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合并两个不同物种单细胞转录组数据集注意harmony参数

两个数据集分别是人和鼠SMC异质性探索,文献标题是:《Single-Cell Genomics Reveals a Novel Cell State During Smooth Muscle Cell...,因为小鼠基因命名规则通常包括将所有字母转换为小写,这与人类基因命名规则不同,后者通常以大写字母开头。...其实在进行跨物种基因研究时,研究人员需要仔细核对基因命名和序列信息,以确保研究准确性。可以使用如Ensembl、UniProt或NCBI Gene等数据库来获取不同物种中基因准确信息。...所以我对两个表达量矩阵取了共有基因交集,然后就可以合并两个矩阵啦, 如下所示: sceList = list( mouse = CreateSeuratObject( counts =..., 如下所示: 两个物种仍然是泾渭分明 但是一般人都会忽略它,其实是RunHarmony函数可以修改参数,比如同时抹去样品和数据差异,代码如下所示; seuratObj <- RunHarmony

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如何在 Pandas 中创建一个空数据并向其附加行和

Pandas是一个用于数据操作和分析Python库。它建立在 numpy 库之上,提供数据有效实现。数据是一种二维数据结构。在数据中,数据以表格形式在行和中对齐。...在本教程中,我们将学习如何创建一个空数据,以及如何在 Pandas 中向其追加行和。...ignore_index参数设置为 True 以在追加行后重置数据索引。 然后,我们将 2 [“薪水”、“城市”] 附加到数据。“薪水”值作为系列传递。序列索引设置为数据索引。...然后,我们在数据后附加了 2 [“罢工率”、“平均值”]。 “罢工率”值作为系列传递。“平均值”值作为列表传递。列表索引是列表默认索引。...Python 中 Pandas 库创建一个空数据以及如何向其追加行和

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手把手教你用Python玩转时序数据,从采样、预测到聚类丨代码

可以根据这些数据,生成一些图表分析。 ? 当然,因为我们考虑数据主要是时间和用电量两个维度,所以可以把其他维度删掉。 重采样 我们先从重采样开始。...首先,需要把采样周期变成每周: · data.resample() 用来重采样数据电量(kWh)那一。 · The ‘W’ 表示我们要把采样周期变为每周(week)。...· sum()用来求得这段时间里电量之和。 ? 当然,我们也可以依葫芦画瓢把采样周期变成每天。 ? ? pandas里内置了很多重采样选项,比如不同时间段: ? 还有不同采样方式: ?...为了实现预测功能,我们创建未来数据,设置预测未来多少时间和频率,然后Prophet就可以开始预测了。 这里设置是预测两周,以天为单位。 ? 搞定了,可以预测未来两个家庭用电量了。 ?...方法很简单,导入原始数据,然后为一年中某一天和一天中某一小时添加两。 ? ? 连接和树形图 连接函数将距离信息和分组对象根据相似性聚类,他们相互连接,创造更大聚类。

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Python pandas十分钟教程

Pandas是数据处理和数据分析中最流行Python库。本文将为大家介绍一些有用Pandas信息,介绍如何使用Pandas不同函数进行数据探索和操作。...包括如何导入数据集以及浏览,选择,清理,索引,合并和导出数据等常用操作函数使用,这是一个很好快速入门指南,如果你已经学习过pandas,那么这将是一个不错复习。...也就是说,500意味着在调用数据时最多可以显示500。 默认值仅为50。此外,如果想要扩展输显示行数。...df.groupby(by=['Contour', 'Gp'])['Ca'].mean() 合并多个DataFrame 将两个数据合并在一起有两种方法,即concat和merge。...按连接数据 pd.concat([df, df2], axis=1) 按行连接数据 pd.concat([df, df2], axis=0) 当您数据之间有公共时,合并适用于组合数据

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手把手教你用Python玩转时序数据,从采样、预测到聚类丨代码

可以根据这些数据,生成一些图表分析。 ? 当然,因为我们考虑数据主要是时间和用电量两个维度,所以可以把其他维度删掉。 重采样 我们先从重采样开始。...首先,需要把采样周期变成每周: · data.resample() 用来重采样数据电量(kWh)那一。 · The ‘W’ 表示我们要把采样周期变为每周(week)。...· sum()用来求得这段时间里电量之和。 ? 当然,我们也可以依葫芦画瓢把采样周期变成每天。 ? ? pandas里内置了很多重采样选项,比如不同时间段: ? 还有不同采样方式: ?...为了实现预测功能,我们创建未来数据,设置预测未来多少时间和频率,然后Prophet就可以开始预测了。 这里设置是预测两周,以天为单位。 ? 搞定了,可以预测未来两个家庭用电量了。 ?...方法很简单,导入原始数据,然后为一年中某一天和一天中某一小时添加两。 ? ? 连接和树形图 连接函数将距离信息和分组对象根据相似性聚类,他们相互连接,创造更大聚类。

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合并多个Excel文件,Python相当轻松

每个Excel文件都有不同保险单数据字段,如保单编号、年龄、性别、投保金额等。这些文件有一个共同,即保单ID。...注意:本文讨论合并具有公共ID但不同数据字段Excel文件。 Excel文件 下面是一些模拟电子表格,这些数据集非常小,仅用于演示。...这里,df_1称为左数据框架,df_2称为右数据框架,将df_2与df_1合并基本上意味着我们将两个数据框架所有数据合并在一起,使用一个公共唯一键匹配df_2到df_1中每条记录。...df_1和df_2中记录数相同,因此我们可以进行一对一匹配,并将两个数据框架合并在一起。...这一次,因为两个df都有相同公共“保险ID”,所以我们只需要使用on='保险ID'来指定它。最终组合数据框架有8行11

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python数据分析——数据选择和运算

merge()是Python最常用函数之一,类似于Excel中vlookup函数,它作用是可以根据一个或多个键将不同数据集链接起来。...True表示按连结主键(on 对应列名)进行升序排列。 【例】创建两个不同数据,并使用merge()对其执行合并操作。 关键技术:merge()函数 首先创建两个DataFrame对象。...关键技术:使用’ id’键合并两个数据,并使用merge()对其执行合并操作。...代码和输出结果如下所示: (2)使用多个键合并两个数据: 关键技术:使用’ id’键及’subject_id’键合并两个数据,并使用merge()对其执行合并操作。...【例】按合并对象。 关键技术:如果需要沿axis=1合并两个对象,则会追加新列到原对象右侧。

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直观地解释和可视化每个复杂DataFrame操作

操作数据可能很快会成为一项复杂任务,因此在Pandas中八种技术中均提供了说明,可视化,代码和技巧来记住如何做。 ?...可以按照与堆叠相同方式执行堆叠,但是要使用level参数: df.unstack(level = -1)。 Merge 合并两个DataFrame是在共享“键”之间按(水平)组合它们。...记住:合并数据就像在水平行驶时合并车道一样。想象一下,每一都是高速公路上一条车道。为了合并,它们必须水平合并。...使用联接时,公共(类似于 合并right_on 和 left_on)必须命名为相同名称。...“inner”:仅包含元件键是存在于两个数据键(交集)。默认合并。 记住:如果您使用过SQL,则单词“ join”应立即与按添加相联系。

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Python探索性数据分析,这样才容易掌握

为了比较州与州之间 SAT 和 ACT 数据,我们需要确保每个州在每个数据中都被平等地表示。这是一次创新机会来考虑如何数据之间检索 “State” 值、比较这些值并显示结果。...我方法如下图展示: ? 函数 compare_values() 从两个不同数据中获取一,临时存储这些值,并显示仅出现在其中一个数据集中任何值。...请注意,如果你分析目标是不同,比如比较 2017 年和 2018 年 SAT 绩效,那么根据每个表现类别 (e.g. Math) 保存特定数据将是至关重要。...为了合并数据而没有错误,我们需要对齐 “state” 索引,以便在数据之间保持一致。我们通过对每个数据集中 “state” 进行排序,然后从 0 开始重置索引值: ?...最后,我们可以合并数据。我没有一次合并所有四个数据,而是按年一次合并两个数据,并确认每次合并都没有出现错误。下面是每次合并代码: ? 2017 SAT 与 ACT 合并数据集 ?

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预估表和索引空间容量方法

最近有一个业务功能要上线,生产数据库环境之前已经到位,目前要做是估算下,业务数据量对数据库空间,有何影响。开发同学根据表字段定义,分别统计出了最大占用空间,以及预计占用空间量,计算得很细致。...首先对于表估算,用到是DBMS_SPACE包中CREATE_TABLE_COST这个存储过程,这个存储过程有两个版本,第一个版本是根据平均行长,估算表容量,第二个版本是根据信息,估算表容量...不同点就是,版本一需要平均行长(avg_row_size),版本二需要CREATE_TABLE_COST_COLUMNS类型变量(colinfos)。...上面则是根据平均行长,预估表容量,下面实际测试10万条数据,检索user_segments视图,其占用空间为9437184字节, ?...CREATE_TABLE_COST根据字段定义预估,是比较准确根据平均行长,并不很准确。需要注意是,这里计算是字段极限值,不会超过此值,但有可能实际用不了这些。

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大厂面试系列(七):数据结构与算法等

有k个有序单链表,怎么合并成一个有序单链表? 链表逆序,不能用修改指针方法,用递归如何实现。...链表找环入口 单链表逆序 两个链表合并,最长公共子串问题 单链表逆序,快排,数组中找两个数和等于目标值 数组 在M个大小数组中找到第K大数(最大堆) 我现在有一个数组[1,2,3,4],请实现算法...•你这样时间复杂度有点高,如果要求O(N)要怎么做 手写算法,两个有序数组合并。 十万行二维数组,每行长度为10,每个数组降序,找出最大15个数。...两个1G排好序文件,按序合并 手写归并排序。两个有序数组合并。 常见排序算法有哪些?各种排序算法平均时间复杂度和最坏情况下时间复杂度?...手写了冒泡排序 手写递归排序等 两个排序好数组,构思算法把一个按序插入另一个数组 手工实现一个快速排序算法 列举数据几个排序算法 快速排序?快速排序是稳定么?如何实现一个快速排序稳定性?

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【Nature重磅】谷歌AI自动重构3D大脑,最高精度绘制神经元

由于成像高分辨率,即使只有一立方毫米脑组织,也可以产生超过1000TB数据!再加上这些图像中结构可能非常微妙和复杂,构建大脑连接图主要瓶颈实际上并不在于获取数据,而是如何自动分析这些数据。...采用ERL方法(蓝色线)结果表现最好,红色线表示“合并率”,即两个独立神经元被错误地当成一个目标进行跟踪频率。...事实上,这种可变性可用于检测和消除在校对过程中难以修复合并,代价是产生一些额外分裂(两个过程彼此错误地断开),这些是比较容易修复。...我们还研究了不同分辨率下数据重新取样,并发现在五个分割中对一个oversegmentation consensus 合并数量最大程度减少了(82倍)(分割率仅增加了两倍)(图1c,d和方法)。...其他物种和成像方法 FIB-25是果蝇视神经叶公共数据集,通过8×8×8 nm聚焦离子束扫描EM成像,已被用于基准分割方法。 同样用作公共分割基准,SNEMI3d是小鼠体感皮层数据集。

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Pandas学习笔记02-数据合并

第一章可前往查看:《Pandas学习笔记01-基础知识》 pandas对象中数据可以通过一些方式进行合并: pandas.concat可以沿着一条轴将多个对象堆叠到一起; pandas.merge可根据一个或多个键将不同...按合并 对于按照合并数据时,如果我们希望只保留第一份数据索引,可以通过如下两种方式实现: #①合并后只取第一份数据索引 In [14]: pd.concat([df1, df4], axis=...字典数据追加到数据 2.merge merge可根据一个或多个键()相关同DataFrame中拼接起来。...,默认情况下是会根据两个都有的列名进行合并,若设置validate='one_to_one'则会报错。...2 NaN 2.0 right_only 3 2 NaN 2.0 right_only 2.4.left_on和right_on 当我们想合并两个数据出现没有公共列名情况

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多会话、面向定位轻量级激光雷达(LiDAR)建图方法

然后,还设计了一种新颖捆集调整方法,以改善线和平面的局部一致性。在实验部分,使用了公共和自行收集数据集来证明其效率和有效性。...B.全局地图合并 构建语义图:为了合并不同位置子地图,必须全局解决地点识别和相对位姿估计这两个关键挑战,而无需初始猜测。传统方法通常使用完整激光扫描数据构建手工制作或基于学习全局描述符。...为了减小地图大小和后续优化维度,这些地标的实例将根据图匹配结果或质心距离进行合并。...为了减小地图大小和后续优化维度,这些地标在多个子图中实例将根据图匹配结果或质心距离而合并。...这两个数据集提供了大量语义辅助扫描和地面真实姿势,可以用来构建和评估我们地图制作框架。 图5. CARLA模拟器上地图合并和鸟瞰视图共视连接案例。

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ReBucket算法总结

:应该放更大权重在离顶部上,因为bug根因更容易出现在离顶部两个相似的堆栈中匹配函数之间对齐偏移应该很小基于这两个观点,两个堆栈C1C_1C1和C2C_2C2之间相似度可以由以下流程得出...)(1)中可以看出:堆栈相似性度量值由Q(Li)Q\left(L_{i}\right)Q(Li)值最大公共序列决定,但穷举所有的公共序列效率很低,这里就可以用到求最长公共子序列问题方法了,用二维动态规划方法可以高效地求出...,但因为项目的不同,合适参数也会不同,所以还是需要一个训练过程来学习这些参数最优值首先我们需要根据历史Bucket内数据和相应崩溃报告构建数据集,从同一Bucket中提取由开发人员确认由相同错误引起崩溃报告作为聚类正确数据...,从不同(不相似)Bucket中提取由不同错误引起崩溃报告作为聚类错误数据(由于异类崩溃报告数量通常很大,这里提取异类崩溃报告过程是通过随机采样进行)。...基于获得重复和不相似的崩溃报告,收集成对相似和不相似的堆栈,构建成数据集对于需要训练三个参数,它们值独立变化,不同参数直接导致不同聚类性能,所以这里采用一种基于搜索算法(类似Grid Search

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基于FPGA系统合成两条视频流实现3D视频效果

为了确保完全一致速率,摄像机必须行锁定到共同参考时序。如果没有同步,不使用外部存储器,就不可能将输出组合起来并存储为完整视频。 ? 图3显示两个行锁定视频流被合并成一个立体图像。 ?...图4显示,如果不将整个视频保存在外部存储器中,则异步视频流无法合并。 ?...另外,两个视频流可能存在对齐误差。这些时序差异和对齐误差必须在后端器件(如FPGA)中进行补偿,先将数据带至共同时钟域,然后再将两个视频图像结合成单个立体视频。...因此,如果系统有两个或多个始于视频解码器或HDMI接收器视频路径,即使将同一晶振时钟提供给两个视频解码器或HDMI接收器,仍会有两个不同频率、不同相位不同时钟域,因为每个器件都会基于自己PLL产生自己时钟...这会在两条数据路径中导致不同频率,结果又会导致进入后端中数据量不对称。

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使用Python分析姿态估计数据集COCO教程

当我们训练姿势估计模型,比较常用数据集包括像COCO、MPII和CrowdPose这样公共数据集,但如果我们将其与不同计算机视觉任务(如对象检测或分类)公共可用数据数量进行比较,就会发现可用数据集并不多...第27-32行显示了如何加载整个训练集(train_coco),类似地,我们可以加载验证集(val_coco) 将COCO转换为Pandas数据 让我们将COCO元数据转换为pandas数据,我们使用如...在一个图像中可能有多个人,因此是一对多关系。 在下一步中,我们合并两个表(left join操作)并将训练集和验证集组合,另外,我们添加了一个新source,值为0表示训练集,值为1表示验证集。...添加额外 一旦我们将COCO转换成pandas数据,我们就可以很容易地添加额外,从现有的中计算出来。 我认为最好将所有的关键点坐标提取到单独中,此外,我们可以添加一个具有比例因子。...接下来,我们用训练集和验证集中每个规模组基数创建一个新数据,此外,我们添加了一个,其中包含两个数据集之间差异百分比。 结果如下: ?

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