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(数据科学学习手札37)ggplot2基本绘图语法介绍

,末尾2是因为Hadley写包一个习惯——先前版本不满意便写一个新版本名称不变仅在末尾加上2,reshape2等;   按照《图形语法》一书中观点,一张统计图形就是从数据到点、线或方块等几何对象颜色...、形状或大小等图形属性一个映射,其中还可能包含对数据进行统计变换(求均值或方差),最后将这个映射绘制在一定坐标系中就得到了我们需要图形。...也可以与其他包联动起来,如在加载MASS包情况下,传入method='rlm',便可以以一种异常值不敏感拟合方式绘制拟合直线: library(MASS) qplot(carat, price,...: qplot(color, price/carat, data=data, geom='boxplot') 我们还可以通过传入参数colour来控制点与箱线边框颜色、通过传入参数..., data=data, geom='density') 传入colour来绘制分组多条密度直线图: qplot(carat, data=data, geom='density

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R in action读书笔记(22)第十六章 高级图形进阶(下)

它将把第一幅图放置到第二幅图上面。具体来讲,第一个plot()函数把页面分割成一列 两行矩阵,并将图形放置到第一列、第一行中(自往下、从左至右地计数)。...图例将会被自动绘制 data :指定一个数据框 facets :指定条件变量,创建一个栅栏图。表达式rowvar~ colvar。...型添加回归线和置信区间带 ? 传动类型定义了行分面,而气缸数则定义了列分面。...Theme(主题)菜单一些选项仅与基础图形契合很好,一些则与ggplot2图形契合较好(标注),还有些ggplot2图形无效(识别点)。...这意味着你可通过鼠标观测点进行选择和识别,并且其中一幅图形观测点突出显示时,其他被打开图形将会自动突出显示相同观测点。另外,还可通过鼠标来收集图形对象(诸如点、条、线)和箱线图信息。

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数据可视化

那么,我们应该如何在图上找到我国呢,嗯,不如把人口数据也填进来。 下面是包含人口数据气泡图,气泡大小都和样本中人口数目成正比。...… 通过前几个样例观察,我们发现一个规律,人均GDP较高国家预期寿命普遍也比较高,下面我们就可以利用ggplot2提供平滑曲线来展示这个趋势。...此外,如果我们还可以将箱线图中数据散点化并绘制出如下结果。...,首先横轴代表着lifeExp各个区间,纵轴代表这个区间存在样本数,最后我们在每一个lifeExp数据用颜色区分样例来源于哪个大洲,于是我们得到了如下结果: 这里我们可以明显发现: 预期寿命长国家里...或许有的同学觉得上图还是比较凌乱,为了增强对比,我们可以选择将各个大洲统计图单独绘制,就像这个样子: qplot(lifeExp,data=X,geom="histogram", facets=continent

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常用 7 大类型图形可视化——变化趋势图形

引言 在进行数据分析时,免不了结果进行可视化。那么,什么样图形才最适合自己数据呢?...一个有效图形应具备以下特点: 能正确传递信息,而不会产生歧义; 样式简单,但是易于理解; 添加图形美学应辅助理解信息; 图形不应出现冗余无用信息。...这样,只要调用一次 geom_line,就会绘制多条彩色线,每条线代表 variable 列中每个唯一 value 。...text panel.grid.minor = element_blank()) # turn off minor grid 多个时间序列 如果从一个宽格式创建一个时间序列,则必须通过每条线调用一次...它强调随着时间推移视觉变化,而不是实际数值变化。这可以通过使用 geom_tile() 来实现。

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数据处理R包

: minutes、hours,years;与duration 有关函数通常在对应 period 函数前加 d,:dminutes、dhours,dyears。...在ggplot2中有两个主要绘图函数:qplot()以及ggplot()。 qplot: 顾名思义,快速绘图; ggplot:远比qplot()强大,可以一步步绘制十分复杂图形。...绘图 geom_bar函数里stat参数表示样本点做统计方式,默认为identity,表示一个x对应一个y,同时还可以是bin,表示一个x对应落到该x样本数。...(3)折线图 使用ggplot函数和geom_line函数,并分别指定一个变量映射给x和y > ggplot(BOD,aes(x=Time,y=demand)) + geom_line() + geom_point...> # pop人口,lat经度,long纬度 > qplot(long,lat,data) + borders("state",size=0.5) 绘制美国城市分布图,如下图3-23所示。

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nature genetics图表复现-自定义绘制散点图

❝本节来复现「nature genetics」一张图,自定义绘制误差线图;下面小编就通过一个详细案例介绍如何绘制此图;❞ 图形展示 ❝此图作为基础图形系列,但是又在基础图形基础做了一点细微变化...,误差线不展示「ymin&ymax」因此直接添加几何对象完成不能实现,此外也通过自定义绘制线条来进行注释以及Y轴标题添加上标;那么小编下方案例代码就来简单介绍如何用代码来解决这三个问题 ❞ 加载R包...stat_boxplot(outlier.shape = NA,width=0,aes(color=taxon,fill=taxon), show.legend = F) + # 添加误差线...geom_line(data = p_value1,aes(x = x, y = y,group=1))+ geom_line(data = p_value2,aes(x = x, y = y...,group=1))+ geom_line(data = p_value3,aes(x = x, y = y,group=1))+ labs(x=NULL,y="Number of taxon-specific

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散点图及数据分布情况

添加回归模型拟合线 5.7 根据已有模型向散点图添加拟合线 5.8 添加来自多个已有模型拟合线 5.9 向散点图添加模型系数 5.10 向散点图添加边际地毯 5.11 向散点图添加标签 5.12 绘制气泡图...当设定为包含两个数值向量时 #两个数值分别对应于x轴范围上下限. # samples: x轴包含样本量 # ...: 更多参数 predictvals <- function(model, xvar...,如何绘制模型对应拟合线?...当x轴y轴都是分类变量时候,气泡图可以表示网格点变量值 ##使用数据集HairEyeColor包含了592个学生头发眼睛颜色分布 # 创建一个数据框,男性组和女性组计数求和 hec <- HairEyeColor...#这里可以调整回归参数颜色等。

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了解绘制条形图和折线图细节

本章将以ggplot2为主进行学习啦~~ ---- 3.1 绘制基本条形图 Q:当你有一个包含两列数据框,一列为x轴位置,一列为y轴对应高度,基于此如何绘制条形图?...: #时间是连续性变量,此时会在x轴介于最小值和最大值之间所有可能取值范围处绘制条形 ggplot(BOD,aes(x=Time,y=demand))+geom_col() #使用factor函数将连续型变量转化为离散型变量...设置position='identity'避免系统因负值绘制堆积条形发出警告 ggplot(climate_sub, aes(x=Year,y=Anomaly10y,fill=pos))+ geom_col...,y轴取对数可以看出具体看出增长速度 ggplot(worldpop,aes(x=Year,y=Population))+ geom_line()+ geom_point()+ scale_y_log10...y=length,fill=supp))+ geom_line(position = pd)+#线位置错开 geom_point(shape=21,size=3,position=pd)+#点位置错开

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学会这个BBC,你图也可以上新闻啦!

加载需要R包 使用pacman[1]软件包中p_load函数通过以下代码一次性加载。 #安装pcaman软件包并其他R包进行加载 if(!...下面的代码显示了如何在标准图表制作工作流程中使用bbc_style()。这是一个非常简单折线图示例,使用了gapminder程序包中数据。...它实质修改了ggplot2主题功能(ggplot2学习笔记之图形排列)中某些参数。 例如,第一个参数是设置图标题元素字体、大小、和字体颜色。...使用panel.grid.major.x = element_line添加x轴网格线。...(使用panel.grid.major.y = element_blank()删除y轴网格线) 人工更改轴间距: 使用scale_y_continuous或scale_x_continuous更改轴文本标签

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数据处理神器tidyverse(2)ggplot2

例如,如果你想在x轴绘制带有gdpPercap散点图,在y轴绘制lifeExp,那么你可以添加一个带有相关美学函数geom_point()几何图层: # describe the base ggplot...在这里,你可以通过总结每年预期寿命并将结果输入ggplot而不必定义任何中间变量来dplyr操作与ggplot2进行一些巧妙组合。...如果你想在我们每个大陆地块上有一条单独线(而不是所有大陆聚合线),你不需要为每个大陆添加一个单独层来得到以下图: ? 相反,当您按年计算平均预期寿命时,首先按“大陆”分组。.../地区年份分组数据框架上绘制一条线,则会得到一个奇怪锯齿形图案。...对于上面的线图示例,我们绘制了每个大陆平均预期寿命时间线,而不是指定“group”参数,您可以将colour参数指定为continent。 这将由continent自动分组和着色。

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ChIP-seq 分析:原始数据质控(2)

我们可以简单地查看 reads 子样本并节省一些时间和内存。 请注意,当我们进行子采样时,我们会从整个 FASTQ 文件中检索随机 reads。...这很重要,因为 FASTQ 文件通常按其在测序仪位置排序。 3.2. 数据读取 我们可以使用 ShortRead 包中函数从 FASTQ 文件中进行子采样。...在这里,使用 FastqSampler 和 yield 函数从 FASTQ 文件中随机抽取定义数量 reads。在这里,我们 100 万次 reads 进行了子采样。这应该足以了解数据质量。...ShortReadQ 对象,显示有关循环数、reads 中碱基和内存中 reads 数信息。...我们将 alphabetScore() 函数与我们读取质量一起使用,以检索子样本中每个读取总和质量。

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plotnine,打死不学R语言, 我可以用Python到40岁.....

今天给大家介绍一个非常好用Python语言可视化工具包-plotnine,让你轻松绘制R语言中统计图形~~ plotnine包介绍 plotnine 是Python语言中一个可视化工具包,它基于...数据是要可视化原始数据,映射是将数据映射到图形属性,图形元素是构成图形基本单元,点、线、面等。...最后,使用geom_point函数添加了散点图图形元素,此外,还可以看出,可以直接使用pandas数据类型进行图形直接绘制。...除了散点图,plotnine还支持许多其他类型图形,折线图、柱状图、箱线图等。你可以使用不同函数来创建不同类型图形元素,并通过调整参数来自定义图形样式。...plotnine.geoms.geom_map()函数绘制地图 这一个案例直接给出可视化结果,感兴趣读者可以自行探索:如下: geom_map()函数绘制案例 更多关于plotnine包语法和绘图案例

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R语言plot函数部分参数解释

“ b”:两者 “ c”:线条单独代表“ b” “ o”:两者都“过度绘制” “ h”:直方图,(或高密度)垂直线 “ n”:无图 “ p”:点 “ l”:行 ? ? ?...例如,如果设定col=c("red", "blue")并需要绘制三条线,则第一条线将为红色,第二条线为蓝色,第三条线又将为红色 col.axis 坐标轴刻度文字颜色 col.lab 坐标轴标签(名称)...字体与大小,cex=1为默认大小,cex=2为默认值2倍,0.6即为默认值60%。font为字体参数,font=1应于纯文本(默认),2应于粗体,3应于斜体,4应于粗体斜体。 ?...n"表示不绘制刻度值及刻度线;"s"表示绘制,默认值。yaxt同理。 ? ? 这个是代码 ---- 用于指定文本大小参数 cex 表示相对于默认大小缩放倍数数值。...标准取值为serif(衬线)、sans(无衬线)和mono(等宽) 用于控制图形尺寸和边界大小参数 pin 以英寸表示图形尺寸(宽和高) mai 以数值向量表示边界大小,顺序为“下、左、、右”

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R语言分析糖尿病数据:多元线性模型、MANOVA、决策树、典型判别分析、HE图、Boxs M检验可视化

从下图可以看出,数据点与红色等值线明显不同。有太多具有较大 D2 值数据点。qplot(da.ml)HE 图HE 图显示了各均值之间 H 椭圆以及误差 E 椭圆。...默认情况下,将绘制前两个响应变量。结果显示出在 Normal 和 Chemical 变量均值排序较为明显。...diab.an典型判别图plot(dib.an, fill=TRUE, fill.alpha=0.1)通过一个对象方法,将典型维度上分数绘制出来,并在每个组叠加 60% 数据椭圆。...这个维度与检测过程中血浆胰岛素水平密切相关。这验证了我们在HE矩阵图中所有响应变量观察结果。规范化得分数据椭圆相对大小是方差异质性缺乏另一个视觉指标。...用线性回归预测股票价格9.R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI,NRI指标

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R绘图|染色体SNP指数图绘制

volume)配图! 该配图一共由三个图组成,不同染色体SNP-index[2]其位置作整图、单一染色体SNP-index其位置作细节图以及对应基因结构图。...2 作整图及美化 library(ggplot2) # 加载绘图包ggplot2 library(eoffice) # 为了后续将绘制图保存为ppt可编辑格式 p1 <- ggplot()...geom_line(data = sliding_window, aes(x = V2, y = V5), size = 1)+ # 设置纵坐标轴刻度范围 ylim(0,1)+ # 将图按照所在染色体位置进行分面...facet_wrap( ~ V1,ncol = 5,strip.position = "bottom",scales = "free_x")+ # 添加值为0.95垂直于y轴辅助线,并设置颜色,指定线类型...,以2号染色体为例,与上图绘制方法基本一致,但是需要取消分面。

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吐血整理:24种可视化图表优缺点对比,一图看懂!

优点:大家都熟悉形式;非常适合于类别之间简单比较 缺点:许多条形图可能会造成趋势线印象,而不是突出离散值;多组条形可能变得难以解析 04 气泡图 散布在两次测量点,为数据增加了第三个维度(...常用来表示复杂关系,绘制不同国家多个人口数据块。(也被错误地称为散点图。)...优点:如果看图者熟悉地理,可以很容易地找到值并在多个层次它们进行比较(即同时按国家和地区比较数据) 缺点:使用位置大小来表示其他值,可能会强化或弱化这些位置中编码值 09 层次图 用来表示元素集合关系和相对排名线和点...常用于通过把多条线画在一起来比较趋势,例如几家公司收入。(也称为体温记录图或趋势线。)...优点:大家都熟悉形式;非常适合于一目了然地表现趋势 缺点:如果我们重点关注趋势线,将更难看到和探讨离散数据点;太多趋势线使得人们很难看到任何单根线 12 棒棒糖图 类似于点图,但在单个测量值绘制两个点

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吐血整理:24种可视化图表优缺点对比,一图看懂!

优点:大家都熟悉形式;非常适合于类别之间简单比较。 缺点:许多条形图可能会造成趋势线印象,而不是突出离散值;多组条形可能变得难以解析。...04 气泡图 散布在两次测量点,为数据增加了第三个维度(气泡大小),有时增加了第四个维度(气泡颜色),以显示几个变量分布。常用来表示复杂关系,绘制不同国家多个人口数据块。...常用于比较国家或地区之间值,显示政治立场地图。 优点:如果看图者熟悉地理,可以很容易地找到值并在多个层次它们进行比较(即同时按国家和地区比较数据)。...11 折线图 显示值如何变化一些相互连接点,通常随时间推移而变化(连续数据)。常用于通过把多条线画在一起来比较趋势,例如几家公司收入。(也称为体温记录图或趋势线。)...12 棒棒糖图 类似于点图,但在单个测量值绘制两个点,用一根线连接,以显示两个值之间关系。绘制几个棒棒糖图,可以产生类似于浮动条形图效果,其中值并不全都固定在同一个点

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