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python脚本:nexus比对格式批量转化为fasta格式

MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 ALTER来完成比对格式转化的任务。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。

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Python MySQL 日期时间格式

1.我的MySQL中的start_time存储的是2018-03-21 10:55:32格式的时间,我需要按照YYYY-MM-DD格式来查询,我的MySQL中的sql是这样写的: SELECT * from...mytable WHERE DATE_FORMAT(start_time,"%Y-%m-%d")='2018-03-21'; 2.如果在Python中拼接的sql是: sql = "select *...3.但是如果将时间'2018-03-21'作为参数,注意,Python中的sql应该这样拼接: ss = "2018-03-21" sql = "select * from mytable where...DATE_FORMAT(start_time,'%Y-%m-%d')<"+"'"+ss+"'" cursor.execute(sql) 这里一定注意后面两个双引号包裹的单引号,这样拼接出来的sql才会有单引号包裹日期字符串...这样可以把Python拼接的sql进行print打印出来,就是: select * from mytable where DATE_FORMAT(start_time,'%Y-%m-%d')<'2018

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python时间日期格式化和反格式

time.strftime(fmt, d.timetuple())timetuple() 相反,datetime.strptime()类方法datetime从表示日期和时间的字符串以及相应的格式字符串创建...如果它们仍在使用,1900 则替换年份,以及1月份和日期。 对于date对象,不应使用小时,分钟,秒和微秒的格式代码,因为date对象没有这样的值。如果它们仍在使用,0则替代它们。...支持的全套格式代码因平台而异,因为Python调用平台C库的strftime()功能,平台变体很常见。要查看平台支持的完整格式代码集,请参阅strftime(3)文档。...00,01,...,53 (6) %c Locale的适当日期和时间表示。...1988年8月16日星期二21:30:00(en_US); Di 16 Aug 21:30:00 1988(de_DE) (1) %x Locale的适当日期表示。

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1、Python 日期时间格式化输出

今天帮朋友写自动化脚本,又需要用格式日期,又忘记怎么写了,还是写到自己博客里面,方便日后需要的时候看一眼吧。So,临时加一篇 Python 的文章。...1、Python的time模块 import time print(time.time()) #输出的是时间戳 print(time.localtime(time.time())) #作用是格式化时间戳为本地的时间...()))) 运行结果: C:\Python36\python.exe E:/python/test1/day1/test10.py 1508229738.234413 time.struct_time...python中时间日期格式化符号: %y 两位数的年份表示(00-99) %Y 四位数的年份表示(000-9999) %m 月份(01-12) %d 月内中的一天(0-31) %H 24小时制小时数...A.M.或P.M.的等价符 %U 一年中的星期数(00-53)星期天为星期的开始 %w 星期(0-6),星期天为星期的开始 %W 一年中的星期数(00-53)星期一为星期的开始 %x 本地相应的日期表示

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Python中对文件夹下的特定格式图像全部读取并转化为数组保存(也可转化为txt文件)

python下对图像进行批处理少不了读取文件夹下的全部图像,下面就以具体实例分享下对文件夹下的特定格式图像全部读取并转化为数组保存的代码,代码详解请见注释 代码同时包含了矩阵和一维数组的相互转化 -...item))] # return imageList # print getAllImages(r"D:\\test") def get_imlist(path): #此函数读取特定文件夹下的...bmp格式图像 return [os.path.join(path,f) for f in os.listdir(path) if f.endswith('.bmp')] c=get_imlist...(r"D:\test") #r""是防止字符串转译 print c #这里以list形式输出bmp格式的所有图像(带路径) d=len(c) #这可以以输出图像个数 data=numpy.empty...A=numpy.array(data[0]).reshape(28,28) #将一维数组转化为矩28*28矩阵 #print A savetxt('num7.txt',A,fmt="%.0f")

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