如何在ggforce包的geom_voronoi_tile函数中改变区域的颜色 - 腾讯云开发者社区

随着生物学背景知识的增加，单细胞图谱的可视化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函数直接绘制的umap/tsne图往往很难达到要求了，这就要求我们提高绘图技能。...我们都知道ggplot2是一款很好的绘图R包，甚至可以说在语法上扩展了R语言本身。那么，当我们需要绘图的时候，自然我们会想到它及其周边。今天我们就主要地看一下ggforce这个包带给我们的可能性。...umap$facet umap$plot_env umap$labels 然后，我们请出ggforce这个包，看看第一次的惊喜。...图背后的想法是将图的区域分割成尽可能多的部分。...越密集的区域细胞距离越近，说明异质性较低。当然，这和降维结构有关。 ?

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绘图-完美简单的分组边界你应该学这个！

("nycflights13") library(tidyverse) library(ggforce) library(nycflights13) 可视化介绍本示例将使用nycflights13包中的数据...为了更细致的观察图片的各个部分，ggforce提供了个性化的放大功能，用户可以通过设置坐标去任意放大某个部分，通过facet_zoom()去实现此功能，往往会生成两个图片，一个展示完整图片，另一个针对特定区域...= 1)) + ##隐藏图例 geom_parallel_sets(aes(fill = engine), show.legend = FALSE, alpha = 0.3) + ##改变填充和字体颜色...(angle = 0) + theme_no_axes() 小编总结 ggforce是ggplot2的一个很棒的补充包，可以很清晰地反映数据的分布趋势和特征，除了本文提到的内容以外，ggforce...还有很多有趣的功能，比如ggforce包中geom_sina参数可以整合小提琴图和箱型图去对数据进行可视化。

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ggforce|绘制区域轮廓-区域放大-寻找你的“onepiece”

，世界开始迎接“大海贼时代”的来临。 ggforce是ggplot2的扩展包，“擅长”于根据数据绘制轮廓以及区域放大。...可以看到不同的tzone使用不同的颜色标识出来了，那如果给每个tzone加一个轮廓应该会更方便的区分。...3 更改主题设置 ggforce作为ggplot2的扩展包，也能直接使用ggplot2的主题设置 p + geom_mark_rect(aes(label = tzone), show.legend =...优化： 1）fill函数添加轮廓中颜色，show.legend去掉legend； 2）expand调整轮廓大小，theme_no_axes只保留边距。...三 ggforce区域放大如果“宝藏”的区域就在上述的位置之一（全图展示），现在发现更可能在某个区域，那就使用facet_zoom()函数放大或聚焦在特定区域。

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R中优雅的绘制环状sina图

❝在R中创建sina图使用geom_sina函数，sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似，但是它显示了每个单独的数据点，这可以提供关于数据分布的更多信息。...包中的geom_sina函数绘制sina图 ggforce::geom_sina(aes(color=gas_in_storage_t_wh), alpha=.5, shape=21)+ # 添加文本标签...2,8,2), lab=c("2","4","6","8TWh")), aes(x=x, y=y, label=y),inherit.aes = FALSE)+ # 使用scico包中的...scale_color_scico函数为图形添加颜色 scico::scale_color_scico(palette="roma", direction=-1,...month.abb[1:12]) + scale_y_continuous(breaks=c(seq(0,8,2))) + coord_polar() + # 使用极坐标系 # 使用cowplot包中的

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ggplot2优雅绘制别致条形图

❝本节来介绍如何使用「ggplot2结合ggforce」来绘制别具一格的条形图，下面小编通过一个案例来进行展示，图形仅供展示用，希望各位观众老爷能够喜欢。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtext) library(ggforce) 导入数据 df <- read_tsv("data.tsv") 定义圆点数据 #...定义一些常量，用于后续的图形绘制 r <- .275 # 圆的半径 xo <- 115 / 10 # 圆心的 x 坐标 yo <- -0.15 # 圆心的 y 坐标数据可视化 df %>%...), ncol = 1) + # 使用 geom_rect 添加一个矩形区域作为背景 geom_rect(aes(xmin = 0, xmax = n / 10, ymin = -.125, ymax...= "#add8e6", alpha = .65, size = .85) + geom_text(aes(x = xo, yo, label = n), size = 3) + # 在圆形中添加文本

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文献配套GitHub发表级别绘图之本质上是散点图的PCA图

首先利用线性变换，将数据变换到一个新的坐标系统中；然后再利用降维的思想，使得任何数据投影的第一大方差在第一个坐标(称为第一主成分)上，第二大方差在第二个坐标(第二主成分)上。...我下面展示第二种方案：借助ggforce这个包里的facet_zoom()函数。不过还是原文有些出入，我还是很喜欢R语言+AI美化，这才是王道！...# install.packages("ggforce") library(ggforce) # 通过xy设置聚焦区域 plt+facet_zoom(y=pcaScores$PC2 -15, split = F) ggforce包是由Thomas Pedersen开发的ggplot2扩展包。...它擅长根据数据绘制轮廓以及区域放大。有兴趣可以了解以下：https://rviews.rstudio.com/2019/09/19/intro-to-ggforce/ 。

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这种显著标明怎么绘制？一个技巧解决，超简单~~

我们在绘制可视化图表时经常需要对特定区域、位置等使用文本或箭头等标识性字符进行注释显示，这种注释在可视化制作中尤为重要，它可以突出重要信息，引起人们对图形某个特征的关注。...接下来，小编就汇总一下在R和Python可视化绘制中是如何进行注释的。...具体内容如下： R注释操作 Python注释操作 R注释操作在使用R进行可视化绘制中，起注释作用的绘图函数有很多，这里还是介绍基于ggplot2绘图体系中的绘图函数，主要介绍R-ggplot2和R-ggforce...包中关于注释的内容，如下： R-ggplot2 注释操作这一部分使用ggplot2中*annotate()*函数进行说明，这里小编直接给出一个具体案例，如下： library(tidyverse)...下面小编将介绍一种更为方便直观且简单的方法。 R-ggforce 注释操作 R-ggforce包中有几个绘图函数可以实现较为灵活的注释效果，且语法较为简单。

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ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗？

一载入R包，数据 1）载入数据处理的tidyverse包，使用qqman中gwasResults示例数据集 #载入R包 #install.packages("qqman") library(qqman...原始数据中重要的“元素”都有了，我们自己的数据也是只需要这四列就可以了。...#准备数据,使用基础函数 data <- Snp_pos #根据目的基因的位置，新加gene和gene_annotate列 data$gene[data$CHR == 3 & data$BP == 366...3）区域放大展示重点展示某一区域的P值情况 library(ggforce)data %# 添加高亮和注释信息：snpsOfInterest中的rs编号和P值大于6的点 mutate...可参考ggforce|绘制区域轮廓-区域放大-寻找你的“onepiece” 4）plotly 交互展示 library(plotly) data % mutate(

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让Single cell UMAP注释支棱起来

分享是一种态度最近在画UMAP的时候发现有的时候细胞亚群的注释与点重合颜色上不是很搭配，同事提出让注释“支棱”起来，首先想到的是ggforce中的geom_mark_ellipse，实践中遇到一些问题...（比如，ggforce会受outlier影响，看起来比较乱），于是有了这一篇Single cell的记录。...ggforee 受outlier影响尝试用ggforce注释 library(dplyr) library(Seurat) library(SeuratData) library(patchwork...) library(ggforce) ##InstallData("pbmc3k") data("pbmc3k") points <- data.frame(pbmc3k.final@reductions...因为有一些cluster（Naive CD4 T）存在异常值，ggforce中的函数会包含所有的点。所以应该将异常值去掉，这个方法有很多，我使用的是之前用到的置信椭圆的方法。

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R语言的ggplot2做共线性结果可视化的第一篇笔记

猜测这个图可能是借助 circlize 包实现的，比如这个链接里的代码 https://www.r-graph-gallery.com/122-a-circular-plot-with-the-circlize-package.html...最终的效果是 image.png 这个图的外面两圈和推文开头的就有点像了。...circlize这个R包还得好好学一下找资料的时候发现了另外一个比较有用的函数，是ggforce 这个包里的 geom_diagonal_wide() 函数，感觉如果用来展示共线性分析的结果非常合适...，它最终的效果是 image.png 代码 library(ggforce) data <- data.frame( x = c(1, 2, 2, 1, 2, 3, 3, 2), y = c(1...alpha=0.5,color="black")+ theme_bw()+ theme(panel.grid = element_blank()) image.png 如果有一个共线性区域的话

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跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2散点图展示PCA结果

image.png 这篇论文的数据是公开的，代码也公开了一部分，那我们就可以按照他的代码来学二代测序的数据分析啦今天我们来学习一些论文中 Fig1c 的画图代码，如下 ?...image.png 数据对应的是论文中的 source data figure1 图的主要内容是散点图展示主成分分析的结果，并且将局部的区域放大展示首先是读入数据 df<-readxl::read_excel...readxl包中的read_excel()函数，需要制定文件路径 excel表格中的sheet名称这里的n_max参数是指定读进来的数据的最多行数，英文这个数据集结尾处有一些注释内容，我们不需要，所以需要制定这个参数...想到了两种方案第一个是拼图第二个是借助ggforce这个包里的facet_zoom()函数可以参考 https://github.com/thomasp85/ggforce/pull/202 具体如何实现有时间再来研究吧...欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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跟着Nature Methods学画图：R语言ggplot2画小提琴图

今天推文的主要内容是介绍如何使用R语言绘制散点图并且添加拟合曲线和置信区间这篇论文是在简书土豆学生信分享的内容看到的。...image.png 论文对应的代码是公开的 https://github.com/ajwilk/2020_Wilk_COVID ?...image.png 今天重复的内容是论文中的补充材料Fig9 小提琴图 ? image.png 数据格式如下 ?...image.png 填充颜色 ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+ geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend...上图叠加的散点图是矩形的，最近看到一个函数geom_sina()可以让散点图也以小提琴的形状显示，我们试一下用这个函数的效果，这个函数来自ggforce这个包，使用前需要先加载 library(ggforce

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69-R可视化12-用easylabel轻松手动添加标记

基于shiny 的easylabel 包或许是你的选择。这里我以火山图为例。...这里因为以火山图为例，先使用火山图绘图函数easyVolcano ：需要注意这里的数据框的行名需要是基因名 # 开始之前修改一下数据框 DEG$new_P <- -log10(DEG$P_value)...，也是y轴； ylim 是整个坐标轴y 的边界范围； xlim 同上，超过这两个边界的点会被标记为outlier; colScheme 为指定的颜色版; vline 标记y 轴线段，用于分割结果，类似之前的...geom_hline 操作；接下来我们就可以在shiny 中交互添加了：在shiny 界面，你还可以对标签的位置进行个性化设置：此外，除了在图上标记，还有一个非常有意思的筛选框，你可以通过输入基因名的方式标记...个人觉得，如果这个包可以直接给出绘图代码就好了，或者直接操作ggplot 对象，毕竟我对这种封装的美观体验，还是有要求的，你怎么知道你的绘图代码就能让我满意呢？

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ggforce画图

ggforce基于对ggplot2的扩展，可以更好的展示相应的视图，并根据数据绘制轮廓以及区域放大。...2.并行图并行图是显示多维分类数据的一种方式。通过在平行分类轴上的层之间绘制粗斜线，将显示多个类别中的层之间的重叠。泰坦尼克号生存数据集就是一个典型的例证。...需要注意的一点是，通常表示这种类型的数据的方法是在其自己的列中对每个分类级别进行编码，但这不适用于ggplot2，因为它要求同一轴的所有值都在同一列中。...ggforce通过提供一个辅助函数将ggplot的数据形式转换促进这项工作。...数据整体上的表示仍然很简单，密度分布是显而易见的，并且该图仍然提供有关每个类别中存在多少个数据点以及离群值是否驱动分布尾部的信息。

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基于 R 语言的绘图技巧汇总

使用 magick 包中的 image_read() 导入两幅图，并通过image_flip()进行转化；设置自定义主题 my_theme，方便绘制其他图形使用；使用 annotate() 添加文字...B 主要知识点学会定义密度函数，并在图形中将其添加；学会设置自定义主题，简化代码，统一主题，方便绘制其他图形使用；学会添加子图、给坐标轴添加修饰图形；学会添加带有特殊符号的公式。...添加子图；使用 ggforce 包中的 geom_regon() 函数绘制修饰图形；使用 expression() 函数添加带有特殊符号的公式。...ticks；使用 scale_y_continuous(position = "right") 改变 Y 轴位置。...使用 scale_size()修改散点的大小范围；使用 viridis 包中的配色样式 scale_fill_viridis()；使用 theme(legend.position = )修改图例位置

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Python的GUI编程（一）Label

由于 Tkinter 是内置到 python 的安装包中、只要安装好 Python 之后就能 import Tkinter 库、而且 IDLE 也是用 Tkinter 编写而成、对于简单的图形界面 Tkinter...参考：http://www.runoob.com/python/python-gui-tkinter.html 标准属性（变量）：标准属性也就是所有控件的共同属性，如大小，字体和颜色等等。...）： Tkinter控件有特定的几何状态管理方法，管理整个控件区域组织，一下是Tkinter公开的几何管理类：包、网格、位置 pack()、grid()、place() Label控件：Label...underline, wraplength WIDGET-SPECIFIC OPTIONS height, state, width """ 调用BaseWidget中的初始化函数..."；（动态更新的）textvariable = str_obj，当str_obg的内容改变时，会更新Label中对应内容。

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【工具】用R软件绘制中国分省市地图

一个简单的尝试是运行下面这个命令看看效果： plot(x,fg=gray(924:0/924)); 【修改】新版本的maptools包的绘图参数也有所改变...其中mapdata是存放地图数据的变量，在上面的例子中就是x，provname是需要改变颜色的地区的名称，provcol是对应于provname的代表颜色的向量（名称和数字均可），othercol是其它地区的颜色...此外，在绘制地图的过程中，还有一个比较有用的参数是recs，它是一个由多边形ID组成的向量，表示在地图中只画出这些ID所代表的区域。...【修改】新版本的maptools包的绘图函数已经取消了recs这个参数，现在要实现这个功能，可以在颜色上把不需要的省份变成白色，其中填充色用col参数，边界颜色用border参数。...包中还提供了一个pointLabel()函数，用来解决文本标签的重叠问题。

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ggraph带你绘制网络饼图

❞ 加载R包 library(tidyverse) library(igraph) library(ggraph) library(graphlayouts) library(ggforce) library..."C"的属性，属性值为从均值为0，标准差为3的正态分布中随机生成的绝对值 V(g)$C <- abs(rnorm(20, sd = 3)) # 使用layout_with_stress函数计算节点的布局坐标...ggraph函数绘制图形，使用"manual"布局，节点的x和y坐标从属性中获取 ggraph(g, "manual", x = V(g)$x, y = V(g)$y) + # 添加边的可视化，使用...g <- sample_islands(9, 40, 0.4, 15) # 使用igraph包中的simplify函数简化网络图，去除重复边和自环 g <- igraph::simplify(g) #...)$y) + # 添加边的可视化，使用geom_edge_link0函数 geom_edge_link0() + # 添加饼图散点，表示节点属性"A"、"B"和"C"的比例，填充颜色为白色，

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Flutter 实现刮刮卡效果

在这个博客，我们将探讨 Flutter 中刮刮卡效果。我们将了解如何在flutter应用程序中使用scratcher包实现刮板卡。...它可以具有广泛的使用案例；但是，它基本上用于为应用程序用户创建随机奖品。该演示视频演示了如何在Flutter中创建刮刮卡。它显示了刮卡将如何工作使用scratcher在Flutter应用程序包。...**onChange：**显示该区域的新部分时，将使用此属性进行回调。 **color：**此属性用于设置刮板卡的颜色。 **image：**此属性用于在刮刮卡上声明图片。...在FlatButton中，我们将添加文本，颜色，形状，填充和onPressed（）方法。我们将添加一个scratchDialog（context）**函数。...在刮板内部，我们将添加刮板卡的颜色，增加刮板的精度以提高性能，为刮板区域的百分比级别添加阈值，并为刮板在刮擦期间的不同尺寸添加brushSize。

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🤩 ggkegg | 用这个神包玩转kegg数据库吧！~（一）

最近看到比较的就是ggkegg包，感觉使用起来还是有一定难度的。和大家分享一下使用教程吧，还有一些小坑。...2用到的包 rm(list = ls()) library(ggkegg) library(ggfx) library(ggraph) library(igraph) library(clusterProfiler...nodes颜色颜狗必备技能，修改配色。...bg.colour="white")+ theme_graph() 6highlight指定nodes和edges 可以使用highligh_set_edges和highlight_set_nodes函数突出你想要突出的...，我们可以通过使用ggforce来高亮M00017。

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绘图-完美简单的分组边界你应该学这个！

ggforce|绘制区域轮廓-区域放大-寻找你的“onepiece”

R中优雅的绘制环状sina图

ggplot2优雅绘制别致条形图

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