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数据导入与预处理-第6章-03数据规约

数据规约: 对于中型或小型的数据集而言,通过前面学习的预处理方式已经足以应对,但这些方式并不适合大型数据集。由于大型数据集一般存在数量庞大、属性多且冗余、结构复杂等特点,直接被应用可能会耗费大量的分析或挖掘时间,此时便需要用到数据规约。 数据规约类似数据集的压缩,它的作用主要是从原有数据集中获得一个精简的数据集,这样可以在降低数据规模的基础上,保留了原有数据集的完整特性。在使用精简的数据集进行分析或挖掘时,不仅可以提高工作效率,还可以保证分析或挖掘的结果与使用原有数据集获得的结果基本相同。 要完成数据规约这一过程,可采用多种手段,包括维度规约、数量规约和数据压缩。

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一种面向高维数据的集成聚类算法

一种面向高维数据的集成聚类算法 聚类集成已经成为机器学习的研究热点,它对原始数据集的多个聚类结果进行学习和集成,得到一个能较好地反映数据集内在结构的数据划分。很多学者的研究证明聚类集成能有效地提高聚类结果的准确性、鲁棒性和稳定性。本文提出了一种面向高维数据的聚类集成算法。该方法针对高维数据的特点,先用分层抽样的方法结合信息增益对每个特征簇选择合适数量比较重要的特征的生成新的具代表意义的数据子集,然后用基于链接的方法对数据子集上生成的聚类结果进行集成.最后在文本、图像、基因数据集上进行实验,结果表明,与集成

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Nucleic Acids Res. | 一种灵活的、可解释的、精确的插补未测量基因表达的方法

今天给大家介绍密歇根州立大学Arjun Krishnan教授等人发表在Nucleic Acids Research上的一篇文章 “A flexible, interpretable, and accurate approach for imputing the expression of unmeasured genes”。虽然生物学领域中有超过200万个公开可用的人类微阵列基因表达谱,但这些谱是通过各种平台进行测量的,每个平台都覆盖一组预先定义的、有限的基因。因此,重新分析和整合这一海量数据收集的关键是通过插补未测量基因的表达,在部分测量的微阵列样品中重组整个转录组的方法。目前最先进的插补方法是针对特定平台的样本进行定制的,并依赖于基因-基因关系,不考虑目标样本的生物学背景。本文表明,为每个新的目标样本实时构建的捕获样本-样本关系 (称为样本弹性) 的稀疏回归模型,优于基于固定基因关系的模型。基于三种机器学习算法 (LASSO、k近邻和深度神经网络)、两个基因子集 (GPL96-570和LINCS) 和多个插补任务 (微阵列/RNA-seq数据集内和跨数据集) 的广泛评估表明SampleLASSO是最精确的模型。此外,本文证明了该方法的生物学可解释性:为了插补来自特定组织的一个目标样本,SampleLASSO自动利用了来自同一组织的训练样本。因此,SampleLASSO是一种简单,但强大而灵活的协调大规模基因表达数据的方法。

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