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「R」gtf文件抽取基因idname

参考文章http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/342计算FPKM值,发现计算完每个基因下所有外显子的总长度后,记录的都是ENSEMBL gene id,而我需要的是...奇怪的是GenomicFeatures既然把GTF文件读取进去了还抽取基因id了,但它就是不提供抽gene symbol的功能。...谷歌了一波没有发现满意的答案,有个refGenome包好像可以做,但读取文件半天卡死了,特别奇怪。最后还是自己动手,完成了6万个gene feature的转换。...整个提取操作包装为函数了,输入可以是文件名或已经导入的gtf文件数据框(最好还是文件吧)。由data.table包支持,速度杠杠的!....*" gene_id = sub(pattern_id, "\\1", input[[9]]) gene_name = sub(pattern_name, "\\1", input[[9

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如何导出python安装的所有模块名称版本号到文件

Python 模块 概念 python的模块是什么?简而言之,在python,一个文件(以“.py”为后缀名的文件)就叫做一个模块,每一个模块在python里都被看做是一个独立的文件。...分类 在Python模块分为以下几种: 系统内置模块,例如:sys、time、json模块等等; 自定义模块,自定义模块是自己写的模块,对某段逻辑或某些函数进行封装后供其他函数调用。...注意:自定义模块的命名一定不能系统内置的模块重名了,否则将不能再导入系统的内置模块了。...在另一台服务器上想部署相同的包,只需运行: $ pip install -r requirements.txt 总结 到此这篇关于导出python安装的所有模块名称版本号到文件的文章就介绍到这了,更多相关...python 模块名称版本号导出内容请搜索ZaLou.Cn以前的文章或继续浏览下面的相关文章希望大家以后多多支持ZaLou.Cn!

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使用 LlamaIndex、Elasticsearch Mistral 进行检索增强生成(RAG)

代理提供了索赔流程的协助,顾客表示了宽慰感激。" } 我们在index.py定义了一个名为get_documents_from_file的函数,它读取json文件并创建一个文档列表。...# index.py # 加载.env文件内容到env # ELASTIC_CLOUD_IDELASTIC_API_KEY预期在.env文件 load_dotenv('.env') # ElasticsearchStore...SentenceSplitter:get_documents_from_file()的定义所示,每个文档都有一个文本字段,其中包含json文件的对话。这个文本字段是一段很长的文本。...size=1 到目前为止,我们所做的是JSON文件创建文档,我们将它们分块,为这些块创建嵌入,并将嵌入(和文本对话)存储在一个向量存储(ElasticsearchStore)。...在后续的博客,我们将看到如何在RAG流程屏蔽PII信息后再发送到外部LLM。

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Python与Excel协同应用初学者指南

标签:Python与Excel协同 本文将探讨学习如何在Python读取导入Excel文件,将数据写入这些电子表格,并找到最好的软件包来做这些事。...数据可能位于Excel文件,也可能使用.csv、.txt、.JSON文件扩展名来保存。数据可以是定性的,也可以是定量的。根据计划解决的问题类型,数据类型可能会有所不同。...就像可以使用方括号[]工作簿工作表的特定单元格检索值一样,在这些方括号,可以传递想要从中检索值的确切单元格。...图17 至此,还看到了如何在Python中使用openpyxl读取数据并检索数据。很多人可能会觉得这是一种非常困难的处理这些文件的方法,当还没有研究如何操作数据时,这肯定会更加复杂。...,即标题(cols)行(txt); 4.接下来,有一个for循环,它将迭代数据并将所有值填充到文件:对于0到4的每个元素,都要逐行填充值;指定一个row元素,该元素在每次循环增量时都会转到下一行;

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Instaloctrack:一款针对Instagram的强大OSINT公开资源情报工具

在该工具的帮助下,广大研究人员可以轻松收集目标Instagram账户配置文件上可用的所有地理标记位置,以便将其绘制在地图上,然后将其转储到JSON。...工具运行机制 该工具基于Selenium的webdriver实现其功能,因此Instaloctrack才能够爬取整个目标Instagram配置文件检索帐户的所有数据以及图片链接。...接下来,工具将会异步检索每个图片链接,检查它是否包含图片描述的位置,如果存在位置数据,则检索该位置的数据以及时间戳。...注意:由于2018年Instagram不推荐使用其位置API,并且无法再获取图片的GPS坐标,我们只能检索位置的名称。...除此之外,整个过程中所收集到的数据(位置名称、时间戳、GPS坐标、错误信息)都将被存储到JSON文件,以供后续使用。

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干货 | 常用提权辅助工具推荐

六、accesschk.exe 1、简介 AccessChk是微软提供的一款安全检查工具,是Sysintenals集合的一款工具,使用它可以对Windows系统的一些系统文件、服务、注册表等进行管理维护排查等功能...自定义产品版本,20H2 -f FILE, --file FILE ps1脚本运行后产生的.json文件 2.使用方式 1....将运行后产生的KB.json文件移动到cve-check.py所在的目录 3. 安装一些python3模块 python3 -m pip install requirements.txt 4....若使用脚本扫描到的系统名称版本不准确,可以使用-n,-N进行指定 八、gtfo 1、简介 特征。该工具的唯一功能是让您能够终端搜索gtfobinslolbas。...python3 vulmap.py -u http://testphp.vulnweb.com RCE漏洞使用id命令 python3 vulmap.py -u http://example.com

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面试之Solr&Elasticsearch

2.支持添加多种格式的索引,:HTML、PDF、微软 Office 系列软件格式以及 JSON、XML、CSV 等纯文本格式。 3.Solr比较成熟、稳定。...,在内存初始化一个词典,然后在分词过程逐个读取字符,字典的字符相匹配,把文档所有词语拆分出来的过程 solr的索引查询为什么比数据库要快 Solr使用的是Lucene API实现的全文检索。...如何分词,新增词禁用词如何解决 schema.xml文件配置一个IK分词器,然后域指定分词器为IK 新增词添加到词典配置文件ext.dic,禁用词添加到禁用词典配置文件stopword.dic,...倒排索引是一种像数据结构一样的散列图,可将用户单词导向文档或网页。它是搜索引擎的核心。其主要目标是快速搜索数百万文件查找数据。 一般情况下,像下面的一样,在书中我们已经倒过来索引。...Elasticsearch的架构是一种映射,它描述了JSON文档的字段及其数据类型,以及它们应该如何在Lucene索引中进行索引。

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测试工程师必备高效办公工具指南

那么我们如何在繁忙的工作尽量提高自己的工作效率呢?例如下面的小石:) ? 同时被这么多任务并行,相信如果是个小白不知道怎么处理,此时心态已经炸了吧! 而且可能同事还要这么说! ?...:☆☆☆☆ 用途:文件太多,直接使用Everything 针对文件名称+文件类型 快速检索,方便快捷,结果精准 ?...测试必备工具#bejson 在线使用地址:https://www.bejson.com/ 推荐指数:☆☆☆☆☆ 用途:(个人用的比较多的)其他功能很齐全,慢慢体验 *在线比对自己编写的代码 *接口参数json...uninstalltool卸载软件的优化版本 推荐指数:☆☆☆☆☆ 用途:例如我之前就安装python2使用系统自带删除卸载,部分注册表信息以及环境无法全部删除,后来使用该工具搜索识别扫描,直接根治删除,在安装python3...*3个应用程序分类:软件,系统隐藏 *移除系统启动时自动运行的程序 *3种应用程序排序方式:软件名称,占用空间安装日期 *可以删除标准'添加/删除程序'所不能删除的程序 *使用强制删除可以卸载注册表的相关条目

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lxml网页抓取教程

本教程使用Python3代码段,但所有内容都可以在Python2上运行,只需进行少量更改。 Python的lxml是什么? lxml是在Python处理XMLHTML最快且功能丰富的库之一。...不同之处在于dump()只是将所有内容写入控制台而不返回任何内容,tostring()用于序列化并返回一个字符串,您可以将其存储在变量或写入文件。dump()仅适用于调试,不应用于任何其他目的。...如何在Python中使用LXML 解析XML文件? 上一节是关于创建XML文件的Python lxml教程。在本节,我们将研究如何使用lxml库遍历操作现有的XML文档。...请注意,不支持直接文件读取。文件内容应首先以字符串形式读取。这是同一HTML文件输出所有段落的代码。...请注意,xpath()方法返回一个列表,因此在此代码片段仅获取第一项。 这可以很容易地扩展为HTML读取任何属性。例如,以下修改后的代码输出结果为国旗的国家名称图像URL。

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一种使用 Redis 深度驱动的,为构建轻量级分布式应用程序(Microservices)的工程方案

我们将详细研究 Hydra 如何使用 Redis 来实现所有这些功能。 请记住,这里的目标是展示如何做到这一点 —— 而不是说每种方法都是您应该如何在自己的服务实现该特性。...并非每个 key 中都存在所有段。例如,某些 key 不需要服务名称(Service name)实例ID(instance ID)。 这是用户服务(user service) key 的示例。...在此示例,主机名也恰好是Docker 容器 ID。 我们可以使用 Redis “hgetall” 命令检索有关所有可用实例的信息。...“to”,“frm” “bdy” 字段是必填字段,服务可以自由地在 “body” 对象包含自己的自定义字段。 让我们看看如何在实践中使用它。...同样,我们可以列出Redis所有发布/订阅通道(Pub/Sub Channnel)。消息可以通过这些通道发送,并由侦听器(listeners)检索

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一种使用 Redis 深度驱动的,为构建轻量级分布式应用程序(Microservices)的工程方案

段标签被命名为:前缀(Prefix)、服务名称(Service name)、实例 ID(Instance ID类型(type)。...并非每个 key 中都存在所有段。例如,某些 key 不需要服务名称(Service name)实例ID(instance ID)。 这是用户服务(user service) key 的示例。...我们看到前缀 hydra:service 后跟服务名称,在本例为 “user-svcs”。接下来,我们看到唯一的实例ID(unique instance ID)。...第一个 key 是 “asset-svcs” 的名称 —— 由 asset service 的所有实例共享。 接下来,我们将看到三个具有惟一实例id的附加 key。三个服务实例各有一个。...所做的一切就是创建一个 hash 条目,其键由服务名称版本组成, 并将文件内容字符串序列化后(stringified)作为其值。

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第03篇-如何安装与设置Elasticsearch API

这意味着,当文档(应为JSON格式)保存在Elasticsearch时,其地址看起来像 index name:这类似于SQL world的数据库名称。这是必不可少的信息。...3.3阅读文件 可以使用带有索引名称,类型名称其中指定的文档ID的GET请求elasticsearch检索文档。...这充当该文档的准确地址(前提是所传递的所有三个信息都是准确的),Elasticsearch将为我们获取该文档。让我们看看如何检索刚刚索引的文档。...元数据包括其他信息检索状态为“已找到”。 3.4更新文件 如果需要更新已经建立索引的文档的字段怎么办?Elasticsearch为我们提供了此操作的更新API。...该请求还包含有关要更新的文档的所有信息(索引名称,类型名称和文档ID),以便Elasticsearch可以找到该文档并对该特定字段进行更改(这不是它的确切工作方式,而是目前,我们正在深潜)。

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《书生·浦语大模型实战营》第3课 学习笔记:搭建你的 RAG 智能助理(茴香豆)

1.2 下载基础文件 复制茴香豆所需模型文件,为了减少下载避免 HuggingFace 登录问题,所有作业教程涉及的模型都已经存放在 Intern Studio 开发机共享文件。... 其中多为技术无关的主题或闲聊 :“nihui 是谁”, “具体在哪些位置进行修改?”...确定的回答的问题会利用基础模型提取关键词,在知识库检索 top K 相似的 chunk,综合问题检索到的 chunk 生成答案。...3.1 加入网络搜索 茴香豆除了可以本地向量数据库检索内容进行回答,也可以加入网络的搜索结果,生成回答。...现支持 书生·浦语 通义千问 模型类型,调用 transformers 的 AutoModels 模块,除了模型路径,输入 Huggingface 上的模型名称*“internlm/internlm2

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Go之Viper

特性 它支持以下特性: 设置默认值 JSON、TOML、YAML、HCL、envfileJava properties格式的配置文件读取配置信息 实时监控重新读取配置文件(可选) 环境变量读取...对于位于用户$HOME目录的配置文件没有任何扩展名,.bashrc; 当你使用如下方式读取配置时,viper会./conf目录下查找任何以config为文件名的配置文件,如果同时存在..../conf/config.json./conf/config.yaml两个配置文件的话,viper会哪个配置文件加载配置呢?.../conf") 写入配置文件 配置文件读取配置文件是有用的,但是有时你想要存储在运行时所做的所有修改。...import _ "github.com/spf13/viper/remote" Viper将读取Key/Value存储(例如etcd或Consul)的路径检索到的配置字符串(JSON、TOML、

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python3使用json、picklesqlite3持久化存储字典对象

斐波那契数列的每一个元素,都等于前一个数前前一个数的,即: f(n)=f(n-1)+f(n-2) ,而最常见的斐波那契数列的前两位数都是1。...(data) 执行这个python文件,我们可以获得如下所示的输出: [dechin@dechin-manjaro store_class]$ python3 json_dic.py {'1': 1...同时在python3的库中一般也自带了sqlite3,不需要自己安装,下面我们用ipython演示一下如何在python中使用sqlite3数据库: [dechin@dechin-manjaro store_class...其中每一个元组代表一个满足检索条件的键值对,每一个元组的元素代表每一列的值。...这里三种方案实际上各有优劣,推荐的使用场景为:在轻量级、日常使用可以重点使用json格式进行对象的存储,我们也可以很方便的在系统上直接查看json格式的文件内容;在多用户或多进程使用的案例,推荐使用

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何在 Windows 上安装 Angular:Angular CLI、Node.js 构建工具指南

近年来,它还被用来发布前端包库, Angular、React、Vue.js 甚至 Bootstrap。...build (b): 将 Angular 应用程序编译到给定输出路径上名为 dist/ 的输出目录。必须工作空间目录执行。 config: 检索或设置 Angular 配置值。...之后,您将使用目录结构一堆配置代码文件创建项目。它将主要采用 TypeScript JSON 格式。...我们看看各个文件的作用: /e2e/:包含网站的端到端(模拟用户行为)测试 /node_modules/:使用 npm install 将所有 3rd 方库安装到此文件夹 /src/:包含应用程序的源代码...的配置文件 angular.json:包含 CLI 的配置 package.json:包含项目的基本信息(名称、描述依赖项) README.md:包含项目描述的 markdown 文件 tsconfig.json

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用于监控USB设备连接事件的取证工具

)USB设备,这些设备出现在历史记录但不会出现在auth.json; 当使用-s标志安装时创建加密存储(7zip存档)以在crontab调度程序的帮助下自动备份积累USB事件; 根据特定USB设备的...快速开始 usbrip可在PyPI下载安装: $ pip3 install usbrip 截图 Git Clone 为简单起见,让我们同意所有出现~/usbrip$前缀的命令都在~/usbrip目录执行...存储密码保存在/var/opt/usbrip/usbrip.ini。 ./installers/uninstall.sh脚本会系统删除所有安装项。...Help 获取模块名称列表: $ usbrip -h 获取特定模块的子模块名称列表: $ usbrip -h 获取特定子模块的所有开关列表: $ usbrip <submodule...序列号”列(-c COLUMN [COLUMN],--column COLUMN [COLUMN])按日期过滤外部文件获取的日志(-f FILE [FILE ...]

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ElasticSearch教程_Elasticsearch原理

弹性 : Elasticsearch 运行在一个分布式的环境设计之初就考虑到了这一点。 灵活性 : 具备多个案例场景。数字、文本、地理位置、结构化、非结构化。所有的数据类型都欢迎。...这意味着索引文档到可以搜索的时间只有轻微的延迟(通常是1秒)。 Cluster 集群是一个或多个节点(服务器)的集合,它们共同保存你的整个数据,并提供跨所有节点的联合索引搜索功能。...新建一个文件accounts.json,然后将数据复制粘贴到该文件,保存退出 在这个accounts.json文件所在目录下执行如下命令: curl -H "Content-Type: application...我们在”bank”索引检索,q=*参数表示匹配所有文档;sort=account_number:asc表示每个文档的account_number字段升序排序;pretty参数表示返回漂亮打印的JSON...默认情况下,会返回完整的JSON文档(PS:也就是返回所有字段)。这被成为source(hits._source) 如果我们不希望返回整个源文档,我们可以源文档只请求几个字段来返回。

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