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【免费】站长线下课:用STAR去Mapping~~~~

结合小站之前的教程这一步应该插在STAR Mapping之后从零到壹:10元~Mapping神器STAR的安装及用随便选一个样本,在样本文件夹里找到bam文件,然后用samtools index建立baibam与bai要在一个目录下,载入到IGV软件中,就是视频那个样子啦。位置信息是chr12:123,406,542-123,416,558首先看是不是链特异性,右键选color alignments by first-of-pair strand如视频那样,红蓝分布,就是链特异性再看是什么样的链特异性在链特异性那个样本右键选color alignments by read strand鼠标放在红或者蓝的read上,看信息。显示first of pair那个read的箭头方向与基因的方向相反,这就提示是dUTP建库的方法。知道这些有啥用呢?在STAR运行结束后的ReadsPerGene.out.tab文件中非链特异性的要选第二列那个数而dUTP链特异性建库要选第四列那个数所以批量处理counts数教程中"站长,Mapping之后counts怎么合并成一个表?"df.use <- data.frame(v1 = df.read 这句代码中V4就是第四列,选择这个是针对dUTP链特异性建库测序的,如果是非链特异性建库图中那个位置应该改成V2就可以啦~~

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centrifuge软件以及数据库

基于鸟枪法(Shotgun Sequencing)的高通量测序已经走过 10 多年,在宏基因组领域的应用也超过 10 年,在这 10 多年里,基于二代测序高通量的特性,在宏基因组,16S 测序中已经取得了非常大的进展。然而,二代测序读长短、建库周期长、无法实时测序等技术特点,依然限制了宏基因组数据分析的发展。尤其是读长短,只有不到 2X300bp,比对唯一性差,会造成一对多的比对,并且短读长无法得到好的拼接效果,无法直接从宏基因组中拼接出完整细菌基因组等。而这些技术缺点,通过新一代的纳米孔测序可以很好的解决,纳米孔诸多的优点为宏基因组研究带来了新的突破,下面我们来总结一下 nanopore 测序技术在宏基因组中的应用。

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“站长,怎么判断是不是链特异性建库呢?”

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【小技巧】如何测序数据是否为链特异性建库呢?

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弈聪软件卓建超:政务大数据平台建设警惕成为过去共享数据平台的翻版

随着大数据应用的不断推进,数据开始被视为重要的战略资源,在政治领域数据的所有权是一种新的权利源泉。围绕原始数据的占有权和发布权的斗争将成为一个持久性的政治议题。随着大数据在中国的不断发展,各个地方都开始兴建大数据中心,但对于大数据中心建设,更多地还停留在“建机房、上设备、堆数据”的阶段,忽视了大数据强调的是对数据的分析和应用。西安弈聪信息技术有限公司(简称:弈聪软件)创始人卓建超认为,当前一些地方政府建设的大数据平台很多是过去政府共享数据平台的“翻版”。由于目前尚无对“大数据”的标准界定,政府部门对大数据的认识存在混乱,有将开放数据等同于大数据,有将任何“大”的政府数据集的发布都当作是大数据。政府推动大数据平台建设的首要目的不是推动大数据应用,而是统一政府信息基础设施,实现各部门数据的互联互通。事实上很多开放数据只是离散的“小数据”,并不具备大规模、未经处理和非结构化等大数据的基本特征,且很多通过开放数据机构发布的在线数据集仅仅是一个可用的样本集。

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什么叫大数据中台系统?大数据中台架构如何提升大数据网站系统管理能力

大部分电商大数据平台系统企业在实践项目的时候,并不会把大部分主力资源将品牌能力沉淀成自身的产品和平台,例如很多可以实现共用的大数据服务没有实现真正意义上的服务化、产品化,以致于很多产品总是在执行重复的动作。我们知道目前的大数据中台系统技术带来的不仅仅是数据量的火箭式增长,更重要的是利于大数据网站系统管理能力提升,所以传统的大数据平台建设已经无法满足用户需求。数据中台系统架构体量、产业规模以及云计算高速发展轻松降低基础设施成本,进一步创造企业盈利是大数据平台所关心的重点问题。通过本文我们来简单了解下:企业为什么要搭建大数据中台系统,什么叫大数据中台架构,数据中台系统架构基本构成和如何提升电商大数据平台功能管理。

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领券