4.数据可视化与 `ggplot2` 处理大数据时，以图片的形式显示信息更有效。可视化应该有自己的整个过程（有很多要知道！）。...例子包括： 点（geom_point，geom_jitter为散点图，散点图等） 线（geom_line，时间序列，趋势线等） 箱线图（geom_boxplot） 所有几何对象的详细列表及使用场景，请查看...尝试不同的东西，在图上同时显示细胞类型和基因型。为此，我们可以为列标题指定shape映射，不同形状表示不同的celltype。...已经有了用ggplot2进行绘图所需的所有信息，可以尝试绘制一个箱线图。...箱形图提供了基于五分位数的数据分布图。框的顶部和底部代表第一和第三个四分位数（分别为25%和75%）。框内的线代表中位数（50%）。在框的上方和下方延伸到的点代表数据集的最大值和最小值。
这里，变量wt的值映射到沿x轴的距离，变量mpg的值映射到沿y轴的距离。...函数ggplot()虽然设置图形，但没有自己的视觉输出，而是使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom)，包括点、线、条、箱线图和阴影区域。...分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。ggplot2包在定义组或面时使用因子(factor)（主要涉及函数facet_grid()）。...函数ggplot()指定要绘制的数据源和变量，几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示(使用点、条、线和阴影区)。表1列出了几种常见的几何函数（目前有37个几何函数可供使用）。 表1，几何函数 ?...图6，小提琴图和箱线图的组合 ? 讲到这里，必须要强调使用ggplot2的最终目的还是为了更好的理解数据。而为了理解数据，在一个图中画出两个或更多组的观察值通常是很有帮助的。
几何对象是用以呈现数据的几何图形对象，如条形、线条和点。 图形属性是几何对象的视觉属性，如x坐标和y坐标、线条颜色、点的形状等。 数值的值和图形属性之间存在着某类映射。...分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意，ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面，并进行绘图。...选项 详述 color 对点、线和填充区域的边界进行着色 fill 对填充区域着色，如条形和密度区域 alpha 颜色的透明度，从0（完全透明）到1（不透明） linetype 图案的线条（1=实线，...Salaries by Rank.png 该图显示了不同学术地位对应薪水的缺口箱线图。实际的观察值（教师）是重叠的，因而给予一定的透明度以避免遮挡箱线图。它们还抖动以减少重叠。...theme(legend.position=c(.1,.8)) # 图例的左上角分别距离左侧边缘10%，底部边缘80% 标尺 ggplot2包使用标尺把数据空间的观察值映射到可视化的空间中。
4.6 ggplot2程序包 ggplot2是R中用于绘图的高级程序包，它将绘图视为一种映射—数学空问到图形元索空间的映射，例如将不同的数值映射为不同的颜色或其他图形属性。...p中 (2)几何对象 基本图层确定了数据源和映射后，通过加号(+)就可以不断地添加新图层.第二图层添加几何对象类的函数，在图中绘制图形元素其他类型的图形，如直方图、箱线图等。...如点、线、多边形等，还可以用来绘制. ? 上面函数内部的基本参数都是一样的。...例如用stat_smooth对数据作loess平滑，在carat-price散点图上添加非线性回归线。...、名称及扩展名，文件路径也可以通过path设置;plot填写图形对象，默认为最后显示的图形:device指定要使用的设备，自动提取文件扩展名;scale为比例因子。
例如，条形图使用条形图，折线图使用线条图，箱形图使用箱形图格栅等。 散点图打破了这一趋势; 他们使用点geom。 如上所述，您可以使用不同的geom来绘制相同的数据。...ggplot2中的每个geom函数都有一个mapping参数。 然而，并非每一种aesthetic都适用于每个几何。 您可以设置点的形状，但无法设置线的“形状”。 另一方面，您可以设置线的线型。...请注意，此图包含同一图表中的两个geom！我们将很快学会如何在同一个地块中放置多个geoms。...许多geom，如geom_smooth（），使用单个几何对象来显示多行数据。对于这些geoms，您可以将组审美设置为分类变量以绘制多个对象。 ggplot2将为分组变量的每个唯一值绘制一个单独的对象。...实际上，每当您将美学映射到离散变量时，ggplot2都会自动将这些geoms的数据分组（如线型示例中所示）。依靠这个特征很方便，因为群体aesthetic本身并没有增加传说或区别特征与geoms。
，末尾的2是因为Hadley写包的一个习惯——对先前的版本不满意便写一个新版本的名称不变仅在末尾加上2，如reshape2等； 按照《图形的语法》一书中的观点，一张统计图形就是从数据到点、线或方块等几何对象的颜色..., price/carat, data=data, geom='boxplot') 我们还可以通过传入参数colour来控制点与箱线边框的颜色、通过传入参数fill来控制箱线图填充的颜色...中还有很多基本的参数，如： xlim,ylim：设置x轴与y轴的显示区间 log：传入字符型，用于控制将哪个轴转成对数轴，'x'和'y'分别代表x轴与y轴，'xy'代表两个轴都进行变化 main：设置图形的主标题...xlab,ylab：设置x轴与y轴的名称 三、ggplot2的图形图层语法 图形图层语法是ggplot2的语法基础，它使得图形的重复更新变得更简单灵活，在遇到新问题时也许只需要照搬之前堆砌成的一个优美图形全部代码再稍加修改即可直接使用...，并多次使用过，它控制生成的图像类型； 3.2.5 位置调整 位置调整指的是对该层中的元素位置进行微调，ggplot2中所有可用的位置调整参数如下： 名称 描述 dodge 禁止重叠，并排放置 fill
ggplot2包是一个很好的可视化包，ggsignif包是ggplot2包的一个扩展包。 今天来学习怎么在ggplot2包绘制的图形上添加显著性差异注释。 1....我们在图上添加3组数据两两比较的统计学差异P值。...data # 绘图数据所在的数据框 position # 位置调整；可以是字符串，也可以是位置调整函数的结果 na.rm # 逻辑词，默认为FALSE，移除缺失值时显示警告信息，为TRUE，则不显示警告信息...show.legend # 逻辑词，是否显示图例 comparisons # 长度为2的向量列表 test # 进行统计检验的方法名称，如t.test、wilcox.test、aov()、anova()...，显示括号线两端的下降的小竖线，用来指向精确的组别 size # 设置括号线的宽度 textsize # 设置文本字体大小 family # 设置文本字体 vjust # 相对于括号线，上下调整文本的距离
对于单变量图形（如直方图），则省略y xlab、ylab ：字符向量，设定横轴和纵轴标签 xlim、ylim ：二元素数值型向量，分别指定横轴和纵轴的最小值和最大值 library(ggplot2) mtcars...单击散点图上的点，可以对它们进行标注，直到你从Graphics Device（图形设备）菜单中选择了Stop，或者右击了图形并从右键菜单中选择了Stop。...Theme（主题）菜单上的一些选项仅与基础图形契合的很好，一些则与ggplot2图形契合的较好（如标注），还有些对ggplot2图形无效（如识别点）。...这意味着你可通过鼠标对观测点进行选择和识别，并且对其中一幅图形的观测点突出显示时，其他被打开的图形将会自动突出显示相同的观测点。另外，还可通过鼠标来收集图形对象（诸如点、条、线）和箱线图的信息。...这些点将会被突出显示，而其他图形窗口中相应的观测点也将会变成红色。 按住Ctrl键不动，将鼠标移动到某幅图形中点、条、箱线图或线上，该对象的详细信息将会在一个弹出窗口中显示出来。
分别表示水平（x轴）和垂直（y轴）坐标的数字向量； boxplots # 如为x，则在下方绘制水平x轴的边界箱线图；如为y，则在左边绘制垂直y轴的边界箱线图； # 如为xy，则在水平和垂直轴上都绘制边界箱线图...；设置""或FALSE则不绘制边界箱线图； regLine # 默认添加拟合回归线；如为FALSE，则不添加； # 指定lm()函数拟合回归线，默认参数为regLine=list(method=lm,...shape # 点的形状 size # 数值，设置点和轮廓的大小 point # 逻辑词，为TRUE，则在图上显示点 rug # 逻辑词，为TRUE，则显示边缘地毯 title # 图形标题 xlab...label.rectangle # 逻辑词，如为TRUE，则在文本下方添加矩形便于阅读 parse # 为TRUE，标签将被解析为表达式 cor.coef # 逻辑词，为TRUE，相关系数的p值添加到图上...# 逻辑词，图例中是否包含文字； ggtheme # ggplot2主题名称，默认为theme_pubr()； # 可用值包括theme_gray(),theme_bw(),theme_minimal
5.8.2 ggplot2的原理 如果要使用ggplot2绘制数据，则数据必须是数据框。 使用aes映射函数来指定数据框中的变量如何映射到图上的要素 使用geoms来指定数据在图表中的表示方式，例如。...散点图，条形图，箱形图等。 5.8.3 使用aes映射功能 该aes函数指定数据框中的变量如何映射到绘图上的要素。...很明显，我们刚刚创建的图表信息量不大，因为它们上没有显示数据。要显示数据，我们需要使用geoms。 5.8.4 Geoms 我们可以使用geoms来指定我们希望数据在图表上显示的方式。...例如，我们选择的geom可以指定我们的数据显示为散点图，条形图或箱形图。 让我们看看我们的图形怎样看起来像散点图。...5.8.7 主成分分析 主成分分析（PCA）是一种统计过程，它使用变换,将一组观察值转换为一组称为主成分的线性不相关变量值。
通常密度会随附一种叠加的图表类型，如箱形图，以提供一些其他的数据信息，即矩形上下边框代表第一个和第三个四分位数，中间点是中位数。 小提琴图可以用来观察数据的分布情况，也可用于比较多个组之间的分布。...，或"asterisk" p.adjust.method = "holm", #p值校正方法 notchwidth = 0.5, #对于有缺口的箱形图，缺口相对于主体的宽度(默认为0.5...这里的小提琴图是箱形图和核密度图的组合。...= element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(), #不显示网格线 panel.border...#将x轴和y轴加粗显示 ) 2. library(hrbrthemes)#ggplot2的主题和相关组件包 library(viridis) #是Matplotlib的新默认颜色映射
最小值和最大值：在某些箱线图中，除了四分位数之外，还会展示最小值和最大值（不包括异常值）。数据的偏斜性：箱线图的形状可以揭示数据的偏斜性。...在ggplot2 中，可以通过使用 geom_point() 来在箱线图上增加点，这些点可以代表分组中特定指标的出现率。...stat_boxplot(geom = "errorbar", width = 0.15)：添加一个箱线图的统计变换，这里使用 errorbar 几何对象，宽度设置为 0.15，这可能是用来表示箱线图的中位数线或四分位数范围的误差条...guides(color = "none")：设置颜色图例为不显示。theme_classic()：应用经典的 ggplot2 主题。...pl结果：带有显示Index在不同分组出现率的箱线图画图: prism主题结果：带有显示Index在不同分组出现率的prism风格的箱线图
那么，我们应该如何在图上找到我国呢，嗯，不如把人口数据也填进来。 下面是包含人口数据的气泡图，气泡的大小都和样本中人口的数目成正比。...… 通过对前几个样例的观察，我们发现一个规律，人均GDP较高的国家预期寿命普遍也比较高，下面我们就可以利用ggplot2提供的平滑曲线来展示这个趋势。...不过2.0以后，ggplot2的编写者为了鼓励大家放弃qplot这种简单暴力的绘图函数，使用ggplot2提供的更多其他的绘图功能，所以不再在qplot里支持更改拟合模型的功能。...不过出现了大量样本的堆积，这样的效果并不理想，一种选择是我们单独观察某个国家，例如中国。另一种选择是使用横轴是年份的箱线图来显示整体趋势。...此外，如果我们还可以将箱线图中的数据散点化并绘制出如下的结果。
那么今天我们就为大家介绍一下目前在R语言中流行的绘图包ggplot2。 1. ggplot2的安装：install.packages("ggplot2")。...3. ggplot2的函数介绍： ggplot2里的所有函数可以分为以下几类： 用于运算（我们在此不讲，如fortify_，mean_等） 初始化、展示绘图等命令（ggplot，plot，print等）...，用竖直线来表示 geom_path 几何路径，由一组点按顺序连接 geom_point 点 geom_pointrange 一条垂直线，线的中间有一个点（与Crossbar图和箱线图相关，可以用来表示线的范围...） geom_polygon 多边形 geom_quantile 一组分位数线（来自分位数回归） geom_rect 二维的长方形 geom_ribbon 彩虹图（在连续的x值上表示y的范围，例如Tufte...（由x和y指定位置，angle指定角度） stat_sum 绘制不重复的取值之和（通常用在三点图上） stat_summary 绘制汇总数据 stat_unique 绘制不同的数值，去掉重复的数值 stat_vline
，如果希望更详细的了解不同设定如设置行名，最大读取行数等等可以使用 ？...read_excel来diy自己的数据 除此之外其余包如gdata包的函数read.xls()能够读取.xls数据（需要安装JAVA） xlsx包的函数read.xlsx()能够读取.xlsx数据（需要安装...) 2.使用ggplot2绘制条形图 #变量值的频数表，使用BOD数据，时间为x值，demand为y值，使用geom_col()函数 ggplot(BOD,aes(x=BOD$Time,Y=BOD$demand...boxplot：当箱线图分布值长度为奇数时，箱线图的下，上边缘分别为一分位和三分位。若为偶数则有余数决定。只有任意n/4的余数为1或者2，那么分位数等于观察值，否则则为两观察值的中间数。...异常值为大于以及小于箱线图上下边缘IQR*1.5的位置。若notch = TRUE则更重视中位数之间的比较，公式为： 2.6绘制函数图像 Q: 如何绘制函数图像？
统计图就是用把数据映射到几何形状如点、线、柱的美学属性如颜色、大小、形状上。这是理解图的关键，也是画图的关键。 对于箱线图也是如此 。 箱线图，顾明思义，是形状像箱子并展示一组或多组数据分布的统计图。...，Q3），表示整体数据中有75%的数据少于该值； 箱体中间的线代表中位数，是一组数从小到大排列，居于正中间的单个数或正中间两个数的均值； 箱体的长度代表第三四分位数和第一四分位数的差值，也称为四分位间距...第一印象柱子的高度一样，反应出四套数据集的平均值是一样的。 看起来只是误差线高低不同，反应出数据存在一些波动。 从这个柱状图很难想到背后的数据分布会如子图a中所示，差别那么大。...每个点可以视作一个细胞，其在Y轴对应的值表示该基因在相应簇（簇的名字在X轴显示）的细胞里面的表达值。小提琴的宽度表示表达有对应表达值的细胞的密度。...箱线图绘制方法 R语言学习 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 箱线图一步法 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 推荐使用功能强大的在线绘图网站-ImageGP
若希望显示出的不是频数，而是频率，则可以通过为y 赋值，将直方图计算出的统计结果重新映射给比例 ..prop.. 。...散点图 jitter 通过为本来重叠在同一位置的点添加随机的“抖动”，使重叠的点产生错位，也因此能够完全地显示在图像里。 柱状图 dodge 可以让组中的直方图并列显示。...与 stack 类似，只不过显示的是各部分占其整体的比重。...练习题 6-2 #练习6-2 # 1.尝试写出下图的代码 # 数据是iris # X轴是Species # y轴是Sepal.Width # 图是箱线图 library(ggplot2) test =...尝试在此图上叠加点图， # 能发现什么问题？ 点图覆盖在箱线图上。后设定的图层在更靠近顶层的位置。
三 几何对象（Geometric） 几何对象代表我们在图中实际看到的图形元素，如点、线、多边形等。...箱式图 箱线图通过绘制观测数据的五数总括，即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数以及最大值，描述了变量值的分布情况。...同时箱线图能够显示出离群点（outlier），通过箱线图能够很容易识别出数据中的异常值。 #按切工(cut)分类，对价格(price)变量画箱式图，再按照color变量分别填充颜色。...2 坐标轴标尺修改（x , y） 本部分主要是对坐标轴做如下改变， 更改坐标轴名称 更改x轴上标数的位置和内容 显示对一个轴做统计变换 只展示一个区域内的点 更改刻度标签的位置 实现上面的这些可以使用scale_x...2 stat_smooth 对原始数据进行某种统计变换计算，然后在图上表示出来，例如对散点图上加一条回归线。
ggplot2画箱线图默认情况下所有的线都是实线，如下 ggplot(HMP,aes(x=country,y=log10(rel_crAss)))+ geom_boxplot() ?...但是现在遇到一个问题是所有的线都变成虚线了，我想要矩形的边框变成实线，那该如何实现呢？...stackoverflow.com/questions/53170465/how-to-make-a-base-r-style-boxplot-using-ggplot2 原来有一个函数stat_boxplot()可以只画箱线图的矩形...直接把这个图形叠加到全是虚线边框的箱线图上就可以了 ggplot(HMP,aes(x=country,y=log10(rel_crAss)))+ geom_boxplot(linetype="dashed...添加最大值最小值的小横线 ggplot(HMP,aes(x=country,y=log10(rel_crAss)))+ geom_boxplot(linetype="dashed",color="blue
在ggplot的官方手册中提及到， 一张统计图形是由从数据到几何对象（geometric object，记为geom，如点，线，条形等），图形属性（aesthetic attributes，记为aes，...如颜色，形状，大小）的一个映射。...例如对散点图上加一条回归线 #统计变换 ggplot(small.diamonds,aes(x=carat,y=price))+geom_point()+scale_y_log10()+stat_smooth..., ylab显示出图标题，x轴，y轴，ggplot2提供了ggtitle(), xlab()和ylab()来实现。...ggplot2还提供一些已经写好的主题，如theme_grey()为默认主题，theme_bw()为白色背景的主题，还有theme_classic()主题 theme_economist theme_economist_white
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