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|基于重要性预测和化学基因组相互作用识别抗真菌靶点

因此需要确定额外的靶点来扩大抗真菌药物开发空间。 本研究基于“基因替换和条件表达(GRACE)集合”功能基因组学资源预测必需基因。...2.结果 对白色念珠菌基因重要性进行全基因组预测 作者首先收集了一组功能基因组特征用于训练机器学习模型,其次构建了一个基于随机森林(RF)的有监督机器学习模型,使用白色念珠菌GRACE突变体库作为基因重要性的金标准...作者使用荧光显微镜检测KRP1证实了其对菌株生长的促进作用,因为菌株在非丝状体诱导条件下可以存活并以酵母的形式生长(图3c),证明这种由KRP1编码的调节细胞周期进程的必需蛋白正是通过其在参与动粒活动来发挥作用的...为了确定EMF1是否控制线粒体完整性,作者使用线粒体红色荧光探针来预测该靶基因转录抑制后线粒体形态会如何变化,发现EMF1的缺失会导致线粒体聚结并失去管状形态(图4c)。...结果显示GLN4突变体对NP-BTA具有超敏性,充分说明NP-BTA可作为Gln4的抑制剂。

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类鼻疽伯克霍尔德菌致病机制的分子与细胞基础

明确该疾病致病机理及其宿主与病原的互作将加强对该条件致病菌的发病机制的理解。本研究从影响细菌致病性的毒力因子和病原与宿主互作两个方面阐述类鼻疽伯克霍德尔菌的致病机理,为该菌的有效控制提供可能的机制。...类鼻疽伯克霍尔德菌和所有土壤杆菌一样,很难杀死,能在三蒸水中存活数年。...体外研究表明,T3SS3能够促进病原菌对健康细胞的入侵、从内涵体的逃脱、在细胞内的存活和繁殖,并且是诱导细菌细胞凋亡所必需的因素。研究发现,伤寒沙门菌的T3SS突变体抑制了细胞的入侵和肠病发生。...,与原始菌株相比,失去对BALB/c小鼠的致病性,无论是通过鼻腔接种还是腹膜内接种均不能引起发病;而另外的研究得出,野生型和鞭毛基因突变体在糖尿病小鼠和叙利亚大鼠的感染模型没有差异[19]。...未来的研究应着重从以下几个方面进行:(1)进一步明确鼻疽伯克霍尔德菌对上皮细胞和巨噬细胞的吸附、入侵和细胞内存活机制;(2)进而了解细菌传播的机制;(3)探索细菌如何与免疫系统互作导致疾病暴发的机制,这是开发多功能疫苗的基础

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    无实验数据指导蛋白质定向进化,上海交大洪亮课题组发表微环境感知图神经网络 ProtLGN

    蛋白质工程需要从数以万计的候选突变体中筛选出最优突变体,其中的有利突变是指那些能够改善蛋白质某一或多个生物化学属性的遗传变异,增强蛋白质的稳定性、亲和力、选择性或催化效率,使其更适合特定的应用。...然而,通过实验验证高适应性突变体的成本大、时间长,此外,多个有益突变的组合往往会受到负表观遗传效应的影响,使得蛋白质的功能因突变而降低,这些因素都在不同程度上增加了高效蛋白质设计的复杂性。...等变 GNN 作为核心网络层,设计成能够识别并保持这种旋转不变性的结构,即无论蛋白质图形如何旋转,网络的输出对于相同的蛋白质结构都应该是一致的。...这可能表明随着突变位点的增加,活性如何变化 * 中下:KmAgo 及其多突变位点突变体的切割活性 实验结果显示: * 活性提升:与野生型 (WT) 相比,90% 的突变体显示出增强的 DNA 切割活性。...零数据跨入 AGI 时代后,下一代结构生物学家很可能不再主要是实验方法的专家,更多地是负责解释、设计和执行基于结构的实验,证明或否定生物学中的机制,或设计新的蛋白质功能与临床治疗方法。

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    Android应用保活全攻略:30个实用技巧助你突破后台限制

    当一个进程被杀死时,另一个进程可以通过监听onServiceDisconnected(ComponentName name)方法来感知,并重新启动被杀死的进程。这样可以相互守护,提高应用的存活率。...JobScheduler是Android 5.0引入的一种任务调度机制,可以在满足特定条件下执行任务。通过创建一个Job,设置触发条件,然后将Job提交给JobScheduler。...当应用进程被杀死时,native进程可以感知到这个事件,并重新启动应用进程。这种方法需要C/C++知识,并且可能会增加应用的复杂性和维护成本。 23....当系统UI变化时,检查应用进程是否存活,如果已经被杀死,则重新启动应用。 25....当收到新的通知时,检查应用进程是否存活,如果已经被杀死,则重新启动应用。这种方法可以利用系统通知的变化来触发应用的启动,从而提高应用在后台的存活率。

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    Science & Nature 双开花:改善过继性免疫细胞疗法的新手段 - MedChemExpress

    在接受过继性免疫细胞治疗之前要通过大剂量的化疗或放疗来清除体内免疫抑制细胞,以延长过继性免疫细胞在体内的生存时间。...通过向患者体内输入共刺激因子 IL-2,诱导 T 细胞成为广谱杀伤性细胞,来改善 T 细胞的存活、功能和抗肿瘤活性,也是一种辅助治疗手段[1][3]。...orthoIL-2 突变体 (1G12 和 3A10)。...但是野生型 IL-2 会上调具有抑制免疫杀伤作用的 PD-1 和 TIM-3 的表达,orthoIL-2 突变体则不会,这说明 orthoIL-2 突变体不抑制免疫杀伤作用 (Fig. 3a-3b)。...此外,MSA-IL-2的毒性作用在注射后 5 天后就可以观察到,而 MSA-oIL-2 没有明显毒性作用,荷瘤鼠存活率明显升高。

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    k8s 就绪探针

    【k8s 系列】k8s 学习二十,就绪探针 提起探针,不知兄dei 们是否有印象,之前我们分享过存活探针,分享存活探针是如何确保异常容器自动重启来保持应用程序的正常运行,感兴趣的可以查看文章 k8s...,才可以执行检查的操作 存活探针 就绪探针 存活探针检查容器的时候,如果检查未通过,会立马重启 pod 周期性的检查容器,若检查不通过,证明 pod 没有准备好,那么 该 pod 就会从服务中删除掉当检查...pod 再次准备就绪了,那么该 pod 又会重新添加到服务中 存活探针是通过杀死异常的容器,使用新的正常的容器来替代他们,最终保证 pod 能够正常工作 就绪探针是确认只有那些准备好处理请求的 pod...此处的从服务中删除和加入到服务中,具体体现是在 service 的 endpoints 列表中的 IP 和 PORT 信息 如何在 pod 中加入就绪探针 还记得之前我们我们演示存活探针的例子是在什么资源里面演示的吗...po 的时候就可以看到 READY 是 1/1 就绪探针我们在实际工作中如何使用比较好呢?

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    作业帮实时计算平台高可用实践

    当 Active 任务组有节点新增的时候, 如果当前有其他存活 Active 任务组节点,Active 任务内部进行负载均衡和任务管理,如果当前没有其他存活 Active 任务组节点,则从 Backup...EMR 集群故障的情况下,怎么保证 Flink 任务真正的被杀死了,避免任务双跑,影响数据的准确性。 3. 如何透明的切作业。...因此,为了确保 EMR 集群故障的情况下,任务能够被杀死,我们需要达成两个条件之一: 1. 调度服务可以明确知道,任务被杀死了 2....ResourceManager 异常恢复的时候,不要恢复应该被杀死的任务 针对条件一,我们可以通过 Yarn Java SDK API 进行杀死任务和通过 Flink Rest API 杀死任务。...针对条件二,我们可以通过设置一些参数,保证 ResourceManager 异常的情况下,不会恢复任务。

    20210

    Android后台杀死系列之二:ActivityManagerService与App现场恢复机制

    ,但是对于被后台杀死的进程如何恢复的并没有讲解,本篇不涉及后台杀死,比如LowmemoryKiller机制,只讲述被杀死的进程如何恢复的。...假设,一个应用被后台杀死,再次从最近的任务列表唤起App时候,系统是如何处理的呢?...有这么几个问题可能需要解决: Android框架层(AMS)如何知道App被杀死了 App被杀前的场景是如何保存的 系统(AMS)如何恢复被杀的App 被后台杀死的App的启动流程跟普通的启动有什么区别...,AMS端要选择性清理进程相关信息,清理后,再根据是不是内存低引起的后台杀死,决定是不是需要清理其他后台进程。...APP存活,但是Activity被后台杀死的情况下AMS是如何恢复现场的 还有一种可能,APP没有被kill,但是Activity被Kill掉了,这个时候会怎么样?

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    mLife|华东师范大学张鲁嘉团队:高效的酶智能设计平台NAC4ED

    虽然这些基于“NAC”的计算在避免超高自由度的反应过渡态计算过于复杂问题的同时,保持了较高的精度,但如何基于“NAC”进行设计,通过计算残基突变与底物的相容性图谱,从而精准指导天然酶重塑过程的系统描述,...本研究提出高精度三维蛋白质结构,根据酶与底物的结合催化机理,推导稳定的近攻击活性构象,建立活性构象模型参数,并以此构象作为起点,设定分子动力学模拟条件,测试氨基酸突变和底物变异对近攻击态稳定性的影响,最后以轨迹中活性构象种群作为相关系数进行突变体评估...高效筛查突变 在NAC4ED平台的支持下,研究人员继续以EHs为研究目标进行研究,但本研究旨在对未知突变进行高通量筛选,并通过实验验证,获得新的高适应性突变体,评估NAC4ED平台的高通量筛选能力和所选突变体的适应性...因此,在计算资源条件下,NAC4ED平台可以将突变筛选效率提高数万倍。...图4:NAC4ED的准确性和效率验证。(A)里氏木霉(TrEH)环氧化物水解酶活性构象比的计算。(B)TrEH突变体催化活性的测定。(C)NAC4ED流程和实验步骤。

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    被后台杀死后,Android应用如何重新走闪屏逻辑

    后台杀死与恢复的堆栈-杀后.jpg 当用户再次启动APP时候会怎么样呢?这个时候,首先看到其实C,而不是栈底部的A,也就是说往往被杀死后,恢复看到的第一个界面是用户最后见到的那个界面。 ?...Android为了能够让用户无感知后台杀死,就做了这种恢复逻辑,不过,在开发中,这种逻辑带了的问题确实多种多样,甚至有些产品就不希望走恢复流程,本文就说说如何避免走恢复流程。...从推送唤起被杀APP时,如何走闪屏逻辑 对于推送消息的处理,其路由器一般放在MainActivity,并且在onCreate跟onNewIntent都有添加,如果APP存活的情况,可以直接跳转目标页面,...的路由系统中,针对这两种场景要,先跳转闪屏,闪屏回来后,再跳转推送页 如何判断呢,后面两种场景其实只需要判断是否有Activity存活即可,也就是查查APP的topActivity是否为null,注意不要去向...作者:看书的小蜗牛 原文链接:被后台杀死后,Android应用如何重新走闪屏逻辑 仅供参考,欢迎指正

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    新型靶向RAS突变的共价抑制剂 | MedChemExpress

    G12和G13处于核苷酸结合口袋的周围,其突变将会产生一定的位阻效应,阻止水解所需的构象形成,进而抑制 GAP 诱导的 GTP 的水解。...研究动态近期一项研究发现,小分子化合物 ARS-1620(图1)是一个特异性靶向 KRAS-G12C突变体的抑制剂。其可以在体内外模型中选择性地靶向 KRAS-G12C 突变,进而抑制肿瘤生长。...此外,体内实验表明 ARS-1620 可以缩小多种具有 KRAS-G12C 突变的肿瘤的体积,表现出良好的选择性。...M君有话说:本研究的关键意义在于发现了一个特异靶向 KRAS-G12C 突变体的抑制剂 ARS-1620,其在多个 KRAS-G12C 肿瘤模型中均具有良好的疗效,这将给靶向抑制 KRAS的药物开发带来新的启发...Oncrasin-1Oncrasin-1是高效的抗癌抑制剂,能低浓度下杀死各种Kras突变型人肺癌细胞。ARS-853ARS-853是一种选择性的Kras-G12C抑制剂,IC50值约为2.5 μM。

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    碱基周报(第 007 期):人体是一个共生生态系统

    原因就是这些微生物已经在我们的身体里安居乐业,它们不希望外来者的干扰,如果有入侵者试图进来分一杯羹,它们就会分泌一些物质杀死入侵者,于是就保护了我们的健康。...该研究特别关注了3个问题:不同生活方式的婴儿的肠道菌群组成和功能在何时开始“分道扬镳”,不同生活方式如何影响婴儿的特征微生物和功能,以及源自母亲的垂直传递在生活方式相关的婴儿菌群差异中所起的作用。...在这项最新研究中,张建之团队改造了酿酒酵母基因组中有代表性的21个基因,制造了8341个突变体,其中每个突变体相较于野生型酵母只有一个碱基的改变。然后他们测量了这些突变体相对于野生型的适应度。...他们发现有大益的同义突变只占同义突变的1%左右。而且发现,同义突变体和非同义突变体的适应度分布很相似(下图)。 同义突变是如何影响适应度的呢?...而且经过进一步的分析发现突变基因的 mRNA 浓度下降得越多,突变体的适应度就越低。但突变基因的 mRNA 浓度上升对突变体的适应度影响不大。

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    Nat Methods|清华大学药学院张数一团队提出蛋白质序列-功能空间压缩概念

    一些更高效的定向进化工具如PACE,OrthoRep等会使得蛋白质空间的搜索深度加深,但由于其专注于产生高适应性突变体的特征使得其对于蛋白功能的全局认知不足。...为了测试系统的可行性,研究人员先后利用了绿色荧光蛋白EGFP的纳米抗体突变体的回复突变实验测试蛋白-蛋白相互作用的靶向进化,以及利用SARS-CoV-2主蛋白酶Mpro蛋白对其抑制剂的逃逸效应的进化测试蛋白...首先,它实现了序列空间的广泛,均匀且精确的采样,这可以快速探索高维并生成更多样化和功能性的突变体,并提供有关序列-功能映射的更丰富信息。...可解释性深度学习在未来的进一步发展可能会揭示潜在的进化规则,并为蛋白质如何适应和克服进化限制提供见解。第三,该方法可以进化和研究缺乏结构信息或涉及具有挑战性的相互作用的蛋白质。...文章中提出的蛋白质序列-功能空间压缩的概念也有望应用于不同种类的蛋白质,并对自然界如何在有限时间内完成蛋白质空间的搜索和物种的高效进化产生一定的启发作用。

    20410

    Android 进程保活招式大全

    必要时,系统会首先消除重要性最低的进程,然后是清除重要性稍低一级的进程,依此类推,以回收系统资源。...前台进程的重要性最高,依次递减,空进程的重要性最低,下面分别来阐述每种级别的进程 1.1. 前台进程 —— Foreground process 用户当前操作所必需的进程。...在 Lowmemorykiller 回收内存时会根据进程的级别优先杀死 OOM_ADJ 比较大的进程,对于优先级相同的进程则进一步受到进程所占内存和进程存活时间的影响。...要在 Native 进程中感知主进程是否存活有两种实现方式: 在 Native 进程中通过死循环或定时器,轮训判断主进程是否存活,档主进程不存活时进行拉活。...封装 Linux 文件锁的代码如下: ? Native 层中堵塞申请文件锁的部分代码: ? 挑战二:在 Native 进程中如何拉活主进程。

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    类器官、单细胞分析技术、MAPK信号通路 | MedChemExpress

    有趣的是,ERK 的重激活显示出细胞之间的异质性,即使相邻细胞之间也存在显着差异。同样的,pan-RAF 抑制剂 LY3009120 处理的 PDO-BRAFV600中同样观察到了细胞间异质性。...■ PDOs 对 EGF 长期剥夺条件的适应 长期剥夺 EGF 的情况下,所有 RAS突变 PDOs 的 ERK 自主波动谱在很大程度上未发生变化,而总体 ERK 磷酸化状态仅轻微降低。...RAS 突变体中 ERK 波动对 Afatinib 敏感,其中BRAF 突变体与 RAS 突变体的反应,但最终结果表明这些 PDOs 建立了自分泌和/或旁分泌的 EGFR 刺激。...■ 体内外 EGFR 介导的信号放大促进肿瘤生长 长时间的泛 HER 抑制剂抑制了突变型 PDOs 中 EGFR 驱动的 ERK 水平振荡,降低了突变型 PDOs 的生长水平,但不影响其存活,而 EGFR...相关产品 Gefitinib 有效,选择性和口服活性的 EGFR 酪氨酸激酶抑制剂,IC50 为 33 nM;选择性抑制 EGF 刺激的肿瘤细胞生长,并阻断 EGF 刺激的肿瘤细胞中 EGFR 自磷酸化

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    黑科技 | 剑桥研究学者为基因突变过程“建模”,或将推翻达尔文的随机突变理论

    但当她检查培养基时,其中有一个培养基,里面有四个大肠杆菌存活了下来并在继续生长。...接下来的二十年间,Witkin一直在研究这些突变体什么时候出现以及为什么出现,因此Witkin在SOS反应的相关研究上获得了一定的成就,但她尚未解决最初提出的问题。...突破 此次,不同于其他人提出的“突变是随机的”等宏大的研究观点,Houseley选择采用定性加定量的方式,对特定种类的突变体进行研究和控制。...虽然研究团队表示尚无法证明这种变异是细胞对环境变化的有针对性的适应性反应,然而他们发现,当环境中的营养物质丰富时,且蛋白质需求更高时,酵母细胞会催生更多的核糖体基因拷贝。...为了让环境中特定因素可以引发突变这一猜想成为必要条件,研究人员巧妙得设计了一种新型的CUP1,使其只受半乳糖影响。

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    Nat. Mach. Intell. | 蛋白质语言模型也能预测热稳定性?滑铁卢大学团队亲测!

    突变体稳定性预测工具的局限性主要反映了数据的稀缺性:当前最大的单一突变体直接稳定性测量数据库之一(FireProtDB)中,仅包含约230种蛋白的几千个独特突变体的实验数据,通常每种蛋白的表征突变体少于...突变体稳定性预测在数据集中的应用 作者研究了八种不同的蛋白质序列可能性建模方法,大致分为逆折叠(基于结构)和蛋白质语言建模(基于序列)两类。...为应对不确定性,作者在整个分析中实施了“理论最大值”基准,为标签加入标准差为1 kcal mol-1的高斯噪声,以估计在实验不确定性恒定条件下“完美”模型的性能。...为了更好地评估PSLMs及其组合在不同通量预算下用于稳定性筛选的实际应用性,作者接下来分析了突变体的实验稳定性与预测得分之间的关系。...值得注意的是,大多数稳定性模型的训练数据要么包含这些数据集中的突变体,要么来自具有显著同源性的蛋白质突变体。然而,本节的重点在于零样本预测带来的增强效果,因此,预期这些性能改进具有广泛的通用性。

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    单细胞测序在肿瘤异质性以及CTC耐药中的探究与应用

    2 单细胞测序技术在探究肿瘤异质性中的价值 肿瘤细胞的重要信息,如突变体状态、表观状态以及相关蛋白质的表达水平可能在少数或者单个细胞中表达。如果利用混合的肿瘤细胞进行分析就会忽视异质性。...在loratinib耐药患者中,Pailler鉴定出两个ALK多样的突变体,是一种靶向耐药机制。这些突变体可能是ALK重排和NSCLC对ALK抑制剂耐药的机制。...Franken等人对46例转移性乳腺癌患者进行CTC单细胞测序,结果发现ESR1突变只出现在接受雌激素剥夺治疗EDT的患者中。相反,在没有接受EDT或者其他治疗的患者中并未检测到突变体。...研究者认为新发现的突变体可能导致靶向药物耐药,因为新发现的突变体只存在于接受靶向治疗的患者中并且影响高度保守的氨基酸。...基于单一CTC测序,研究者建立了一个CNA分值来分析CNA数据与一线化疗有效性和存活之间的关联。

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    癌症起源和治疗中的细胞死亡

    此外,细胞无法杀死自己的特点与人类癌症的发展直接相关,并且可以增强其对治疗的抵抗力。 细胞死亡的失败如何促进癌症?...CTL和NK细胞可通过颗粒依赖性途径杀死肿瘤细胞,它们利用穿孔素辅助粒酶蛋白酶家族进入靶细胞的胞质。...尽管自噬通常能够促进细胞(包括肿瘤细胞)存活,但它还可通过自我消化杀死自身。 无论哪种细胞死亡机制减弱,导致细胞无法杀死自身都会促进肿瘤发展,这是最初的六种“肿瘤标志”之一。...尽管发现了很多,但仍在继续研究BAX / BAK依赖的细胞死亡机制,以确定它们如何在线粒体外膜上形成孔或通道以及如何通过抗凋亡BCL成员调节其激活的更详细的信息。...这些将揭示哪些恶性肿瘤对venetoclax敏感,如何对其进行最佳治疗,耐药性如何发展,以及与哪些药物可以最好地组合。

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    Android内存管理(八)内存管理小结

    内存优化工具介绍 Android常见的内存问题及解决方案 内存优化的体系的建设 内存问题总结及思考 今天从操作系统的角度来闲聊一下代码开发过程中如何配合系统做内存管理。...总之,Android系统需要最大限度的让更多的进程存活在内存中,以保证用户再次打开应用时减少应用的启动时间,提高用户体验。...Android杀死进程有两个参考条件: 进程优先级 Android为每一个进程分配了优先组的概念,优先组越低的进程,被杀死的概率就越大。...根据进程的重要性,划分为5级: 1)前台进程(Foreground process) 用户当前操作所必需的进程。通常在任意给定时间前台进程都为数不多。...因此,在开发过程中要做到: 避免创建不必要的对象。 在合适的生命周期中,合理的管理资源。 在系统内存不足时,主动释放更多的资源。 开发时,应该如何注意App的内存管理呢?

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