如何绘制R中的指数衰减图？ - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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R绘图|染色体SNP指数图绘制

volume）上的配图！该配图一共由三个图组成，不同染色体的SNP-index[2]对其位置作整图、单一染色体的SNP-index对其位置作细节图以及对应的基因结构图。...）； # 在sliding_window中需要用到的数据有：V1（所在的染色体位置）、V2（在某条染色体上的特定位置）、V5（滑窗区域中的SNP-index均值）； snp_index sliding_window...2 作整图及美化 library(ggplot2) # 加载绘图包ggplot2 library(eoffice) # 为了后续将绘制好的图保存为ppt的可编辑格式 p1 图即是突出显示某一条染色体上的具体情况，以2号染色体为例，与上图的绘制方法基本一致，但是需要取消分面。...ppt中，再制作基因结构图，便大功告成！

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如何在R中绘制树图(TreeMap)

树图(TreeMap) 通过矩形面积的大小，以及填充颜色的深浅，来显示节点的统计数据，通过嵌套层次来显示分组的层级的可视化图形。...for example: 某公司产品在世界六大洲的销售情况，矩形的大小表示人口的数量，颜色的深浅表示销售额的多少。 ? 那么如何绘制树图呢？...首先绘制树图需要的包： install.packages(“treemap”) 树图函数： treemap(x,index,vSize,vColor,palette,range,border.col...("treemap", repos='http://cran.r-project.org') library(treemap) data <- read.csv('data.csv', stringsAsFactors...border.col='#63B8FF', palette=c("#FFFFFF00", "#1C86EE00"), range=c(minSales, maxSales) ) 一副完美的tree图就搞定啦

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R中轻松绘制南丁格尔图

加载R包 library(tidyverse) library(ggtext) 导入数据 df <- readr::read_csv('data.csv') 构建标签数据 labs Season 3")) 数据可视化 ggplot(df, aes(x = Episode_order)) + # 为y轴的值添加文本注释...为间隔添加水平线 geom_hline(yintercept = seq(0, 50, by = 10), colour = "grey70", linewidth = 0.3) + # 添加柱状图，...geom_col(aes(y = F_count_total, fill = as.factor(Season)), alpha = 0.8, show.legend = FALSE) + # 添加柱状图，...表示RK的计数 geom_col(aes(y = F_count_RK, fill = as.factor(Season)), show.legend = FALSE) + # 添加富文本

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R中优雅的绘制物种冲积图

最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer) library...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus, stratum...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 图片绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%

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R中优雅的绘制物种冲积图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...下面小编就来简单介绍一下代码 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%

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R中优雅的绘制环状sina图

❝在R中创建sina图使用geom_sina函数，sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似，但是它显示了每个单独的数据点，这可以提供关于数据分布的更多信息。...❞ 「sina图的主要优点是它可以清楚地显示每个数据点，而不是简单地显示数据的总体分布。这使得sina图特别适用于小样本大小的数据集，其中每个数据点的值都很重要。」...gas_day_started_on)) 数据可视化 df %>% ggplot(aes(x=mth, y=gas_in_storage_t_wh,group=mth)) + # 使用ggforce包中的...geom_sina函数绘制sina图 ggforce::geom_sina(aes(color=gas_in_storage_t_wh), alpha=.5, shape=21)+ # 添加文本标签...), lab=c("2","4","6","8TWh")), aes(x=x, y=y, label=y),inherit.aes = FALSE)+ # 使用scico包中的

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R中绘制环状聚类热图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友需要绘制环状热图叠加多层注释，本节来通过一个例子来简单介绍一下如何实现，主要通过「ggtreeExtra」来实现，聚类分析使用「ape」包来进行更加适用于生物信息相关的数据...「数据代码已经整合上传到2023VIP交流群」，加群的观众老爷可自行下载，有需要的朋友可关注文末介绍加入VIP交流群。...❞ 关于永久群内容的说明 ❝给予长期支持我们的忠实读者们一个特别待遇：凡是购买过小编2022年或2023年VIP会员文档的朋友们，「将自动获得2024年及以后的绘图资料和代码更新，无需额外付费。」...目前这两年的会员文档已累记卖出1500+，质量方面各位无需担忧**。简要概括就是只要购买任意1年的会员内容，2024及后期公众号所更新的绘图文档均会在已经加入的会员群内分享。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggnewscale

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R中轻松绘制聚类热图

论文关于永久群内容的说明 ❝给予长期支持我们的忠实读者们一个特别待遇：凡是购买过小编2022年或2023年VIP会员文档的朋友们，「将自动获得2024年及以后更新的绘图文档代码，无需额外付费。」...目前这两年的会员文档已累记卖出1500+，质量方面各位无需担忧。简要概括就是只要购买任意1年的会员内容，2024及后期公众号所更新的绘图文档均会在已经加入的会员群内分享。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggtreeExtra

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R中轻松绘制树状热图的若干方法

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。...order", groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...layout = "davidson-harel", initial_layout = "reingold-tilford") 进行组间比较，并绘制树状热图...tax_data进行处理 obj$data$tax_data <- zero_low_counts(obj, dataset = "tax_data", min_count = 5) 检查没有reads的行...<- calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图

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如何用 R 绘制动态统计图？

而《如何用Python和R对故事情节做情绪分析？》一文中，我给你介绍了如何绘制故事情绪时间序列。 ? 如你所见，这些图很有用。但是它们只是静态的。那么，如果图是动态的呢？...要绘制上图，你需要了解相关的基础知识。一下子摄入很多新知，可能造成认知负荷，对你的学习兴趣没有益处。本文中，我用一个更简单的例子，给你展现如何用 R 绘制动态统计图。...这个数据实际上是从《如何用4行 R 语句，快速探索你的数据集？》一文中的 nycflights13 数据集，通过转换得来的。...小结本文给你展示了 R 环境绘制动态统计图的方法，具体包含以下知识点：如何读入 .RData 格式的数据文件；如何利用 ggplot 命令映射变量，选择统计图类型（包括柱状图、散点图和折线图等）；...给你留个思考题：本文中的数据，是从《如何用4行 R 语句，快速探索你的数据集？》一文中的 nycflights13 数据集，通过转换（data manipulation）得来的。

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【R语言】如何绘制截断Y轴的柱形图

在绘制柱形图的时候，我们经常会遇到Y轴部分数据范围很广的情况。有些数值很大，但是有些有非常小，不在一个尺度范围内。...如果直接使用最大值作为y轴的范围，那么那些数值很小的柱子就会显得很矮，画出来的图会很难看。遇到这种情况我们该如何处理呢？今天就给大家分享一下截断Y轴的柱形图。...black",style="slash") axis(2,at=from,las=2,bty="n") # 如果想要去掉上、右框，可以去掉gap.barplot(y,gap=c(from,to),las=2)中的

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R语言复杂热图的绘制

大家对热图应该都不陌生，但是混合的复杂热图在我们的应用中并不是太多见。今天给大家介绍一个绘制复杂热图的R包ComplexHeatmap。...#下面是中间的热图提供数据，此处直接可以不绘制热图只绘制我们想要结合在一起的图。...其中主要的函数是： oncoPrint（）其为绘制热图的核心函数，其主要可以对热图的中的cell进行分割，更加细致显示数据的分布。其主要参数如下： ?...draw() 主要是对HeatmapAnnotation()形成的项目进行图像的绘制，一般主要是颜色bar的形成靠这个函数。并且图像可以叠加。...运行这个函数可以允许我们在绘制的图形中进行选择对应的区域以及此区域包含的值。 ?

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如何在R中绘制热力地图

地图绘制思路： ① 绘制需要展示的地图，获取地图对象，获取每个区域的名字以及顺序； ② 在每个区域的名字和顺序后面，加上我们需要展示的数据以及经纬度； ③ 根据数据的大小，设置每个区域展示的颜色的深浅...，以区分每个区域； √ 对数据进行标准化处理，使用[0,1]值，代表颜色的透明度，以控制颜色深浅； ④ 根据颜色进行填色 ⑤ 根据经纬度进行标注地图的名字那么如何绘制地图呢？...text(data$x, data$y, data$name, cex = 0.6) 绘制好的地图： ?...热力地图绘制函数： symbols(x,y,circles,inches=TRUE,add=FALSE，bg) x x轴的坐标，经度 y y轴的坐标，纬度 circles 圆形的半径...，设置为显示数值的大小 inches 缩放比例，将圆形的大小缩放到合适程度 add 是否追加到图形中，在地图上增加图形，需要设置为TRUE bg 图形的背景色代码实现： library

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如何用R绘制双y轴柱状图

绘制上面这个漂亮的图，要注释以下3点: 1. 双y轴 2. 颜色渐变 3....横坐标的label对齐代码及解释如下： library(RColorBrewer) # 载入颜色包 par(mar=c(5,4,2,6)) #控制图形四周的边距 data<-t(as.matrix((...1:26)*10)) xR", "S","T","U"...col= colorRampPalette(brewer.pal(9,"Greens"))(26),las=1, ylab="Percent of Genes",axes=F,width=0.5) #绘制无坐标轴的条形图...把data换成你自己的数据试试吧~

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如何使用R来绘制韦恩图（Venn Diagram）

2017.12.15日厦大生命科学前沿课上，一位博士师姐分享的一篇论文中，多次应用韦恩图，看起来特别美，于是特地去R语言官网阅读关于Venn Diagram的使用。...从网上高手博客中看到一些例子，故敲一遍代码以熟悉Venn Diagram包的使用。...这种方式画的图与第一种方式画出结果一样！...接下来利用draw.triple.venn绘制三个集合的韦恩图 > draw.triple.venn(area1=Length_A, area2=Length_B, area3=Length_C,n12...当然韦恩图会画，最重要的还是要会分析！

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一文详解如何用 R 语言绘制热图

同时，专用于大数据统计分析、绘图和可视化等场景的 R 语言，在可视化方面也提供了一系列功能强大、覆盖全面的函数库和工具包。因此，对从业者而言，用 R 语言绘制热图就成了一项最通用的必备技能。...本文将以 R 语言为基础，详细介绍热图绘制中遇到的各种问题和注意事项。原文作者 taoyan，原载于作者个人博客，AI 研习社获授权。...简介本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数： ● heatmap():用于绘制简单热图的函数 ● heatmap.2():绘制增强热图的函数 ● d3heatmap:用于绘制交互式热图的...R包 ● ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的R&bioconductor包（非常适用于基因组数据分析）数据准备使用R内置数据集 mtcars df R代码中，通常为指定行聚类的度量的参数 clustering_distance_rows显示示例。

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如何用 R 绘制交互式社会网络图？

需求最近有个学生问我，如何绘制交互式社会网络图（Interactive Social Network Graph）？之所以一定要交互式，是因为他的应用场景，是演示给客户。...我已经把安装和设置步骤写在了《如何用 R 快速了解科研领域？》一文中。配套的代码和数据，我放在了这个 github 仓库中。你可以下载使用。...具体的方法，我已经在《如何用iPad运行Python代码？》一文中为你详细介绍了。如果你感兴趣，可以在学过本篇教程后，尝试练练手。下面我们开始介绍代码了。...以上，是样例代码中，出现的内容解释。小结通过本文的学习，相信你已经掌握如何把社会网络的表格数据，用交互可视化的方法展现出来。对于不同的元素，你也已经学会了基本的展现方式。...从中选择自己感兴趣的部分深入研读。另外，这个工具，也绝不仅仅可以帮助你绘制社会网络图。只要是适合用网络图展现的内容，它都可以发挥作用。希望你充分发挥自己举一反三的能力，把这项新技能用好。

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R基础绘图篇 | 旭日图与冰柱图的绘制

写在前面旭日图（sunbrust diagram），通常也被称为多层饼图（multi-level pie chart）或径向树图，通常会用来展示层级占比关系，通过一系列的圆环展示层次结构。...冰柱图（icicle diagram）也叫分区层图（partition layer chart），也就是直角坐标系下的旭日图，他们都是展示层级占比关系的王者。...开始绘图需要调用的R包有以下4个 library(ggraph) library(igraph) library(RColorBrewer) library(dplyr) 读取数据 #df图.csv',header=TRUE,stringsAsFactors=FALSE) df<-read.csv(file.choose( ),header=TRUE,stringsAsFactors...=FALSE) 旭日图分割角度均等平分 edges<- data.frame(rbind( cbind(rep('origin',4),unique(as.character(df$Season)))

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R 案例｜绘制不同分布的 QQ 图

简介论文中需要绘制数据对于不同分布假定下的 QQ 图。这里小编主要是使用 qqplotr 包进行绘制，参考的博客：An Introduction to qqplotr[1]。...简单版本绘制正态分布的 QQ 图对于经典的正态分布的 QQ 图，大家可能并不陌生，并且在网上可以找到很多“搬运”的中文推文。但是解释的都不是很清楚。...QQ 图这里先绘制其指数分布的 QQ 图。...根据指数函数参数拟合该数据之后，得到 rate =2.2867，并将其保存到 list 中。具体如何拟合，读者自行搜索 R 包中的相关函数。...QQ 图同理，将该数据应用到威布尔分布中。

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R语言实现GWAS曼哈顿图的绘制

如何让GWAS的结果可视化，我们就用到了曼哈顿图来展示其结果。那么在R语言中当然也有研究者开发了相关的R包“qqman”。...首先我们看下函数构成，qqman包中只有一个主要函数那就是manhattan。 ? 其中的主要参数： X不用多说就是数据集了，其数据的结构是 ? ?...参数中的chr,bp,p,snp分别对应数据集中的变量，当然如果你的染色体包含X，Y或者MT需要自己对其更换为对应的排序数字。...或者你如果执意要显示对应的X，Y或者MT那么就用到我们的另一个参数chrlabs，用一个向量替换掉原有的值即可达到我们的目的。 Col参数主要控制每个染色体对应的颜色。...还有未出现的参数main，为图提供标题。以上就是曼哈顿函数的主要参数。具体的实现过程，我们以官方的样例进行展示： ? manhattan(gwasResults)#绘制曼哈顿图 ?

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