共同决定下一刻的输出。 这一点符合著名的图灵机原理。 即此刻的状态包含上一刻的历史,又是下一刻变化的依据。...整本书以一段怪异的描述结尾: 在一场冬季的暴风雪中,琼恩作为坦格利安人的一面得到全面的展示 …… 正如开源项目作者本人在提到,在这部由深度学习模型完成的“新作”中目前只完成了前五章,还有许多问题没有回答

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