这些数据集由大量的SMILES表示的分子组成，配对具有二进制标签，突出显示正在评估的特定性质。结果以F1为单位报告在表3中，准确度在表4中。...试剂选择 表 7 试剂选择，也称为试剂推荐，涉及识别和提议适用于特定化学反应或过程的最合适试剂。与其他预测和生成任务相比，这些选择任务可能更适合于大型语言模型（LLMs），并具有广泛的影响。...试剂推荐可以通过确定给定反应的最佳试剂和条件，显着提升反应设计，从而增加学术和工业领域的效率和效果。利用庞大的化学知识库，GPT模型可能能够生成建议，从而产生可能产生更好结果的化学反应。...这个任务在化学领域是新兴的，因此尚无已建立的基准模型。结果在表7中呈现。从表中可以看出，GPT-4和GPT-3.5在试剂选择任务中表现相对较好。这表明GPT模型在试剂选择领域具有很大的潜力。...LLM经常难以推断这些隐含的氢原子，甚至在简单的任务（如计算分子中原子数）上可能失败。2）同一个分子可以有多个有效的SMILES表示，如果没有正确处理或标准化，就可能导致歧义。
化学反应建模方面存挑战 化学反应涉及三个主要成分：反应物、试剂和产物。反应物是提供某些子结构以形成产物的结构，其中与产物原子匹配度最高的被定义为主反应物。其他反应物则被称为副反应物。...试剂是不映射到产物结构中任何原子的化学实体，但对提供某种化学环境（如溶剂或酸）是必需的。要共同建模反应物、试剂和产物，主要有三个挑战。首先，复杂的有机化学机制难以建模。...作者用一个更简单的命题来概括这些机制：如果我们在一个优化的化学反应中改变副反应物或试剂，很有可能该反应不再是最优化的。这一命题概括了反应数据中的潜在规则，基于此作者使用对比方法对模型进行预训练。...其次，反应物和试剂在建模过程中表现出排列不变性是必要的，然而，许多模型忽视了这一关键方面。最后一个挑战是，试剂和反应物在化学反应中扮演不同的角色，这使得建模具有挑战性。...就分子量和QED指标而言，Uni-RXNGen、SynNet和DINGOS（De novo）提供了可比的结果。然而，与作者的模型不同，基线方法生成的分子具有更亲脂性的结构和更多的可旋转键数量。
最终挑选了5845种试剂，这些试剂展示了13种化学功能，主要是那些在药物发现中常用的活性团，如胺、芳卤化物和硼酸。拥有了一组参考试剂，作者接下来验证了最先进的对接算法是否能够复现这些替代X射线姿态。...结果显示，所有的对接工具都能够非常准确地完成对接任务，有70-80%的试剂在2 Å rmsd的精度范围内被成功对接（图1A）。...结果同样显示了出色的性能，有75-85%的试剂与X射线姿势的相互作用指纹相似度被认为是可接受的，图1B。...与之前类似的方法不同，这里的化学试剂是从145,705种商业化学试剂的列表中仔细挑选的。此外，通过选择特定化学功能的单功能试剂并避免具有额外化学功能的试剂，从而减少了可能影响合成产率的副反应。...总共有134,331种商业反应物被明确地标注了反应类型、反应物角色和反应活性原子，总计产生了713,155个原子标签（图2）。转换为3D原子坐标后，提供了176,824种准备就绪的独特试剂。
这有点像用乐高积木搭建房子：重新设计外观很简单，但在完成的墙体中插入积木是不可能的，除非拆掉房子。 对于有机化学家来说，能够交换分子骨架中的原子具有内在的吸引力。...许多反应旨在编辑含有非碳原子（如O、N或S）的分子环，这些环被称为杂环，它们在药物化学中无处不在。例如，大约60%的小分子药物含有氮杂环，部分原因是因为它通常有助于药物与蛋白质靶点的结合。...但是构建这些变体非常耗时，并且在化学合成过程中可能具有挑战性：氮原子有时会干扰催化剂和化学试剂的作用。...但是到目前为止，该方法只在一种特定类型的分子骨架上使用，该分子骨架包含两个苯基基团环绕的碳原子。Li还改进了这种方法，用硼原子代替碳原子，硼原子可以帮助药物分子与糖或蛋白质结合。...快速骨架编辑 与其他反应一样，所有这些创新都利用试剂、催化剂或光来推动或拉动原子的共享电子——这些电子是有机分子中化学键的“粘合剂”，使新的原子可以进入或现有原子被去除。
NMR 常用的溶剂：一些小极性的化合物 (脂肪长链的，脂肪环的) 一般用 chloroform 做溶剂，甾体类的化合物多用氘代吡啶做溶剂。...、样品检测用的氘代试剂溶剂峰； 4、氘代试剂中的水峰； 5、不同化学位移情况下 H 原子个数分布，个数总和与结构式中化学式中 H 原子个数 12H 一致，化学位移 11.05 ppm 为活泼 H，积分值可能不足...测出离子准确质量即可确定离子的化合物组成。质谱是纯物质鉴定的最有力工具之一，其中包括相对分子量测定、化学式的确定及结构鉴定等，具有灵敏度高，样品用量少，分析速度快，分离和鉴定同时进行等优点。...H]+，[2M+Na]+，[M+H]/2+ 等； 3、加有缓冲溶液或溶剂的体系还可引进 [M+X+H]+，(X=溶剂或缓冲溶液中的阳离子) 如：用碱性体系方法分析时常见的加合离子有 [M+NH4]+ (...如碱性体系用的铵盐缓冲溶液)； 4、负离子检测时，一般 MS 图谱中的分子离子峰的值应为 EM-1 (Exact Mass)，即 [M-H]-；加有缓冲溶液或溶剂的体系还可引进 [M+X-H]-，(X=
压缩空气是仅次于电力的第二大动力能源，又是具有多种用途的工艺气源，其应用范围遍及石油、化工、冶金、电力、机械、轻工、纺织、汽车制造、电子、空气压缩机食品、医药、生化、国防、科研等行业和部门。...所有的元素和化合物都可以被离子化，但是所需要的能量不同。离子化，就是将原子中的电子激发到无穷远处，脱离原子核的束缚。...以空气中的主要成分氧气、氮气和水来说，其IP分别是12.07，15.58和12.62，空气的其他成分，如二氧化碳、氩气、氦气、氢气等，其IP也都远远大于10.6，所以说压缩空气通过PID传感器，其核心成分是不会被离子化的...由于体积庞大，造价不菲，这个只能在实验室用，现场无法普及。另外，现行的ISO 8573第5部分“压缩空气 油蒸气和有机溶剂含量的测定”还是2001年的版本。...定性测量，通常采用化学试剂，通过观察试剂颜色变化的情况推断油含量的大致范围。
考虑到具有相同反应模板的反应往往具有相似的反应机制和反应条件，因此利用训练数据构建了模板-条件库，并提取了三种不同类型的反应模板：r1、r0 和 r0*。...r1 和 r0 是通过 RDChiral 工具以不同半径提取的模板；r0* 则是从 r0 模板中仅保留原子和键得到的最简形式。...4、条件聚类算法 为提升预测结果的多样性，研究团队设计了一种基于分子特征的聚类算法。...该算法通过提取 31 个常见分子标签（如醇、醚、氧化剂、离子化合物等）对每种反应条件组分进行特征描述，并定义具有相同催化剂标签且共享两个以上相同溶剂和试剂标签的反应为相似反应。...这些研究结果表明 Reacon 在真实场景化学反应条件预测中具有广阔的应用前景。 Figure 2.
在测定电子电器产品中是否存在限用物质时，一般采用XRF进行初筛。 根据分光方式的不同，X射线荧光分析可分为能量色射和波长色射两类，也就是通常所说的能谱仪（EDXRF）和波谱仪（WDXRF）。...1.2 特征X射线的产生 一束高能粒子（射线）在与原子的相互作用下，如果其能量大于或等于原子某一轨道电子的结合能时，可以将该轨道的电子逐出，形成空穴；此时原子处于非稳定状态，在极短的时间内，轨道的外层电子向空穴跃迁...（1）能量分辨率 在EDXRF中，能量分辨率以能量分布曲线的半峰高宽度（FWHM）来表示。 国际通用的分辨率测试标准：使用二氧化锰试剂，对MnKα谱线进行测试，计算谱峰的半峰高宽度。...如： 气体探测器 —— 正比计数器 闪烁探测器 —— 光电倍增管 半导体探测器 —— Si(Li)/Si-PIN/SDD/Ge探测器 其他类型探测器 2.4 光路系统 主要包括：（1）滤光片；...作用：提高被测元素的谱线的峰背比，提高强度，使检测结果更具有准确性和可靠性。
它适用于任何规模和范围的HTE数据集，无论其目标反应结果如何。这个分析器能够揭示起始物料、试剂和反应结果之间的可解释相关性。 近年来数据驱动化学领域巨大进步。...然而，将试剂的影响从反应物的固有反应性中区分出来是具有挑战性的。研究者选择通过Z分数进行标准化来比较相对产量，这是一种在高通量实验（HTE）数据分析中显示出前景的技术。...对标准化的目标反应结果进行方差分析（ANOVA）可以揭示对该反应结果统计上相关的广泛变量（如溶剂、碱、催化剂系统和温度等）。...Ullmann数据集包含了九个独特的卤化物-亲核试剂对，芳基卤化物和亲核试剂都具有良好的多样性，尽管每个种类的数量有限。HiTEA揭示了HTE子反应组，能够轻松区分溶剂的细微差别。...在研究过程中，作者发现溶剂在Ullmann偶联反应的产率中扮演了重要角色；然而，与Buchwald偶联反应不同的是，溶剂极性对于潜在的卤原子转移/单电子转移催化剂中间体的影响尚未被阐明。
低检出限：一些试剂盒的检出限较低，如10家三甲医院评估的7种miRNA检测试剂盒，其检出率均为100%，显示出高灵敏度。...Hifair® miRNA试剂盒能够区分同家族miRNA间的单碱基差异。 抗干扰能力：部分试剂盒在存在常见干扰物（如溶血、脂血和黄疸）的样本中仍保持稳定，显示出较强的抗干扰性。...精密度 重复性和稳定性：一些试剂盒表现出良好的重复性和稳定性。例如，10家三甲医院评估的7种miRNA检测试剂盒的精密度评估结果显示，其Ct值能达到试剂盒说明书中厂家声明的指标。...多领域应用：miRNA体外诊断试剂盒不仅在肝癌等疾病的诊断中表现出色，还可用于其他疾病的检测和研究，具有广泛的应用前景。 操作便捷性 操作简单快速：部分试剂盒操作简单，能够快速完成检测。...例如，TaqMan MicroRNA 检测试剂盒的两步定量RT-PCR分析法可在3小时内产生高质量结果。
与专利文献相比，学术期刊中使用的语言通常具有更高的复杂性和更少的公式化。例如，一句话可以描述多个反应或一个反应在不同条件下有不同的产物/产量。...这种复杂性要求开发具有更高能力的更先进的自然语言处理模型。...结果和讨论 评估设置和基准 由于内存和优化的限制，我们用有限的序列长度进行了实验。...用更大的语境规模进行预训练应该是比较理想的，我们把它作为未来工作的一部分。 表5. 反应角色标签的性能 表6显示了按反应角色类型分列的表现。有些反应角色似乎比其他角色更难预测，如催化剂/试剂。...这就带来了额外的挑战，同时也带来了通过纳入潜在的外部领域知识 (如催化剂/试剂的字典) 或有效反应的化学约束 (如原子映射) 来进一步改进我们的模型的机会。 图11.
PCR 反应最大的特点是具有较大的扩增能力和极高的灵敏度，正因为如此，极其微量的污染即可造成检测结果的假阳性。监控污染，防止污染对检测结果的影响，不仅对实验，对后续生信分析也提出了挑战。...(2) 克隆质粒在单位容积内含量相当高，另外在纯化过程中需用较多的用具及试剂，而且在活细胞内的质粒，由于活细胞的生长繁殖的简便性及具有很强的生命力，其污染可能性也很大。...质控品（Quality control, QC） 上述环节中使用的各种对照大部分是试剂厂家匹配试剂盒使用的产品，有的是实验室自制，所以整个的监控过程可能存在不够客观和独立。...由于标准物质具有准确量值和计量溯源性，可以更准确的评估整个试验流程的准确度。 8. 定值参考品 医学上的定量检测试剂盒，需要配套定值参考品用于试剂盒的定量检测使用。...如没有这种特殊的加样器，至少 PCR 操作过程中加样器应该专用，不能交叉使用，尤其是 PCR 产物分析所用加样器不能拿到其它两个区。 (8) 重复实验，验证结果，慎下结论。
逆合成设计用到的数据集来源于知名机构和组织，如Elsevier、Chemical Abstracts Service，不同数据集在数据范围、数据格式、数据质量等方面存在差异。...化学反应是化学合成核心的研究对象，化学反应建模的好坏将直接影响后续任务的完成。 提到化学反应，人们通常会想到用箭头从反应物指向产物这种图的表示方式。...原子映射 每个化学反应通常由一组原子映射表示，其中每个原子映射是具有一组不连续边的图对反应物和产物中的所有原子构造一一对应关系（如图3所示）。此外，原子映射通常用于分离反应中的反应物和试剂。...唯一独立于原子映射的反应表示是没有区分反应物和试剂的反应。准确的原子映射可以促进下游任务，如通过计算反应中的保守碳原子数从而确定转化途径中的效率，也可以用于追踪原子来理解反应机理。...与人工设计相比，计算机具有强大的计算能力，而且工作时不受干扰。将费力的计算委托给计算机以尽可能地实现自动化，可以极大促进化学家们的工作。
并且，预测USPTO-full数据集一步逆合成反应的准确率也得到了很好的提升。经常出现的SMILES与预测结果有良好的相关性，可以作为反应预测质量的衡量指标。...在Synthia™程序中，规则自动从原子映射的反应示例中提取。然而，自动规则没有考虑到分子中其他未定义的可能的反应中心。应用这种转换可能导致分子不能像预期的那样反应。...对反应预测结果和逆合成的研究表明符号方法的可行性，其中反应被写成SMILES字符串，就像机器翻译一样。生成物用“source”表示，而反应物用“target”表示。...分子的SMILES表示方式是模棱两可的（虽然存在标准化过程），但已有研究证明，在训练和推理过程中使用一批随机(扩增)SMILES可以提高模型精度。...预测的估计精度有助于区分难以预测的反应和错误的反应数据，这对清理反应数据和进一步提高模型质量具有重要意义。
但该方法除去操作步骤耗时以外，生成的 Formazan 是不溶于水的，需经 DMSO 溶解后才能检测，增加了工作量的同时仍不能保证测定结果的准确性，且该溶剂对人体具有明显毒性。...其中使用 CTG 法评估了所有 4,253 种化合物对 HepG2 的细胞毒性。其中 255 种化合物对 HepG2 细胞表现出一定程度的生长细胞毒性，AC50 值 结果表明，MCE CTG 试剂盒可实现稳定、灵敏、批次间差异较小的不同细胞系的细胞活力检测。表 2....荧光素酶的活性对温度较为敏感，反复冻融会致其逐渐失活，建议分装冻存，避免反复冻融。冻融时，可能会导致试剂中出现少量沉淀，可平衡至室温后观测沉淀溶解情况，如仍有残留，可离心后去除。2....检测时需使用适合于细胞培养的白色或黑色的多孔板 (96 孔板或 384 孔板)，普通透明多孔板的相邻孔之间可能会产生相互干扰。如使用透明板，可使用不透明的白色胶带粘贴孔底。5.
MLPDS成员公司中使用预测模型以及该领域的前景。...Section 1: CASP如何帮助药物化学发现； Section 2: 如何在制药和化学工业中使用CASP； Section 3:如何使CASP更好。 ?...从反应数据集中通过算法提取模板的一般步骤是：1）识别反应中心或变化的原子，2）识别与反应中心相邻的原子，以及3）添加反应中涉及的通用官能团。...这使基准回归合成算法复杂化，因为更大，更多样化的可购买化学品数据库将具有更高的终止概率，并且自然会显得更加成功。...反应优化是一个公认的领域，并且存在许多用于选择实验条件以迭代地改善性能（例如，就产率，周转数，通过量而言）的统计技术。用机器学习的话来说，这些是活跃的学习框架。
传统蛋白质测序方案中使用的许多方法对于标记蛋白质或将其分解为用于功能和结构分析的部分仍然是有价值的。...例如，蛋白质的氨基末端α-氨基可以用1-氟-2,4-二硝基苯(FDNB)、丹磺酰氯或丹磺酰氯进行标记(图3-25)。这些试剂也标记赖氨酸残基的ε-氨基。...标记氨基末端氨基酸残基的试剂的开发最终导致了一系列试剂的开发，这些试剂可以与蛋白质上许多位置的特定基团反应。...例如，Cys残基上的巯基可以用碘代乙酰胺、马来酰亚胺、苄基卤化物和溴甲基酮进行修饰（图3-27）。其他氨基酸残基可以通过与染料或其他分子连接的试剂进行修饰，以帮助蛋白质检测或功能研究。...用蛋白酶将蛋白质切割成更小的部分有许多应用，将在本书的后续章节中探讨。
每一个绿点代表一个连接产物和反应物的反应节点，删除了每个反应中的试剂。有红色标签的化合物是根节点。...同时，在反应网络中删去了试剂，使神经模型集中于评估逆合成设计策略，即目标分子是如何一步步分解成商业上可用的前体，而不是取决于特定转化过程中试剂选择的微小差异。...为了提高数据质量，本文使用了最先进的原子映射算法（RXNmapper），用于反应验证以及准确区分反应物和试剂。...3.结果 逆合成路线排序 本文尝试使用Tree-LSTM理解路线信息。第一个任务是根据路线的战略水平对其进行排名，这需要考虑路线设计的各个方面，比如路线设计的复杂性等。...4.结论 该工作实现了用Tree-LSTM神经网络结构来编码逆合成路线设计信息。为了方便了解化学家如何在实践中设计合成路线，作者从单步专利反应数据库中策划了一个逆合成路线数据库。
根据不同下游预测任务，作者将原始T5模型输出层修改为三种类型：1.在如反应正向预测、单步逆合成预测和反应试剂预测的翻译问题中，输入和输出序列共享词汇表，输出层（即分子生成头）和输入嵌入层共享权值并在整个词汇空间中产生概率分布...数据集 为了更好地与其他类似工作进行比较，作者使用其他工作中使用的四个开源数据集进行模型训练。此外，作者引入了一个新的反应数据集USPTO_500_MT，用于多任务处理。...相比于其他模型，T5Chem模型具有最高的准确度。 表3 正向反应预测结果[1] 任务3：单步逆合成预测 在单步逆合成预测任务中，作者使用和正向反应预测相同的模型架构。...图4 混合模型的测试结果[1] 对于第二组任务，即反应类型预测和产率预测，作者首先训练了一个单独的反应类型分类模型，后将T5Chem的输出分类层用反应产率预测的回归层替代，结果表明，该迁移学习模型在产量预测方面比直接训练获得了更好的性能...结果表明，使用多任务训练的T5Chem模型具有更强的鲁棒性，可以从相关任务的互相学习中受益。
在当前基于生成的方法中，一种流行的计算模式是先将分子用SMILES字符串表示，再使用Transformer等自然语言翻译模型来将反应预测建模成机器翻译的问题。...因此，一个化学反应通常也可以用多组不同的输入输出来表示，这作为深度模型的数据增强的一种手段而被许多模型所使用。...此外，作者还证明了R-SMILES相比于以往的SMILES表示，在复杂反应（如手性反应）上更加具有优势。...正向反应预测：作者在两种不同的实验设置“separated”和“mixed”下进行了实验。这两种实验设置的区别是是否在输入的反应物中区分出试剂。...文章最后作者也指出R-SMILES可以与当前已有的自动化原子映射工具如Indigo、RXNMapper等相结合，应用到没有原子映射的其他数据集上。
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