首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

MindSponge分子动力学模拟——定义Collective Variables(2024.02)

在前面的几篇博客中,我们介绍了MindSponge分子动力学模拟框架的基本安装和使用和MindSponge执行分子动力学模拟任务的方法。这里我们介绍一个在增强采样领域非常常用的工具:Collective Variable(CV),或者我们也可以直接称呼其为一个物理量。因为像化学反应或者是蛋白质折叠等问题中,经常会存在一个“路径(Path)”,使得反应沿着这个路径来进行。其中最简单的一种形式,就是成键断键。换句话说,我们可以通过调控这根键的键长,进而去调控这其中的化学反应,这也是分子力学层面的增强采样的一个基本思想。而随着增强采样技术的发展,越来越多的形式的CV被应用在不同的领域和问题当中。本文将会介绍,如何在基于深度学习框架MindSpore的分子动力学模拟软件MindSponge中,去定义一个CV。

01
领券