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箱线图生物学含义

四分位数不受异常值影响,并保留了中央数据分布信息。因此,对于不对称或不规则形状种群分布以及具有极端异常值样本,优于平均值标准差。...1.5×IQR1.5乘数对应±2.7σ(其中σ是标准差),覆盖了99.3%正态分布数据。 延伸线之外异常值可以单独绘制。 箱形图构造需要至少n = 5(越多越好)样本,尽管某些软件不检查这一。...其次,一些软件R使用铰链hinges而非四分位数来作为箱边界,下铰链上铰链分别是数据下半部分上半部分中位值,这种箱线图与基于四分位数箱线图略有不同。...箱形图数据可视化比较 图a,100个数据点样本集,每个数据从上到下依次是均匀分布具有两种不同方差两个单峰分布,双峰分布。...小提琴图豆图是箱线图一种变形,展示了各个数据集实际分布。 4.箱线图生物学意义 在生物医学研究,通常需要比较具有不同分布多个数据集。

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R语言绘图之ggplot2

那么今天我们就为大家介绍一下目前在R语言中流行绘图包ggplot2。 1. ggplot2安装:install.packages("ggplot2")。...3. ggplot2函数介绍: ggplot2所有函数可以分为以下几类: 用于运算(我们在此不讲,fortify_,mean_等) 初始化、展示绘图等命令(ggplot,plot,print等)...,用竖直线来表示 geom_path 几何路径,由一组点按顺序连接 geom_point geom_pointrange 一垂直线,线中间有一个(与Crossbar图箱线图相关,可以用来表示线范围...著名拿破仑远征图) geom_rug 触须 geom_segment 线段 geom_smooth 平滑条件均值 geom_step 阶梯图 geom_text 文本 geom_tile 瓦片(即一个个小长方形或多边形...stat_smooth 添加平滑曲线 stat_spoke 绘制有方向数据点(由xy指定位置,angle指定角度) stat_sum 绘制不重复取值之和(通常用在三图上) stat_summary

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使用R语言进行时间序列(arima,指数平滑)分析

为了检查预测误差是否正态分布均值为零,我们可以绘制预测误差直方图,其中覆盖正态曲线具有平均零标准差与预测误差分布相同。...这表明简单指数平滑方法为伦敦降雨提供了一个充分预测模型,这可能无法改进。此外,80%95%预测区间基于假设(预测误差没有自相关,预测误差通常以均值恒定方差分布)可能是有效。...我们可以通过制作预测误差时间图预测误差分布直方图以及覆盖正常曲线来做到这一: > plot.ts(skirtsseriesforecasts2 ? ?...因此,Ljung-Box测试表明,预测误差几乎没有自相关证据,而预测误差时间图直方图表明,预测误差通常以均值常数方差分布是合理。...我们可以通过制作预测误差直方图(具有重叠正常曲线)时间图来检查预测误差是否随时间具有恒定方差,并且通常以均值0分布: > plot.ts(souvenirtimeseriesforecasts2

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Rggplot2数据可视化

R有几种不同系统用来产生图形,但ggplot2是最优雅而多变那一种。ggplot2实现了图形语法,一种描述构建图形逻辑系统。通过ggplo2,我们能够快速学习,多处应用。...几何对象是用以呈现数据几何图形对象,条形、线条。 图形属性是几何对象视觉属性,x坐标y坐标、线条颜色、形状等。 数值图形属性之间存在着某类映射。...ggplot函数设置图形但没有自己视觉输出。使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom),包括、线、、箱线图阴影区域。...选项 详述 color 对、线填充区域边界进行着色 fill 对填充区域着色,条形密度区域 alpha 颜色透明度,从0(完全透明)到1(不透明) linetype 图案线条(1=实线,...分组 在R,组通常用分类变量水平(因子)来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸线条类型视觉特征分组变量来完成

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可视化之为什么要使用箱线图?

几十次课程下来,从气氛活跃现场交流热火朝天培训群讨论,发现一些共性问题特色,系统整理形成这一推文系列,希望大家多讨论交流。...第一印象柱子高度一样,反应出四套数据集均值是一样。 看起来只是误差线高低不同,反应出数据存在一些波动。 从这个柱状图很难想到背后数据分布子图a中所示,差别那么大。...这个图很具有代表性,首先是配色,土壤、根、茎、叶依次为白色、棕色、浅绿深绿,尤其是后3个样品,与器官实际颜色相对应,表意特别明确,让人过目不忘;其次因为土壤微生物多样性远高于植物不同器官内生菌多样性...箱线图绘制方法 R语言学习 - 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图) R语言 - 箱线图一步法 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 推荐使用功能强大在线绘图网站-ImageGP...- 富集分析表达数据可视化 一个震撼交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D 学习津贴 单篇留言赞数第一位(赞数至少为8)可获得我们赠送在线基础课9折优惠券。

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R语言时变向量自回归(TV-VAR)模型分析时间序列可视化|附代码数据

在这篇博文中,我非常简要地介绍了如何用平滑法估计时变VAR模型。这种方法是基于参数可以随时间平滑变化假设,这意味着参数不能从一个值 "跳 "到另一个值。...左图中蓝色柱子右边相应蓝色函数表示另一种可能加权。使用这种加权,我们结合了更少时间上接近观测值。这使我们能够在参数检测到更多 "时间可变性",因为我们对更少时间进行了平滑处理。...从模型对象中提供新数据变量可以计算新样本预测误差。 参数errorCon = c("R2", "RMSE")指定解释方差比例(R^2)均方根误差(RMSE)作为预测误差。...对于每个模拟时间序列数据集,我们计算出时变模型集合预测误差。这些预测误差分布可作为原假设下预测误差抽样分布。...现在我们可以计算时变VAR模型在经验数据上集合估计误差,并将其作为一个测试统计量。 总结 在本文中,我展示了如何用平滑法估计一个时变VAR模型,该方法是基于所有参数是时间平滑函数假设。

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R语言平滑算法LOESS局部加权回归、三次样条、变化点检测拟合电视节目《白宫风云》在线收视率

使用标准误差方程 ,我们将计算每个评分误差幅度”。请注意,由于有几集收视率非常高,因此收视率分布不正常。...95% 99% 置信区间来可视化不确定性。...还计算了最小最大集数,以便能够绘制每个季节水平段。由于我们将之前绘图保存为 ggplot2 对象,因此添加线条只需要对额外图形元素进行编码并将其添加到保存元素之上。 # 计算季平均值。...gem_segnt(dat = eg) 平滑算法:LOESS(局部加权回归)三次样条 现在让我们平滑这个系列。基本图都将使用相同数据,我们将在其上叠加一通过不同方法计算趋势线。...# 三次样条变化 gmoth(method = ~ ns(x, 8))

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数据分享|R语言逐步回归模型对电影票房、放映场数、观影人数预测可视化

拟合效果图形展示 以 原始数据作为x轴,回归拟合值为轴作图,在xy面上用直线连接见图。 原始图拟合值关系散点图 由于大部分黑色实际数据点被红色预测覆盖,因此,模型具有较好预测效果。...右边是正态pp图,其意义与左边类似;表明随机误差项是服从正态分布,其原因是正态qq图近似地可以看成一直线; 拟合效果图形展示 以 原始数据作为x轴,回归拟合值为轴作图,在xy面上用直线连接见图。...原始图拟合值关系散点图 由于大部分黑色实际数据点被红色预测覆盖,因此,模型具有较好预测效果。...原始图拟合值关系散点图 由于大部分黑色实际数据点被红色预测覆盖,因此,模型具有较好预测效果。...最受欢迎见解 1.R语言多元Logistic逻辑回归 应用案例 2.面板平滑转移回归(PSTR)分析案例实现 3.matlab偏最小二乘回归(PLSR)主成分回归(PCR) 4.R语言泊松Poisson

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「深度学习一遍过」必修26:机器学习与深度学习基础知识汇总

避免过拟合 正则化思路 以增大训练集误差为代价来减小泛化误差 正则化方法 参数正则化方法: 正则化 经验正则化方法:提前停止、模型集成( ) 隐式正则化方法:数据增强 5 评测指标相关知识...7 归一化相关知识 归一化目的 让每层输入输出分布比较一致,从而降低学习难度 Batch Normalization(BN) 用在卷积层后,用于重新调整数据分布 方式:求均值 求方差...归一化 尺度缩放偏移操作 具体方法: 输入数据 (这些数据是准备进入激活函数数据) 计算过程可以看到: 1、求数据均值 2、求数据方差 3、数据进行标准化 4、训练参数...通常被用于多分类任务 10.2 回归任务损失 回归结果是整数或实数,并没有先验概率密度分布,其常用损失是 损失和 损失 L1损失 公式 以绝对误差作为距离,具有稀疏性,常被作为正则项添加到其他损失来约束参数稀疏性..., 损失最大问题是梯度在零平滑 L2损失 公式 以绝对误差平方作为距离, 损失也常常作为正则项,当预测值与目标值相差很大时,梯度容易爆炸,因为梯度包含了预测值目标值差异项,

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技术解码 | WebRTC音视频延时、同步分析以及超低延时优化

在WebRTC,我们认为网络传输为一个线性系统(在WebRTC像带宽估计、网络延时、帧延时等都作为线性系统来看,而且噪声都符合高斯分布)。...其计算过程主要依赖于当前帧大小、时间戳当前本地时刻,以及接收过程不断更新最大帧大小、平均帧大小、噪声均值、传输速率、网络排队延时等状态参数。...3.2降低网络抖动 通过计算延时算法可以看出,我们可以降低网络抖动传输延时来达到降低延时目的。...那我们从上面的分析可以看到(以有限带宽看),平滑发送低延时其实是矛盾,但平滑发送对降低丢包乱序又是有效,在我们播放视频去取帧时候,我们又会依赖帧到达时间去做平滑播放,这样,我们就需要不断去平衡平滑发送到达延时...在卡尔曼滤波计算过程中有一些参数也是可以去做优化调整,噪声系数、大帧影响、均值加权算法(WebRTC采用了大量指数加权计算)等。

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R语言从入门到精通:Day17 (ggplot2绘图)

函数ggplot()虽然设置图形,但没有自己视觉输出,而是使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom),包括、线、、箱线图阴影区域。...图2与图1最大区别在于添加了一平滑”曲线,这里用到了函数geom_smooth()。对于图3,ggplot2包提供了分组小面化(faceting)方法。...函数ggplot()指定要绘制数据源变量,几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示(使用、线阴影区)。表1列出了几种常见几何函数(目前有37个几何函数可供使用)。 表1,几何函数 ?...我们在前面已经见过了函数geom_smooth()例子,该函数参数含义依次为:method代表要使用平滑函数,lm、glm等;参数formula代表在函数中使用公式,回归分析参数formula...图15,函数theme()示例图 ? 基础图形,参数mfrow函数layout()可以绘制组合图形,ggplot2里面函数grid.arrange()可以实现这一(如图16,具体见代码)。

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数据分享|R语言逐步回归模型对电影票房、放映场数、观影人数预测可视化

原始图拟合值关系散点图 由于大部分黑色实际数据点被红色预测覆盖,因此,模型具有较好预测效果。...右边是正态pp图,其意义与左边类似;表明随机误差项是服从正态分布,其原因是正态qq图近似地可以看成一直线; 拟合效果图形展示 以 原始数据作为x轴,回归拟合值为轴作图,在xy面上用直线连接见图。...原始图拟合值关系散点图 由于大部分黑色实际数据点被红色预测覆盖,因此,模型具有较好预测效果。...右边是正态pp图,其意义与左边类似;表明随机误差项是服从正态分布,其原因是正态qq图近似地可以看成一直线; 拟合效果图形展示 以原始数据作为x轴,回归拟合值为轴作图,在xy面上用直线连接见图。...原始图拟合值关系散点图 由于大部分黑色实际数据点被红色预测覆盖,因此,模型具有较好预测效果。

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R for data science (第一章) ②

散点图打破了这一趋势; 他们使用geom。 如上所述,您可以使用不同geom来绘制相同数据。 左边图使用geom,右边图使用光滑geom,一适合数据平滑线。...ggplot2每个geom函数都有一个mapping参数。 然而,并非每一种aesthetic都适用于每个几何。 您可以设置形状,但无法设置线“形状”。 另一方面,您可以设置线线型。...在这里,geom_smooth()根据他们drv值将汽车分成三行,描述汽车动力传动系统。 一行描述具有4值,一行描述具有f值,并且一行描述具有r。...image.png 如果将映射放在geom函数ggplot2会将它们视为图层本地映射。 它将使用这些映射来仅扩展或覆盖该层全局映射。 这使得可以在不同层显示不同aesthetics。...您可以使用相同想法为每个图层指定不同数据。 在这里,我们平滑线仅显示mpg数据集子集,即小型汽车。 geom_smooth()本地数据参数仅覆盖该层ggplot()全局数据参数。

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机器学习入门 7-8 使用PCA对数据进行降噪

因此,这个数据集展现是在一根直线上下进行抖动分布,而这种抖动这根直线本身之间距离就是噪声,而产生这种噪声因素有很多: 测量仪器本身有误差; 计量人员粗心; 实际测量手段有问题; 当然了产生噪声因素有很多...绘制出相应结果,可以看出此时数据分布变成了一直线。 ? 对比上面两个图像,我们可以完全理解成,我们将原始数据噪声去除了。...当然在实际情况下,我们不能说降维后恢复后数据分布是一噪音都没有的,也不好说对于原始数据分布抖动全部都是噪声,所以总体而言,我们还是倾向于说,从X到X_restore我们丢失了信息,不过我们丢失这部分信息很大可能是噪声...为了降噪效果更加明显,这里人为为digits数据集添加噪声矩阵,这里这个噪声是由均值为0方差为4正太分布随机生成(这里使用较大方差,是因为这样分布比较发散,噪声效果比较明显),noisy_digits...接下来,为了直观看到噪声,从0-910个类别每个类别抽取10个样本,一共100个样本,下面将100个具有随机噪声样本绘制出来。 ? ?

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时间序列R语言实现

这个预测结果原始数据对比误差项平方是1828.855。 上面例子,HoltWinters()方法默认预测仅覆盖有原始数据那个时间段,也就是1813年到1912年降水量时间序列。...也就是说如果预测误差预测结果间存在相关性,那所用简单指数平滑模型可以用其他预测方法优化。 R中提供了acf()方法可以查看样本预测误差相关性图。...再次确认预测模型不可再改进,查看预测误差是不是以均值0不变方差按正态分布。 要查看预测误差是否有不变方差,可以被预测误差结果做一个时序图: ? ?...查看预测误差是否按0正态分布,可以查看预测误差直方图以0相同标准误差呈正态分布曲线图,两者对比查看。...可看出,预测误差方差可认为是随时间稳定,其分布也符合正态分布。所以这个例子,使用霍特季节性指数平滑所做预测结果是有效

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金融时序预测:状态空间模型卡尔曼滤波(附代码)

该模型具有连续隐状态观测状态。 1 状态空间模型 基于状态空间模型对问题进行了结构分析。该系列是由不同组成部分,趋势、季节、周期、变化以及解释变量干预分别建模,然后放在状态空间模型。...模型残差随机变量为:Vt = Yt−ZXt−a Vt无条件均值方差为0R checkresiduals(train) ?...使用卡尔曼滤波器并不假设误差是高斯;然而,在所有误差均为高斯分布特殊情况下,该滤波器给出了准确条件概率估计。...8 动态线性模型与卡尔曼滤波 动态线性模型(dlm)是状态空间模型一个特例,其中状态误差观测分量是正态分布。这里,卡尔曼滤波将用于: 状态向量过滤值。 平滑状态向量终值。...在这里公众号普及一下Rdlm包:它是模块化,因此你可以自由地构建具有多个组件模型,例如,你可以指定具有季节性组件线性趋势模型。

3.6K50

均匀B样条采样从LiDAR数据快速且鲁棒地估计地平面

摘要 本文提出了一种从自动驾驶车辆LiDAR测量数据快速且鲁棒地估计地面表面的方法。地面表面被建模为一个均匀B样条,该样条对不同测量密度具有鲁棒性,并且通过一个单一参数来控制平滑性先验。...统一B样条建模:详细介绍了统一B样条数学原理拟合过程,,统一B样条具有局部支持,因此能够更好地适应测量分布,文章还讨论了如何选择合适B样条控制阶数。 2....随机抽样了所有地面点10%用于验证,也就是说这些点在优化过程没有使用。然后,我们比较所有验证与模型估计地面高度之间绝对高度误差。图3显示了平均绝对高度误差随着测量距离变化平均误差。...图3:当仅使用地面点进行优化时,不同地面模型绝对地面点误差。左图:所有验证均值。右图:在距离传感器5米范围内距离间隔内均值。 B....图5:仅使用标记地面点进行优化时,估计地面曲面与地面验证之间绝对高度误差(上图),以及包括所有点进行优化时误差(下图)。左侧:所有验证均值。右侧:在距离传感器5米间隔内进行平均。

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