假设数据以 tibble 格式保存。数据集如果用于统计与绘图,需要满足一定的格式要求,(Wickham, 2014) 称之为 整洁数据 (tidy data),基本要求是每行一个观测,每列一个变量,每个单元格恰好有一个数据值。这些变量应该是真正的属性,而不是同一属性在不同年、月等时间的值分别放到单独的列。
引言 之前介绍过 如何使用TCGAbiolinks下载TCGA数据并整理 , 那么如果手动整理又该如何呢? 下面以 miRNA 数据整理为例示范. 效果展示 过程 输入文件 随便下载一些数据, 下载格
在Linux或者Unix系统中,你可以使用nohup命令和&符号来在后台运行R脚本。这样即使你关闭了终端,你的R脚本也会继续运行。以下是一个例子,假设你的R脚本名为myscript.R:
用到的是大名鼎鼎的mtcars,1974年《Motor Trend US》杂志上记录的,包括32种汽车的mpg(燃料消耗)、hp(马力)等方面的数据。
summary()函数会对 列 进行处理,并且 创建新的列表 ,简单来说就是把向量作为输入值,输出单个数值。
1写在前面 上期介绍了一元线性回归,现在我们增加预测变量个数,稍微扩展一下我们的一元线性模型,就是多元线性回归了。😘 多元线性回归分析法的数学方程: y = a+βx_1+βx_2+ϵ 2用到的包 rm(list = ls()) library(tidyverse) library(ggsci) library(rms) 3示例数据 还是使用的上期介绍的mtcars,为1974年《Motor Trend US》杂志上记录的,包括32种汽车的mpg(燃料消耗)、hp(马力)等方面的数据。 dat <- m
数据清洗过程中的典型问题:数据分析|R-缺失值处理、数据分析|R-异常值处理和重复值处理,本次简单介绍一些R处理重复值的用法:
倾向评分算法用于校正模型中的混淆因子,这里我们先使用随机生成的数据学习该算法,然后实际分析一下去教会学校和公共学校上学学生的成绩差异。
上面的例子summary的变量是disp,分组变量是cyl和am,使用三个点这里传递了任意个参数
本文内容取材自leaflet.minicharts包官方主页的案例介绍,本篇案例虽然是关于leaflet在线地图的辅助包,但是该包的出现对于leaflet生态系统来说,确是有着划时代的意义。 该包大大扩充了leaflet包所能呈现的图表形式,打破了散点图、路径图、热力图三类图表对于传统地图数据呈现形式的垄断地位。 该包为此提供了气泡饼图、玫瑰图、mini柱形图以及时间维度控制器等多种数据可视化元素。 以下便是作者对该包的简要介绍及案例演示: 一直以来,借助于Rstudio团队开发的交互式地图工具包——lea
tidyverse函数高效,代码简洁,受过专业训练的一般都用这个,除非记不住,能记一点是一点吧。 love&peace
倾向性评分有4种应用,前面介绍了倾向性评分匹配及matchIt和cobalt包的使用:R语言倾向性评分:匹配
先前已经讲过R语言生成测试数据、数据预处理和外部数据输入等内容,但这仅仅是第一步,我们还需要对数据集进行筛选、缺失值处理等操作,以便获得可以应用于建模或者可视化的数据集(变量)。接下来就以鸢尾花测试数据集进行进一步的数据管理和筛选操作。
今天给大家简单的介绍经典的聚类学习算法,K均值算法。 K均值算法的R语言代码 # 加载R包 library(tidyverse) # data manipulation library(cluster) # clustering algorithms library(factoextra) # clustering algorithms & visualization # 数据准备 df <- USArrests # 数据缺失值处理 df <- na.omit(df) # 删除含有缺失值的样本
dplyr的函数由于使用tidy evaluation(R中的一种非标准执行(NSE)实现方式)的方法,可以使得其具有更好的易用性:变量不需要绝对引用和引号包裹。
前些天被TCGA的终结新闻刷屏,但是一直比较忙,还没来得及仔细研读,但是笔记本躺着的一些TCGA教程快发霉了,借此契机好好整理一下吧,预计二十篇左右的笔记
这么久以来,这是我最喜欢的一个R脚本,解决了我一直以来函数编写的问题,以前都是使用eval(parse(text=“代码字符串”))来实现自定义函数的传递功能,另外R for data science,这本书贵不贵?,想买一本看看。
通常 dplyr 和 R 更适合对列进行操作,而对行操作则显得更麻烦。这篇文章,我们将学习围绕rowwise() 创建的 row-wise 数据框的 dplyr 操作方法。
要想对两个分类变量间的相关变动进行可视化表示,需要计算出每个变量组合中的观测数量。常用的两种方法有:
dplyr包在数据变换方面非常的好用,它有很多易用性的体现:比如书写数据内的变量名时不需要引号包裹,也不需要绝对引用,而这在多数baseR函数中都不是这样的,比如:
同时对数据框的多列执行相同的函数操作经常有用,但是通过拷贝和粘贴的方式进行的话既枯燥就容易产生错误。
see包是一个R语言可视化工具包,它能为使用者提供漂亮的、出版级的图像展示。 本文中主要介绍see包使用的主要函数:
## 0、Rstudio界面介绍及快捷键 # 运行当前/选中行 ctrl+enter # 中止运行 esc # 插入 <- Alt+- # 插入 %>% Ctrl+Shift+M # 快捷注释(支持多行选中)ctrl+shift+c 快捷注释后,如取消注释ctrl+shift+c # Rstudio自动补全 tab x <- 5 ## 1、生成数据 set.seed(0) set.seed(1) c() seq() #生成等差数据 rep() #重复生成数据 rep(1:10,
豆花寄语:学生信,R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
citation("ggplo2")取包引用信息,RStudio.Version()可以获取RStudio引用信息。
汇总函数 summarise(),可以将数据框折叠成一行 ,多与group_by()结合使用
最近在研究excel透视图,想到好像自己在R-分组操作并不是很流畅,顺便学习分享一下。R自带数据集比较多,今天就选择一个我想对了解的mtcars数据集带大家学习一下R语言中的分组计算(操作)。
4. filter 匹配对应行的数据。并生成结果。等同于subset函数。实例:
如今数据分析如火如荼,R与Python大行其道。你还在用Excel整理数据么,你还在用spss整理数据么。
rlang v0.4.0引入了新的非标准计算操作符 {{。这大大方便了dplyr重编程。
https://r4ds.had.co.nz/transform.html#grouped-summaries-with-summarise
filter()函数用于筛选出一个观测子集,第一个参数是数据库框的名称,第二个参数以及随后的参数是用来筛选数据框的表达式。
arrange函数按给定的列名进行排序,默认为升序排列,也可以对列名加desc()进行降序排序。
列表书写顺序决定了最终合成列表中列的顺序,每列数值的类型必须相同;以"by"的列为标准,补齐列表,空值为"NA"
tidyverse就是Hadley Wickham将自己所写的包整理成了一整套数据处理的方法,包括ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr、forcats。出版有《R for Data Science》(中文版《R数据科学》),这本书详细介绍了tidyverse的使用方法。
这个包以一种统一的规范更高效地处理数据框。dplyr 包里处理数据框的所有函数的第一个参数都是数据框名。
之前写过一篇博文(汇总统计?一个函数全部搞定!),介绍R中编写一个函数,进行汇总统计。效果很不错。今天用tidyverse包实现一下,多角度尝试,然后尝试中学习。
在分析之前,先将数据集 birthwt 中的分类变量 low、race、smoke、ht 和 ui 转换成因子。
在tidyverse中,整洁数据一般都是每一行是一个观测,每一列是一个变量,基本上所有操作都是基于整洁的数据进行的,都是对某列做什么操作。但有时候我们也需要对某行做一些操作,dplyr中现在提供了rowwise()函数快速执行对行的操作。
恰好被隔壁Y叔看到了,所以立马给出来了解决方案,在听说你用的函数又撞名了? 可以看到conflicted包超级好用,专门盯着你,让你报错!
数据分析有一半以上的时间会花在对原始数据的整理及变换上,包括选取特定的分析变量、汇总并筛选满足条件的数据、排序、加工处理原始变量并生成新的变量、以及分组汇总数据等等。这一点,我想大部分使用EXCEL的童鞋都深有体会,写论文时,这么多的数据进行处理,手动汇总、筛选、变换,工作量实在是太大。而本文介绍的dplyr包简直就是Hadley Wickham (ggplot2包的作者,被称作“一个改变R的人”)大神为我们提供的“数据再加工”神器啊。 本文试图通过一个案例,对神奇的dplyr包的一些常用功能做简要介绍
代码来自《r-data-science-quick-reference-master》的内容。
tidyverse包其中包含着一个重要的可视化包---ggplot2。 Ggplot2是由Hadley Wickham制作的数据可视化软件包,它基于一组称为图层的原则。 基本思想是ggplot2将数据的几何对象(圆圈,线条等),主题和比例放在上面。 几何对象的形式由geom_xxx()函数定义,基于数据变量的几何对象的属性(位置,大小,颜色)由美学(aes())函数指定( 在geom_xxx()函数中)。任何ggplot图的基础层都是由ggplot()函数定义的空ggplot层,它描述了用于绘图的数据框。
前几天对LULU这种方法进行了介绍: 但是! 我在组会上讲了一下这个方法的原理,马上得到了老板的灵魂连击:
为了一劳永逸地完成镜像配置,我们需要在将镜像链接设置在R的初始配置文件.Rprofile里。
在现实生活中我们经常会遇到非常多需要分组汇总的情况,单个的汇总价值不大,只有分组之后,才能看出差异,才能表现出数据的价值。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云