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Python 算法高级篇:图表示与存储优化

本文将详细介绍图基本概念、不同表示方法,以及如何在 Python 实现它们。 ❤️ ❤️ ❤️ 1. 什么是图? 图是由节点(顶点)和它们之间边组成抽象数据结构。...如果节点 i 与节点 j 之间存在边,则在矩阵 ( i , j ) 和 ( j , i ) 位置上将包含相应信息,权重。否则,这些位置将包含空或零。...邻接缺点: 查找两个节点之间边可能需要遍历列表,效率较低。 不适用于快速查找整个图全局性质。 4. 优化存储方法 在实际应用,我们经常需要在表示图时进行优化,以便更有效地处理各种操作。...邻接矩阵压缩表示 对于稀疏图,可以使用邻接矩阵压缩表示,稀疏矩阵或邻接列表数组,以减少空间消耗。 4.2. 邻接哈希表表示 使用哈希表来表示邻接表,以加速节点之间边查找。 5....使用示例 让我们通过一个简单示例来演示如何在 Python 中表示图。我们将创建一个无向图,并使用邻接表表示法。

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GNN入门必看!Google Research教你如何从毛坯开始搭建sota 图神经网络

近几年,神经网络在自然语言、图像、语音等数据上都取得了显著突破,将模型性能带到了一个前所未有的高度,但如何在图数据上训练仍然是一个可研究。...每个非边界像素恰好有8个相邻节点,并且存储在每个节点上信息是表示像素 RGB 三维向量。 可视化图连通性一种方法是邻接矩阵。...由于GNN不会更新输入图连通性,因此可以使用与输入图相同邻接列表和相同数量特征向量来描述GNN输出图。 构建了一个简单GNN后,下一步就是考虑如何在上面描述任务中进行预测。...实际情况可能更复杂,例如图形信息可能存储在边,而且节点中没有信息,但仍然需要对节点进行预测。所以就需要一种从边收集信息并将其提供给节点进行预测方法。 可以通过Pooling来实现这一。...本质上,消息传递和卷积是聚合和处理元素邻居信息以更新元素操作。在图中,元素是节点,在图像,元素是像素。然而,图中相邻节点数量可以是可变,这与图像每个像素都有一定数量相邻元素不同。

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利用Graph-tool进行图可视化处理

下面稍微整理下大概用途,方便查找graph_tool主要用于是图加载、构建、删除、持久化、迭代graph_tool.centrality主要用于计算与图中心度相关信息graph_tool.clustering...graph_tool.topology主要包装了图拓扑性质,比如最短路,最小生成树,拓扑排序等等graph_tool.util主要是一些节点和边查找方法 简单说明 图构建 graph-tool支持有向图和无向图...PropertyMap对象 这个对象是graph_tool封装一个映射工具,文档在这里,以后经常会用到。...他其实是对C++Map进行一个封装,键类型被限定为了'e','v','g',而可以映射为int,float,vector等多种c++类型,用法如下: import graph_tool.all...,旋转 我们可以拖动节点从而改变图形状 对图片进行修改后,在我们关闭界面之后,修改后布局会被更新到pos参数里 vertex_*,edge_*属性 这些属性可以指定具体画图样式,样式表可以参见文档

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深度学习图原理

图可以具有某些属性,这些属性限制了可以对其执行可能操作和分析。这些属性可以被定义。 1.2 图定义 首先,让我们介绍一些定义。...邻接矩阵可以是“带权重”,这基本上意味着每条边都有与之关联,所以不是1,而是将放在相应矩阵坐标。这些权重可以代表任何你想要东西。...D本质上是一个对角矩阵,其中对角线每个都是其对应节点度数。 各种类型图和矩阵(由欧洲生物信息学研究所提供) 不要忘记度数只是邻接矩阵每一行总和。...这很好地引出了最后矩阵: 拉普拉斯矩阵(L): 图拉普拉斯矩阵是通过从邻接矩阵减去度矩阵而得到: 度矩阵每个都减去了相应邻接矩阵,如下所示: 图矩阵三合一(由维基百科提供) 还有其他图矩阵表示法...,关联矩阵,但绝大多数应用于图类型数据GNN应用都使用这三个矩阵一个、两个或全部。

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深度学习图原理

图可以具有某些属性,这些属性限制了可以对其执行可能操作和分析。这些属性可以被定义。 1.2 图定义 首先,让我们介绍一些定义。...邻接矩阵可以是“带权重”,这基本上意味着每条边都有与之关联,所以不是1,而是将放在相应矩阵坐标。这些权重可以代表任何你想要东西。...这很好地引出了最后矩阵: 拉普拉斯矩阵(L): 图拉普拉斯矩阵是通过从邻接矩阵减去度矩阵而得到: 度矩阵每个都减去了相应邻接矩阵,如下所示: 图矩阵三合一(由维基百科提供) 还有其他图矩阵表示法...,关联矩阵,但绝大多数应用于图类型数据GNN应用都使用这三个矩阵一个、两个或全部。...通过网络数据前向或后向传播类似于图中消息传递。图中边缘或节点特征类似于神经网络权重。请注意,一些节点甚至具有我们之前提到自环(RNNs — 循环神经网络特性)。

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图机器学习无处不在! 用 Transformer 可缓解 GNN 限制

节点层通常是对节点属性预测,例如 Alphafold 使用节点属性预测来预测给定分子整体图原子 3D 坐标,从而预测分子如何在 3D 空间中折叠,这是一个困难生物化学问题。...在子图级别,可进行社区检测或子图属性预测。社交网络可通过社区检测来确定人们联系方式。子图属性预测多应用在行程系统,例如谷歌地图,可用于预测预计到达时间。...其中,邻接矩阵是一个方阵(节点大小×节点大小),指示哪些节点直接连接到其他节点。要注意是,由于大多数图并不是密集连接,因此具有稀疏邻接矩阵会使计算更加困难。...Networks,学习根据它们重要性来权衡不同邻居(Transformer); GraphSAGE,在使用最大集合在几个步骤聚合信息之前,在不同对邻居进行采样; Graph Isomorphism...(从拉普拉斯特征向量/计算)结合起来,用作注意力键和查询,注意力是边缘特征。

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图数据库内部结构 (NEO4j)

Neo4j是一个具有原生处理(native processing)功能和原生图存储(native graph storage)图数据库 1.原生图处理 原生图处理:存在免索引邻接属性,因此她提供快速高效图遍历...这些索引对每个遍历都添加一个间接层,因此会导致更大计算成本。原生图处理拥护者认为免索引邻接至关重要,因为它提供快速、高效图遍历。 索引查找在小型网络可以工作,但对于大图查询代价太高。...具有原生图处理能力图数据库在查询是不是使用索引查找来扮演联系角色,而是使用免索引邻接来确保高性能遍历。 非原生图处理引擎使用索引进行节点间遍历 ?...索引查找在小型网络还可以,但是在大图中查询代价太高,具有原生图处理能力图数据库在查询时不是使用索引查找,而是使用免索引零连接来确保高性能遍历,下图为Neo4j使用关系而非索引实现快速遍历...同时属性记录可以内联和动态存储,在属性存储占用小时,会直接存储在属性记录,对于大属性,可以分别存储在动态字符存储(neostore.propertysotre.db.strings)和动态数组存储

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【愚公系列】软考中级-软件设计师 014-数据结构(考点简介)

欢迎 赞✍评论⭐收藏前言数据结构是一种组织和存储数据方式,它涉及如何在计算机存储和访问数据方法和技术。数据结构可以用来解决不同类型问题,包括搜索、排序、插入和删除等操作。...4.图图是一种用于表示对象和对象之间关系数据结构。它由一组节点和一组边组成,节点表示对象,边表示对象之间关系。图可以用于解决许多现实世界问题,网络拓扑分析、社交网络分析、路径规划等。...图表示方法有多种,包括邻接矩阵和邻接表。邻接矩阵是一个二维数组,用于表示节点之间连接关系。邻接表则是一个链表数组,用于表示每个节点邻接节点。...图应用非常广泛,可以应用于各种领域,计算机网络、社交网络、地理信息系统等。5.查找查找是数据结构中常用操作之一,用来在一个数据集合寻找特定元素或者满足特定条件元素。...除了以上三种常见查找算法,还有其他一些特定场景下查找算法,树结构查找(二叉查找树、红黑树等)、图结构查找(深度优先搜索、广度优先搜索等)等。

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图机器学习无处不在,用 Transformer 可缓解 GNN 限制

节点层通常是对节点属性预测,例如 Alphafold 使用节点属性预测来预测给定分子整体图原子 3D 坐标,从而预测分子如何在 3D 空间中折叠,这是一个困难生物化学问题。...在子图级别,可进行社区检测或子图属性预测。社交网络可通过社区检测来确定人们联系方式。子图属性预测多应用在行程系统,例如谷歌地图,可用于预测预计到达时间。...其中,邻接矩阵是一个方阵(节点大小×节点大小),指示哪些节点直接连接到其他节点。要注意是,由于大多数图并不是密集连接,因此具有稀疏邻接矩阵会使计算更加困难。...Networks,学习根据它们重要性来权衡不同邻居(Transformer); GraphSAGE,在使用最大集合在几个步骤聚合信息之前,在不同对邻居进行采样; Graph Isomorphism...(从拉普拉斯特征向量/计算)结合起来,用作注意力键和查询,注意力是边缘特征。

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SciPy 稀疏矩阵(4):LIL(下)

在同质图分析,常用技术和算法包括图论基本概念,度、路径、连通性等,以及社区检测、中心性度量、网络扩散模型等。...例如,在社交网络分析,异质图可以同时表示用户、内容和互动等多种元素,而在推荐系统,它能够同时考虑用户偏好、商品属性和评分数据。...这些算法包括图遍历算法(深度优先搜索、广度优先搜索等)、图连通性算法( Floyd 算法、Warshall 算法等)、以及图匹配算法(匈牙利算法、KM 算法等)。...在邻接,每个顶点都通过一个链表来表示与之相邻顶点,这使得添加、删除和查找边变得非常简单和快速。此外,邻接表还可以实现动态图结构,即在运行时可以轻松地添加和删除顶点和边。...如果两个顶点之间存在一条边,那么邻接矩阵对应位置就是 1;如果两个顶点之间不存在边,那么对应位置就是 0。由于同质图是无向图,所以它邻接矩阵是一个方阵,即行数和列数相等矩阵。

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【地铁上面试题】--基础部分--数据结构与算法--树和图

根据节点之间关系和属性,树形态和特性可以有很多种类,二叉树、二叉搜索树、平衡树等。了解这些概念和术语有助于我们更好地理解树结构以及相关操作和算法。...Tip:树特点和性质使其具有良好层级结构,适用于许多实际应用场景,文件系统、数据库索引、组织结构等。...平衡树(AVL树、红黑树)查找操作: 时间复杂度: 最好情况:O(log n),平衡树保持平衡特性使得查找操作时间复杂度保持在树高度。...对于包含 N 个节点图,邻接矩阵是一个 N×N 矩阵。矩阵元素表示节点之间连接关系,如果两个节点之间存在边,则对应位置元素为 1 或边权重,否则为 0 或者其他特定表示。...在DFS函数,首先标记当前节点为已访问,并输出节点,然后递归地访问当前节点邻接节点,直到所有节点都被访问过。

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数据结构与算法-面试

因为平衡因子只能是 -1 0 1 即其绝对不超过1。 简述红黑树 红黑树是保持黑平衡二叉树,其查找会比AVL树慢一,添加和删除元素会比AVL树快一。增删改查统计性能上讲,红黑树更优。...红黑树主要特征是在每个节点上增加一个属性表示节点颜色,可以红色或黑色。红黑树和 AVL 树类似,都是在进行插入和删除时通过旋转保持自身平衡,从而获得较高查找性能。...有向图:边具有方向性 无向图:边不具有方向性 简述邻接矩阵 用一个二维数组存放图顶点间关系数据,这个二维数组称为邻接矩阵。...对于无向图,邻接矩阵是对称矩阵 简述邻接邻接表是通过链表表示图连接关系一种方。对于表头结点所对应顶点存在相邻顶点,则把相邻顶点依次存放于表头结点所指向单向链表。...; 二叉查找右子树若不为空,则右子树上所有结点均大于它根结点; 二叉查找左、右子树也分别为二叉查找树; 没有键值相等结点。

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【算法与数据结构】--常见数据结构--树与图

一、二叉树 二叉树(Binary Tree)是一种重要树状数据结构,它由节点构成,每个节点最多有两个子节点:一个左子节点和一个右子节点。这种结构使得二叉树在计算机科学和编程具有广泛应用。...1.2 二叉树常见类型: 二叉搜索树(Binary Search Tree,BST):一种有序二叉树,左子树上节点小于根节点,右子树上节点大于根节点,这个性质使得二叉搜索树用于快速查找、插入和删除操作...,以及如何在C#和Java实现二叉树基本操作。...不同类型图和图算法被用于不同问题,最短路径问题、网络流问题、最小生成树问题等。了解这些基本概念是理解和使用图关键。 三、常见图算法 图算法是解决图数据结构各种问题算法。...常见二叉树类型包括二叉搜索树、平衡二叉树和二叉堆。遍历方式有前序、序、后序和层次遍历。图是用于表示多个对象之间关系数据结构,具有节点和边,包括有向图和无向图。

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《大话数据结构》总结第一章 绪论第二章 算法第三章 线性表第四章 栈和队列第五章 字符串第六章 树第七章 图第八章 查找第九章 排序

我们把路径上各个活动所持续时间之和称为路径长度,从源点到汇具有最大长度路径叫关键路径,在关键路径上活动叫关键活动。...它主要操作有:(1)查询某个“特定”数据元素是否在查找。(2)检索某个“特定”数据元素和各种属性。...顺序查找(Sequential Search)又叫线性查找,是最基本查找技术,它查找过程是:从表第一个(或最后一个)记录开始,逐个进行记录关键字和给定比较,若某个记录关键字和给定相等,则查找成功...折半查找基本思想是:在有序表,取中间记录作为比较对象,若给定与中间记录关键字相等,则查找成功;若给定小于中间记录关键字,则在中间记录左半区继续查找;若给定大于中间记录关键字,则在中间记录右半区继续查找...一个m阶B树具有如下属性: • 如果根结点不是叶结点,则其至少有两棵子树。 • 每一个非根分支结点都有k-1个元素和k个孩子,其中。每一个叶子结点n都有k-1个元素,其中。

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数据结构与算法

六、二叉查找树 二叉查找树(二叉排序树)或者是一棵空树,或者是具有下列性质二叉树: 每个结点都有一个作为查找依据关键字(key),所有结点关键字互不相同。...一个m阶B树具有如下属性: 树每个结点至多有m棵子树; 根结点至少有2棵子树; 除根结点以外所有非叶结点至少有m/2(向上取整)棵子树; 所有非叶结点中包含下列信息数据 ( n, A0 , K1 ,...使用邻接矩阵mat[][]存储图,利用4个辅助数组ve[],vl[],e[],l[]进行计算,以下顶点v_0指所有入度为零,顶点v_{n-1}指所有入度为零: ve[i]:事件最早发生时间,源点...查找表:是由同一类型数据元素(或记录)组成数据集合。 关键字:数据元素某个数据项,用以表示该数据元素。 主关键字:可唯一识别一个数据元素。...1号同学将所有的灯都关掉;2号同学将编号为2倍数灯都打开;3号同学则将编号为3倍数灯作相反处理(该号灯打开,则关掉;关闭,则打开);以后同学都将自己编号倍数灯,作相反处理。

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学习算法必须要了解数据结构

下例是一个大小为4简单数组: ? 每个数据元素都会分配一个称为索引,该对应于该项目在数组位置。大多数语言将数组起始索引定义为0。...树类似于图形,但区分树和图形关键是树不存在循环。树结构广泛用于人工智能和复杂算法,以提供解决问题有效存储机制。这是一个简单树图像,以及树数据结构中使用基本术语: ?...以下是树木类型: N-ary树 平衡树 二叉树 二叉搜索树 AVL树 红黑树 2-3树 常见Tree面试问题 找到二叉树深度 在二叉搜索树查找第k个最大 查找距离根“k”距离节点 在二叉树查找给定节点根节点...哈希数据结构性能取决于以下三个因素: 哈希函数 哈希表大小 碰撞处理方法 这是一个如何在数组映射哈希说明。该数组索引是通过哈希函数计算。 ?...常见哈希面试问题 在数组查找对称对 追踪完整旅程路径 查找数组是否是另一个数组子集 检查给定数组是否不相交

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图神经网络数学原理总结

可以将连接信息存储在邻接矩阵A: 我假设本文中图是无加权(没有边权或距离)和无向(节点之间没有方向关联),并且假设这些图是同质(单一类型节点和边;相反是“异质”)。...因此节点具有所表示实体一系列属性。这些节点属性形成了节点特征(即“节点特征”或“节点嵌入”)。 通常,这些特征可以用Rd向量表示....这个向量要么是潜维嵌入,要么是以每个条目都是实体不同属性方式构造。 例如,在社交媒体图中,用户节点具有可以用数字表示年龄、性别、政治倾向、关系状态等属性。...现在我们知道了如何在图中表示节点和边,让我们从一个具有一堆节点(具有节点特征)和边简单图开始。 消息传递 gnn以其学习结构信息能力而闻名。...通常,具有相似特征或属性节点相互连接(比如在社交媒体)。GNN利用学习特定节点如何以及为什么相互连接,GNN会查看节点邻域。 邻居Ni,节点I集合定义为通过边与I相连节点j集合。

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C++ 不知图系列之基于邻接矩阵实现广度、深度搜索

前言 ---- 图是一种抽象数据结构,本质和树结构是一样。 图与树相比较,图具有封闭性,可以把树结构看成是图结构基础部件。在树结构,如果把兄弟节点之间或子节点之间横向连接,便构建成一个图。...以此可使用算法方便计算出航班线路最短路径、如火车线路最佳中转方案,社交圈谁与谁关系最好、婚姻网谁与谁最般配…… 2.1 图概念 ---- 顶点:顶点也称为节点,顶点本身是有数据含义...findPath( fv,tv):查找从一个顶点到另一个顶点之间路径。 …… 3. 图存储 ---- 图存储实现主流有 2 种:邻接矩阵和链接表,本文主要介绍邻接矩阵。... graph[5][5] 可以存储 5 个顶点关系数据,行号和列号表示顶点,第 v 行第 w 列交叉单元格表示从顶点 v 到顶点 w 权重, grap[2][3]=6 表示 C2...邻接矩阵适合表示关系复杂图结构,互联网上网页之间链接、社交圈中人与人之间社会关系…… 3.2 编码实现邻接矩阵 ---- 3.2.1 基本函数 ---- 因顶点本身有数据含义,需要先定义顶点类型

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图机器学习入门:基本概念介绍

在图形结构,数据以图形式表示,其中节点(或顶点)表示实体,边(或链接)表示实体之间关系。 本篇文章将从基础开始介绍什么是图,我们如何描述和表示它们,以及它们属性是什么。...可以看到在矩阵对角线上没有1意味着没有自环(节点与自身相连) 对于一个节点i计算一个节点边(或它度),沿着行或列求和: 无向图中总边数是每个节点度之和(也可以是邻接矩阵之和): 因为在无向图中...这种类型图扩展了我们对双部图看法。 异构图 异构图(也称异质图)是一种具有不同类型节点和边图。...我们可以将前馈神经网络定义为有向无环图(DAG),因为DAG 总是有一个结束(也称为叶子节点)。 总结 在本文中,我们介绍了什么是图及其主要属性,尽管图看起来很简单,但可以实现无限变化。...例如,我们可以为节点和边分配权重和属性。在以后文章,我们将讨论如何在这些网络中使用算法(以及如何表示它们)。 作者:Salvatore Raieli

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图计算基本原理与数据存储方式

根据具体问题需求,可能需要进一步处理和分析结果,进行决策、优化或预测等。实际问题解决过程,还需要根据具体情况进行参数调优、算法优化和选择合适图计算工具或平台来支持计算操作。...每个顶点由一个唯一标识符(ID)来标识,并且可以附加任意数量属性。这些属性可以是名称/对,表示顶点特定特征。图数据库还可以支持对属性索引,以便更快地检索特定属性。...边存储方式:图数据库使用边来表示顶点之间关系。每个边都有一个起始顶点和一个结束顶点,还可以附加任意数量属性。边属性可以用来描述该关系特定属性。类似于顶点,边也可以具有索引来加快检索速度。...存储结构:图数据库使用一种高度优化数据结构来存储顶点和边。一种常见方法是通过邻接列表来存储图。邻接列表是一个由顶点索引和边列表组成数据结构,它记录了每个顶点直接连接边。...这种数据结构优点是可以快速查找某个顶点邻居顶点和关联边,但在处理大型图时可能会占用大量存储空间。存储引擎:图数据库还使用一种特殊存储引擎来管理数据物理存储。

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