read counts'exactTest': 用genewise精确检验得出两组负二项分布计数的平均值的差异。...batch.factors 批处理纠正选项:"Plate", "TSS", "Year", "Portion", "Center", "Patients"
ClinicalDF GDCquery_clinic()返回的数据框...行2列
xlim X轴的范围
color 每个条形图的颜色,默认:c("orange", "cyan","green","yellow")
聚类分析
02
res.hc <- TCGAanalyze_Clustering...TCGAanalyze_Clustering 函数的用法:
TCGAanalyze_Clustering(tabDF, method, methodHC = "ward.D2")
参数:
tabDF 一个数据框或数值型矩阵...,行是基因,每列是一个样本(来自TCGAPrepare)
method 使用的聚类方法,如"hclust"(层次聚类) or "consensus"(一致性聚类)
methodHC 使用的层次聚类的方法