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如何利用系谱计算近交系数和亲缘关系系数

两者区别和联系: 近交系数是个体值 亲缘系数是两个个体之间值 两者计算方法: 可以使用通径分析方法进行计算 也可以采用由系谱构建亲缘关系A矩阵形式进行计算, 这种方法在数据比较大时更为方便...2, 系谱数据 这里我们模拟了四个个体系谱关系, 想要计算一下每个个体近交系数, 以及个体间亲缘系数, 使用R语言实现....个体5和6近交系数为0.125. 5, 计算亲缘系数 根据计算亲缘关系A矩阵,这个矩阵时个体间方差协方差矩阵, 对角线为每个个体方差, 非对角线为个体间协方差....因为共有6个个体, 1和2亲缘系数 = 2和1亲缘系数, 因此他们之间亲缘系数一共有6*5/2 = 15个. 这里我们都计算, 共有36行....: #1 计算出矩阵行, 确定循环数 #2 计算出个体ID名在矩阵中顺序, 因为有些ID可能是字符或者没有顺序, 主要用于后面的个体编号的确定 #3 为了计算更快, 我们生成一个6*6矩阵 #4

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基尼系数直接计算法_基尼系数简单计算方法

大家好,又见面了,我是你们朋友全栈君。 使用两种方法,通过python计算基尼系数。 在sql中如何计算基尼系数,可以查看我另一篇文章。两篇文章取数相同,可以结合去看。...文章中方法1代码来自于:(加入了一些注释,方便理解)。为精确计算。 如果对于基尼系数概念不太清楚,可以看原文第一部分。...通过简化推到多个梯形面积求和公式,得到一个比较简单公式,就是链接2中结尾公式。 如果分组数量跟样本数量相同,就可以得到精确数字,计算出来基尼系数跟上面方法1结果相等。...如果分组数量降低,获得基尼系数将稍低于准确基尼系数,因为更多将非直线曲线假设成了直线,即梯形一边。...但可能有助于对基尼系数近似计算理解,所以放在了这里。 方法三 样本数量能够被分组数均匀分配情况(仅适用于这个情况),更好方法详见方法二。 数据精确度可能还会受样本量和分组量关系。

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如何用Matlab计算相关系数和偏相关系数

计算相关系数,最常用是Pearson相关系数和Spearman相关系数。此外,在研究中,偏相关分析也很常用,其在计算两个变量相关系数同时把第三个变量当成协变量来排除这个变量影响。...本文,笔者对相关系数和偏相关系数原理进行简单论述,并重点说明如何用Matlab实现相关系数和偏相关系数计算。 Pearson和Spearman相关系数 Pearson相关系数。...关于Pearson相关系数具体说明,大家可以自行百度,这里笔者重点介绍如何用Matlab实现Pearson相关系数计算。...实际上,corr函数既可以计算Pearson相关系数也可以计算Spearman相关系数,默认情况下计算是Pearson相关系数,格式如下: Pearson相关系数:[r,p]=corr(X,Y,‘type...总结 本文,笔者对如何用Matlab计算Pearson相关系数、Spearman相关系数和偏相关系数进行了详细论述,希望对大家研究有所帮助。

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R相关性图如何比例显示相关系数

今天偶然从一篇paper里看到了一张R绘制相关性图,跟以往看到有些不一样。这张图里面不仅展示了相关系数,并且相关系数显示大小跟相关系数是成比例。...先来个简单,由简入繁 #加载corrplot包 library(corrplot) #计算相关系数矩阵 M <- cor(mtcars) #绘制对称圆圈图,显示相关系数,大小都为1 corrplot...只画一半时候,不能用完整相关系数矩阵M来作为字体大小,这样设置不对。 推测如果图像只画一半,相关系数应该也只用一半。那么这个相关系数顺序如何确定呢?...circle", type = "upper", number.cex = size, addCoef.col="black" ) 被我发现了,是列来排布...如箭头所示方向和顺序 接下来就是最终章了 #申明一个空变量来装size大小 size=c() #循环列来获取相关系数,第一列取前一个,第二列取前两个 #依次类推 for(i in 1:ncol

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「前端动画数学与物理基础」点和直线

本篇文章先从最基础点和直线开始介绍,主要涉及以下内容: 坐标系和点 直线计算直线斜率 检测直线是否相交及计算交点 在网页上绘制直线和箭头 坐标系和点 让我们先来思考一个问题,计算机是怎么将我们指定物体放置到对应位置...如何根据一个函数方程画一条直线呢? 首先对方程进行变换,使方程一边只有y 然后选择一个x值,并代入方程式计算出一个y值。(一般选择三个值) 例3: 画出方程3x-2y=8表示直线。...例5: 计算直线2x+y=5斜率。...例7: 在你游戏中角色正沿着直线y=(2/3)x+20移动,当它到达位置(30,40)时玩家了下方向按钮,命令它向左转90。然后继续沿着直线前进,请计算出新路径直线方程。...直线在游戏或动画里可以代表建筑边界、地面或者物体路径,因此需要思考如何判断两直线是否相交以及直线在哪里。其实计算交点,就相当两个方程组求解,计算出满足两个方程中(x,y)点而已。

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「动画中数学与物理基础」点和直线

开篇 如果你想制作一款酷炫动画效果或者做一款h5小游戏,但又不知道如何入手?计算机动画怎么知道一个物体放到何处?它又是怎么让物体移动?...02 直线计算直线斜率 直线定义 我们都知道两点确定一条直线,在数学中我们一般用类似y=2x这样函数方程表示直线,而方程全解则是满足该方程点。 如何根据一个函数方程画一条直线呢?...例5: 计算直线2x+y=5斜率。...例7: 在你游戏中角色正沿着直线y=(2/3)x+20移动,当它到达位置(30,40)时玩家了下方向按钮,命令它向左转90。然后继续沿着直线前进,请计算出新路径直线方程。...直线在游戏或动画里可以代表建筑边界、地面或者物体路径,因此需要思考如何判断两直线是否相交以及直线在哪里。其实计算交点,就相当两个方程组求解,计算出同时满足两个方程中(x,y)点而已。

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正则化(1):通俗易懂岭回归

岭回归+直线模型:岭回归通过给原始模型增加惩罚实现,其拟合最佳模型满足(直线残差平方和+λ x 直线斜率平方)最小。其中λ是希腊字母,对应读作lambda(λ)。...岭回归运用示例: 在前面提及仅含两个训练样本中,使用最小二乘法计算最佳拟合直线,其残差平方和为0。...接着将最小二乘法拟合直线参数带入岭回归公式中,令λ=1,计算得出该拟合直线在岭回归中值为1.69。 ?...岭回归λ值: λ与斜率:在基于小鼠体重与小鼠体积数据直线模型中,如果直线斜率较大,小鼠体积随小鼠体重增加而出现较大变化;如果直线斜率较小,小鼠体积随小鼠体重变化仅出现非常小变化。...至于如何通过交叉验证法实现岭回归,明确最佳λ系数,我们将在后续推文中详细介绍。

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hdu----(1466)计算直线交点数(dp)

计算直线交点数 Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 65536/32768 K (Java/Others) Total Submission...比如,如果n=2,则可能交点数量为0(平行)或者1(不平行)。 Input 输入数据包含多个测试实例,每个测试实例占一行,每行包含一个正整数n(n<=20),n表示直线数量....Output 每个测试实例对应一行输出,从小到大列出所有相交方案,其中每个数为可能交点数,每行整数之间用一个空格隔开。... * 用dp[i][j]表示i条直线,是否有会有j个交点,如果有j个交点,则置为1,否则为0;  * 根据上面的方程:只要dp[r][j]=1(r条直线有j个交点是成立),那么肯定有dp[i][(i-r...)*r+j]=1;  * 记录i条直线所有可能方案数  * n条直线最多有 n*(n-1)/2 个交点,n最大为20,交点数最多为190  */ 代码: 1 #include

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地震仿真分析

假定地震时各质点加速度与该点高度成正比,直线规律分布。...其水平地震影响系数最大值表2-1采用;特征周期应根据场地类别和设计地震分组表2-2采用,计算8、9度罕遇地震作用时,特征周期应增加0.05s。...建筑结构地震影响系数曲线阻尼调整和形状参数应符合下列要求:除有专门规定外,建筑结构阻尼比应取0.05,地震影响系数曲线阻尼调整系数应按1.0采用,形状参数应符合下列规定:        a) 直线上升段...6s曲线,下降斜率调整系数应取0.02当建筑结构阻尼比有关规定不等于0.05时,地震影响系数曲线阻尼调整系数和形状参数应符合下列规定:  a) 曲线下降段衰减指数应按下式确定:             ...(2-13)式中为曲线下降段衰减系数;为阻尼比  b) 直线下降段下降斜率调整系数应按下式确定: (2-14)式中为直线下降段下降斜率调整系数,小于0时取0  c) 阻尼调整系数应按下式确定:

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计算与推断思维 十三、预测

相关系数 相关系数测量两个变量之间线性关系强度。 在图形上,它测量散点图聚集在一条直线程度。 相关系数这个术语不容易表述,所以它通常缩写为相关性并用r表示。...以下是一些关于r数学事实,我们将通过模拟观察。 相关系数r是介于-1和1之间数字。 r度量了散点图围绕一条直线聚集程度。...回归直线 相关系数r并不只是测量散点图中点聚集在一条直线程度。 它也有助于确定点聚集直线。 在这一节中,我们将追溯高尔顿和皮尔逊发现这条直线路线。...为了回答这个问题,我们首先定义一个函数lw_rmse,通过《小女人》散点图来计算任意直线均方根误差。 函数将斜率和截距(此顺序)作为参数。...事实证明,无论散点图形状如何,最小二乘直线斜率和截距都与我们开发公式相同。 我们在《小女人》例子中看到了它,但是让我们以散点图显然不是橄榄形例子来证实它。

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机器学习测试笔记(11)——线性回归方法(上)

,一般直线可以表达为:y = kx+b,这里k我们叫做斜率,b叫做截距(x=0时候,y值。...即直线与y轴交叉点)。线性回归方法即找出一条直线,使得各个点到这条直线误差最小。 现在让我们通过Python语言来画一条直线:y = 0.5 * x + 3(这里斜率为0.5, 截距为3)。...我们可以通过LinearRegression().coef_[0]和LinearRegression().lr.intercept_来获取直线斜率和截距,代码如下。...这条直线斜率为79.525,截距为10.922。到50个样本点平均误差最小。 线性回归方法包括:最小二乘法、逻辑回归、支持向量机、岭回归和套索回归。下面我们进行一一介绍。...Y, y = w=[[y1] , [y2] , … [ym]] 实际值与计算值差平方(即方差)为:(Xw-y)2,我们现在知道要求这个方差最小系数w是多少?

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Harris角点提取后怎么匹配?

2.1 NCC 提取出两幅图像I1和I2角点后,在角点匹配部分使用NCC算法计算图像特征点相关性,计算所得结果越趋近于1,其相关性越强,从而得到成对相关角点。归一化相关系数定义为: ?...使用聚类法预筛选匹配点主要思路为:把尺寸同样大两幅待匹配图像置于同一坐标系中,且重叠在一起,把两幅图像中匹配角点用直线连接(向量),那么对于正确匹配角点直线,它们斜率相同或者近似。...运用简单聚类方法,在计算时以某斜率值为中心,找到一个包含此斜率值最多邻域。...直线斜率,可以是负无穷大到正无穷大之间任何一个数字,难以处理。故使用atan2(Y,X)函数计算匹配点对构成直线(向量)倾斜角弧度值,以此函数返回值作为度量。...该方法主要步骤为:用atan2函数计算S’中所有成对角点弧度值;设定邻域阈值t(此阈值设定将影响预选出匹配点数目,此阈值越小说明斜率值越相近),计算得到包含某弧度值最多邻域,保留在邻域内匹配角点作为预选出匹配点

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机器学习-简单线性回归教程

阅读完这篇文章后,你会学习到在线性回归算法中: 如何一步一步地计算一个简单线性回归。 如何使用电子表格执行所有计算如何使用你模型预测新数据。 一个能大大简化计算捷径。...通过简单线性回归,我们想要如下模拟我们数据: y = B0 + B1 * x 上式是一条直线,其中y是我们想要预测输出变量,x是我们知道输入变量,B0和B1是我们需要估计系数。...B1项称为斜率,因为它定义了直线斜率,或者说在我们加上偏差之前x如何转化为y值,就是通过B1。 现在,我们目标是找到系数最佳估计,以最小化从x预测y误差。...x - mean(x) squared -2 4 -1 1 1 1 0 0 2 4 计算这些平方值总和可以得出10分母 现在我们可以计算出我们斜率值。...总结 在这篇文章中,您发现并学会了如何在电子表格中逐步实现线性回归。你可以了解到: 如何根据您训练数据估计简单线性回归模型系数如何使用您学习模型进行预测。

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算法集锦(18) | 自动驾驶 | 车道线检测算法

左车道:当x值(即宽度)增大时,y值(即高度)减小:因此斜率必须为负 右车道:当x值(即宽度)增加时,y值(即高度)增加:因此斜率必须为正 因此,我们可以定义一个函数,将行分隔为左和右。...我们将尝试通过最小化最小二乘误差来找到给定车道上直线。我们方便地使用scipy.stats. linregress(x,y)函数作用是:求车道线斜率和截距。...因此,如果在t坐标系下,我们计算直线与我们在坐标系[0,t-1]中计算直线斜率和截距平均值有不相称差异,那么我们就可以利用之前坐标系中信息来平滑我们在路上跟踪直线,并采取纠正步骤。...因此,我们需要将内存概念引入管道中。我们将使用一个标准Python deque来存储最后N个(我现在将它设置为15)计算系数。...当道路上有弯道时,直线就不起作用了。 霍夫变换参数很难处理正确。 后续改进 算法另一个探索是计算内存探测器中线系数加权平均值,使最近系数具有更高权重,因为它们属于最近帧。

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计算与推断思维 十四、回归推断

我们知道如何找到穿过散点图最佳直线来绘制。在所有直线中它估计均方误差最小,从这个角度来看,这条线是最好。 但是,如果我们数据是更大总体样本呢?...所以回归线是真实直线自然估计。 下面的模拟显示了回归直线与真实直线距离。 第一个面板显示如何从真实直线生成散点图。 第二个显示我们看到散点图。 第三个显示穿过散点图回归线。...相关系数为 0.4,回归线斜率为正。 这是否反映真实直线斜率为正事实? 为了回答这个问题,让我们看看我们能否估计真实斜率。 我们当然有了一个估计:我们回归线斜率。 这大约是 0.47 盎司每天。...我们如何计算斜率可能有多么不同? 我们需要点另一个样本,以便我们可以绘制回归线穿过新散点图,并找出其斜率。 但另一个样本从哪里得到呢? 你猜对了 - 我们将自举我们原始样本。...计算表明,真实斜率约 95% 自举置信区间左端为负,右端为正 - 换句话说,区间包含 0。

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精通Excel数组公式025:LINEST数组函数

学习Excel技术,关注微信公众号: excelperfect 如果正在进行与x-y直线数据集相关统计计算,那么一定会喜欢LINEST函数。...当使用最小二乘法将数据拟合到一条直线时,LINEST函数可以进行许多统计计算。...下面列出了该函数可以进行一些统计计算: 1.判定系数 2.自由度 3.F统计 4.截距 5.斜率 6.截距标准差 7.斜率标准差 8.y标准差 9.回归平方和 10.残差平方和 使用LINEST将斜率和截距传递到水平单元格区域...4.忽略参数const,此时默认TRUE,正常计算截距。 5.忽略参数stats,此时默认FALSE,只计算斜率和截距。 6.使用Ctrl+Shift+Enter键输入公式。 ?...图1 如果要将计算斜率和截距传递到垂直区域,则使用图1中右下方公式。 使用LINEST传递一个x变量10个统计数据 本示例展示如何显示多个统计值。

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入门深度学习,理解神经网络、反向传播算法是第一关

经验告诉我们,需要乘以一个百分比,这个就是学习系数,而且,随着训练深入,这个系数是可以变。...假设有一堆一定规律分布样本点,下面我以拟合直线为例,说说这种算法原理。 其实很简单,先随意画一条直线,然后不断旋转它。...我们知道,直线公式是y=kx+b,k代表斜率,b代表偏移值(y轴上截距)。也就是说,k可以控制直线旋转角度,b可以控制直线移动。...如果能求出曲线上每个点切线,就能得到切线位于水平状态时,即切线斜率等于0时坐标值,这个坐标值就是我们要求误差最小值和最终拟合直线最终斜率。 这样,梯度下降问题集中到了切线旋转上。...这个过程完全就是前面讲过梯度下降线性回归。 一般直线拟合精确度要比曲线差很多,那么使用神经网络我们将如何使用曲线拟合?

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从零开始学统计 04 | 协方差与相关性分析

协方差优缺点 但是,协方差值并不能告诉我们表示关系直线斜率是陡峭还是平缓,而且也不能反应点距离线是远还是近。协方差唯一能告诉我们是关系斜率为正还是负。...我们现在得到可以量化关系强度分类: 弱相关,较小相关值 强相关,较大相关值 ? 2. P值 假设一个极端情况,所有点可以被正斜率直线通过,这时相关性为 1 ?...无论数据关联大小如何,只要具有正斜率直线可以遍历所有数据,和斜率无关,相关性都为1 ? 还有这样,相关性也是为1 ? 现在考虑个问题,如果数据集中只有两个值,就像下面这样: ?...可以看到拟合出直线也是一个很大值,计算得到 R^2 只有 6%,代表这条拟合线只比平均值多解释了6%差异,也就是说,X与 Y 二者相关性仅仅能解释总差异 6%,意味着数据中几乎没有任何差异可以用...R平方是两个变量间相关性能够解释总体差异百分比 如果有相关系数 R 时,需要计算 R 平方。

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