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单细胞专题 | 6.单细胞下游分析——不同类型的数据读入

| 4.单细胞转录组的上游分析-从SRA到FASTQ 单细胞专题 | 5.单细胞转录组的上游分析-从FASTQ到count矩阵 ---- 1.数据读入 Cell Ranger生成的主要表格文件主要包括...还有一种数据是作者在GEO数据库直接提供表达矩阵(csv或txt) (1).读入csv文件的表达矩阵构建Seurat对象 Seurat需要的输入信息为表达量矩阵,矩阵行为基因,列为细胞。...使用Seurat提供的Read10X函数可以很方便的将10x结果读入到R矩阵中。使用CreateSeuratObject生成Seurat对象,后续分析都是在该对象上进行操作。...(2).读入10X标准输出的3个文件和融合多个样本数据 这三个文件指的是:barcodes.tsv, features.tsv, matrix.mtx。...我们后面的大量分析包括对数据的降维、聚类分群、注释、等都是可以写入到Seurat对象来保存。 ----

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- Python中不同数据类型间的转换

⭐️ 字符串与数字类型的转换什么是类型转换?---> 将自身的数据类型变成新的数据类型,并拥有新的数据类型的所有功能的过程即为类型转换为什么做类型转换?...:只有列表的元素为字符串的情况下才可以将列表转为字符串,列表元素为 数字、元组、字典等数据类型的情况下,则会报错。...)print(new_info_tuple)# 执行结果如下:# >>> TypeError: sequence item 0: expected str instance, int found⭐️ 数据类型转换...sort() 函数为列表的内置函数,而sorted() 函数为python的内置函数,可以处理所有的数据类型。...(比特类型) ---> bytes 是一种二进制数据流,也是一种可传输的类型,在各个编程语言中都存在。

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    Java List 中存不同的数据类型

    在最近的实践中,有人突然问了一个问题:在 Java 的 List 中可以存不同的数据类型吗?...解答List 中是可以存不同的数据类型的。但是在定义的时候需要定义成: List testList = new ArrayList();,不能为要使用的 List 指定数据类型。...当为我们使用的 List 不指定数据类型的话,所有存到 List 中的对象都会被转换为 Object 类型。而当我门再从list 中取出该数据时,就会发现数据类型已经改变。...实战在实际的编码中,我们通常都会为我们的 List 指定数据类型。这个数据类型可以是任何数据类型或者对象,这样可以保证我们的 List 中存的数据类型只有一种数据类型。...这样在后期的数据遍历和处理过程中,我们就不需要再对数据类型进行转换了,这是一个常规的操作。简单来说就是:先对数据进行转换,后存储,再使用。

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    DATUM-支持不同格式(JSON,CSV,SQL,XML等)的在线模拟数据生成器

    注:本文首发于 码友网--《DATUM-支持不同格式(JSON,CSV,SQL,XML等)的在线模拟数据生成器》 Datum在线模拟数据生成器网址:https://datum.codedefault.com...操作按钮 预览数据: 当界面初始化完成之后,使用无需其他配置,直接点击"预览数据"按钮即可预览模拟器生成的数据。 下载数据: 点击"下载数据"按钮,则可将模拟器生成的数据直接下载到您的本地电脑。...支持的格式 Datum在线数据模拟生成器支持生成多种格式的模拟数据,如: JSON CSV SQL XML 支持的字段类型 Datum在线数据模拟生成器目前支持生成的数据类型有如下十余种: 编号(行号)...:生成递增的编号 姓名(中文):生成中中文姓名 姓氏(中文):生成中文姓氏 人名(中文):生成中文人名 性别(中文):生成中文性别 GUID:生成GUID IP地址(IPV4):生成IPV4地址 IP地址...生成的数据字段顺序将按照界面字段的顺序排列。 欢迎体验Datum在线模拟数据生成器,把你的意见、建议在交流区与我们一起分享吧。

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    Excel公式技巧94:在不同的工作表中查找数据

    很多时候,我们都需要从工作簿中的各工作表中提取数据信息。如果你在给工作表命名时遵循一定的规则,那么可以将VLOOKUP函数与INDIRECT函数结合使用,以从不同的工作表中提取数据。...假如有一张包含各种客户的销售数据表,并且每个月都会收到一张新的工作表。这里,给工作表选择命名规则时要保持一致。...在汇总表上,我们希望从每个月份工作表中查找给客户XYZ的销售额。假设你在单元格区域B3:D3中输入有日期,包括2020年1月、2020年2月、2020年3月,在单元格A4中输入有客户名称。...每个月销售表的结构是在列A中是客户名称,在列B中是销售额。...当你有多个统一结构的数据源工作表,并需要从中提取数据时,本文介绍的技巧尤其有用。 注:本文整理自vlookupweek.wordpress.com,供有兴趣的朋友参考。 undefined

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    详解人类基因在不同数据库中的ID

    对于人类的基因而言,不同数据库提供了不同的命名方式。对于初学者而言,非常容易搞混淆。今天我们就来理一下,常见的基因命名方式。...首先看一下NCBI中基因的信息如何命名,NCBI的Gene数据库记录了不同物种的基因信息,在Gene数据库中,给每一个基因提供了一个唯一的ID, 这个ID叫做Entrez ID,Entrez是NCBI的检索系统的名字...以TP53为例, 链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157 链接中的7157就是这个基因的Entrez ID。在该链接中,我们可以看到以下信息 ?...HGNC命名的基因收录在以下数据库中 http://www.genenames.org/ 除了symbol外,还提供了HGNC id, TP53基因对应的id为HGNC:11998。...Ensembl 数据库也收录了基因的信息,用Ensembl ID表示每个基因,以ENSG开头,上述例子中的TP53对应的Ensemb的ID为ENSG0000014150。

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    TODS:从时间序列数据中检测不同类型的异常值

    当时间序列中存在潜在的系统故障或小故障时,通常会出现逐点异常值。这种异常值存在于全局(与整个时间序列中的数据点相比)或局部(与相邻点相比)的单个数据点上。...在 TODS 中,Scikit-learn 类似 API 可用于大多数模块,允许用户灵活地将单个函数调用到实验脚本中。...在 TODS 中,我们的管道构建和执行 API 允许用户使用单个脚本生成各种可重现的管道。...生成的管道将存储为 .json 或 .yml 文件等类型的描述文件,这些文件可以轻松地使用不同的数据集进行复制/执行以及共享给同事。...我希望你喜欢阅读这篇文章,在接下来的文章中,我将详细介绍在时间序列数据中检测不同类型异常值的常见策略,并介绍 TODS 中具有合成标准的数据合成器。

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    ANFD-HLA在不同人群中的频率数据库

    在研究SNP时,我们有类似1000G,HapMap, Exac 等数据库,提供了不同人群中的频率信息。对于HLA的研究而言,也有存储频率信息的数据库-ANFD。...,其中记录了allel, haplotype, genotype 3种格式的信息,最关键的是,提供了在不同人群中的频率信息。...Allel 在不同人群中的频率 通过该数据库的检索功能,可以查询HLA Allel在不同人群中的频率分布,网址如下 http://www.allelefrequencies.net/hla6006a.asp...2. haplotype 在不同人群中的频率 由于HLA基因簇的紧密连锁性,除了单个Allel的频率外,相关单倍型的频率也是需要关注的。...上述条件的检索结果如下 ? 通过ANFD数据库,我们可以方便的得到HLA的Allel和haplotype在人群中的频率信息,除此之外,官网还提供了许多其他的功能,有待进一步的学习和使用。

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    java中的HttpClient工具类:用于不同系统中接口之间的发送和接收数据

    不同系统中接口之间的发送和接收数据:这个需求可以使用Httpclient这种方法进行调用,下边这个工具类包含了get和post两种方法,post发送的是json格式的字符串,get获得的是String字符串...,可以使用json解析成 json格式的字符串 package com.englishcode.test3.utils; import org.apache.http.HttpEntity; import...httpClient.execute(httpGet); //获取请求状态码 //response.getStatusLine().getStatusCode(); //获取返回数据实体对象...//设置Content-Type httpPost.setHeader("Content-Type","application/json"); //写入JSON数据...httpClient.execute(httpPost); //获取请求码 //response.getStatusLine().getStatusCode(); //获取返回数据实体对象

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    mysql面试题49:MySQL中不同text数据类型的最大长度

    该文章专注于面试,面试只要回答关键点即可,不需要对框架有非常深入的回答,如果你想应付面试,是足够了,抓住关键点 面试官:MySQL中TEXT数据类型的最大长度 在MySQL中,TEXT数据类型用于存储较大的文本数据...以下是MySQL中不同TEXT类型的最大长度: TINYTEXT:最大长度为255个字符(2^8-1)。 TEXT:最大长度为65,535个字符(2^16-1)。...此外,MySQL还提供了BLOB数据类型,用于存储二进制大对象。...与TEXT类型类似,BLOB类型也有不同的子类型(TINYBLOB、BLOB、MEDIUMBLOB和LONGBLOB),其最大长度与对应的TEXT类型相同。...当使用TEXT或BLOB类型存储较大的数据时,可能会影响性能和存储空间的使用。在设计数据库时,应根据实际需求和性能考虑选择合适的数据类型和存储方案。

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    支付类系统数据处理和数据中台的数据处理方式有什么不同?

    数据备份之后实时性如何保证 在建立数据中台的时候,数据还是来源于各个异构的业务应用系统,实现了数据的统一,但是数据实际上是多存了一份,数据存在冗余,同时数据实时性如何来保证了?...针对每个业务系统都开发数据提取接口? 数据备份的通用处理方式 能用数据层的binlog方式就用,要不就业务层拉数据,不过如果可以的话,都可以针对各个数据存储开发类似binlog的东西。...第一,数据平台类似于数仓,一般就是基于binlog去同步的,异构数据库可以了解下阿里云的dts,支持多个数据库的解析。...京东的搞法 我的项目是京东自己的弹性数据库,因为数据量大采用分库分表和读写分离。但是对于实时要求高的,查询立马更新状态的,目前依然是只能读写主库。 因为主从同步的数据时延随着你的访问量越大,时延越高。...总结 虽然面对三高系统的设计我们可以找到很多文章和思路进行佐证,但是在真正的业务实践过程中还是需要做好取舍和依据业务场景个性化设计。

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    从马克思观点来看数据中台与数据平台的不同,这次清楚多了

    来搅局的,正是耳熟能详、方兴未艾的“数据中台”。...于是,朋友们就开始思考中台到底比平台先进在哪里,一定要给出个说法,目前有两个常见的观点: 万能分层轮:数据中台在数据平台的上一层,数据平台提供基础设施,数据中台与业务对接。...没有哪个更优秀,只是发展阶段的历史使命不同 那是不是说数据中台就比数据平台更有优势、更优秀呢?其实不能这么看,他们所处的历史时期和使命不同。 这个历史时期需要跟你所在企业的相匹配,才能做出正确的选择。...数据平台不会自行演变成数据中台,需要外在力量 既然都已经是中台时代了,是不是我的数据系统天生就是数据中台了,就好像在64位机时代,闭着眼选的CPU也不会是32位一样?...也不能这么看,根据之前的探讨,数据仓库和数据平台有它的历史使命,即使你的目标就是建数据中台,数据仓库不还是要建设的么,数据仓库和数据平台都是数据中台的基础,他们是以一种新的形态和理念呈现在数据中台中的。

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    Jtti不同等级数据中心机房在IT行业中的实际应用案例

    不同等级数据中心机房在IT行业中的实际应用案例T1 数据中心适用场景:适用于能够容忍偶尔服务器网络停机的企业,如小型企业、初创公司等,这些企业对数据的实时性和连续性要求不高。...T4 数据中心适用场景:适用于对数据的连续性和可用性要求极高的企业,如大型金融机构、国家级数据中心、军事和政府机构等,这些企业需要最高的容错能力和冗余设计。...国家级数据中心:如国家气象台,其数据中心需要处理大量的气象数据,确保气象预报的准确性和及时性。T4数据中心的容错设计可以确保在任何单一组件故障的情况下,系统仍能正常运行。...选择合适的数据中心等级T1和T2数据中心:适用于能够容忍偶尔服务器网络停机的企业,如小型企业、地方性金融机构等。...T3和T4数据中心:适用于需要7*24小时正常运行时间的企业,如航空公司、电子商务公司、金融公司、国家级数据中心等。希望这些信息能帮助你更好地理解不同等级数据中心机房在IT行业中的实际应用案例。

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    java Spring系列之 配置文件的操作 +Bean的生命周期+不同数据类型的注入简析+注入的原理详解+配置文件中不同标签体的使用方式

    3.3Bean的生命周期配置 init-method:指定类中的初始化方法 destroy-method:指定类中的销毁方法 使用这两个方法我们可以佐证一下上面所说的Bea对象的创建时机: 编写spring...name="userDao" ref="userDao"> ** 普通数据类型和集合的注入 ** 上面的数据类型都是注入的引用Bean,除了引用数据类型,集合,普通数据类型等都可以进行注入...注入的三种数据类型 普通数据类型 引用数据类型 集合数据类型 引用数据类型我们在上面已经叙述过了,接下来我们来讲讲普通数据类型和集合的注入 普通数据类型和集合 1.普通数据类型注入 示例:...List数据类型> 注入 这里的引用数据类型我用一个简单的User类代替,user类代码如下 package com.pjh.Dao.UserDaoImp; public class User...Map数据类型>的注入 这里的引用数据类型我用一个简单的User类代替,user类代码如下 package com.pjh.Dao.UserDaoImp; public class

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    【数据库差异研究】别名与表字段冲突,不同数据库在where中的处理行为

    有别名 使用表字段 使用子查询中的表字段 ORACLE 无别名 使用表字段 使用子查询中的表字段 PG 有别名 使用表字段 使用子查询中的表字段 PG 无别名 PG报错 PG报错 ☪️1 问题描述...一、当单层查询发生别名与表字段重名冲突时,不同数据库在where中的处理行为是怎样的呢?...二、当嵌套查询发生别名与表字段重名冲突时,不同数据库在where中的处理行为是怎样的呢? 详见后文。...对于高斯数据库 结论:说明在嵌套查询中子查询有别名,高斯数据库在内层查询的别名和表字段发生重名冲突时,内层 where 中使用的是表字段而非别名;外层 where 中使用的是子查询结果中的表字段。...说明在嵌套查询中子查询无别名,PG报错,但对于高斯数据库: 在嵌套查询中子查询有别名,在内层查询的别名和表字段发生重名冲突时,内层 where 中使用的是表字段而非别名;外层 where 中使用的是子查询结果中的表字段

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    不同数据库中对以逗号分割的字符串筛选操作处理方案总结

    不同数据库中对以逗号分割的字符串筛选操作处理方案总结 一、需求描述 数据库中存在某个字段存放以逗号分割的字符串类型数据,如"x,y,z,a,b,c" 前端同样传入以逗号分割的字符串作为筛选条件,如"x,...y" 需要实现各类筛选,如等于、不等于、全包含、包含部分、完全不包含等,且不考虑具体顺序,如"x,y"和"y,x"可以视为"相等" 二、实现方案 起初的考虑是用like %字段%组合实现,或者使用不同数据库的正则匹配函数...比较好的一个方案是在数据库中手动实现按逗号分割字符串的自定义函数,然后再依次实现比较逻辑,但是在某些不支持扩展自定义函数的第三方需求下,这个方案也无法实现。...最终选取方案是使用数据库中已存在的特定函数组合实现,但缺点是对于不同数据库需要分别处理,缺乏一定的通用性。此处仅列举全包含与不包含的示例,其余情况类似,通过特定函数与and、or组合实现。..., ROWNUM) from dual connect by ROWNUM <= (LENGTH(列名) - LENGTH(REPLACE(列名, ',', '')) + 1)) 三、总结 无论是哪种数据库的实现方式

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    使用Django从数据库中随机取N条记录的不同方法及其性能实测

    不同数据库,数据库服务器的性能,甚至同一个数据库的不同配置都会影响到同一段代码的性能。具体情况请在自己的生产环境进行测试。...想象一下如果你有十亿行的数据。你是打算把它存储在一个有百万元素的list中,还是愿意一个一个的query?...” 在上边Yeo的回答中,freakish回复道:“.count的性能是基于数据库的。而Postgres的.count为人所熟知的相当之慢。...在10000行的MYSQL表中 方法1的效率是最高的。...此后将不再测试第三种方法 最后,数据量增加到5,195,536个 随着表中数据行数的增加,两个方法的所用的时间都到了一个完全不能接受的程度。两种方法所用的时间也几乎相同。

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    @@​自动驾驶中数据的延时要求是不同的,做的工作99%都付诸东流,1%价值翻倍2023.11.6

    这段话讨论的是自动驾驶系统中不同场景下对数据时效性的需求。具体来说: 1. 对于车道变化的情况,由于大部分时间道路状况是稳定的,除非有修路或施工,因此数据延迟可以接受长一些,比如1小时或者1天。...简而言之,不同的自动驾驶数据需求决定了不同的更新频率要求,而现有的基础设施可能无法满足最严格的实时监测需求,但是车辆之间的数据共享可能是解决这一问题的方法。 ​ 自动驾驶中数据的延时要求是不同的。...---------- 这些思考点涉及自动驾驶技术中车辆独立运作与外部基础设施相互作用的不同方法: 1....相反,可以通过车辆与道路基础设施之间的数据共享,优化所需的传感器数量和类型,减轻单个车辆的硬件负担,同时仍保持整体系统的高效性和安全性。...总之,自动驾驶的最终实现可能需要多种技术和方法的结合,包括高度自主的单车方案和车路协同的基础设施。每种方法都有其优势和局限性,实际应用中可能需要根据具体环境和需求灵活调整。 ​

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    详谈数据中心网络中的四种不同类型的虚拟化技术:VXLAN、NVGRE、STT和SPBM

    在现代的数据中心网络中,虚拟化技术被广泛应用以提供更高的可扩展性、灵活性和效率。数据中心网络虚拟化允许多个虚拟网络在共享的物理基础设施上运行,使得网络资源的管理更为简单和高效。...本文将详细介绍数据中心网络中的四种不同类型的虚拟化技术:VXLAN、NVGRE、STT和SPBM。图片1....相反,STT通过在数据包中添加一个额外的头部来记录数据包在网络中的状态和信息。STT的头部包含了源和目标虚拟机的信息,以及数据包在网络中的路径和状态信息。...图片STT的工作原理如下:虚拟机发送数据包到虚拟网络。虚拟交换机接收数据包,并在头部中记录数据包的状态和路径信息。数据包在物理网络中传输。...目标虚拟交换机接收数据包,并使用头部中的信息进行流量控制和处理。STT的优势包括:状态跟踪和监控:STT记录了数据包在网络中的状态和路径信息,使得网络管理员可以更好地进行流量监控和故障排查。

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