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课后笔记:ggplot2优雅显示WB结果

ggplot2柱状图基本绘制函数常用geom_bar()」 参数介绍: 「data和mapping是ggplot基本参数,数据和映射。」...「stat:」 设置统计方法,有效值是count(默认值) 和 identity,其中,count表示条形高度是变量数量,不能设定y值。...「width:」 条形图宽度,是个比值,默认值是0.9 「color:」 条形图线条颜色 「fill:」 条形图填充色 基本演示 读取ImagJ数据及转换 #读取ImageJ dat=read.csv...dat$Group=factor(dat$Group,levels = c("NC","A","B","A+B")) 基本画图操作 配色方案->最优质配色包 注意先按照某一列数据分色,然后手动填充颜色...image.png 数据调整及误差线增加 在ggplot2可以直接结合stat_summary函数快速进行数据统计->链接 所以stat可以设置为summary,将柱状图高度设置为各组均值并联合stat_summary

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这些条形图用法您都知道吗?

在R语言ggplot2,读者可以借助于geom_bar函数轻松地绘制条形图。对于条形图大家对其印象是什么呢?又见过哪些种类条形图呢?在本篇文章我将带着各位网友说道说道有关条形图哪些品种。...NULL, mapping = aes()) data:指定绘图所需原始数据,如果不指定,则必须在geom_*函数中指定; mapping:通过aes方式指定图形属性(x轴变量,y轴变量,颜色变量...、形状变量、填充色变量等); # 绘制条形图函数 geom_bar(mapping = NULL, data = NULL, stat = "count", position = "...:用于设置条形图其他属性信息,统一边框色、填充色、透明度等; width:用于设置条形图宽度,默认为0.9比例; binwidth:该参数在条形图中已不再使用,但可以使用在绘制直方图geom_histogram..., fill = fengli) # 指定x轴变量和填充色变量 ) + geom_bar(stat = 'count' # 需对明细数据离散变量作频数统计 ) +

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R语言基础-画图(ggplot2

属性设置(颜色、大小、点形状、透明度、线型等)2.1 手动设置颜色-color;大小-size;形状-shape;透明度-alpha;填充颜色-fill具体实际参数现查现用即可哦#设置颜色library...0.5, # 透明度 50% shape = 8) # 点形状图片可以发现这些参数都在aes()这个函数外面,因此称为手动设置哦。...#通过color-shape-fill三个参数连用,可以达到双色实心目的#类似于ppt轮廓颜色填充颜色,示例如下ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping...ggplot(data = diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut))图片ggplot(data = diamonds) + stat_count(...,y = after_stat(prop),group = 1))图片#y这边不写的话默认是after_stat(count),由于这边需要求比例因此改成prop#group = 1意思是将整个数据视作一组

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文献配套GitHub发表级别绘图03-条形图

下面来实现Fig.2a条形图(barplots) 一、数据载入 rm(list = ls()) library(reshape2) library(ggplot2) library(RColorBrewer...公式左边每个变量都会作为结果一列,而右边变量被当成因子类型,每个水平都会在结果中产生一列。 reshape2 (另外,tidyr包gather和spread函数也能实现功能哦!)...+ #stat="count"表示条形高度是y变量数量 #stat="identity"表示条形高度是y变量值 scale_fill_manual(values = colorRampPalette...详解RColorBrewer包 ggplot2画图时会自带配色设置,但一般比较难看。当想使用一些高级,现有的颜色搭配,不妨考虑下RColorBrewer包。...极端型Diverging,生成深色强调两端、浅色表示中部颜色,可用来标注数据离群点。 离散型Qualitative,生成彼此差异明显颜色,通常用来标记分类数据。

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(数据科学学习手札38)ggplot2基本图形简述

一、简介   上一篇我们介绍了ggplot2基本语法规则,为了生成各种复杂叠加图层,需要了解ggplot2一些基本几何图形构造规则,本文便就常见基础几何图形进行说明; 二、各基础图形 2.1...,所以这里我们只与上述堆积面积图进行对比,这里注意,geom_bar()默认统计变换为count,即计算频数,我们这里想展示真实数值需要将geom_bar()stat设置为'identity',...~variable) p 2.5 density()与density2d()   很多时候当我们获取数据集样本数量足够,通常我们可以绘制密度估计图来大致描述数据集数据分布,ggplot2当然提供了这类方法...,将..density..作为fill传入参数,注意这里一定要设置contour为F: # 密度图函数,通过fill设置填充颜色数据为密度,geom设置绘制栅格图 p <- ggplot(data,..., hwy, fill=factor(class))) p + geom_boxplot() 为我们填充设置透明度,并将边框也赋以对应颜色: p <- ggplot(mpg, aes(class,

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用ggpubr包制图

简介 Hadley Wickham撰写ggplot2[1]是好用软件包,是可视化工具必备包。但是,需要知道ggplot2一定理论与原理,对新手来说,入门门槛还是比较高。...按剂量("dose")进行颜色填充;添加抖动点并按剂量("dose")更改形状。...小提琴图 下图是小提琴图(ggviolin)与箱型图结合(add = "boxplot"),按剂量("dose")进行颜色填充;增加白色填充(add.params = list(fill = "white...有序条形图 条形图(ggbarplot)可以利用sort.val = "desc"把数据从大到小排序并且不在组内进行排序(sort.by.groups = FALSE),而是所有数据排序;旋转x轴标签...偏差图 偏差图显示了定量值与参考值偏差。在下面的R代码,我们将绘制来自mtcars数据集mpgz-score变化(标准化一种)。

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R语言基础绘图教程——第5章:直方图和柱状图

R基础教程可先阅读:R语言编程基础第一篇:语法基础 1 barplot()函数绘制 数据: Group Count1 Count2 Control 10 8 Drug1 28 13 Drug2...23 14 Drug3 9 18 Drug4 15 6 #读入数据 data = read.table("barplot.txt",header=T) #绘制条形图,仔细喊下面没一行代码都生成一个图,看他们差别会知道参数是干嘛...# 更改条形颜色 barplot(data[,2],names.arg = data[,1],main="条形图",xlab="分组",ylab="统计量",col="blue") ?...为不同组设置不同颜色 barplot(data[,2],names.arg = data[,1],main="条形图",xlab="分组",ylab="统计量",col=c("grey","red"...修改柱子颜色,正负值用不同颜色 #positive and negative values with different color csub$positive <- csub$Anomaly10y

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R语言绘图之ggplot2

当我们看到很多优美的绘图,你是否会有据为己有的冲动?我反正是有的。那么今天我们就为大家介绍一下目前在R语言中流行绘图包ggplot2。...3. ggplot2函数介绍: ggplot2所有函数可以分为以下几类: 用于运算(我们在此不讲,fortify_,mean_等) 初始化、展示绘图等命令(ggplot,plot,print等)...aes : 同样适用于修改geom_XXX() aes参数控制了对哪些变量进行图形映射,以及映射方式 图形属性(aes)横纵坐标、点大小、颜色填充色等 几何对象函数 描述 geom_abline 线图...,由斜率和截距指定 geom_area 面积图(即连续条形图) geom_bar 条形图 geom_bin2d 二维封箱热图 geom_blank 空几何对象,什么也不画 geom_boxplot...日期和时间 scale_discrete 离散值 scale_gradient 两种颜色构建渐变色 scale_gradient2 3颜色构建渐变色 scale_gradientn n种颜色构建渐变色

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ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

4.3.2 使用gglot()创建绘图简单概念 Ggplot2算法很简单:您提供数据,告诉ggplot2如何将变量映射到几何,使用什么图形,它负责细节。...在ggplot2,层负责创建我们在绘图上感知到对象。层由四个部分组成:数据和几何映射、统计变换(STAT)、几何对象(GEOM)和位置调整(Wickham 2010)。一个图可能有多个图层。...例如,在连续情况下,用刻度填充直方图或密度图;在离散情况下,比例用于填充直方图或条形图,或者在映射颜色、大小或形状用于散点图。我们需要知道,映射到变量美学属性取决于所使用geom()函数。...因此,通过具体说明各几何层参数,可以改变审美属性。在这种情况下,我们改变了最适合颜色、大小和线条颜色更改颜色另一个重要应用是将不同颜色映射到源数据集中类别变量不同级别。...实际上,在ggplot2,除了颜色之外,我们还可以使用大小、形状、笔划(边界厚度)和填充填充颜色)来区分适当绘图中分组。

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十一、画图(ggplot2、ggpubr)及图片保存

生信技能树学习之画图 一、ggplot2与ggpubr作图代码之间差异 ## ggplot2 library(ggplot2) ###用某一个包之前,最好先library()加载一下...手动设置:把图形设置为一个或n个颜色,与数据内容无关。 Q1 :能不能自行指定映射具体颜色? 想要自行指定映射颜色,就必须要有映射。...Q2 区分color和fill两个属性 空心形状和实心形状都用color设置颜色; 有填充无轮廓,或者轮廓和填充一样颜色用color; 既有边框又有内心,才需要color和fill...两个参数; 边框(轮廓)和填充颜色不一样,外边用color,里边用fill。...(mapping = aes(x = cut)) ###geom_bar()可以用函数stat_count()替换,geom_bar()是几何对象函数,stat_count()是统计变换函数 ###

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R语言绘图之ggplot2包「建议收藏」

颜色,形状,大小)一个映射。...以下用数据是一份毕业生数据,来自王斌会主编《数据分析与R语言建模》练习数据,一共48个样本点,9个属性 一、数据 在ggplot2,接受数据集必须是以data.frame格式。...三、图层 1.在几何对象设定映射 我们可以在在ggplot()设定了映射了关系, 这种映射关系是默认, 也可以在后面的几何对象沿用已设定默认映射关系, 也可以随时在几何对象中进行更改。...1.直方图 #直方图 ggplot(small.diamonds)+geom_histogram(aes(x=price)) 还可以按照不同变量填充不同色,比如切工、钻石颜色 ggplot(small.diamonds...ggplot2还提供一些已经写好主题,theme_grey()为默认主题,theme_bw()为白色背景主题,还有theme_classic()主题 theme_economist theme_economist_white

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R-sysfonts+showtext包 -告别windows字体添加烦恼

作图时候常出现一个问题,我把windows系统字体Times New Roman指定为图形里字体,虽然在RStudio图形窗口会显示指定字体,但是在保存为PDF出现问题,出现字体类别错误,指定字体无法显示...+ geom_bar(stat = "identity", position = "dodge", width=0.5) + # 条形图位置,柱子宽度 scale_fill_hue(labels...,如果字体在系统标准位置(WindowsC:\Windows\Fonts)或当前工作目录,则可以直接输入文件名。...showtext包 在R中使用基本字体以外字体并不是一件简单事情,特别是PDF图形设备,而showtext包就可以使我们更轻松使用其他字体。...注意:showtext包目前并不适用于RStudio内置图形设备。建议在原始R控制台中运行代码。 如果想在RStudio运行代码则手动打开图形设备,x11()和windows()。

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学会这个BBC,你图也可以上新闻啦!

加载需要R包 使用pacman[1]软件包p_load函数通过以下代码一次性加载。 #安装pcaman软件包并对其他R包进行加载 if(!...对于折线图而言,折线颜色条形图颜色,并不是从bbc_style()函数中直接实现,而是需要在其他标准ggplot(ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色))图表函数明确设置...下面的代码显示了如何在标准图表制作工作流程中使用bbc_style()。这是一个非常简单折线图示例,使用了gapminder程序包数据。...它实质上修改了ggplot2主题功能(ggplot2学习笔记之图形排列)某些参数。 例如,第一个参数是设置图标题元素字体、大小、和字体颜色。...bbc_style()函数包含主题添加额外主题参数,例如添加一些网格线。

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2023.4生信马拉松day6-绘图

(不常用)手动设置可以指定属性包括:颜色color——可指定参数是字符串型颜色名称,“blue”,“red”;填充颜色fill,跟color可选范围相同;大小size——单位是mm;透明度alpha...,color是aes参数,输入不带引号列名;手动设置 color是geom_point参数,要求是带引号颜色名称;手动设置设置多个颜色非常出力不讨好,跟数据关联起来了再指定颜色就好;映射也可以手动修改映射到颜色而不必使用默认分配颜色...### Q2-2 既有边框又有内心,才需要color和fill两个参数,color管边框颜色,fill管填充颜色;ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping...(mapping = aes(x = cut))ggplot(data = diamonds) + stat_count(mapping = aes(x = cut)) #统计并可视化#这两个函数都能画出来一个柱状图...,ggpubr淡化了映射和手动设置区别,淡化了图层概念,更加简单好上手;深入后还是需要回归到ggplot2;ggpubr 搜代码直接用,基本不需要系统学习;sthda上有大量ggpubr出图,可以套用

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R语言之 ggplot 2 和其他图形

ggplot2 各种数据可视化基本原则完全一致,它将数学空间映射到图形元素空间。...例如,我们可以用下面的标度函数手动设置需要颜色,结果如下图所示。...参数 fill 用于设置填充色。参数 color 用于设置矩形边框颜色。我们还可以将直方图和密度曲线同时展示,如下图所示。...2.2 横向堆栈条形图 在做流行病学调查,经常需要在问卷上设置很多选择题。对于一组问题,可以使用 sjPlot 包里函数 plot_stackfrq( ) 对不同选项比例进行可视化。...3.3 热图 热图(heatmap)是将一个矩阵元素数值用不同颜色表达,并对矩阵行或列进行层次聚类一种颜色图。通过热图,我们不仅可以直接观察矩阵数值分布状况,还可以知道聚类结果。

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