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Day4:R语言课程(向量和因子取子集)

但是,如果数据在文本文件中由不同的分隔符分隔,我们可以使用泛型read.table函数并将分隔符指定为函数中的参数。 基因组数据通常有一个metadata文件,其中包含有关数据集中每个样本的信息。...2.检查数据结构 R有很多基本函数可用于检查数据并对其进行汇总。以测试数据metadata为例。 输入变量名metadata,回车来查看数据框; 变量中包含样本信息。...使用关联的索引[ ]以执行以下操作: 仅显示C,D和F. 显示除X外的所有内容 以相反的顺序显示字母(F,L,X,D,C) ---- 选择使用带有逻辑运算符的索引 我们也可以使用带有逻辑运算符的索引。...---- 因子的relevel 我们已经简要地讨论了一些因子,但只有在实战之后,这种数据类型才会变得更加直观。稍微绕道而行,了解如何在一个因素中重新定义类别。...这体现在它们在str()中输出的方式以及在各个类别的编号在因子中的位置。 注意:当您需要将因子中的特定类别作为“基础”类别(即等于1的类别)时,需要重新调整。

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Stata与Python等效操作与调用

Stata 的数据格式以 .dta 为后缀,一份数据最基本的要素包括变量名( variable) 、变量标签 (variable label) 和观测值(observation) 。...如生成最大值、最小值、均值,或者是求和、平方和取对数等。在 Stata 中,最基本的是使用 replace 和 generate 命令,另外 egen 提供了大量的函数能便捷的处理数据。...在处理字符型变量时,Stata 中使用频率较高的是substr() 、subinstr(),以及用于正则表达式的regexm() 等函数, Stata 提供了丰富的字符串函数,熟悉它们的使用会让字符串清理事半功倍...长宽转换 与 merge 一样,在 Python 中 DataFrame 的 reshape 方式也有所不同,因为 Stata 的数据是“内存中唯一数据表”,而 DtataFrame 在 Python...2.2.3 交互式与脚本式的区别 不同于交互式,通过脚本执行的 Python 代码中所有对象在脚执行完之后不会保存,它们不会添加到 __main__ 的命名空间。

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    R语言实战.2

    与其他标准统计软件(如SAS、SPSS和Stata)中的数据集类似,数据框(data frame)是R中用于存储数据的一种结构:列表示变量,行表示观测。...在同一个数据框中可以存储不同类型(如数值型、字符型)的变量。数据框将是你用来存储数据集的主要数据结构。 因子(factor)是名义型变量或有序型变量。它们在R中被特殊地存储和处理。...即使在数据中Type1编码为1而Type2编码为2,这也并不意味着二者是有序的。有序型变量表示一种顺序关系,而非数量关系。...各水平的赋值将为1=Poor、2=Improved、3=Excellent。请保证指定的水平与数据中的真实值相匹配,因为任何在数据中出现而未在参数中列举的数据都将被设为缺失值。...注意到标签的顺序必须和水平相一致。在这个例子中,性别将被当成类别型变量,标签“Male”和“Female”将替代1和2在结果中输出,而且所有不是1或2的性别变量将被设为缺失值。

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    北大数据分析老鸟写给学弟们一封信

    在分析前期可以使用EXCEL进行数据清洗、数据结构调 整、复杂的新变量计算(包括逻辑计算);在后期呈现美观的图表时,它的制图制表功能更是无可取代的利器;但需要说明的是,EXCEL毕竟只是办公软件,它 的作用大多局限在对数据本身进行的操作...EXCEL适用于处理小样本数据,SPSS、 STATA、EVIEWS可以处理较大的样本;EXCEL、SPSS适合做数据清洗、新变量计算等分析前准备性工作,而STATA、EVIEWS在这方面 较差;制图制表用...因变量为分类变量,自变量全部为分类变量,进行交叉表分析和卡方检验; 因变量在某个闭区间内分布,并且有较多样本落在闭区间的边界上,使用Tobit模型; 因变量不唯一,如多产出问题,进行数据包络分析(DEA...关于拟合优度、变量选择原则及估计值绝对大小的意义 在人人的“数据分析”小站中,某同学提出这样一个问题:“多元回归分析中,怎么选择自变量和因变量,可以使R方达到80%以上?”...感谢丁延庆老师,感谢邵宜航老师,感谢所有给我以指导和帮助的师长与朋友。

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    简析STATA 的日志(log)功能

    图 5 日志 stataLog.log:文本内容 看到文件的内容包括头部,命令,和尾部,正如记录过程中, stata 主窗口的显示 一样。 2....这里创建、记录、和关闭的功能如之前的实例 1 的介绍。 如图 6 所示,在日志记录的过程中,可以通过日志功能键实现暂停( suspend)记录。...所有主要的日志功能不再赘述,本例的重心在介绍SMCL。 日志格式*.smcl 可以在 STATA 的运行环境中打开察看,如图 9 所示。...进一步地,图 10 显示在 STATA 中打开看到的日志内容。 ? 图 9 日志 stataSMCL.smcl: stata 中打开 ?...图 10 日志 stataSMCL.smcl: stata 中查看( view)内容 此外,图 11 显示了 SMCL 格式的日志文件在纯文本编辑器(如 notepad)中显示的内容。 ?

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    SAS,Stata,HLM,R,SPSS和Mplus分层线性模型HLM分析学生受欢迎程度数据|附代码数据

    Stata结果 HLM结果 SPSS结果 Mplus结果  这次我们在WITHIN语句中包括一个潜在的斜率变量,以将Extrav指定为随机因子,该变量告诉Mplus不要在数据集中寻找“ randoms1...但是,该输出中的所有估计均与其他程序不同,因此我们选择使用非结构化协方差矩阵规范报告输出。我们不确定这是否是在Stata中运行此类模型的常见问题,但重要的是要意识到它会发生。...汇总 对于方差非常接近零的随机效应,六个程序以不同的方式处理估计值。SAS和Stata无法报告随机效应的标准误差或p值,而其他变量的估计值和标准误差均具有相当大的差异。...Stata结果 ** **  与以前的模型一样,我们收到一个错误,告诉我们Stata无法计算方差分量的标准误差。但是,这些估计值与其他程序的估计值大致相同。...这并不是说不应该将它们用于这种类型的分析,但是在向具有非结构化协方差矩阵的模型中添加更复杂的参数时,应谨慎使用。 与以前的模型一样,SAS,HLM和R的结果相对接近相等,而Mplus的估计略有不同。

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    SAS,Stata,HLM,R,SPSS和Mplus分层线性模型HLM分析学生受欢迎程度数据

    Stata结果 HLM结果 SPSS结果 Mplus结果 这次我们在WITHIN语句中包括一个潜在的斜率变量,以将Extrav指定为随机因子,该变量告诉Mplus不要在数据集中寻找“ randoms1...但是,该输出中的所有估计均与其他程序不同,因此我们选择使用非结构化协方差矩阵规范报告输出。我们不确定这是否是在Stata中运行此类模型的常见问题,但重要的是要意识到它会发生。...汇总 对于方差非常接近零的随机效应,六个程序以不同的方式处理估计值。SAS和Stata无法报告随机效应的标准误差或p值,而其他变量的估计值和标准误差均具有相当大的差异。...Mplus结果也显示出比以前的模型更大的差异。此模型的ICC为: 同样,当我们在模型中添加另一个学生级别的效果(包括随机斜率)时,ICC略有增加。...汇总 加上两个跨层交互项,Stata和SPSS无法使用非结构化协方差选项运行模型。这并不是说不应该将它们用于这种类型的分析,但是在向具有非结构化协方差矩阵的模型中添加更复杂的参数时,应谨慎使用。

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    使用SAS,Stata,HLM,R,SPSS和Mplus的分层线性模型HLM

    Stata结果  HLM结果 SPSS结果  Mplus结果  这次我们在WITHIN语句中包括一个潜在的斜率变量,以将Extrav指定为随机因子,该变量告诉Mplus不要在数据集中寻找“ randoms1...但是,该输出中的所有估计均与其他程序不同,因此我们选择使用非结构化协方差矩阵规范报告输出。我们不确定这是否是在Stata中运行此类模型的常见问题,但重要的是要意识到它会发生。...汇总 对于方差非常接近零的随机效应,六个程序以不同的方式处理估计值。SAS和Stata无法报告随机效应的标准误差或p值,而其他变量的估计值和标准误差均具有相当大的差异。...Mplus结果也显示出比以前的模型更大的差异。此模型的ICC为: 同样,当我们在模型中添加另一个学生级别的效果(包括随机斜率)时,ICC略有增加。 ...汇总 加上两个跨层交互项,Stata和SPSS无法使用非结构化协方差选项运行模型。这并不是说不应该将它们用于这种类型的分析,但是在向具有非结构化协方差矩阵的模型中添加更复杂的参数时,应谨慎使用。

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    SAS,Stata,HLM,R,SPSS和Mplus分层线性模型HLM分析学生受欢迎程度数据|附代码数据

    Stata结果 HLM结果 SPSS结果 Mplus结果  这次我们在WITHIN语句中包括一个潜在的斜率变量,以将Extrav指定为随机因子,该变量告诉Mplus不要在数据集中寻找“ randoms1...但是,该输出中的所有估计均与其他程序不同,因此我们选择使用非结构化协方差矩阵规范报告输出。我们不确定这是否是在Stata中运行此类模型的常见问题,但重要的是要意识到它会发生。...汇总 对于方差非常接近零的随机效应,六个程序以不同的方式处理估计值。SAS和Stata无法报告随机效应的标准误差或p值,而其他变量的估计值和标准误差均具有相当大的差异。...Stata结果 ** **  与以前的模型一样,我们收到一个错误,告诉我们Stata无法计算方差分量的标准误差。但是,这些估计值与其他程序的估计值大致相同。...这并不是说不应该将它们用于这种类型的分析,但是在向具有非结构化协方差矩阵的模型中添加更复杂的参数时,应谨慎使用。 与以前的模型一样,SAS,HLM和R的结果相对接近相等,而Mplus的估计略有不同。

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    孟德尔随机化之高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)与心肌梗死的因果关系

    研究设计 作者分析了6项前瞻性研究和14项横断面研究的个体数据,包括20 913例心肌梗死病例和95 407例对照,不过这里IV分析假设的评估是在更大的一组研究中进行的。...采用这两种分析的另一个实际原因是,由于缺失一个或多个遗传变异的数据,第二种分析在更小的参与者子集中进行,包括12 482个心肌梗死病例和41 331个对照,因此构建基因风险分数来增加统计效力。...只有在有充分证据证明其作为工具变量的有效性的情况下使用基因变异作为IV(也即使用被明确证实有生物学关联的遗传变异),不过这样有统计效力偏低的风险;但如果包括所有的变异(即使它们的功能还不完全清楚),也有增加因果估计偏倚的风险...统计方法 在使用单一遗传变异作为IV的第一种方法中,可以使用Stata中的qvf命令计算每个前瞻性研究的因果估计(R语言也可以实现),以拟合具有稳健标准误差的两阶段logistic模型。...在横断面研究中,使用logistic回归来评估等位基因评分与心肌梗死的关联,需要注意的是权重的数据源并非完全独立于所分析的数据,因为有些研究同时包含在两种分析中。

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    北大数据分析老鸟写给学弟们一封信

    在分析前期可以使用EXCEL进行数据清洗、数据结构调整、复杂的新变量计算(包括逻辑计算);在后期呈现美观的图表时,它的制图制表功能更是无可取代的利器;但需要说明的是,EXCEL毕竟只是办公软件,它的作用大多局限在对数据本身进行的操作...EXCEL适用于处理小样本数据,SPSS、STATA、EVIEWS可以处理较大的样本;EXCEL、SPSS适合做数据清洗、新变量计算等分析前准备性工作,而STATA、EVIEWS在这方面较差;制图制表用...因变量为分类变量,自变量全部为分类变量,进行交叉表分析和卡方检验; 因变量在某个闭区间内分布,并且有较多样本落在闭区间的边界上,使用Tobit模型; 因变量不唯一,如多产出问题,进行数据包络分析(DEA...关于拟合优度、变量选择原则及估计值绝对大小的意义。 在人人的“数据分析”小站中,某同学提出这样一个问题:“多元回归分析中,怎么选择自变量和因变量,可以使R方达到80%以上?”...感谢丁延庆老师,感谢邵宜航老师,感谢所有给我以指导和帮助的师长与朋友。

    1.6K100

    北大老鸟三年数据分析深刻总结——致学弟学妹们

    在分析前期可以使用EXCEL进行数据清洗、数据结构调整、复杂的新变量计算(包括逻辑计算);在后期呈现美观的图表时,它的制图制表功能更是无可取代的利器;但需要说明的是,EXCEL毕竟只是办公软件,它的作用大多局限在对数据本身进行的操作...EXCEL适用于处理小样本数据,SPSS、STATA、EVIEWS可以处理较大的样本;EXCEL、SPSS适合做数据清洗、新变量计算等分析前准备性工作,而STATA、EVIEWS在这方面较差;制图制表用...关于拟合优度、变量选择原则及估计值绝对大小的意义 在人人的“数据分析”小站中,某同学提出这样一个问题:“多元回归分析中,怎么选择自变量和因变量,可以使R方达到80%以上?”...如果被遗漏的变量即使找到却囿于各种困难无法纳入分析,而你又忽然想到了一个绝佳的工具变量,那么恭喜你,你可以在核心期刊发文章了!...感谢丁延庆老师,感谢邵宜航老师,感谢所有给我以指导和帮助的师长与朋友。(作者:吴宇川 36大数据)

    3.1K60

    stata 命令 songbl 使用手册

    例如 file(do) 表示在 stata 打开以 .do 结尾的 do 文档推文 操作实例 1. 按照更新时间来查看推文,默认设置为前10条 . songbl new 2....例如 file(do) 表示在 stata 打开以 .do 结尾的 do 文档推文 操作实例 1. 输出 《金融研究》的论文超链接与数据 . songbl 金融研究,paper 2....可以检索任意层次结构的文件夹,但是最多只打印8层文件夹 cls 清屏后显示结果 nocat 不输出推文分类信息 gap 在输出的推文结果之间进行空格一行 lcine 搜索推文的另一种输出风格,具有表格划线...使用 replace 选项将会导致已导进 STATA 的数据被清空替换成分享内容的 STATA 数据集 操作实例 1.以推文标题:URL的形式输出结果 . songbl Stata教程,w 2.点击超链接可以剪切分享推文...宝贵建议 songbl 命令还不完善,大家使用过程中若发现 bugs 或有好的建议,可以通过以下邮箱反馈: 发邮件至 songbl_stata@qq.com 5. 更新日志 6.

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    一些数据处理的方法

    二是temp_data文件夹,用于存放我们操作过程中产生的缓存数据。 其次,在Stata中定义原始数据及缓存数据存放路径的全局暂元。...年为例: $raw_path\\1998是1998年所有原始数据存放的路径,在子路径和孙路径中间加两个\的原因是,如果只加一个\,Stata将自动忽略这个符号从而报错。...以工企数据库为例,存在以下四种情况: 情况一,企业只有单年观测值( singleton ),也就是说,某企业在1998-2013年这16年的观测区间内只有一年观测值。...情况二,企业存在两年及以上观测值,并且这些观测值在时间上连续,如某企业在2001、2002和2003年这三年内存续,并且在2003年以后不存在(无论其原因是退出市场还是数据本身的缺陷)。...情况四,特别地,如果某企业在2013年存在观测值,由于我们无法得知企业在2014年的存续状态,因此我们令Exit在2013年取0。 我们以一个手工生成的数据集为例。

    2.4K31

    原创 | 决策树在金融领域的应用(附链接)

    决策树的基础概念 决策树(Decision Tree)是一种非参数的有监督学习方法,它能够从一系列有特征和标签的数据中总结出决策规则,并用树状图的结构来呈现这些规则,以解决分类和回归问题。...方法是,在构造的过程中对节点进行评估,如果对某个节点进行划分,在验证集中不能带来准确性的提升,那么对这个节点进行划分就没有意义,这时就会把当前节点作为叶节点,不对其进行划分。...其他很多算法通常都需要数据规范化,需要创建虚拟变量并删除空值等。 (3)使用树的成本(比如说,在预测数据的时候)是用于训练树的数据点的数量的对数,相比于其他算法,这是一个很低的成本。...(4)能够同时处理数字和分类数据,既可以做回归又可以做分类。其他技术通常专门用于分析仅具有一种变量类型的数据集。...也许特征中的大部分值是相同的,甚至整个特征的值是相同的,那么这个特征对样本的判别没有影响。因此,我们需要对方差为0的特征予以删除。

    1.2K10

    【SAS Says】基础篇:SAS软件入门(上)

    、STATA模块覆盖了所有实用的统计分析方法、QC模块提供全面质量管理的工具、IML模块提供强大的矩阵运算编程语言、OR模块提供全面的运筹学方法.........变量和观测值 在传统的SAS术语中,数据包括变量和观测值。采用相关的数据库的术语,SAS数据集也被叫做表、观测值也被叫做行、变量也被叫做列,你可以看到下面这个包含一些数据的表。 ?...在上面这个表中,姓名是字符变量,身高和体重是数值变量,ID,既可能是数值有可能是字符,依据你的选择。 缺失值 数据有时会有些不完美,某些变量的个别观测值会缺失。...每次执行SAS只有一个观测值。 我们将SAS执行的图景放慢:SAS从你的数据集中读取一个观测值。...从run运行的下拉菜单中选择submit提交 ? ? 上图显示了如何在windows视窗中提交增强型编辑窗口的程序。

    3.8K80

    第五节(信息读写基础)

    ) ; 假设myNumber的值是12,那么屏幕上最终显示的是: The value of myNumber is 12 在该例中,给printf()传递了两个实参。...在格式字符串中,除转义序列和转换说明以外的内容都是字面量文本。 printf()函数会原样打印字面量文本(包括其中所有的空格)。 如何打印多个变量的值?...即使你将变量定义为1位小数(如5.5),当C编译器使用%f转换说明打印它时,仍将其打印为5. 500000。 这通常不如你所愿,因此,C语言提供一个简单的方法减少打印的小数位数。...; 输出: 二.使用scanf()输入数值数据: 大部分程序需要在屏幕上显示数据,同样,它们也需要用户从键盘输入数据。 用scanf()库函数读取从键盘输入的数值数据是最灵活的方式。...它们之间最大的区别是,编译器在查看源代码时解译三字符序列。源文件中出现三字符序列的地方,都将被转换。 三字符序列以两个问号(? )开始。 表列出了ANSI标准中规定的三字符序列。

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    因子分析过程_怎么得出公因子stata

    题外话——为质数而生的蝉 有些蝉会展现出令人吃惊的特征:它们集体探出土壤的时间通常都跟13和17这样的质数年同步,此时大概会有150万只以上的成蝉在短时间内同时出现在一英亩的土地上。...在此之前 数据是否适合做因子分析,若变量间不存在相关性,或者相关性不大,就无法归纳,也就无法降维,这里就引入巴特利特球形检验和KMO检验,一下将以糖尿病数据集作为示例进行stata 上的因子分析过程。...但该数据库存在一定局限性,特别是数据集中的患者都是年龄大于等于21岁的皮马印第安女性。 涉及字段如下:其中Outcome标注字段,代表是否是糖尿病人。...一般实证中,p值小于0.05就可以进行下去。 KMO检验 KMO统计值是通过比较各变量间简单相关系数和偏相关系数的大小判断变量间的相关性。相关性强时,偏相关系数远小于简单相关系数,KMO值接近1。...例如样例1m 因子1(Factor1) = m.Pregnancies*0.45786+m.Glucose*0.21820+m.BloodPressure*0.17610+m.SkinThickness

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    Stata的绘图功能与绘图类型

    要说明的是,由于绘图命令十分“庞大”,在学习和应用中,不断积累各方资料中的图形代码很有必要;同时在绘图中也要善用 Graph Editor 对图形进行局部细节的优化,毕竟我们不可能记得所有绘图命令的选项...前三类命令是利用已有数据画图的基本元素,以常见的 graph twoway 为例,twoway 是刻画数值 y 与 x 之间对应关系的一组图形(twoway is a family of plots,...如何能够更好地利用连续变量的统计特征呢?在上面的基准图形之上,我们可以通过下面的命令将标准差信息同时纳入到图形中,也是更为推荐使用的直方图绘图方式,可以在论文和研究报告中使用。...使用discrete选项,将变量视为离散的,而不再是连续的,即使变量自身可能是连续的。...此时,变量的每一个唯一的值将有一个 bin,因而柱子的数量也较多,每个柱子的高度表示该值所对应的密度、频数、百分比或比例。

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