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NGS测序PCR重复序列判定方法

在NGS数据分析,去除PCR重复序列是一个常见分析步骤,无论是WES/WGSsnp calling,还是chip_seq, ATAC_seq,都需要对原始bam文件进行过滤,去除其中PCR重复序列...在samtools也提供了去除PCR重复命令markdup, 该命令对输入bam文件有以下两点要求 必须是经过samtools fixmate命令处理之后文件 必须是按照比对上染色体坐标位置排序之后文件...另外,由于fixmate命令要求输入bam文件为按照read name,即序列名称排序之后文件,所以在使用markdup命令时,需要以下4步转换过程 # 第一步,按照read name排序bam文件...2. picard MarkDuplicates picardMarkDuplicates命令称得上是使用最广泛去除PCR重复工具了,要求输入bam文件为按照比对位置排序之后文件,用法如下...input.bam # 第二步,运行markdup命令 sambamba markdup positionsort.bam markdup.bam 除了这三种方法之外,还有很多工具可以去除PCR重复序列

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使用VBA删除工作表多重复

标签:VBA 自Excel 2010发布以来,已经具备删除工作表重复功能,如下图1所示,即功能区“数据”选项卡“数据工具——删除重复值”。...图1 使用VBA,可以自动执行这样操作,删除工作表所有数据重复行,或者指定重复行。 下面的Excel VBA代码,用于删除特定工作表所有所有重复行。...如果只想删除指定(例如第1、2、3重复项,那么可以使用下面的代码: Sub DeDupeColSpecific() Cells.RemoveDuplicates Columns:=Array...(1, 2, 3), Header:=xlYes End Sub 可以修改代码中代表列数字,以删除你想要重复行。...注:本文学习整理自thesmallman.com,略有修改,供有兴趣朋友参考。

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何在keras添加自己优化器(adam等)

2、找到keras在tensorflow下根目录 需要特别注意是找到keras在tensorflow下根目录而不是找到keras根目录。...一般来说,完成tensorflow以及keras配置后即可在tensorflow目录下python目录中找到keras目录,以GPU为例keras在tensorflow下根目录为C:\ProgramData...找到optimizers.pyadam等优化器类并在后面添加自己优化器类 以本文来说,我在第718行添加如下代码 @tf_export('keras.optimizers.adamsss') class...# 传入优化器名称: 默认参数将被采用 model.compile(loss=’mean_squared_error’, optimizer=’sgd’) 以上这篇如何在keras添加自己优化器...(adam等)就是小编分享给大家全部内容了,希望能给大家一个参考。

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【Python】基于某些删除数据框重复

导入数据处理库 os.chdir('F:/微信公众号/Python/26.基于多组合删除数据框重复值') #把路径改为数据存放路径 name = pd.read_csv('name.csv...从结果知,参数keep=False,是把原数据copy一份,在copy数据框删除全部重复数据,并返回新数据框,不影响原始数据框name。...四、按照多去重 对多去重和一去重类似,只是原来根据一是否重复删重。现在要根据指定判断是否存在重复(顺序也要一致才算重复)删重。...原始数据只有第二行和最后一行存在重复,默认保留第一条,故删除最后一条得到新数据框。 想要根据更多数去重,可以在subset添加。...但是对于两中元素顺序相反数据框去重,drop_duplicates函数无能为力。 如需处理这种类型数据去重问题,参见本公众号文章【Python】基于多组合删除数据框重复值。 -end-

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何在 Pandas 创建一个空数据帧并向其附加行和

它类似于电子表格或SQL表或Rdata.frame。最常用熊猫对象是数据帧。大多数情况下,数据是从其他数据源(csv,excel,SQL等)导入到pandas数据帧。...在本教程,我们将学习如何创建一个空数据帧,以及如何在 Pandas 向其追加行和。...Pandas.Series 方法可用于从列表创建系列。值也可以作为列表传递,而无需使用 Series 方法。 例 1 在此示例,我们创建了一个空数据帧。...然后,通过将列名 ['Name', 'Age'] 传递给 DataFrame 构造函数 columns 参数,我们在数据帧创建 2 。...ignore_index参数设置为 True 以在追加行后重置数据帧索引。 然后,我们将 2 [“薪水”、“城市”] 附加到数据帧。“薪水”值作为系列传递。序列索引设置为数据帧索引。

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何在Oozie创建有依赖WorkFlow

,单个WorkFlow可以添加多个模块依赖,使各个模块之间在WorkFlow内产生依赖关系,如果对于一个WorkFlow被其它多个WorkFlow依赖(:AWorkFlow执行成功后,BWorkFlow...和CWorkFlow依赖AWorkFlow执行结果),这时不可能将AWorkFLow作为BWorkFlow和CWorkFlow一个处理模块来,这样会重复执行AWorkFlow,可能会导致输入BWorkFlow...3.创建测试WorkFlow ---- 这里创建Shell类型Oozie工作流就不再详细说明,可以参考Fayson前面的文章《Hue中使用Oozie创建Shell工作流在脚本中切换不同用户》中有介绍如何创建一个...4.创建Coordinator ---- 在Hue创建OozieCoordinator即对应Hue功能为Scheduler ?...Coordinator方式来是实现工作流之间依赖关系,可以避免被依赖WorkFlow工作流被重复执行。

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【Python】基于多组合删除数据框重复

最近公司在做关联图谱项目,想挖掘团伙犯罪。在准备关系数据时需要根据两组合删除数据框重复值,两中元素顺序可能是相反。...本文介绍一句语句解决多组合删除数据框重复问题。 一、举一个小例子 在Python中有一个包含3数据框,希望根据name1和name2组合(在两行顺序不一样)消除重复项。...import numpy as np #导入数据处理库 os.chdir('F:/微信公众号/Python/26.基于多组合删除数据框重复值') #把路径改为数据存放路径 df =...由于原始数据是从hive sql跑出来,表示商户号之间关系数据,merchant_r和merchant_l存在组合重复现象。现希望根据这两组合消除重复项。...从上图可以看出用set替换frozense会报不可哈希错误。 三、把代码推广到多 解决多组合删除数据框重复问题,只要把代码取两代码变成多即可。

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何在 Linux 创建带有特殊字符文件?

在 Linux 系统创建文件是进行各种操作基础。有时候,我们需要创建带有特殊字符文件,例如包含空格、特殊符号或非ASCII字符文件。...本文将详细介绍在 Linux 如何创建带有特殊字符文件,以便您能够轻松地完成这样任务。...以下是一些常见特殊字符和相应转义序列示例:空格:\换行符:\n制表符:\t反斜杠:\\单引号:\'双引号:\"例如,要创建一个名为 my file.txt 文件,可以使用以下命令:touch my...步骤二:使用引号创建文件另一种创建带有特殊字符文件方法是使用引号。在 Linux ,可以使用单引号(')或双引号(")将带有特殊字符文件名括起来。...结论通过本文指导,您已学会在 Linux 创建带有特殊字符文件。

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【说站】excel筛选两数据重复数据并排序

“条件格式”这个功能来筛选对比两数据中心重复值,并将两数据相同、重复数据按规则进行排序方便选择,甚至是删除。...比如上图F、G两数据,我们肉眼观察的话两数据有好几个相同数据,如果要将这两数据重复数据筛选出来的话,我们可以进行如下操作: 第一步、选择重复值 1、将这两数据选中,用鼠标框选即可; 2...,我这里按照默认设置); 4、上一步设置完,点击确定,我们可以看到我们数据变成如下图所示: 红色显示部分就表示两数据重复几个数据。...第二步、将重复值进行排序 经过上面的步骤,我们将两数据重复值选出来了,但数据排列顺序有点乱,我们可以做如下设置: 1、选中F,然后点击菜单栏“排序”》“自定义排序”,选择“以当前选定区域排序”...2、选中G,做上述同样排序设置,最后排序好结果如下图: 经过上面的几个步骤,我们可以看到本来杂乱无章数据现在就一目了然了,两数据重复数据进行了颜色区分排列到了上面,不相同数据也按照一定顺序进行了排列

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何在 Linux 创建带有特殊字符文件?

在 Linux 系统创建文件是进行各种操作基础。有时候,我们需要创建带有特殊字符文件,例如包含空格、特殊符号或非ASCII字符文件。...本文将详细介绍在 Linux 如何创建带有特殊字符文件,以便您能够轻松地完成这样任务。...以下是一些常见特殊字符和相应转义序列示例:空格:\换行符:\n制表符:\t反斜杠:\\单引号:\'双引号:\"例如,要创建一个名为 my file.txt 文件,可以使用以下命令:touch my...步骤二:使用引号创建文件另一种创建带有特殊字符文件方法是使用引号。在 Linux ,可以使用单引号(')或双引号(")将带有特殊字符文件名括起来。...结论通过本文指导,您已学会在 Linux 创建带有特殊字符文件。

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何在Android避免创建不必要对象

在编程开发,内存占用是我们经常要面对现实,通常内存调优方向就是尽量减少内存占用。这其中避免创建不必要对象是一项重要方面。...因此在我们编程时,需要注意到这一点,正确地声明变量类型,避免因为自动装箱引起性能问题。 另外,当将原始数据类型值加入集合时,也会发生自动装箱,所以这个过程也是有对象创建。...关于Java自动装箱与拆箱,参考文章Java自动装箱与拆箱 谨慎选用容器 Java和Android提供了很多编辑容器集合来组织对象。...不要过多创建线程 在android,我们应该尽量避免在主线程执行耗时操作,因而需要使用其他线程。...想要深入了解注解,可以阅读详解Java注解 选用对象池 在Android中有很多池概念,线程池,连接池。包括我们很长用Handler.Message就是使用了池技术。

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Power BI: 使用计算创建关系循环依赖问题

文章背景: 在表缺少主键无法直接创建关系,或者需要借助复杂计算才能创建主键情况下,可以利用计算来设置关系。在基于计算创建关系时,循环依赖经常发生。...当试图在新创建PriceRangeKey基础上建立PriceRanges表和Sales表之间关系时,将由于循环依赖关系而导致错误。...由于两个依赖关系没有形成闭环,所以循环依赖消失了,可以创建关系。 3 避免空行依赖 创建可能用于设置关系计算时,都需要注意以下细节: 使用DISTINCT 代替VALUES。...延伸阅读: (1)规范化与非规范化 规范化这一术语用于描述以减少重复数据方式存储数据。...假设有一个产品表具有一个唯一密钥值产品密钥)和描述产品特征(包括产品名称、类别、颜色和尺寸)其他。当销售表仅存储密钥(产品密钥)时,该表被视为是规范化

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何在Hue创建SshOozie工作流

1.文档编写目的 ---- 前面Fayson讲过《如何使用Hue创建Spark1和Spark2Oozie工作流》和《如何使用Hue创建Spark2Oozie工作流(补充)》,在创建Oozie工作流时会遇到需要登录到其它服务器上去执行脚本或命令...本文主要介绍如何创建Ssh ActionOozie工作流。...4.创建OozieSsh Action测试 ---- 1.登录Hue创建Oozie工作流 [s9iqjjcfpw.jpeg] [0lor6usecc.jpeg] 输入ssh登录信息及执行指令或脚本...5.总结 ---- 在非Kerberos环境集群,ssh actions会以oozie用户执行,因为oozie服务进程是以oozie用户起。...在CDH集群oozie用户默认是不能登录,如果需要通过su切换到oozie用户,则需要使用root用户在/etc/pam.d/su文件增加如下配置: auth [success=ignore

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问与答63: 如何获取一数据重复次数最多数据?

学习Excel技术,关注微信公众号: excelperfect Q:如下图1所示,在工作表列A中有很多数据(为方便表述,示例只放置了9个数据),这些数据中有很多重复数据,我想得到重复次数最多数据是那个...,示例可以看出是“完美Excel”重复次数最多,如何获得这个数据?...在上面的公式: MATCH($A$1:$A$9,$A$1:$A$9,0) 在单元格区域A1:A9依次分别查找A1至A9单元格数据,得到这些数据第1次出现时所在行号,从而形成一个由该区域所有数据第一次出现行号组组成数字数组...MODE函数从上面的数组得到出现最多1个数字,也就是重复次数最多数据在单元格区域所在行。将这个数字作为INDEX函数参数,得到想应数据值。...如果将单元格区域命名为MyRange,那么上述数组公式可写为: =INDEX(MyRange,MODE(MATCH(MyRange,MyRange,0))) 但是,如果单元格区域中有几个数据重复次数相同且都出现次数最多

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何在50行以下Python代码创建Web爬虫

有兴趣了解Google,Bing或Yahoo工作方式吗?想知道抓取网络需要什么,以及简单网络抓取工具是什么样?在不到50行Python(版本3)代码,这是一个简单Web爬虫!...我们先来谈谈网络爬虫目的是什么。维基百科页面所述,网络爬虫是一种以有条不紊方式浏览万维网以收集信息程序。网络爬虫收集哪些信息?...如果在页面上文本找不到该单词,则机器人将获取其集合下一个链接并重复该过程,再次收集下一页上文本和链接集。...一次又一次地重复这个过程,直到机器人找到了这个单词或者已经进入了你在spider()函数输入限制。 这是谷歌工作方式吗? 有点。...索引意味着您解析(浏览和分析)网页内容并创建一个易于访问且可快速检索 *大型集合(思考数据库或表)信息。

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DevExpress控件gridcontrol表格控件,如何在属性设置某一显示为图片(图片按钮)

DevExpress控件gridcontrol表格控件,如何在属性设置某一显示为图片(图片按钮)?效果如下图: ? 通过属性设置,而不用写代码。...由于此控件属性太多了,就连设置背景图片属性都有好几个地方可以设置。本人最近要移植别人开发项目,找了好久才发现这个属性位置。之前一直达不到这种效果。...然后点击Columns添加,点击所添加再按照如下步骤设置属性: 在属性中找到ColumnEdit,把ColumnEditTextEditStyle属性设置为HideTextEditor;  展开...ColumnEdit,把ColumnEditButtons展开,将其Kind属性设置为Glyph; 找到其中Buttons,展开,找到其中0-Glyph,展开,找到其中ImageOptions...注:本人用控件是17.2.7版本,其他版本不知道是否一样,仅作参考。

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【译】如何在 Node.js 创建安全 GraphQL API

原文地址:How to Create a Secure Node.js GraphQL API 作者:Marcos 本文目的是提供一份快速指南 -- 《如何快速在如何在 Node.js 创建安全...实际上,在这些场景,你都会发现有些 API 你并不需要详细了解它。比如,你不需要知道他们是如何构建,也不需要在自己系统中使用和它们一样技术。...初始化项目 我们先创建一个名为 node-graphql 文件夹。然后我们打开一个终端或者 git 控制台,并使用 npm init 来初始化。...下一步是配置 TypeScript 编译模式,我们在项目根目录下创建一个 tsconfig.json,并输入以下内容: { "compilerOptions": { "target": "...; 创建模块 (Module) 基本方法; 测试我们 GraphQL API; 为了将内容侧重于开发使用,本文忽略了开发中一些重要内容,简单总结如下: 新增内容时需要校验 对服务错误进行正确处理

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何在 SAP 电商云 Spartacus UI 创建页面

Spartacus 页面基于使用相关 API 从 SAP Commerce 后端获取 CMS 页面。来自 SAP Commerce 端数据定义了元数据, url、标题等,以及页面的结构。...创建这些实例 Impex 始终具有相同结构,并且可以重复用于创建 CMS 页面。只需根据您需要修改内容。它也可以在后台手动完成,但我建议使用 impex 并将其导入 HAC。...在此用例,不需要本文第二步。 第一步,创建所有必需 CMS 实例,我们从 Commerce 端获取具有结构页面。...在第二步,我们定义 Spartacus 端哪个组件是 CMS 组件对应部分。 这很简单,可以通过配置来完成。只需创建一个新组件并将此配置添加到模块文件即可。...将此添加到配置后,组件内容将显示在新创建页面上。 SAP 电商云中目录同步机制 我们知道在 Hybris ,一个目录可以有一个目录版本(catalog version )列表。

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