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如何随机选择vcf文件变异位点

现在做群体基因组论文大部分会公开自己论文分析变异检测结果,通常是vcf文件,我们自己可以把vcf文件下载下来试着复现论文中内容,有时候vcf文件过大,每一步处理起来都会花费比较长时间。...有时候就想把这个vcf文件缩小,随机选择一部分。 查了一下,没有找到现成工具或者脚本。尝试自己写脚本,没有思路。...这个函数随机生成一个小于1数,如果我们想要随机取vcf文件10%,就设置random.random()<0.1,符合这个条件就输出行。最后输出行就是所有的行10%左右。...运行 python randomSelectRowsFromVCF.py tiny.vcf tiny.out.vcf 1 123 四个位置参数分别是 输入文件 输出文件 随机选取比例(0-100)...随机数种子 欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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如何使用Python选择性地删除文件文件

问题1 问题描述:在一个文件,有着普通文件以及文件夹,那么我们如何做到删除全部文件夹而不删除文件呢? 如下图所示,我们想要删除test文件所有文件夹,而保留其他文件: ?...Version 1 看到这个问题第一刻,我想到文件夹没有后缀名,其他文件有后缀名,而拥有后缀名则意味着文件名称里面会有.存在,我们就可以利用这个差别,来区分两者,进而实现问题描述功能。...于是我就写出了以下Python代码: import os os.chdir('H:\\学习代码\\test') # 改变路径到想要进行操作文件夹 file_list = os.listdir...我们可以看到,test文件文件已经全部删除。 ? Version 2.0 但是,后来仔细一想,上面这种方法却存在一个非常大问题,如果普通文件是没有后缀名,也就是文件名称不存在....问题2 问题描述:我们如何做到删除一个文件空白文件夹,而不删除其他文件呢? ? 可以看出,问题2是问题1进阶版本,只需要在问题1代码基础上,增加一个判断文件夹是否空白语句即可。

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一套测试用例如何实现支持多个环境运行

接下来,就带着大家,分别从测试框架和语言实现两个层面介绍如何实现一套测试自动化用例脚本运行在多个环境下(属于自动化测试实施高阶技巧)。...如何抽象,如何枚举,下面分别从测试框架(以Robot Frameowork框架为例)和语言实现层面(以Python语言)为大家逐一介绍。 1....在RF框架下,实现此类需求,总原则是利用:外部变量文件+全局动态变量,将接口测试脚本涉及传入域名值统一封装抽离为一个统一公共环境变量,并且将各个不同环境域名统一存放到一个公共环境配置变量文件。...但从图中我们并没有发现${URL}变量定义位置,它值是从哪里传进来呢? 关于接口地址${URL}变量值动态引入,通常有两种方式。 通过外部变量文件引入。 通过全局动态参数引入。...(2)环境配置变量文件创建好后,选择Resource | Business| 业务资源文件,在资源文件Settings配置选项中选择Add Variables添加变量文件,依次选择config.py配置文件存储路径

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Python模块2】- 模块搜索顺序、内置属性、开发原则

代码示例:import randomran = random.randint(0, 100)print(ran)正常执行结果:随机生成一个79数字注意:如果当前目录下存在一个random.py文件,...:import md_模块print("+" * 30)执行测试导入文件代码结果:可以看出,模块输出代码也被打印出来了,模块可以看作是工具包,模块向外界提供工具——全局变量、函数、类。...,如何就解决这个问题呢?...__name__是python一个内置属性,记录着一个字符串(保存是一个字符串)如果是被其他文件导入,__name__就是模块名如果是当前执行程序,__name__是__main__(永远是固定...__main__)代码演练:1.在模块执行__name__,执行结果永远都是__main__图片2.被其他文件导入,在md_测试导入文件执行结果——模块文件名:图片3.测试代码只有在执行模块时才会被运行利用执行模块

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从小白到年薪10万+,优秀数据分析能力如何速成?

…… 数据正在变得越来越常见,小到我们每个人社交网络、消费信息、运动轨迹……,大到企业销售、运营数据,产品生产数据,交通网络数据…… 如何从海量数据获得别人看不见知识,如何利用数据来武装营销工作...在爬虫之前你需要先了解一些 Python 基础知识:元素(列表、字典、元组等)、变量、循环、函数……… 以及,如何Python 库(urllib、BeautifulSoup、requests、scrapy...数据分组聚合、如何建立多个表之间联系:这个部分是SQL进阶操作,多个表之间关联,在你处理多维度、多个数据集时候非常有用,这也你可以去处理更复杂数据。...中位数、众数、均值、方差等基本统计量如何应用?如何在不同场景做假设检验?数据分析方法大多源于统计学概念,所以统计学知识也是必不可少。...这部分需要掌握知识点如下: 回归分析:线性回归、逻辑回归 基本分类算法:决策树、随机森林、朴素贝叶斯…… 基本聚类算法:k-means…… 特征工程基础:如何用特征选择优化模型 Python 数据分析包

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关于Python数据分析,这里有一条高效学习路径

- ❶ - 数据获取:公开数据、Python爬虫 外部数据获取方式主要有以下两种。 第一种是获取外部公开数据集,一些科研机构、企业、政府会开放一些数据,你需要到特定网站去下载这些数据。...在爬虫之前你需要先了解一些 Python 基础知识:元素(列表、字典、元组等)、变量、循环、函数……… 以及,如何Python 库(urllib、BeautifulSoup、requests、scrapy...这部分需要掌握知识点如下: 回归分析:线性回归、逻辑回归 基本分类算法:决策树、随机森林…… 基本聚类算法:k-means…… 特征工程基础:如何用特征选择优化模型 调参方法:如何调节参数优化模型...先来看爬取Top250页面的信息: 数据清洗 数据分布在两个文件,我们选取 top250_f1.csv 文件 num(排名)、 title(电影名)、 init_year(上映时间)、 area(...接下来就是利用爬取歌曲id列表,再根据歌曲网址,获取每个歌曲歌词,并保存到一个以歌手名为文件夹,以歌曲名为名字txt文件。 3. 根据得到词频信息字典,套入词云生成代码,得到词云图。

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爆肝 50 道 Python 面试题 (下)

题目27 说一下Python变量作用域。...当捕捉闭包时候,它自由变量(在函数外部定义但在函数内部使用变量)会在捕捉时被确定,这样即便脱离了捕捉时上下文,它也能照常运行。简单说,可以将闭包理解为能够读取其他函数内部变量函数。...提示一下,可以通过字符串替换方式为文件名补位,根据补位后文件名用sorted函数来排序,大家可以思考下这个问题如何解决。 题目35 如何剖析Python代码执行性能?...当线程池中所有的线程都被占用后,可以选择自动创建一定数量新线程,用于处理更多任务,也可以选择任务排队等待直到有空闲线程可用。...每个Python文件就是一个模块,而保存这些文件文件夹就是一个包,但是这个作为Python文件夹必须要有一个名为__init__.py文件,否则无法导入这个包。

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建立脑影像机器学习模型step-by-step教程

在这个步骤,我们将探索缺失数据、混杂变量和类别不平衡数据,并讨论如何解决这些问题。接下来,我们定义了具有10次迭代(外部CV)交叉验证(CV)方案。...在Python,这种随机性可以通过将种子值设置为固定值来控制。没有定义一个特定种子值意味着依赖于这个随机性元素变量在每次我们运行代码时都会有不同表现。...最后,我们还创建了一个额外文件夹model dir,稍后将保存上面的所有对象。 既然定义了CV,我们就可以遍历10个CV迭代每一个。...选择C值理想方法是模型尝试几个值,然后选择性能最好一个。...接下来,我们创建一个dataframe来存储系数值和相应p值。 在最后一步,我们将总体性能指标和相应p值以及系数保存在两个单独CSV文件

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Python 实战:自动生成密码并保存

在本文中,我们将介绍一个简单 Python 程序,它可以帮助我们生成随机且安全密码,并将其保存文件。...save_password函数接受一个参数password,用于保存生成密码。 在函数内部,我们使用open函数打开一个名为password.txt文件,并将文件对象存储在file变量。...4、可以学到什么: 通过这个实例,我们可以学到以下几点: 如何使用random模块生成随机数,以及如何使用random.choice函数从列表随机选择元素。...如何使用open函数打开文件,并使用文件对象write方法将数据写入文件。 5、总结: 本篇文章介绍了一个结合随机密码生成和保存 Python 实战案例。...通过使用random和string模块生成随机密码,并将其保存文件,我们可以方便地生成安全且随机密码,并在需要时进行使用。然而,在实际应用,密码保存和处理需要谨慎处理,确保安全性。

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万字长文爆肝Python基础入门【巨详细,一学就会】

变量和赋值 我们通过以下形式来定义变量和赋值: 变量名 = 数据值 ---- 多语言比较: 「多语言比较」这部分内容,是为大家了解本章节所介绍语言基本特性在其它语言中是如何表达。...这时我们可以选择使用列表。 列表(List) 列表是一种用于保存批量数据数据类型。它和整数型、布尔型等数据类型一样都被内置在 Python 。...age = input('请输入你年龄:') print('你年龄是', age) 我们把代码保存文件文件命名为 age.py, 然后执行下: ➜ ~ python3 age.py 请输入你年龄...如何处理错误 首先错误发生时,需要先捕获到该错误,然后根据具体错误内容或类型,选择后续处理方式。 在 Python 中大多数情况下,错误是以抛出异常形式报告出来。...在 Python ,每一个 Python 代码文件就是一个模块。写程序时,我们可以将代码分散在不同模块(文件,然后在一个模块里引用另一个模块内容。

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【全网力荐】堪称最易学Python基础入门教程

变量和赋值 我们通过以下形式来定义变量和赋值: 变量名 = 数据值 ---- 多语言比较: 「多语言比较」这部分内容,是为大家了解本章节所介绍语言基本特性在其它语言中是如何表达。...这时我们可以选择使用列表。 列表(List) 列表是一种用于保存批量数据数据类型。它和整数型、布尔型等数据类型一样都被内置在 Python 。...age = input('请输入你年龄:') print('你年龄是', age) 我们把代码保存文件文件命名为 age.py, 然后执行下: ➜ ~ python3 age.py 请输入你年龄...如何处理错误 首先错误发生时,需要先捕获到该错误,然后根据具体错误内容或类型,选择后续处理方式。 在 Python 中大多数情况下,错误是以抛出异常形式报告出来。...在 Python ,每一个 Python 代码文件就是一个模块。写程序时,我们可以将代码分散在不同模块(文件,然后在一个模块里引用另一个模块内容。

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从小白到年薪10万+,优秀数据分析能力如何速成?

…… 数据正在变得越来越常见,小到我们每个人社交网络、消费信息、运动轨迹……,大到企业销售、运营数据,产品生产数据,交通网络数据…… 如何从海量数据获得别人看不见知识,如何利用数据来武装营销工作...在爬虫之前你需要先了解一些 Python 基础知识:元素(列表、字典、元组等)、变量、循环、函数……… 以及,如何Python 库(urllib、BeautifulSoup、requests、...数据分组聚合、如何建立多个表之间联系:这个部分是SQL进阶操作,多个表之间关联,在你处理多维度、多个数据集时候非常有用,这也你可以去处理更复杂数据。...中位数、众数、均值、方差等基本统计量如何应用?如何在不同场景做假设检验?数据分析方法大多源于统计学概念,所以统计学知识也是必不可少。...这部分需要掌握知识点如下: 回归分析:线性回归、逻辑回归 基本分类算法:决策树、随机森林、朴素贝叶斯…… 基本聚类算法:k-means…… 特征工程基础:如何用特征选择优化模型 Python

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Python快速学习第八天

本文内容全部出自《Python基础教程》第二版 10.1 模块 现在你已经知道如何创建和执行自己程序(或脚本)了,也学会了怎么用import从外部模块获取函数并且为自己程序所用: >>>...路径配置文件提供了一个有用捷径,可以Python替你完成这些工作。路径配置文件是以.pth为扩展名文件,包括应该添加到sys.path目录信息。空行和以#开头行都会被忽略。...函数random.choice从给定序列(均一地)选择随机元素。 函数random.shuffle将给定(可变)序列元素进行随机移位,每种排列可能性都是近似相等。...6 The result is 11 接下来假设有一个新建文本文件,它每一行文本都代表一种运势,那么我们就可以使用前面介绍fileinput模块将“运势”都存入列表,再进行随机选择: # fortunu.py...你可以自定义命令,以便用户能够通过提示符来执行。也许你还能将它作为程序用户界面。 10.4 小结 本章讲述了模块知识:如何创建、如何探究以及如何使用标准Python模块。

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运维必须掌握 Python 宝典:值得每天复习一遍

文件项目的演练 开发项目 就是开发一个 专门解决一个复杂业务功能软件 通常每 一个项目 就具有一个 独立专属目录,用于保存 所有和项目相关文件 在 PyCharm ,要想哪一个 Python... 函数 参数传递 以及 返回值 都是靠 引用 传递Python 变量 和 数据 是分开存储,数据 保存在内存一个位置,变量保存着数据在内存地址,就叫做 引用,使用 id(...在 Python ,设置字典 键值对 时,会首先对 key 进行 hash 已决定如何在内存中保存字典数据,以方便 后续 对字典操作:增、删、改、查:键值对 key 必须是不可变类型数据,键值对...… 5.2 if语句应用 5.2.1 随机处理 在 Python ,要使用随机数,首先需要导入 随机 模块 —— “工具包” import random 导入模块后,可以直接在 模块名称...可以 在一个 Python 文件 定义 变量 或者 函数 然后在 另外一个文件 使用 import 导入这个模块 导入之后,就可以使用 模块名.变量 / 模块名.函数 方式,使用这个模块定义变量或者函数

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110道一线公司Python面试题,推荐收藏

2、如何在一个函数内部修改全局变量 函数内部global声明 修改全局变量 ?...:关系型数据库,数据保存在磁盘,检索的话,会有一定Io操作,访问速度相对慢 50、遇到bug如何处理 1、细节上错误,通过print()打印,能执行到print()说明一般上面的代码没有问题,分段检测程序是否有问题...引用计数算法 当有1个变量保存了对象引用时,此对象引用计数就会加1 当使用del删除变量指向对象时,如果对象引用计数不为1,比如3,那么此时只会这个引用计数减1,即变为2,当再次调用del时,...用法示例: 将 echo 输出信息保存到 1.txt 里echo Hello Python > 1.txt 将 tree 输出信息追加到 1.txt 文件末尾tree >> 1.txt 99、正则表达式匹配出...引用计数算法 当有1个变量保存了对象引用时,此对象引用计数就会加1 当使用del删除变量指向对象时,如果对象引用计数不为1,比如3,那么此时只会这个引用计数减1,即变为2,当再次调用del时,

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MXNet 作者李沐:用深度学习做图像分类,教程+代码

MXNet是一个易安装易上手开源深度学习工具,它提供了一个python接口gluon,能够大家很快地搭建起神经网络,并进行高效训练。...接下来,我们将以比赛裙子任务为例,向大家展示如何用gluon从零开始,设计一个简单而又效果好卷积神经网络算法。...下面我们将分别从热身数据欲训练数据标记文件: 读取每张图片路径和标签 将这张图片按照它标签放入data/train_valid目录下对应类别目录 将前90%数据用做训练,后10%数据用作验证...运行后目录结构如下: 要想处理其他类型服饰,只需要将task变量指定为对应服饰类型名称就行了。最后,我们将图片复制到各自对应目录。...在ImageNet上训练模型输出是1000维,我们需要定义一个新resnet50_v2网络,其中 输出层之前权重是预训练好 输出是6维,且输出层权重随机初始化 之后,我们可以根据具体机器环境选择将网络保存

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110道python面试题

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如何仅使用TensorFlow C+来训练深度神经网络

我目前正在尝试将梯度运算从 Python 改为 C ++。 在这篇文章,我们将示例如何建立一个深度神经网络,并通过车龄、里程和燃料类型来预测一辆宝马 Serie 1 价格。...在 OSX上,使用 brew就足够了:(左右滑动可看到全部代码) 因为是从头构建 TF,我们还需要张量源: 然后进行配置安装,你可以选择 GPU,也可以不选择,要做到这一点需要运行配置脚本: 现在我们来创建将接收模型代码文件...读取数据 如果你还记得的话,这些数据是法国网站 leboncoin.fr报废,而不是经过清理和规范化,并保存到 CSV文件数据。我们目标是读取这些数据。...而 Python 是在 C ++ 下完成,我们必须定义一个变量和一个 Assign 节点,以便为该变量分配一个默认值。通过使用 RandomNormal 来初始化变量,我们获得正态分布随机值。...然后初始化变量,在 Python ,调用 tf.global_variables_initializer()就足够了,因为在构建图过程,我们保留了所有变量列表。

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