这两天看用vcf文件做单倍型网络的内容，找到了一篇plos one上的论文 论文题目是 A workflow with R: Phylogenetic analyses and visualizations...using mitochondrial cytochrome b gene sequences image.png 论文提供了完整的R语言代码和示例数据 里面一小部分内容是关于进化树的可视化展示并且关联多序列比对的结果的...记录下这个代码 我自己的数据是vcf文件，论文中提供的fasta格式的文件 读取vcf文件 library(vcfR) vcf.example<-read.vcfR("popgenome/KiwifruitPathogenFiltered.recode.vcf...序列内容 这里使用到的是msa这个R包 首先是安装 BiocManager::install("msa") library(msa) help(package="msa") 可视化展示 ggtree...这个包是第一次接触，还没有学会其中函数的用法，先知道有这个功能，等到用到的时候再来学习吧
我没有在论文中找到对应的图，只是github的链接里有数据和代码 论文中国提供的代码 library(stringr) library(seqinr) library(msa) library(Biostrings...# plot alignment msa::msaPrettyPrint( ali, askForOverwrite=FALSE, shadingMode = "functional...msa这个R包 读取多序列比对的数据使用的是Biostrings这个R包 上面的代码是写了一个简单的循环，做了四个数据的图，我试着做其中一个图，但是遇到了报错 Error in texi2dvi(texfile...R语言里做多序列比对的图还有更好的选择使用 ggmsa 这个R包 安装 devtools::install_github("YuLab-SMU/ggmsa") 这里R语言必须是4.1以上的 输入数据是比对好的...fasta文件的路径 作图代码 library(ggmsa) fai<-"data/20220620/archaeal_Ntails/tails_archaea-sub-MXKK.g.fasta" pdf
安装R包 rm(list=ls()) options(stringsAsFactors = F) # BiocManager::install("msa") suppressMessages(library...://www.uniprot.org/uniprot/P38398.fasta R中继续操作 官方文档在： https://bioconductor.org/packages/release/bioc/...vignettes/msa/inst/doc/msa.pdf # 读取序列 hg <- readAAStringSet('P38398.fasta') mm <- readAAStringSet('P48754....fasta') # 结果保存为AAStringSet对象。...，但又随机挑选了一个502位点，发现了错误： 正确的应该是：ST，但我得到的是：SR ?
通过中心法则不难看出，如果把DNA比喻为进行工业生产的设计蓝图，那么蛋白质就像实现这个蓝图的工具，所以说蛋白质是一切生命活动的基础，它几乎参与了所有的生物学过程，如遗传、发育、繁殖等等。...在2020年的CASP 14上，谷歌DeepMind团队的AlphaFold2以惊人的92.4分登顶第一[1]，这一结果也被认为是基本解决了“困扰了生物学家50年”的问题，获得重大突破。...92.4分，指的是对竞赛目标蛋白的预测精度GDT_TS分数达到92.4，一般认为该分数超过90分，基本可以替代实验方式啦，这也意味着AlphaFold2预测的结果与实验得到的蛋白质结构基本一致。...另外，（基于飞桨框架的AF2还依赖于两个只能通过conda安装的 工具包：openmm==7.5.1和 pdbfixer。...运行基于飞桨框架的AF2进行推理 要使用DeepMind已经训练好的参数对一个序列或多个序列进行推理，运行例如: fasta_file="target.fasta" # path to the target
使用到的R包 doubletrouble，这个R包 对应的论文 Doubletrouble: Identification and Classification of Duplicated Genes...https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.27.582236v1.abstract 可以用来鉴定基因组中的重复基因 这个论文里还提到一个R包syntenet...还提到一个R包 MSA2dist 主要是读取处理DNA和蛋白序列 帮助文档 https://bioconductor.org/packages/3.18/bioc/vignettes/MSA2dist.../inst/doc/MSA2dist.html 今天推文的主要内容是已经有cds序列，计算kaks值。...abacus-gene/paml-tutorial/tree/main 第一步是读取cds序列 dna<-Biostrings::readDNAStringSet("data1_unaln.fasta
大家应该很熟悉多序列比对的工具，比如Clustal X系列，MEGA等。今天给大家介绍一个在R语言实现多序列比对可视化的R包ggmsa。...首先我们看下所需要的包： BiocManager::install("treeio") BiocManager::install("Biostrings") BiocManager::install(...其中的参数，我们不做赘述，其实都很明显了我们直接进入实战： sequences <-system.file("extdata", "sample.fasta", package ="ggmsa") ggmsa...(x, 164, 213) p + geom_facet(geom = geom_msa, data =data, panel = 'msa', font = NULL, color= "Chemistry_AA...最后我们看下和基因logo结合的MSA绘图： f <- system.file("extdata","LeaderRepeat_All.fa", package = "ggmsa") s <- readDNAStringSet
软件的基本用法如下： clustalo -i seq.fasta > align.fa -i指定输入的序列文件，默认输出结果打印在屏幕上，可以重定向到指定文件中。...该软件支持多种格式的输出 fasta clustal msf phylip selex stockholm vienna 默认输出格式为fasta, 可以通过--outfmt参数指定输出文件的格式。...如果不习惯命令行的操作方式，也有在线服务可以使用。EBI提供的在线服务网址如下 https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ ?...在输出结果中，还提供了颜色标记，进化树可视化等功能。 ? 通过Mview可视化多序列比对结果，示意如下 ? 也支持导出到Jalview软件中进行可视化。...通过Phylogenetic Tree可以查看进化树的结果，默认采用NJ法建树，示意如下 ?
TCR的TRA,TRB,TRD,TRG 人类IGH的fasta文件下载 首先IGH是BCR的一种，有V，D，J基因，其fasta文件如下： mkdir ~/biosoft/igblast/imgt cd...简单统计是： IGHD.fasta:44，37 IGHJ.fasta:13，6 IGHV.fasta:402，106 http://www.imgt.org/IMGTrepertoire/LocusGenes...IGHV序列比对结果 可以看到，它们不同序列的差异很微弱，都集中在开头的几个碱基，其中IGHJ6跟另外的5类差异最大。 大家觉得该如何可视化上面的结果呢？...library(Biostrings) library(msa) library(ggtree) library(seqinr) mySequences <- readDNAStringSet('IGHJ.fasta...') mySequences myAlignment <- msa(mySequences) 欢迎邮件交流你的可视化想法，发到我的邮箱 jmzeng1314@163.com 比如我这里可以使用msaR包
由于我们的微服务代码是基于Spring Boot开发的，那么问题就转换为如何在Spring Boot应用程序中输出相应的日志。...这样一来，我们最终要解决的问题就非常清楚了，那就是如何在Spring Boot中添加日志框架。...表示应用程序的指定包（demo.msa是包名）。...以上配置可以理解为，整个应用程序的日志输出到ERROR级别，除了demo.msa包中的日志输出到DEBUG级别。这是一种“先禁止所有，再允许个别”的配置方法，这种配置方法在很多技术中都应用过。...在loggers中，我们先后添加了两段配置，第一段的root表示将所有包中的日志输出到ERROR级别，第二段的logger表示将指定包demo.msa中的日志输出到DEBUG级别。
=0 genomeSize=4.8m -pacbio-raw pacbio.fastq.gz 输出结果 canu.contigs.fasta 组装结果 canu.unassembled.fasta 没有被用于组装的...circlator_outdir --verbose将软件运行的过程信息输出到屏幕上 canu_outdir/canu.contigs.fasta canu组装结果的路径 canu_outdir/canu.correctedReads.fasta.gz...canu矫正后的reads的路径 circlator_outdir输出结果存放路径 运行结果 ?...(这句话的意思还没有太理解) samtools提取没有比对到参考基因组的reads samtools index aln.bam samtools fastq -f 4 -l unmapped.R1.fastq...-2 unmapped.R2.fastq -s unmapped.RS.fastq aln.bam fastq bam转换为fastq -f 4输出没有比对上的reads -1 -2 -s单个没有比对上的
基因的从头预测方法依据人们对已知基因结构特征的认识，如启动子区的TATA box、密码子偏好性等，采用统计学方法，如隐马尔可夫模型、决策树方法、神经网络分析法等，对基因组作基因预测。...如果没有合适的矩阵模型，需要使用该物种或近缘物种的编码序列与非编码序列利用软件包里的mkmat命令创建一个新矩阵，要么使用一个近缘物种的矩阵。...必需参数： -m 物种矩阵模型，可以是宏基因组，一般为自带的MetaGeneMark_v1.mod 选项参数： -o 输出结果文件的文件名全名，默认为fasta文件名加.lst -f 输出结果格式...，可选L（LST）和G（GFF），默认为L -a 输出预测基因的蛋白质序列（默认输出到总结果文件） -d 输出预测基因的核酸序列（默认输出到总结果文件） -A 预测基因蛋白质序列单独输出到文件的文件名...序列的一个最佳预测 -r 确定是否使用核糖体绑定位点（RBS）模型来预测基因的开始。
作为PRGdb背后植物抗性基因的自动标注和预测工具，DRAGO3的准确性和灵敏度都得到了提高，预测结果更加的可靠。...使用hmmsearch(hmmer工具;http://hmmer.org/)对比最初的FASTA文件，以测试它们是否确实对抗性域预测有用。...从每个抗性等级的MSA中提取最保守的区域构建209个HMMs。...在这些研究中，不同的植物物种受到各种病原体的挑战，如细菌、真菌、昆虫和病毒。水稻、小麦、葡萄和拟南芥的DEGs列表从著作中检索。...除这之外新的数据库还进行了新注释，随着三个新的抗性类别LYK, LECRK和LYP的加入，PRGdb 4.0包括了植物中七个典型的抗性蛋白类别，并且能够预测超出这些已建立的类别的结构域组合。
今年，Plotly 正在利用 Dash Bio 重建其对生命科学的承诺 - Dash Bio 是一个用于在Python 中构建生物信息学和药物开发应用程序的开源工具包。...您还可以突出显示单个原子（如蛋白质的活性位点）。...可视化FASTA数据 有许多非常好的、交互式的多序列比对（MSA）工具。...下面的 Dash 应用程序从 Python 中读取 FASTA 文件中的序列数据，然后使用 Dash MSA 查看器绘制数据。...可视化微阵列结果 集群图是具有树形图的热图，其可视化分层数据聚类。它们通常与微阵列数据一起使用。Dash Clustergram 响应单击、悬停和缩放事件。
Colab是谷歌免费提供的一个计算环境，一个类似于JupyterLab的环境。用户可以在上面下载软件包、各种库，运行自己的代码。...填写蛋白质序列，进行multiple sequence alignment（MSA）。 用AlphaFold预测蛋白质3D结构。（五个模型） 观察预测结果，下载预测结构。...首先填写想要折叠的蛋白质序列，如果您在测试它的精准性，可以从PBD网站下载fasta文件，把序列粘贴到sequence这一行。...要留意pipine的最新进展。 AlphaFold官方版本需要下载2TB左右的蛋白质数据库，这个数据库是用来进行MSA计算的。我们也可采用其他的在线MSA运算。...如果没有MSA计算，AlphaFold的预测结果很差。AlphaFold更像一个同源建模的辅助程序，它能做到的事同源建模也许能实现。
python io https://docs.python.org/3/library/io.html io.StringIO 主要作用 python subprocess 调用blastn，blastn输出结果不保存到文件里...，而是输出到屏幕，输出到屏幕的内容需要用io.StringIO转化一下才能被NCBIXML解析 https://janakiev.com/blog/python-shell-commands/ 这个链接主要介绍的是...python subprocess 调用blastn，blastn输出结果不保存到文件里，而是输出到屏幕 ，然后如何将输出到屏幕的内容保存到一个python 对象里 https://stackabuse.com.../the-python-tempfile-module/ 这个链接主要介绍了如何生成临时文件（用于存储用户上传的fasta文件） https://stackoverflow.com/questions/...tmp.name) # tmp.write(bytes(abc,'utf-8')) # tmp.seek(0) # with open(tmp.name,'r'
包的方法，大家无需下载几十个bioconductor包，然后自己一个个提取基因信息，我全部为大家做好啦，也就是 idmap1 这个目前host在GitHub的R包： https://github.com...信息被我下载整理成为了不到40M的R包。...它们的6G多的soft信息被我下载整理成为了不到40M的R包。...一个R考核题-多个芯片平台的探针序列输出到fasta文件 前面我们不是提到过，这些芯片有的其实是提供fasta序列了的。...） 根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的 差异分析得到的结果注释一文就够
包加载 我们可以使用 rGREAT 包中提供的 GREAT Bioconductor 接口。 library(rGREAT) 2....在这里，我们检索包含 2 个独立数据库结果的“Regulatory Motifs”基因集的结果表。...在这里，我们将使用在线提供的 MEME-ChIP 套件来识别新的基序。 MEME-ChIP 需要一个包含峰下序列的 FASTA 文件作为输入，因此我们使用 BSgenome 包提取它。 3.2....FIMO to R 幸运的是，我们可以将 motif 的 GFF 文件解析为 R 并使用 rtracklayer 包中的导入函数解决这个问题。...获取有效 GFF3 我们可以给序列一些更合理的名称并将 GFF 导出到文件以在 IGV 中可视化。
我们知道在R里面颠倒一个向量用rev函数，但是这个函数貌似对字符串不起作用。 那么今天小编就来跟大家一起掰次掰次如何在R里面reverse一个字符串。那么颠倒一个字符串究竟有什么用呢？...使用R内置的utf8ToInt函数将字符串转换成一个整数的数值向量，rev之后再转换成字符串 start <- proc.time() final_result <- intToUtf8(rev(utf8ToInt...使用Biostrings包 我们前面在讲☞R如何将fasta转成dataframe的时候就使用过Biostrings这个R包。...，方法3使用stringi包的速度最快。...参考资料： ☞R如何将fasta转成dataframe
工欲善其事必先利其器 1FASTX-Toolkit FASTX-Toolkit 最初是由 Hannon Lab 开发的一个为处理高通量测序数据（尤其是从 Illumina 测序平台获得的数据）设计的软件包...这个工具包包含了一系列命令行工具，用于对 FASTA 和 FASTQ 文件进行预处理操作，如质量控制、数据过滤、数据转换等。...数据质量控制：提供质量评估工具，如质量分数箱形图和核苷酸分布图，帮助用户评估测序数据的质量，从而做出合理的数据过滤决策。...fastq_to_fasta -r -i sample.fastq -o sample.fasta 序列质量统计 ## 基本用法（输出旧的格式） fastx_quality_stats -i example.fastq...转换核苷酸 # 所有 T 转换为 U fasta_nucleotide_changer -r -i dna_sequences.fasta -o rna_sequences.fasta #所有 U 转换回
alphafold2的安装方法有两种： docker安装版本 通过conda安装不用docker版本 今天我们主要介绍的是第二种， AlphaFold Non-Docker setup 首先第一步...-f Path to a FASTA file containing sequence....Optional Parameters: -g Enable NVIDIA runtime to run with GPUs (default: true) -r...monomer model with pTM head, or multimer model (default: 'monomer') -c Choose preset MSA...-t 2022-05-14 -c reduced_dbs -l 1 -r false 上面这条指令就是我在服务器上使用的指令 最后程序运行的结果就是这个文件夹输出的内容
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