给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战，所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题，上一期： 表达矩阵的归一化和标准化，去除极端值，异常值
又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图，因形状如箱子而得名。它能显示出一组数据的最大值、最小值、中位数、及上下四分位数。
描述性统计是数学统计分析里的一种方法，通过这种统计方法，能分析出数据整体状况以及数据间的关联。在这部分里，将用股票数据为样本，以matplotlib类为可视化工具，讲述描述性统计里常用指标的计算方法和含义。
NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。
如你所见，直方图上叠加核密度图，专业来说，核密度估计是用于估计随机变量概率密度函数的一种非参数方法。核密度图是用来观察连续型变量分布的有效方法。绘制密度图的方法：
由于数据可视化的重要性，在数据科学的生态系统中有许多数据可视化库和框架。其中一个流行的是Seaborn，这是一个用于Python的统计数据可视化库。
数据汇总是一个将原始数据简化为其主要成分或特征的过程，使其更容易理解、可视化和分析。本文介绍总结数据的七种重要方法，有助于理解数据实质的内容。
数据可视化基本上是数据的图形表示。在探索性数据分析中，可以使用数据可视化来理解变量之间的关系，还可以通过视化数据揭示底层结构或了解数据信息。
箱图 简单点数就是像一个箱子的图，用于表征数据的分布。 百度定义：箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在各种领域也经常被使用，常见于品质管理。它主要用于反映原始数据分布的特征，还可以进行多组数据分布特征的比 较。箱线图的绘制方法是：先找出一组数据的最大值、最小值、中位数和两个四分位数；然后， 连接两个四分位数画出箱子；再将最大值和最小值与箱子相连接，中位数在箱子中间。 数据 使用R自带的数据 代码 导入数据,不想解释各行各列
Meteva程序库由国家气象中心预报技术研发室检验科负责研发，是面向气象预报产品及中间产品进行全面检验评估所需要用到函数和功能的集成。它是国内第一款专门用于气象预报检验的Python程序库。
往期的教程里详细为大家做了R语言安装和环境配置的课程，错过的喵咪们，课前赶紧复习一下吧。生物信息系列课程-R语言入门；挖掘GEO速成SCI文章系列教程（3）-R语言基础。古语云“字如其人”，现在讲“第一印象”，说的都是形象、气质的重要作用，在科研领域而言，规范的、高质量的图片是发表高水平文章的必备条件。有请我们科研猫特聘作图系列讲师，飞飞老师~
大家公认的就是R是一款绘图功能非常强大的软件，那我们从这个系列开始专门来给大家说说R作图的部分。其实我们在统计描述的系列里已经穿插了许多简单画图的内容，这部分就带大家回归一下之前的内容，顺便补充一些其他的图形绘制方法。
箱线图的简介 箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在各种领域也经常被使用，常见于品质管理。"盒式图"或叫"盒须图""
作者：Vamei 出处：http://www.cnblogs.com/vamei 严禁转载。
导读：大多数情况下，数据分析的过程必须包括数据探索的过程。数据探索可以有两个层面的理解：
在生物领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。
数据下载（DEO、TCGA）-差异分析（芯片与转录组不相同）-WGCNA（加权共表达网络）-富集分析（ORA、GSEA）-PPI网络-预后分析（影响生存的疾病）
一是仅利用一些工具，对数据的特征进行查看；二是根据数据特征，感知数据价值，以决定是否需要对别的字段进行探索，或者决定如何加工这些字段以发挥数据分析的价值。字段的选取既需要技术手段的支撑，也需要数据分析者的经验和对解决问题的深入理解。
max（X）#最大值 min（x）#最小值， mean（x）#均值，median（x）#中位数
内容来源：和鲸社区 有效图表的重要特征： 在不歪曲事实的情况下传达正确和必要的信息。 设计简单，您不必太费力就能理解它。 从审美角度支持信息而不是掩盖信息。 信息没有超负荷。 01 关联 （Correlation） 关联图表用于可视化2个或更多变量之间的关系。也就是说，一个变量如何相对于另一个变化。 1、散点图（Scatter plot） 散点图是用于研究两个变量之间关系的经典的和基本的图表。如果数据中有多个组，则可能需要以不同颜色可视化每个组。在 matplotlib 中，您可以使用 plt.scatte
来源：https://www.r-graph-gallery.com/272-basic-scatterplot-with-ggplot2.html
当然，不同的箱型图，指标也不尽然全都一样，比如PowerBI中的一个可视化工具Box Whisker chart就是其中的一种，又叫做盒须图。
这一章我们将会用到‘iris’（鸢尾花）数据集，这个数据集属于R中自带的数据，因此不需要额外的加载。首先，查看数据的维度和结构，使用函数dim()和names()可以分别得到数据的维度和数据的列表名称也就是变量名称。使用函数str()和函数attribute()可以查看数据的结构和属性。
其中的x是一个由数据值组成的数值向量。参数freq=FALSE表示根据概率密度而不是频数绘制图形。参数breaks用于控制组的数量。在定义直方图中的单元时，默认将生成等距切分。
首先，正态分布是最重要的一种概率分布，正态分布（Normal distribution)，也称高斯分布（Gaussian distribution），具体详细的介绍可自行网上查阅资料；
⛳前言：🤔GEO的数据在分析之前要进行标准化处理，这已经是老生常谈的事情了。👉🏻但是如何进行标准化，以及选择那种方法进行标准化，目前依然是很多小白甚至是生物信息学家所迷惑的地方。 💡今天在这里，我对于两种常见的标准化方法进行一个简单的解释 ---- 今天拿GSE97508这个数据为例子来降解。 首先，我们先看一下我们拿到手后没有经过任何处理的原始数据。（这里说的没有经过任何处理并不是说数据真没有经过任何处理，其实在研究人员上传数据时，这些数据就已经经过各种处理，与真正意义上的原始数据差别很大） 先画一个箱
课前准备，R语言的安装和配置都OK了吗？生物信息系列课程-R语言入门；挖掘GEO速成SCI文章系列教程（3）-R语言基础。小板凳排排坐，飞飞老师要开课~
如果变动描述的是一个变量内部的行为，那么相关变动描述的就是多个变量之间的行为。相关变动是两个或多个变量以相关的方式共同变化所表现出的趋势。查看相关变动的最好 方式是将两个或多个变量间的关系以可视化的方式表现出来。如何进行这种可视化表示同 样取决于相关变量的类型。
虽然功能性磁共振成像(fMRI)研究主要集中在灰质上，但最近的研究一致发现，血氧水平依赖(BOLD)信号可以在白质中可靠地检测到，功能连接(FC)已被组织成白质中的分布式网络。然而，尚不清楚这种白质FC是否反映了潜在的电生理同步。为了解决这个问题，我们使用了16例耐药癫痫患者的颅内立体脑电图(SEEG)和静息状态功能磁共振成像(fMRI)数据。我们发现BOLD FC与SEEG FC在白质中相关，并且这一结果在每个参与者的广泛频段范围内是一致的。通过纳入扩散谱成像数据，我们还发现SEEG和fMRI的白质FC与白质结构连通性相关，表明解剖纤维束是白质功能同步的基础。这些结果为白质BOLD FC的电生理和结构基础提供了证据，它可能是精神和神经疾病的潜在生物标志物。
>source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
今天要跟大家介绍的图表是箱线图！ ▽▼▽ 在恶心excel2013及以下版本中，没有直接制作箱线图的图表工具，需要借助股价图，并对数据做少许变换才能做出箱线图的效果，不过自excel2016版本开始，
箱线图展示的就是分位数，中间的线表示的是中位数，也就是50%分位数，如果非要在箱线图上画上表示平均值的线段也是可以实现的，今天介绍一下实现代码
接下来示例中，我们绘制一项探索类风湿性关节炎新疗法研究的结果。数据已经包含在随vcd包分发的Arthritis数据框中。（请确保在使用前已经安装vcd包，使用命令install.packages("vcd")）
自《NumPy 秘籍》第一版以来，NumPy 团队引入了新功能； 我将在本章中对其进行描述。 您可能不太可能阅读本书的第一版，而现在正在阅读第二版。 我在 2012 年撰写了第一版，并使用了当时可用的功能。 NumPy 具有许多功能，因此您不能期望涵盖所有功能，但是我在本章中介绍的功能相对重要。
统计最开始的主要任务就是描述数据。正如我们在统计概述中提到的，群体的数据可能包含大量的数字，往往让人读起来头昏脑涨。电影《美丽心灵》中，数学家纳什不自觉地沉浸在一串数字中。这样的电影桥段经常让观众感到惭愧。但真相是，每个人的注意力和短期记忆都很有限，只能集中在很少量的信息。数据描述就是要用一定的方法来提取少量信息，从而让人更容易明白数据的含义。数据描述的方法可以分为两大门类，即群体参数和数据绘图。两者都起到了简化信息作用，从而让数据变得更加易读。 群体参数 群体参数是用一些数字来表示群体的特征。我们在统计概
数据清理是数据预处理的一个关键环节，它占据整个数据分析或挖掘50%~70%的时间。在这一环节中，我们主要通过一定的检测与处理方法，将良莠不齐的“脏”数据清理成质量较高的“干净”数据。pandas为数据清理提供了一系列方法，本章将围绕这些数据清理方法进行详细地讲解。 数据清理概述
箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在各种领域也经常被使用，常见于品质管理。它主要用于反映原始数据分布的特征，还可以进行多组数据分布特征的比 较。箱线图的绘制方法是：先找出一组数据的上边缘、下边缘、中位数和两个四分位数；然后， 连接两个四分位数画出箱体；再将上边缘和下边缘与箱体相连接，中位数在箱体中间。
本文总结了在数据分析和可视化中最有用的 50 个 Matplotlib 图表。这些图表列表允许您使用 python 的 matplotlib 和 seaborn 库选择要显示的可视化对象。
本文总结了在数据分析和可视化中最有用的 50 个 Matplotlib 图表。这些图表列表可以使用 python 的 matplotlib 和 seaborn 库选择要显示的可视化对象。
使用 ggplot2 包画箱线图通常使用 geom_boxplot() 函数。箱线图（Boxplot）是一种用于展示一组数据分布特征的图形，它能够提供以下信息：
通过检验数据集的数据质量、绘制图表、计算某些特征量等手段，对样本数据集的结构和规律进行分析的过程就是数据探索。
俗话说的好，“一图顶十表”。我们经常在Nature，Science杂志的各种高级文章中看到异常优美的图片，大都是这样色儿的：
箱线图，是指—种描述数据分布的统计图，是表述数据的第一四分位数、中位数、第三四分位数与异常值（离群值）的一种图形方法。它也可以粗略地看出数据是否具有对称性，分布的分散程度等信息，特别是可用于对多组样本的比较。
数据来源：http://www.tianqihoubao.com/aqi/chengdu-201901.html
https://r4ds.hadley.nz/data-visualize#visualizing-relationships
何为EDA，何谓探索性数据分析？英文名为Exploratory Data Analysis，是在你拿到数据集后，并不能预知能从数据集中找到什么，但又需要了解数据的基本情况，为了后续更好地预处理数据、特征工程乃至模型建立。因此探索性数据分析，对了解数据集、了解变量之间对相互关系以及变量与预测值之间的关系尤其重要。
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