大家应该很熟悉多序列比对的工具,比如Clustal X系列,MEGA等。今天给大家介绍一个在R语言实现多序列比对可视化的R包ggmsa。...首先我们看下所需要的包:
BiocManager::install("treeio")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install(...其中的参数,我们不做赘述,其实都很明显了我们直接进入实战:
sequences <-system.file("extdata", "sample.fasta", package ="ggmsa")
ggmsa...(x, 164, 213)
p + geom_facet(geom = geom_msa, data =data, panel = 'msa', font = NULL, color= "Chemistry_AA...最后我们看下和基因logo结合的MSA绘图:
f <- system.file("extdata","LeaderRepeat_All.fa", package = "ggmsa")
s <- readDNAStringSet