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表达矩阵转换为数据框画图

主要介绍使用pivot_longer进行长宽数据转换,这两个函数都是来自于tidyr包 问题背景 现在有一个表达矩阵,要画箱线图 但是,上面表格不满足向ggplot2画箱线图的函数传递参数的需求,要变换成数据框把所有数字变成一列传递给...首先行列转置 把原来的行名变成第一列 把原来的列名变成第二列 就变成数据框形式了。也就是把宽数据变成长数据。 代码如何实现?...先做个示例数据 # 表达矩阵 set.seed(10086) # 设置可重复随机数种子 exp = matrix(rnorm(18),ncol = 6) exp = round(exp,2) # 保留两位小数...,1:6) exp[,1:3] = exp[,1:3]+1 exp library(tidyr) library(tibble) library(dplyr) dat = t(exp) %>% # 先转置...列名有重复 详见使用pivot_longer和pivot_wider进行长宽数据转换-CSDN博客

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    如何将 Oracle 单实例数据库转换为RAC数据库?

    墨墨导读:本文来自墨天轮用户投稿,文章详述安装一套RAC环境,并把单实例数据库通过通过rman还原到这个环境(通常如果是生产环境,我们会搭建从RAC到单实例数据库的ADG,以减少停机时间)。...单实例数据库转换为RAC数据库,Oracle 11.2.0.4 首先,安装一套RAC环境,并把单实例数据库通过通过rman还原到这个环境(通常如果是生产环境,我们会搭建从RAC到单实例数据库的ADG,以减少停机时间...然后生成一个源库(单实例数据库)spfile: startup pfile=/home/oracle/orcld/spfile.orclddb.tmp 08:07:25 sys@orclddb>show...initorclddb1.ora SPFILE='+datadg/orclddb/PARAMETERFILE/spfile.3296.878718931' [oracle@dm01db01 dbs]$ 检查数据库...然后启动数据库,检查2个数据库实例是否都正常了 SYS@orclddb2>startup ORACLE instance started.

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    TCGA数据库| 如何将表达矩阵与样本临床数据进行合并?

    前面我们已经给大家介绍过TCGA数据库中样本barcode的详细组成:TCGA样本barcode详细介绍,现在我们来看看如何将基因表达矩阵与样本临床信息进行合并,方便后续做 比如生存分析,基因在不同样本分期...首先我们去TGCA下载如乳腺癌的基因表达矩阵 这里使用R包 TCGAbiolinks 去TCGA官网下载数据。..., 用getProjectSummary(project)查看所有类别 data.type ="Gene Expression Quantification", # 数据类型 workflow.type...4、整合成一个表达矩阵: ## 整理数据并存储为 R对象 GDCprepare(query,save=T,save.filename="TCGA-BRCA.transcriptome.Rdata",...################################################################ ########################## 3.批量下载临床数据

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    向量数据库入坑指南:初识 Faiss,如何将数据转换为向量(一)

    当我们把通过模型或者 AI 应用处理好的数据喂给它之后(“一堆特征向量”),它会根据一些固定的套路,例如像传统数据库进行查询优化加速那样,为这些数据建立索引。...、日期等数据看起来不大一样,但这些场景将能够帮助我们在不同的数据规模、业务场景下,带来出乎意料的高性能数据检索能力。...在准备好环境之后,我们就能够正式进入神奇的向量数据世界啦。 构建向量数据 前文提到了,适合 faiss 施展拳脚的地方是向量数据的世界,所以,需要先进行向量数据的构建准备。...为了方便后文中,我们更具象地了解向量数据库的资源占用,我们顺手查看下整理好的文本文件占磁盘空间是多少: du -hs ready.txt 5.5M ready.txt 使用模型将文本转换为向量...为了将文本转换为向量数据,我们需要使用能够处理文本嵌入的模型。

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    【数据结构实验】图(二)将邻接矩阵存储转换为邻接表存储

    引言   图是一种常见的数据结构,用于表示对象之间的关系。在图的表示方法中,邻接表是一种常用的形式,特别适用于稀疏图。 本实验将介绍如何使用邻接表表示图,并通过C语言实现图的邻接表创建。 2....类型   图(Graph)是由节点(Vertex)和节点之间的边(Edge)组成的一种数据结构。图可以用来表示不同对象之间的关系或连接方式。...表示   图可以用多种方式表示,常见的有邻接矩阵(Adjacency Matrix)和邻接表(Adjacency List)两种形式。 邻接矩阵是一个二维数组,用于表示节点之间的连接关系。...对于有向图,邻接矩阵的元素表示从一个节点到另一个节点的边的存在与否;对于无向图,邻接矩阵是对称的。 邻接表是一种链表数组的形式,用于表示每个节点和与之相连的边。...实验内容 3.1 实验题目   将邻接矩阵存储转换为邻接表存储 (一)数据结构要求   邻接表中的顶点表用Head 数组存储,顶点表中元素的两个域的名字分别为 VerName和 Adjacent,边结点的两个域的名字分别为

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    【转】如何将MySQL数据目录更改为CentOS 7上的新位置

    在这个例子中,我们将数据移动到一个块存储设备上/mnt/volume-nyc1-01。您可以在DigitalOcean指南的“ 如何使用数据块存储”中了解如何设置。...第1步 - 移动MySQL数据目录 为了准备移动MySQL的数据目录,让我们通过使用管理凭证启动交互式MySQL会话来验证当前位置。...当有斜线时,rsync会将目录的内容转储到挂载点,而不是将其转移到包含的mysql目录中: sudo rsync -av /var/lib/mysql /mnt/volume-nyc1-01 一旦...通过重新命名它,我们将避免可能从新旧位置的文件中产生混淆: sudo mv /var/lib/mysql /var/lib/mysql.bak 现在我们准备把注意力转向配置。...一旦您验证了任何现有数据的完整性,您可以使用删除备份数据目录sudo rm -Rf /var/lib/mysql.bak。

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    轻松搞懂中文分词的评测

    在中文分词任务中,一般使用在标准数据集上词语级别的精准率、召回率以及F1值来衡量分词器的准确程度,这三种指标通常用于衡量分类器的准确程度。不过想要理解这三个指标,首先要理解什么是混淆矩阵。...上面的表格就是混淆矩阵的基本框架,混淆矩阵为四种情况分别命名。...如果想要计算中文分词中的精准率和召回率需要解决两个问题: 如何将中文分词的分块问题转换为分类问题? 如何将转换为分类问题的中文分词映射到混淆矩阵中,进而求出精准率和召回率?...▍ 如何将中文分词的分块问题转换为分类问题 对于长度为n的字符串,分词结果为一系列单词。每个单词按它在文本中起始位置可以记作区间[i, j],其中1 ≤ i ≤ j ≤ n。...▲分块问题转换为分类问题 将标准分词结果与分词算法预测的分词结果映射到混淆矩阵中。

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    【数据结构】数组和字符串(十):稀疏矩阵的链接存储:十字链表的矩阵操作(加法、乘法、转置)

    4.2.1 矩阵的数组表示 【数据结构】数组和字符串(一):矩阵的数组表示 4.2.2 特殊矩阵的压缩存储   矩阵是以按行优先次序将所有矩阵元素存放在一个一维数组中。...对角矩阵的压缩存储 【数据结构】数组和字符串(二):特殊矩阵的压缩存储:对角矩阵——一维数组 b~c....三角、对称矩阵的压缩存储 【数据结构】数组和字符串(三):特殊矩阵的压缩存储:三角矩阵、对称矩阵——一维数组 d....【数据结构】数组和字符串(四):特殊矩阵的压缩存储:稀疏矩阵——三元组表 4.2.3三元组表的转置、加法、乘法、操作 【数据结构】数组和字符串(七):特殊矩阵的压缩存储:三元组表的转置、加法、乘法操作...十字链表的基本操作 【数据结构】数组和字符串(八):稀疏矩阵的链接存储:十字链表的创建、遍历打印(按行、按列、打印矩阵)、销毁 【数据结构】数组和字符串(九):稀疏矩阵的链接存储:十字链表的插入、查找、

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    站在机器学习视角下来看主成分分析

    那么现在我们的问题是找到最佳线性变换(线性算子将我们的数据转换为投影到较低维度),以最小化降维损失: ? 在这里需要注意的是不要将PCA与线性回归混淆。...最小化将是最小化残差,残差是数据点和投影之间的正交距离。另一方面,最大化问题是最大化正交投影数据集的方差。我们可以直观地看一下最小化和最大化: ? 现在我们将k = 1表达式转换为通用k表达式。...等效于最大化协方差矩阵以及与X的X转置相关联的特征值。注意,X的X转置的维度是dxd,但是其轨迹被最大化的矩阵具有kx k的维度。...trace操作的输出是特征值之和的kxk矩阵,但是argmax操作的输出是(dxk)Q矩阵,其中每列是X的X转置的特征向量。因此,我们获得最大k个特征向量。 投影数据为: ?...但是,我们真正想要的是将原始数据投影到新维度上。PCA的最后一步是我们需要将Q的Q转置与原始数据矩阵相乘以获得投影矩阵。我们从(dxk)Q矩阵开始,Q的Q转置导致dxd维度。

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    R语言逻辑回归、决策树、随机森林、神经网络预测患者心脏病数据混淆矩阵可视化

    以下演示了对流行的心脏疾病数据库进行的探索性数据分析。除此之外,还使用不同方法(如逻辑回归、随机森林和神经网络)进行心脏病预测。 数据集:数据集包含76个属性,但建议我们只使用其中的14个进行分析。...混淆矩阵 ggplot(data = t.df, aes(x = Var2, y = pred, label=Freq)) + ......pred <- predict(gbm.ada.1,ValidSet) ... res<-caret::confusionMatrix(t, positive="Heart Disease") res 混淆矩阵...混淆矩阵 混淆矩阵(Confusion Matrix)是用于评估分类模型性能的一种表格。...R语言用主成分PCA、 逻辑回归、决策树、随机森林分析心脏病数据并高维可视化

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    MIT教你创造让人“雌雄难辨”的图灵机器,秘密全在这篇论文里

    然后,算法将声学特征转换为波形,例如通过将其与数据库中的例子匹配起来、调取它们相应的声音,或者通过参数来转化这些声学特征。...(b)从分类声音特性中而来的混淆矩阵。序列由混淆矩阵中行的聚集决定,对应每一个类别的混淆。 4....所得的材料分类有40.0%的平衡类别精度,混淆矩阵显示在图3(b)中。同时,声音相似的材料之间有很高的混淆度,例如靠垫、布料、硬纸板之间以及混凝土和瓷砖之间。...我们将一个用真实声音训练的分类器应用在我们算法产生的声音上,从而生成一个混淆矩阵。行对应单个类别的混淆。图3 (b) 展示了一个真实声音的混淆矩阵。...生成的材料类别混淆矩阵在图5(b)中,平衡精度为 18.2%(有了预先训练后,这项结果提升到 23.4%)。

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