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【R语言】根据映射关系来替换数据框中的内容

前面给大家介绍过☞R中的替换函数gsub，还给大家举了一个临床样本分类的具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中的数据进行替换。...例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体的例子来进行分享。...接下来我们要做的就是将第四列中的注释信息，从转录本ID替换成相应的基因名字。我们给大家分享三种不同的方法。...首先我们做准备工作，读入这两个文件，会用到前面讲过的☞正则表达式 #读入转录本和基因名之间的映射关系 mapping=read.table("id_mapping.txt",sep="\t",row.names...参考资料： ☞R中的替换函数gsub ☞正则表达式 ☞使用R获取DNA的反向互补序列

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怎么用R语言把表格CSV文件中的数据变成一列，并且行名为原列名呢，谢谢

今天收到一封邮件，来询问这样的问题： [5veivplku0.png] 这样的邮件，是直接的邮件，没有寒暄直奔主题的邮件。...唯一的遗憾是不知道是谁写的…… 如果我理解的没有错误的话，写信人的需求应该是这个样子的： 他的原始数据： [8vd02y0quw.png] 处理后想要得到的数据： [1k3z09rele.png] 处理代码...rnorm(10),y2=rnorm(10),y3=rnorm(10),y4=rnorm(10)) dd library(data.table) melt(dd,id=1) 代码解释： 1，dd为模拟生成的数据框数据...，第一列为ID，其它几列为性状 2，使用的函数为data.table包中的melt函数 3，melt中，dd为对象数据框，id为不变的列数，这里是ID一列，列数所在的位置为1，其它几列都变成一列，然后列名变为行名...来信者需求： 怎么用R语言把表格CSV文件中的数据变成一列，并且行名为原列名呢，谢谢 1，csv文件，可以用fread函数读取，命名,为dd 2，数据变为一列，如果没有ID这一列，全部都是性状，可以这样运行

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【大数据问答】R语言如何导入其他统计软件中的数据？

R语言如何导入其他统计软件中的数据？ R导入SAS数据集可以使用 foreign 包中的 read.ssd() 和 Hmisc 包中的 sas.get() 。...在SAS中使用 PROC EXPORT 将SAS数据集保存为一个逗号分隔的文本文件，使用从.csv格式的文件中导入数据，使用read.csv()函数或者read.table()函数。...或者 一款名为Stat/Transfer的商业软件将SAS数据集为R数据框。...R导入SPSS数据集可以通过 foreign 包中的 read.spss()函数 或者Hmisc 包中的 spss.get() 函数。...导入Stata数据集可以通过foreign包中的read.dta()函数。 【温馨提示】foreign包和Hmisc包都是的R的扩展包，因此在使用之前，若是 没有安装，需要先安装。

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四、数据结构--数据框

约等于“表格”原因：数据框不是独立的文件，是二元内部的一个数据，电脑上可能并没有这样一个文件，不是在电脑上真实存在的文件；excel表格没有要求一列只有一种数据类型，而数据框要求一列只能有一种数据类型。...一、数据框来源（1）用代码新建（2）由已有数据转换或处理得到（3）读取表格文件（4）R语言内置数据 ### 打开R语言的那一刻，可以直接使用的数据。...3## 代码思维### 如何取数据框的最后一列？...，表示新增 ,新增一列叫p.value的列df15.3 改行名和列名rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4") ### 改全部行名colnames(df1...test[test$Species == c("a","c"),] 不能写==，是因为在循环补齐的过程中==会把a，c看成一个整体图片六、两个数据框的连接图片merge(test1,test2,by="

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《高效R语言编程》6--高效数据木匠

tidyr方便了收集与分割两个常见的操作 gather()收集是将列名换成新变量，将宽表变成长表，spread()是实现相反过程的函数。...用法是：gather(data,key,value，-religion),分别是数据框，要转换成分类的列名,单元值的列名和清除收集的变量 使用seperate()分割联合变量 分割是指将一个实际由两个变量组成的变量分割成两个独立列...正则表达式 R与stringr分别使用grepl()和str_detect()来进行，我比较喜欢基础R的，不知你喜欢安装包还是用基本的。...使用dplyr高效处理数据 这个包名的意思是数据框钳，相比基础R的优点是运行更快、与整洁数据和数据库配合好。函数名的部分灵感来自SQL。 ?...列改名 rename()，使用反引号‘`’包裹，允许R使用不规范的列名。

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R基础-3

数据结构 3 数据框、矩阵和列表 之前学过的，Vector向量是 一维的 数据框、矩阵和列表如下： 1）现在学“表格” 二维：二维有两个：（1）matix 矩阵 —— 二维，只允许一种数据类型。...> df1[df1$score>0,1] #这是数据框取子集 或者 >df1$gene[df1$score>0] #这是向量取子集 ，相当于y[x>0] 代码思维 #如何取数据框的最后一列...>df1[,ncol(df1)] #如何取数据框除了最后一列以外的的其他列？...(df1)<- c("r1","r2","r3","r4") #修改全部行名 > colnames(df1)[2] <-"CHANGE" #改一个列名，比如修改第二列的列名，...3.6 两个数据框的连接 >merge(test1,test2,by="name") #name是共同一列的列名。必须是个列名。 #思考，共同列的列名不相同，怎么连接？

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R3数据结构和文件读取

)#4两个向量进行的操作，4种#（1）比较运算（逻辑比较），循环补齐，生成等长的逻辑向量（向量不一样长时，谁长取谁）（等位运算，向量长度不相等时，发生循环补齐，等位运算注意非整倍数有时会造成结果错误,如...改行名和列名rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames(df1)[2] <- "CHANGE"#6.两个数据框的连接，mergetest1...左连接可以使用merge(x, y, by="common_column", all.x = TRUE)实现，其中x和y是要连接的两个数据集，by指定用于连接的列名，all.x设置为TRUE表示保留左侧数据集的所有行...#注释3如何按照数据框的某一列，给整个数据框排序order，使用order()函数按照数据框的某一列对整个数据框进行排序。...#注释4如何按照数据框的某一列，给整个数据框去重复，可以使用unique()函数按照数据框的某一列对整个数据框进行去重操作。

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【生信技能树培训笔记】R语言基础（20230112更新）

本培训使用R 4.2及以上版本。一、前言用R分析数据得出结果，需要解决两个问题：用什么包/函数来处理数据？如何整理数据，使得数据可以套进函数里进行处理？...0.05Tips：当取用的列名为原数据框存在的列名，则赋值为修改改列内容；当取用的列名不存在与原数据框，则赋值为新增一列。...指定的列名称取交集，其余列均包含在新数据框中。...，若仍旧需要按照这两列取交集合并，则可以具体指定两个列名称，如下：（注意指定的列名称顺序需与前面指定的数据框顺序对应）> merge(test1,test3,by.x = "name",by.y = "...默认all=FALSE，表示只取共同列或行中相同值的内容进行合并，当指定all=TRUE时，取两个数据框中指定行列的并集进行合并，任一表中的缺失值，则用NA填充。

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Jelys Note之生信入门class5

R包如何使用 （1）---获取帮助 查看帮助文档：？...重启（诡异的错误）： 1.session 2.Rstudio 3.电脑 （2）找不同： 比较数据：能正确运行的数据、出错的数据 异常值？重复值？非法输入？数据类型？数据结构？...----文件读取是R语言中的数据框来源 【变量名test--存在R语言内部=read.csv("文件名")】 【表格文件读入到R语言里，就得到了一个数据框，对数据框进行的任何修改都不会同步到表格文件】...列名没有被正确识别！如header=F 解决办法：！看函数帮助文档！ read.table(file,header=F---表格中的第一行是否是列名！)...R语言读文件时串列了怎么办！不报错！=哑巴地雷 连续两个分隔符=空列=一切看不见的东西都会被认为是！

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 02 数据结构之数据框、矩阵、列表

数据框 data.frame 数据框 约等于表格：1.数据框不是一个具体文件，只是R语言内部的一个数据；2.数据框每一列只能有一种数据类型 图片 新建和读取数据框 #新建和读取数据框 df1 <- data.frame...df1) #输出行名 colnames(df1) #输出列名 数据框取子集 数据主要操作为按列取子集，取出来的为向量；按行去子集取出的仍为数据框。...#如何取数据框的最后一列？..."r2","r3","r4") #只修改某一行/列的名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" # | 或符号前后不可以连接字符，只能用于数字，逻辑值 两个数据框的连接 test1 <...sort表示按列排序 merge(test1,test3,by.x='name',by.y = 'NAME', all = T) #取两个表的合集 #调整数据框中列的顺序，可以用重新取子集的方式 a

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使用R中merge()函数合并数据

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 使用R中merge()函数合并数据 在R中可以使用merge()函数去合并数据框，其强大之处在于在两个不同的数据框中标识共同的列或行。...如何使用merge()获取数据集中交叉部分 merge()最简单的形式为获取两个不同数据框中交叉部分。举例，获取cold.states和large.states完全匹配的数据。...但他们都几中类型参数有关： x: 第一个数据框. y: 第二个数据框. by, by.x, by.y: 指定两个数据框中匹配列名称。缺省使用两个数据框中相同列名称。...如何理解不同类型的合并 merge() 函数支持4种类型数据合并: Natural join: 仅返回两数据框中匹配的数据框行，参数为：all=FALSE....Left outer join: 返回x数据框中所有行以及和y数据框中匹配的行，参数为： all.x=TRUE.

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3.9生信

图片 数据框的来源： 可由代码新建、已有数据转换或处理、读取表格文件、R语言内置数据 内置数据多用于新手练习，eg：iris、volcano、letters、LETTERS 新建数据框： 图片 ##A....按名字 df1【,"gene"】 df1【,c('gene','change')】 d.按条件（逻辑值） df1【df1$score>0,】 图片 图片 如何取数据框的最后一列？...如何取数据框除了最后一列以外的其他列？ df1【,-ncol(df1)】 “-”是针对数据使用，“!”...是针对逻辑值使用 C.数据框修改 a.改一个格 df1【3,3】 <- 5 b.改一整列 df1$score <- c(12,23,50,2) c.改行名和列名 rownames(df1) = c("r1...","r2","r3","r4") 修改行名 d.只修改某一行/列的名 colnames(df1)【2】 = "CHANGE" 将第二列的名字改为CHANGE e.两个数据框的连接merge merge

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第5天生信学习笔记-微信公众号生信星球

（8）数据类型（重点只有两个）向量（vector）重要数据框（Data frame）重要part1：向量1.标量和向量的区分首先明确“元素”的意思，元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词...：标量：一个元素组成的变量向量：多个元素组成的变量（补充：一个向量是一排有序排列的元素，以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况。）...示例数据是如何获得的？（1）新建doudou.txt，输入以下（如果教程里让你新建，又没说在哪里，你就默认在工作目录下新建。）...获取示例数据：在公众号后台回复：“数据类型”即可获得sep，header是比较常用的参数，可以看帮助文档尝试理解它们的意思（2）查看行名和列名、行数和列数colnames(a) #查看列名rownames...，支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）（6）【选修部分】直接使用数据框中的变量iris是R语言的内置数据，可以直接使用。

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学习小组笔记Day5-蘑菇

（8）数据类型（重点只有两个，剩下的不看）向量（vector）重要矩阵（Matrix）数组（Array）数据框（Data frame）重要List————————生信星球公众号1.向量一些概念元素指的是数字或者字符串...（用chr表示）等，根据它可以区分两个词：标量：一个元素组成的变量向量：多个元素组成的变量（补充：一个向量是一排有序排列的元素，以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况。）...如何将TXT文件导入工作目录： Rstudio中运行x=read.table(file.choose())，注：括号里不用加任何东西，然后在跳出的文件中选择所需文件示例数据是如何获得的？...sep为文件中的字段分隔符，!!!要和seq区分开；header为逻辑关系 T或者F（所代入excel数据，第一行是否用作列名称。...csv含义：在 R 语言中，我们可以从存储在 R 语言环境外的文件中读取数据。 我们还可以将数据写入将被操作系统存储和访问的文件。

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R语言数据结构(三)数据框

数据结构是指在计算机中存储和组织数据的方式，不同的数据结构有不同的特点和适用场景。R语言中的常用数据结构，包括向量、矩阵、数组、列表和数据框。...为方便大家理解记忆，对每种数据结构的基本操作概括为四大类： 创建数据结构 往里面添加数据 从里面查询数据 对里面的数据进行修改 这篇文章我们将介绍数据框的使用 数据框 数据框是R语言中的一种类似于表格的数据结构...数据框有两个维度，分别表示行数和列数，可以用dim()函数来获取。数据框中的每个向量可以有一个名称，可以用names()函数来获取或设置。...1] "1" "2" "3" cat("数据框的列名：\n") col_names # 数据框的列名： # [1] "name" "age" "gender" # 修改数据框的行名和列名...# 2 Bob FALSE 21 London 删除数据框 下面示例代码展示了如何使用负数索引和subset()函数在R语言中删除数据框中的行或列，并在每个操作后注释了相应的输出结果。

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Day 5

（8）数据类型（重点只有两个，剩下的不看）向量（vector）重要矩阵（Matrix）数组（Array）数据框（Data frame）重要List2....向量2.1 标量和向量的区分元素”：元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词：①标量：一个元素组成的变量②向量：多个元素组成的变量（补充：一个向量是一排有序排列的元素，以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况...数据框将示例数据放在你的工作目录下（！！！重要）示例数据是如何获得的？（1）新建doudou.txt，输入以下（如果教程里让你新建，又没说在哪里，你就默认在工作目录下新建。）...获取示例数据：在公众号后台回复：“数据类型”即可获得sep，header是比较常用的参数，可以看帮助文档尝试理解它们的意思3.2 查看行名和列名、行数和列数colnames(a) #查看列名rownames...刚才让师姐测试我教程的时候很担忧你们粗暴地复制我的代码，最后啥也没看懂。)3.6 直接使用数据框中的变量iris是R语言的内置数据，可以直接使用。

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