欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近VIP群内有朋友询问火山图的绘制方法，那么本节就来详细介绍在R中如何使用「ggplot2绘制火山图」，小编添加了详细的注释希望各位观众老爷能够喜欢。...小于等于 0.5 且 adj_p_val 小于等于 0.05 时，gene_type 设置为 "down" TRUE ~ "ns" # 其他情况下，gene_type 设置为 "ns"...16, size = 1) + # 从 up_genes 数据框中绘制特定形状的散点图，填充颜色为红色，边框颜色为黑色，大小为 2 geom_point(data = up_genes, shape...geom_point(data = down_genes, shape = 21, size = 2, fill = "steelblue", colour = "black") + # 添加水平虚线...添加垂直虚线，x 轴截距为 log2(0.5) 和 log2(2)，表示折叠变化范围为 0.5 到 2 geom_vline(xintercept = c(log2(0.5),log2(2)),
4.4 总效应柱状图 复制4.1结果中各变量对生态位宽度（SEA）的总路径系数，在Sigmaplot绘制柱状图，柱状图纵坐标设置为-1到1，刻度间隔为0.5，如下图： 4.5 组合图制作 直接将Sigmaplot...中的总效应柱状图依次复制到4.1路径图的AI画板中，各柱状图设置为上边缘对齐； 柱状图中横坐标修改为对应模块名称，并将柱状图颜色修改为与路径图4.2中相对应的颜色； 柱状图的x和y轴坐标刻度数字字体大小设置为...AI导出TIFF格式图形，并设置颜色类型为RGB，分辨率为1100 ppi，勾选“LZW压缩”，取消“嵌入IOC配置文件”。...最后检查图表，是否放大800倍，线条仍无锯齿，且图小于2 M为最佳。...如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容， 请发送邮件至 举报，一经查实，本站将立刻删除。
一般来说在差异基因分析过程中，筛选标准通常认为qvalue小于0.05且foldchange的绝对值大于2为差异基因。...当差异基因数量过少的时候，我们可以考虑将foldchange的绝对值变为1.5，或者考虑选择pvalue小于0.05。 而图中的虚线就是根据自己的筛选标准确定添加。...利用R自带的基础画图函数也可以画，但是鉴于之后我们都几乎都选择ggplot2包进行作图，所以只展示如何用ggplot2包画图。...#加载包 library(ggplot2) #读取数据 Dat<-read.table('....#加载包 library(ggplot2) library(ggrepel) #读取数据 Dat<-read.table('.
Paint 基本使用 《Paint的方法主要可以抽象成两大类》： 1.1 负责设置获取图形绘制、路径相关的 1.setStyle(Paint.Style style) 设置画笔样式，取值有 Paint.Style.FILL...10.setPathEffect(PathEffect effect); * 设置绘制路径的效果，如点画线等 （1）、CornerPathEffect——圆形拐角效果 paint.setPathEffect...(new DashPathEffect(new float[]{20,10,50,100},15)); intervals[]：表示组成虚线的各个线段的长度；整条虚线就是由intervals[]中这些基本线段循环组成的...比如，我们定义new float[] {20,10}；那这个虚线段就是由两段线段组成的，第一个可见的线段长为20，每二个线段不可见，长度为10； phase： 开始绘制的偏移值 ..... 11.setXfermode...设置MaskFilter，可以用不同的MaskFilter实现滤镜的效果，如滤化，立体等 13.setColorFilter(ColorFilter colorfilter); 设置颜色过滤器，可以在绘制颜色时实现不用颜色的变换效果
详细介绍ggplot2之前，有必要先熟悉一些ggplot2的语法，下面三幅图是由简单到复杂的三个示例（见图1，2，3）。...图1是最简单的散点图，基本语法或者做图步骤为： 函数ggplot()初始化图形并且指定要用到的数据来源(mtcars)和变量(wt、mpg) 函数aes()指定每个变量扮演的角色(aes代表aesthetics...函数ggplot()虽然设置图形，但没有自己的视觉输出，而是使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom)，包括点、线、条、箱线图和阴影区域。...函数ggplot()指定要绘制的数据源和变量，几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示(使用点、条、线和阴影区)。表1列出了几种常见的几何函数（目前有37个几何函数可供使用）。 表1，几何函数 ?...我们在前面已经见过了函数geom_smooth()的例子，该函数中的参数含义依次为：method代表要使用的平滑函数，如lm、glm等；参数formula代表在函数中使用的公式，和回归分析中的参数formula
factor(额，现在好像会直接设置为字符串了)，可以设置stringsAsFactors = F避免此现象 #若有的列视为因子则需单独转换 data <- read.csv('datafile.csv...read.csv是对read.table的封装函数，如果希望更详细的了解不同设定如设置行名，最大读取行数等等可以使用 ？...#此处sheet=设置读取sheet序号或者名称 #如果不想使用第一列为行名则设置col_names=F,列名会设置为x1,x2........boxplot：当箱线图分布值长度为奇数时，箱线图的下，上边缘分别为一分位和三分位。若为偶数则有余数决定。只有任意n/4的余数为1或者2，那么分位数等于观察值，否则则为两观察值的中间数。...异常值为大于以及小于箱线图上下边缘IQR*1.5的位置。若notch = TRUE则更重视中位数之间的比较，公式为： 2.6绘制函数图像 Q: 如何绘制函数图像？
在使用ggplot2初步绘制（ggplot2|详解八大基本绘图要素）出需要展示的图形后，还需要对标题，坐标轴（ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢”）和legend（ggplot2...一 载入R包 数据 为方便展示，使用ggplot2内置的iris数据集 library(ggplot2) p <- ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width...注意theme中对应的更改plot.title ，plot.caption 和 plot.subtitle p1 <- p + labs(title="学习<em>ggplot2</em>可视化",...三 坐标轴设置 3.1 设置坐标轴 使用labs函数 ，其中x y 即为对应的坐标名字； p2 <- p1 + labs(x="X轴",y = "这是Y轴",title = "生信补给站") p2...3.2 设置坐标大小，颜色 根据实际情况设置大小，颜色和倾斜角度可以更清晰的展示结果 p2 + theme(axis.title.x=element_text(vjust=1,
几何对象是用以呈现数据的几何图形对象，如条形、线条和点。 图形属性是几何对象的视觉属性，如x坐标和y坐标、线条颜色、点的形状等。 数值的值和图形属性之间存在着某类映射。...ggplot函数设置图形但没有自己的视觉输出。使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom)，包括点、线、条、箱线图和阴影区域。...alpha 颜色的透明度，从0（完全透明）到1（不透明） linetype 图案的线条（1=实线，2=虚线，3=点，4=点破折号，5=长破折号，6=双破折号） size 点的尺寸和线的宽度 shape...最后，一个地毯图设置在左侧以指示薪水的一般扩散。 当几何函数组合形成新类型的图时，ggplot2包的真正力量就会得到展示，让我们利用singer数据集再来一探究竟。...分面 如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形，关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形（在ggplot2中也称为刻面图）。
ggplot2图像进行美化，掌握它之后你就可以创作出更具特色和美感的数据可视化作品。...则专门用于控制图层元素的配色方案，我们使用define_palette()来构造自定义调色方案，其主要参数如下: swatch：一个颜色向量，用于定义图层元素的配色方案（要注意图像中需要用到的色彩数量要小于等于...swatch的向量长度，否则会报错） gradient：一个长度为2的向量，lower位置和upper位置用于控制梯度色彩的上下限 background:设置背景色彩 text：设置文本部分的字体颜色...因为我们的demo主题中还设置了色彩梯度，下面我们绘制密度图（此例来自我的（数据科学学习手札38）ggplot2基本图形简述）： data <- data.frame(matrix(rnorm(200...当设置为'outer'时如下： ?
假设你找到了一朵鸢尾花并且想对它进行分类，你从根节点开始（深度为 0，顶部）：该节点询问花朵的花瓣长度是否小于 2.45 厘米。如果是，您将向下移动到根的左侧子节点（深度为 1，左侧）。...现在假设你找到了另一朵花，但这次的花瓣长度是大于 2.45 厘米的。你必须向下移动到根的右侧子节点（深度为 1，右侧），而这个节点不是叶节点，所以它会问另一个问题：花瓣宽度是否小于 1.75 厘米？...例如，我们有一百个训练实例是花瓣长度大于 2.45 里面的（深度为 1， 右侧），在这 100 个样例中又有 54 个花瓣宽度小于 1.75cm（深度为 2，左侧）。...然而，右边的区域是不纯的，所以深度为 1 的右边节点在花瓣宽度为 1.75 厘米处分裂（用虚线表示）。又由于 max_depth设置为 2，决策树在那里停了下来。...但是，如果将 max_depth设置为 3，两个深度为 2 的节点，每个都将会添加另一个决策边界（用虚线表示）。
<0.01以及|log2 Fold Change|≥1筛选的差异基因，该列中“up”为上调，“down”为下调，“none”为非差异基因。...我们使用ggplot2的方法绘制差异基因散点图。...图中的虚线代表了|log2FC|=1时的阈值线。 在该图中，我们可以很轻松地观察差异基因整体分布状态和数量比较的信息。 4 绘制差异基因散点图，颜色表示p值 上图中没有将p值信息展示出。...同样使用ggplot2的方法绘制，和上述过程相比仅在颜色指定上存在区别。...（control），图中的点代表各基因在两组中的平均表达值（已经作了log转换），图中的虚线代表了|log2FC|=1时的阈值线。
好的，目的明确，下面开始主线内容： library(ggplot2) library(ggthemes)#载入R包 df <- read.table('all.txt',sep = '\t',header...,]#选取要标注的top10，也可以自己指定基因的数据 ggplot(data = df,aes(x = logFC,y = v)) + #读入数据，指定xy轴 geom_point(alpha=1,...size=1,aes(color=change)) + #画点 scale_color_manual(values=c("#4DBBD5", "grey","#E64B35"))+ #设定颜色，顺序为分组首字母的排序...geom_vline(xintercept=0,lty=4,col="black",lwd=0.8) + #画虚线 geom_hline(yintercept = -log10(0.05),lty...=4,col="black",lwd=0.8) + #画虚线 theme_few() + #ggtheme的主题之一 labs(y="-log10(FDR)") + #设置y轴标题 geom_point
假设你找到了一朵鸢尾花并且想对它进行分类，你从根节点开始（深度为 0，顶部）：该节点询问花朵的花瓣长度是否小于 2.45 厘米。如果是，您将向下移动到根的左侧子节点（深度为 1，左侧）。...现在假设你找到了另一朵花，但这次的花瓣长度是大于 2.45 厘米的。你必须向下移动到根的右侧子节点（深度为 1，右侧），而这个节点不是叶节点，所以它会问另一个问题：花瓣宽度是否小于 1.75 厘米？...例如，我们有一百个训练实例是花瓣长度大于 2.45 里面的（深度为 1， 右侧），在这 100 个样例中又有 54 个花瓣宽度小于 1.75cm（深度为 2，左侧）。...然而，右边的区域是不纯的，所以深度为 1 的右边节点在花瓣宽度为 1.75 厘米处分裂（用虚线表示）。又由于max_depth设置为 2，决策树在那里停了下来。...但是，如果将max_depth设置为 3，两个深度为 2 的节点，每个都将会添加另一个决策边界（用虚线表示）。 ? 图6-2.
设置坐标系的界限，两个参数都取长度为2的向量，它们的作用类似par()中的usr参数6 bg用于设定绘图区域的背景颜色。...参数的值可以为整数（0为空，1为实线（默认值），2为虚线，3为点线，还可以为4、5、6等），也可以为字符串（和整数是一一对应的，如"blank"、"solid"、"dashed"、"dotted"、"dotdash...必须为一个整数，默认值为1。具体的实现根据设备而定，有一些绘图设备不支持线条宽度小于1。...(5.1, 4.1, 4.1, 2.1) mex 设置坐标轴的边界宽度缩放倍数；默认为1，本参数会影响到mgp参数 mfrow, mfcol 设置一页多图；取值形式c(nrow, ncol)长度为2的向量...为一个小于等于的小数，表示绘图区域的高度或宽度的一部分（取高度或宽度中较小的值）。
假如，现在讲svg的大小设置为60px，如: .loading-svg { width: 60px; /*设置svg显示区域大小*/ height: 60px; } 如上分析，viewBox...为了给圆环添加转动效果，我们需要绘制带缺口的圆环，后面通过改变缺口的位置大小来实现转动效果，如: .path { stroke-dasharray: 95, 126; /*设置实线长95，虚线长...接下来就是添加圆环的转动效果，分别设置三个动画状态，如: // 0% { stroke-dasharray: 1, 126; /*实线部分1，虚线部分126*/ stroke-dashoffset...: 0; /*前面1/126显示实线，后面125显示空白*/ } 从圆环最右边作为起点绘制1个像素的距离的实线，接下来绘制126像素的虚线(空白)，因为圆周长为126，所以剩余部分全部为空白，如图所示，...，即前31/126显示空白，后面3/4显示线条*/ } 从圆环的最右边作为起点，并且顺时针移动31像素，即圆环的1/4，所以实线起点变为了圆环的最底部，实线长度为95像素，即圆环的3/4，如图所示， ?
image.png geom_tiplab()函数中的一些参数 align=T 标签右对齐 linesize = 16 标签右对齐后会有线连接，设置线的粗细 linetype = 1 设置线的类型，默认是虚线...offset=2设置标签距离枝末端的距离 ggtree(tree)+ geom_tiplab(align=T,linesize = 5,linetype = 1,offset = 2) ?...image.png 使用ggplot2中的fortify函数可以把读入的树文件转化为数据框 library(ggplot2) df<-fortify(tree) df # A tibble: 25 x...image.png 使用%<+%操作符 %<+%操作符可以在树文件中添加自己的额外数据 根据上图可以看出BACDE为一个组，GFH为另一个组，LKJI为一个组，M为单独的一个组 构造数据集 ?...Value 1 B group1 55 2 A group1 31 3 C group1 93 4 D group1
使用ggplot2进行数据可视化② 添加其他变量的一种方法是aesthetics。 另一种对分类变量特别有用的方法是将绘图分割为多个子图，每个子图显示一个数据子集。...ggplot2中的每个geom函数都有一个mapping参数。 然而，并非每一种aesthetic都适用于每个几何。 您可以设置点的形状，但无法设置线的“形状”。 另一方面，您可以设置线的线型。...我们将很快学会如何在同一个地块中放置多个geoms。ggplot2提供超过30个geoms，扩展包提供更多（请参阅https://www.ggplot2-exts.org）。...许多geom，如geom_smooth（），使用单个几何对象来显示多行数据。对于这些geoms，您可以将组审美设置为分类变量以绘制多个对象。 ggplot2将为分组变量的每个唯一值绘制一个单独的对象。...实际上，每当您将美学映射到离散变量时，ggplot2都会自动将这些geoms的数据分组（如线型示例中所示）。依靠这个特征很方便，因为群体aesthetic本身并没有增加传说或区别特征与geoms。
shadow_*()定义如何在给定的时间点呈现来自其他时间点的数据。 enter_*()/ exit_*()定义新数据应如何显示以及旧数据在动画过程中应如何消失。...#安装辅助包，该包有两个版本，已经更新为最新版本，老版本在未来将不再支持。...comes the gganimate code transition_states( gear, transition_length = 2, state_length = 1...scale_colour_manual(values = country_colors) + #进行数值之间的映射 scale_size(range = c(2, 12)) + #设置绘图符号大小...哈哈哈，现在我们以肿瘤数据为例进行演示一下： 我编了一组测试数据，其中将肿瘤分为I,II,III型，IV型为control,然后分别显示了再不同样本中不同肿瘤分型下的部分基因的表达情况。
ggplot2包是一个很好的可视化包，ggsignif包是ggplot2包的一个扩展包。 今天来学习怎么在ggplot2包绘制的图形上添加显著性差异注释。 1....如果我们要调整横线两端的小竖线长度怎么调整？我想要使每根小竖线的长度各不相同。...绘制条形图 ## 创建数据集 dat <- data.frame(Group = c("S1", "S1", "S2", "S2"), Sub = c("A",...show.legend # 逻辑词，是否显示图例 comparisons # 长度为2的向量列表 test # 进行统计检验的方法名称，如t.test、wilcox.test、aov()、anova()...textsize # 设置文本字体大小 family # 设置文本字体 vjust # 相对于括号线，上下调整文本的距离 parse # 逻辑词，为TRUE，则标签将解析为表达式 参考资料 stat_signif
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