Rmarkdown作为一种将R等编程语言和Markdown的简洁语法结合在一起的增强版Markdown语法，其在报告输出、数据分析、沟通交流中的易用性和便利性已得到了足够的体现。...Rmarkdown的一个重要特点就是可以在普通Markdown语法之上内嵌R等语言代码，并可以格式化输出和展示代码的结果，如展示图表等。...似乎是谢益辉(https://yihui.org/)的rticles包出现了bug，所以更确切的说，本文是展示如何在Rstudio中使用rticles包的CTex模板完成中文pdf报告的渲染。...中文pdf渲染 在Rstudio中，File -> New File -> R Markdown，打开Rmarkdown新建对话框。使用从模板新建，创建CTex模板文件。...RMarkdown渲染成pdf是先渲染成LaTeX，然后再转成pdf的，所以上面的准备工具中也可以看到需要安装一种LaTeX编译环境，此处是使用益辉大佬的tinytex包自动安装的当前系统可用的tinytex
不需要RStudio，但建议使用RStudio，因为它可使普通用户更轻松地使用R Markdown。...接下来，Rstudio中安装rmarkdown软件包，可以通过下面任意一种方式： # Install from CRAN install.packages('rmarkdown') # Or if you...rmd主要包含 1）YAML YAML是Rmarkdown的头部文件(上图1位置)，YAML定义了rmarkdwon的性质，比如title、author、date、指定output文件类型等。...命令行导出 命令行导出主要依靠rmarkdown::render实现，render函数主要包含如下几个参数： input指定需要导出的rmarkdwon文件地址 output_format指定需要导出的文件类型...若未指定output_format格式，则输出rmarkdown文件中output指定的格式类型。 rmarkdown::render("test.Rmd") ? 命令行导出 4.
创建完新文档后，我们将xaringan-themer.css文件添加到xaringan幻灯片的YAML中。...建立在showtext[5]包的基础上，旨在与Google字体无缝协作。 还提供了颜色和填充比例，用于根据幻灯片中使用的原色匹配顺序的颜色比例。有关更多详细信息，请参见？...使用Tab键 在RStudio中打开该模板 你也可以跳过上述内容，仅从RStudio中的“新建Rmarkdwon文档”菜单创建一个“Ninja Themed Presentation”。 ?...你可以根据以下，选择自己想要的主题，在yaml之后加入以下代码，就会得到相应的模板了！...我在这没有做过多的解释，大家自行学习哦！ 如果想自定义主题也可以看这篇教程[7]哦！ 在Rmarkdown中你也可以加入表情哦！
rmd主要包含 1）YAML：是Rmarkdown的头部文件(上图1位置)，YAML定义了rmarkdwon的性质，比如title、author、date、指定output文件类型等。...默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。...全局设置 若markdown内的代码块存在一样的参数设置，则可以提前设计好全局的代码块参数。...out.width和out.height选项指定在输出中实际显示的宽和高，如果使用如"90%"这样的百分数单位则可以自动适应输出的大小。...一种解决方案是使用LaTeX软件包清单，可以通过Pandoc参数--listings启用它。
第二套框架便是使用rmarkdown+flexdashboard+可视化组间（各种图形语法以及表格、文本信息等），rmarkdown是基于通用markdwon语法深度扩展的R语言markdown实现，在保留通用标记语法的基础上扩展了相当多的应用场景...rmarkdown的语法更加简洁、直观、低门槛，与shiny比起来学习门槛要小很多，两者的区别除了表面的差异之外，rmarkdown是基于yaml+knitr来渲染的，应该没有后台服务支持，输出是一次性的...其中yaml的头文件中vertical_layout参数用于控制整个图标布局的行列布局规则，vertical_layout: fill效果为自动按列布局。...Tabular Data —— 表格 表格输出一般有两种情况，仅输出原生表格或者使用shiny中的renderTable函数封装动态更新的表格。...一下是一篇不错的rmarkdown通用语法标记及其配置参数的心得总结： https://www.cnblogs.com/nxld/p/6074412.html
★借助于R的knitr和rmarkdown扩展包的帮助， 可以在Markdown格式的源文件中插入R代码， 使得R代码的结果能够自动插入到最后生成的研究报告中。”...--- 输出之后是这个亚子的： 头部分格式为yaml： - #减号表并列 # #井号表注释 | #竖线表整块数据 这里我们不必细究yaml 的具体语法，通常的开头部分都是包括title, author...日期 这里先提一下Rmd 的行内代码特性，行内代码的结果插入到一个段落中间， 代码以r`开头，以```结尾， 如r sin(pi/2)``在结果中会显示为1。...，如3 表示只会显示到 ### 对应的标题。...rmarkdown::render()命令编译有重要差别： 用Knit图标编译，Rmd文件中的程序会在一个崭新的会话中执行， 当前会话中已经定义的函数、变量、导入的扩展包不会影响到编译结果； 用rmarkdown
猫头虎 分享：如何在服务器中Ping特定的端口号？ 网络调试的实用技巧，学会这些工具，你将成为运维与开发中的“Ping”王！...在日常开发和运维中，我们经常需要检查目标主机上的某个端口是否开启，并确定网络连通性。...使用 Telnet Ping 端口 Telnet 是检查端口连通性的经典工具，虽然简单，但功能强大。...常见问题： 某些旧版本可能不支持 -z 参数，可以尝试升级。 3. 使用 nmap Ping 端口 Nmap 是一款专业的网络扫描工具，适合批量测试。...检查目标端口是否被防火墙阻止，或使用 nc 进一步确认。 Q2：Netcat 不支持 -z 参数？ 可能是旧版本，推荐升级或尝试 nmap。 Q3：Nmap 为什么扫描速度慢？
前言 在[[70-R茶话会15-你的编程菜鸟路上缺失的一课]] 和[[04-可重复工作执行简明指南（中）]] 我们都提过，Rmd 的参数化功能非常的实用。...这里还结合Rmd 的文中使用代码的功能，来聊聊如何自动化执行脚本。 参数化 在[[71-R分享01-Rmd新手入门指南]] 中我们提过Rmd 的头文件配置。...比如下面： params: group1: Stimulated group2: Ctrl s: sd sd 这个过程就相当于在R 中创建了一个名为params 的列表对象...，其包含三个向量对象： > params$group1 [1] "Stimulated" 当然你也可以在代码块通过列表赋值创建，只是没有yaml 头部定义使用的方便。...比如上例中yaml 头部创建的变量对象，就可以通过行内代码调用： 显示在输出结果中，就会输出group1,2 对应的值： 通过这样的参数化方法，我们可以直接对文档进行一次修改，甚至外部传递参数，实现更好的自动化处理
R Markdown文件(.Rmd)文件支持多种输出， 如网页(html_document)、MS Word(word_document)、PDF(pdf_document, 需要LaTeX编译器支持)...等， 还支持生成网页格式的幻灯片(slidy_presentation, ioslides_presentation)， 以及LaTeX beamer格式的PDF幻灯片(beamer_presentation...(GitHub Flavored Markdown) markdown_mmd (MultiMarkdown) markdown_phpextra (PHP Markdown extra) 此外还可以使用缝合之大法...不过，对于内容的输出图片来说，其结果会保存在一个文件夹中： 这时候有两个选择： 将图片上传到图床，并不在Rmd 中输出图片，这也是我一直使用的方法； 利用Mweb 的发布服务，将本地图床一键全部上传到云端...输出的方法 这些内容我们除了可以直接在yaml 头部文件中设置外，还可以使用命令render特别设置： render("1-example.Rmd", output_format = "word_document
介绍下其中的一些文件： index.Rmd 一本bookdown书， 一般都需要有一个index.Rmd文件， 这是最后生成的网站的主页的原始文件， 可以在这个文件中写一些书的说明， 并在开头的YAML...元数据部分进行有关设置， 如标题、作者、日期等。...类似于Rmarkdown中的yaml文件，你可以在此进行修改，李老师也给出模板内部参数详细解释[3]。本文针对初学者，所以不做过多解释，先会用就好。...），因为构建书籍中包含了各类Rmarkdown的语法，如果你不会使用可能会很头疼。...而在你实际使用过程中可能会遇到各类实际问题，建议大家多使用bing[5]（google[6]）英文搜索，找到自己想要的答案。当然之后还会出一些使用bookdown经验和技巧的总结。
简介 沟通文档系列第一期为：如何使用Rmarkdown制作Rbeamer。今天来介绍下另一种文档沟通形式：如何使用Rmarkdown制作私人定制版ppt！...使用教程 注意： 此输出格式仅在rmarkdown> = v1.9中可用，并且Pandoc至少需要v2.0.5。...你可以分别使用R中的packageVersion（'rmarkdown'）和rmarkdown :: pandoc_version（）检查rmarkdown软件包和Pandoc的版本。...你可以创建一个新的*.pptx文件模板，并用它作为参考文档(模板)。Pandoc将阅读模板中的样式，并将它们应用到从R Markdown创建的PowerPoint演示文稿中。...yaml文件如下： --- title: "庄闪闪的R语言手册" author: "庄闪闪" date: "`r Sys.Date()`" output: powerpoint_presentation
第一步 创建一个Rmarkdown文档模板，这样我们可以非常方便地在每次写新文章时生成YAML头信息。...-05 #>>>>>> new_rmd_post 函数 <<<<<<<<<< # 写好模板文档后，你可以用这个函数来创建Rmarkdown文档 # 参数说明： # post_name: 博文名...} 我把它保存为new_post.R，上述我进行了比较详细的注释，请在使用之前仔细阅读一下。 使用 我以现在以Rmarkdown写的这篇文章为例，简单讲一下使用。...细心的娃娃可以感觉到我单独创建_rmd目录并将其设为工作目录的好处：需要键入函数的参数非常少。...特别是你固定你自己的写法之后，你将两个函数中的目录路径默认参数全部对应上，再使用R的TAB键补全，运行命令简直秒秒钟，专心写文章就好啦。
，两三次手动的分析后，开始尝试使用snakemake搭建分析流程，以及发现配合RMarkdown可以自动化分析数据然后生成对应的分析报告。...这里使用snakemake 来实现一个ATAC-Seq的分析流程，同时采用Rmarkdown 来生成一个简单的分析报告。...config["genome"]， 在config.yaml中添加该参数 ## config/config.yaml genome: mm peak注释 peak注释，我们借助R里的包进行注释，创建文件...在config.yaml中添加一些注释使用的参数 OrgDb: org.Mm.eg.db txdb: TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene 差异peak寻找 差异peak.../envs/test.yaml"， 然后rule中运行的程序会自动激活conda环境，使用环境中的程序来运行。该分析流程中， 所需的软件都能通过conda 安装，包括R包。
默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。...全局设置 若markdown内的代码块存在一样的参数设置，则可以提前设计好全局的代码块参数。...out.width和out.height选项指定在输出中实际显示的宽和高，如果使用如"90%"这样的百分数单位则可以自动适应输出的大小。...pander包的pander函数 其pander()函数可以将多种R输出格式转换成knitr需要的表格形式。如 pander::pander(lmr) ?...，介绍rmarkdown中渲染表格的相关函数。
Bookdown 是个素颜版的 LaTeX，满足了 99% 的需求，而使用难度大概只有 LaTeX 的 1%，性价比极高。...优势： 完全开源，向收费说不 完全自定义，想干啥就干啥 静态网站，很容易部署到 Internet 支持 LaTeX，可以直接导出 tex 文档 导出排版好的 PDF 文档和 kindle 文档 写完后直接排序组合...而 RMarkdown 是建立在 Markdown 基础之上的一种语言，旨在方便将文本和代码混合在同一个文件中。 用途:Markdown 主要用于编写格式化文本，如网页、文章、文档等。...而 RMarkdown 可以执行嵌入的代码块，将结果动态渲染到文档中。这对于分析报告和可重复研究非常有用。 输出格式:Markdown 通常会被渲染为 HTML、PDF 等格式。...而 RMarkdown 主要由 R 生态圈中的工具支持，如 RStudio IDE。
(点击阅读原文，跳转博客，所有外链可点) 在Bookdown的官网，有很多免费的用bookdown写的R书籍，如Hadley Wickham等撰写的《R for Data Science》，Roger...下面分2步讲述，自己如何构建一个Bookdown书籍，第一部分是通过bookdown示例了解其基本功能和使用，第二部分是个人在使用过程中碰到的问题和解决方式。...另外章节的顺序也可在_bookdown.yml文件中通过rmd_files:["file1.Rmd", "file2.Rmd", ..]指定。...在第一个出现的Rmd文件中 (通常是index.Rmd)，可以定义Pandoc相关的YAML metadata, 比如标题、作者、日期等 (去掉#及其后的内容)。...配置产生输出文件的命令行参数。
Rmarkdown的主题格式 Rmarkdowm作为可复用报告的优秀工具，除了提供文档编辑、图表输出外，还有许多主题格式供使用者选择。...2 rmdformats包 之后的这几个包，内部都包含了挺多模板的，下面yaml文件只是其中一个，如果想尝试该包内部其他模板，请根据上述操作进行，选择好模板，编译之后看看是不是你想要的模板。...接下来我对部分相对不错的模板进行展示，你可以直接复制我的头部文件到.rmd格式中，或者打开模板窗口进行选择（操作在下面）。...方法一 --- title: "Rmarkdown入门教程" author: "庄闪闪的R语言手册" date: "2/18/2021" output: rmdformats::readthedown...方法二： 在你安装完该包之后你可以使用通过按钮新建该模版（其实他有很多类似的模板，我这里只展现了一种）： ?
这个文件的开始是YAML元数据部分, 进行全书的有关设置，包括标题、作者、日期及影响全书的一些选项等，放在三个减号组成的两行之间。然后写一些这本书的说明，如书的前言部分。...index.Rmd中YAML元数据部分的一个例子如下： title: "bookdown书稿模板" author: "汤银才" date: "2021-07-25" documentclass: book...一个是_bookdown.yml文件, 它存放与整本书的处理有关的YAML元数据。...我们也可以用其他浏览器(建议使用 Google chrome 浏览器)打开_book子目录中的index.html文件来查看gitbook格式的图书。...对于epub_book格式，如果成功编译，会在操作系统默认的ePub软件(如苹果电脑的book)中打开,并在_book子目录中找到这个ePub文件。
```{r xaringan-tile-view, echo=FALSE} xaringanExtra::use_tile_view() ``` 位置随意，建议放在yaml的后面吧。...事实上，你可以使用←和→键来撤消或重做您的图纸。 如果想将幻灯片与涂鸦一起保存，最好的方法是从浏览器中打印演示文稿。下面给出相应的gif操作： 4....面板 要定制面板的外观，可以使用直接在幻灯片的R块中调用style_panelset_tabs()。...小编其实还有其他需求：如何在写轮眼中加入video？如何加入背景音乐？暂时还没有去搜索方法，也不知道有没有。...Rmarkdown视频新增两节视频（写轮眼幻灯片制作）需要视频内的文档，可在公众号回复【rmarkdown】 ? ? R沟通｜Rmarkdown教程（4） ?
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