do echo $line done 使用while循环 while read -r line do echo $line done < filename While循环中read命令从标准输入中读取一行...，并将内容保存到变量line中。...在这里，-r选项保证读入的内容是原始的内容，意味着反斜杠转义的行为不会发生。输入重定向操作符< file打开并读取文件file，然后将它作为read命令的标准输入。...后来发现是因为我的文件是才Window下生产的，在Linux下读取这样的文件由于换行符的不同会导致程序运行不出来正确的结果。...解决办法：在Linux安装dos2unix小工具，经过该工具转化以后的文件再进行读取就没有问题了。
每条记录由多列组成，每一列表示一个字段（Field)。Awk将一个文本文件视为一个文本数据库，因此它也有记录和字段的概念。...默认情况下，记录的分隔符是回车，字段的分隔符是空白符，所以文本文件的每一行表示一个记录，而每一行中的内容被空白分隔成多个字段。利用字段和记录，awk就可以非常灵活地处理文件的内容。...可以通过-F选项来修改默认的字段分隔符，例如/etc/passwd的每一行都是由冒号分隔成多个字段的，所以这里就需要将分隔符设置成冒号： 这里通过$1引用第一人字段，类似地$2表示第二个字段，$3表示第三个字段...定义输出时数值转换成字符串的格式，默认值为”%.6g” ENVIRON 存放系统环境变量的关联数组 FILENAME 当前被处理的文件名 NR 记录的总个数 FNR 当前文件中的记录的总个数 FS 字段分隔符...注意在print语句中，输出的变量之间带不带逗号是有区别的： print输出时，字段之间的分隔符可以由OFS重新定义： 除此之外，print的输出还可以重定向到某个文件中或者某个命令： 假设有这一样一个文件
每条记录由多列组成，每一列表示一个字段(Field)。Awk将一个文本文件视为一个文本数据库，因此它也有记录和字段的概念。...默认情况下，记录的分隔符是回车，字段的分隔符是空白符，所以文本文件的每一行表示一个记录，而每一行中的内容被空白分隔成多个字段。利用字段和记录，awk就可以非常灵活地处理文件的内容。 ...可以通过-F选项来修改默认的字段分隔符，例如/etc/passwd的每一行都是由冒号分隔成多个字段的，所以这里就需要将分隔符设置成冒号： 这里通过1引用第一人字段，类似地2表示第二个字段，3表示第三个字段...注意在print语句中，输出的变量之间带不带逗号是有区别的： print输出时，字段之间的分隔符可以由OFS重新定义： 除此之外，print的输出还可以重定向到某个文件中或者某个命令： 假设有这一样一个文件...例如 的用法相对比较复杂，它有几种不同的形式。不过它的主要作用就是从输入中每次获取一行输入。 | [var] 这种形式将前面管道前命令输出的结果作为的输入，每次读取一行。
查找example.fq文件以@开头的行example.fq文件一共有4000行每4行为一个单位，一共有1000个单位如何从这1006行@开头的行中滤掉@开头的质量行？...2.如何替换每一行的前4个字符？3.如何对奇数行进行操作？...，并分配给一个变量$0：代表整个文本行$1：代表文本行中的第1个数据字段（第1列）$NF：代表文本行中的最后一个数据字段awk默认的字段分隔符是任意空白字符（如：空格or制表符），也可以用-F参数自定义分隔符图片用...SeparatorOFS：定义输出字段分隔符ORS：定义输出记录分隔符NF：数据文件中的字段总数，可以简单理解为列数NR：已处理的输入记录数，可以简单理解为行数如何确定是空格还是tab键 cat -A3.4...Data/example.gtf文件匹配feature为exon的行每一行第5列➖第4列即为exon的长度int只取整，如何进行四舍五入？+0.5
下面对该命令进行详细解释： awk：这是一个强大的文本处理工具，它逐行读取输入文件（此处为yourFile），根据提供的模式和动作对每一行进行处理。 '{...}'...：这是awk命令中的脚本块，其中包含了一系列针对每一行的模式（条件）和动作（命令）。在这行命令中，脚本块内有两个部分，由;分隔。...这个过程会一直重复，直到文件的最后一行。 最终效果是将yourFile中的每相邻两行合并为一行，中间以逗号和空格分隔。...下面对命令进行详细解释： sed：这是一种流编辑器，用于对文本进行逐行或模式匹配下的编辑操作。它读取输入（此处为 yourFile 文件），根据提供的命令对每一行或选定的行进行修改，并将结果输出。...在这里，它代表了由 N 命令引入的临时缓冲区中当前行与下一行之间的分隔符。 /, / 指定了要替换 \n 的内容，即逗号后跟一个空格（,）。这表示将两行之间的换行符替换为逗号和空格连接的字符串。
-s 参数表示“串联”模式，即不按列对齐，而是将所有输入文件的内容串联成一行。-d+ 参数指定了两个字段间的分隔符为 +，这样在合并文件内容时，每行的数值会被 + 符号分隔。...numbers：这里 numbers 是一个文本文件，其中每一行包含一个单独的数值。...结合上述 paste 命令的参数，它会读取 numbers 文件中的所有数值，并用 + 符号将它们连接起来形成一个算术表达式，如 1+2+3+4+5。...它接收通过管道传来的由 paste 合成的带有 + 分隔的算术表达式字符串，并计算该表达式的结果。综上所述，整个命令的作用是将 numbers 文件中的所有数值相加求和。...：在Bash中如何测试一个变量是否是数字如何用命令行将文本每两行合并为一行？
awk的处理文本和数据的方 式是这样的，它逐行扫描文件，从第一行到最后一行，寻找匹配的特定模式的行，并在这些行上进行你想要的操作。...input-file(s)是待处理的文件。 在awk中，文件的每一行中，由域分隔符分开的每一项称为一个域。通常，在不指名-F域分隔符的情况下，默认的域分隔符是空格。...，-v定义变量 var=value ' ' 引用代码块 BEGIN 初始化代码块，在对每一行进行处理之前，初始化代码，主要是引用全局变量，设置FS分隔符 //...时定义分隔符 RS 输入的记录分隔符， 默认为换行符(即文本是按一行一行输入) ~ 匹配，与==相比不是精确比较 !...OFS 输出字段分隔符， 默认也是空格，可以改为制表符等 ORS 输出的记录分隔符，默认为换行符,即处理结果也是一行一行输出到屏幕 -F'[:#/]' 定义三个分隔符
1. csv文件处理 记录中的字段通常由逗号分隔，但其他分隔符也是比较常见的，例如制表符（制表符分隔值，TSV）、冒号、分号和竖直条等。...建议在自己创建的文件中坚持使用逗号作为分隔符，同时保证编写的处理程序能正确处理使用其他分隔符的CSV文件。 备注: 有时看起来像分隔符的字符并不是分隔符。...，可能与文件的其余部分有所不同。...如果事先不知道CSV文件的大小，而且文件可能很大，则不宜一次性读取所有记录，而应使用增量的、迭代的、逐行的处理方式：读出一行，处理一行，再获取另一行。...Python对象 备注: 把多个对象存储在一个JSON文件中是一种错误的做法，但如果已有的文件包含多个对象，则可将其以文本的方式读入，进而将文本转换为对象数组（在文本中各个对象之间添加方括号和逗号分隔符
-i 直接编辑文件 -i.bak 备份文件并原处编辑 script 地址定界 不给地址：对全文进行处理 单地址： #: 指定的行，$：最后一行 /pattern/：被此处模式所能够匹配到的每一行 地址范围...模式空间中匹配行取反处理 s///：查找替换,支持使用其它分隔符，s@@@，s### 替换标记： g 行内全局替换 p 显示替换成功的行 w /PATH/TO/SOMEFILE 将替换成功的行保存至文件中...举例子： 1、打印出文件第二行 2、打印出2-5行的内容 3、将文件中的root全部替换为abc 直接修改读取的文件内容，而不是输出到终端。...-v var=value 自定义变量 分割符、域和记录 awk执行时，由分隔符分隔的字段（域）标记1,1,2..n称为域标识，n称为域标识，0为所有域。...变量 FS:输入字段分隔符；OFS：输出字段分隔符；RS：输入记录分隔符；ORS：输出记录分隔符；NF：字段数量；NR:记录号；NFR：各文件分别计数，记录号。
Awk的输入被解析成多个记录（Record），默认情况下，记录的分隔符是\n，因此可以认为一行就是一个记录，记录的分隔符可以通过内置变量RS更改。...每条记录由多列组成，每一列表示一个字段（Field)。Awk将一个文本文件视为一个文本数据库，因此它也有记录和字段的概念。...默认情况下，记录的分隔符是回车，字段的分隔符是空白符，所以文本文件的每一行表示一个记录，而每一行中的内容被空白分隔成多个字段。利用字段和记录，awk就可以非常灵活地处理文件的内容。...可以通过-F选项来修改默认的字段分隔符，例如/etc/passwd的每一行都是由冒号分隔成多个字段的，所以这里就需要将分隔符设置成冒号： [kodango@devops awk_temp]$ awk -...定义输出时数值转换成字符串的格式，默认值为"%.6g" ENVIRON 存放系统环境变量的关联数组 FILENAME 当前被处理的文件名 NR 记录的总个数 FNR 当前文件中的记录的总个数 FS 字段分隔符
第二个参数header，表示数据的第一行，即列名。第三个参数sed，表示数据的分隔符。可以设为“\t”（tab分隔符）或者“;”（分号分隔符），以读取不同类型的文件。...读取大CSV文件和其他文本文件的两个主流的函数是read_delim和fread，前者在readr包中由Hadley Wickham实现，后者在data.table包中由Matt Dowle实现。...01 read_delim函数 readr包提供读取文本文件的一系列函数。最常用的是read_delim函数，读取有分隔符的文件，比如CSV文件。该函数的第一个参数是读取的文件路径或者URL。...注意，数据读取为tbl_df对象，它是tbl的扩展，也是data.frame的扩展。tbl是data.frame的特殊类型，它在dplyr包中定义。每列的数据类型显示在列名的下面，这是个很好的功能。...02 fread函数 另一个读取大量数据的函数是data.table包的fread函数。第一个参数是读取的文件路径或者URL。header参数表示文件的第一行是列名，sep指定分隔符。
，后者默认的小数点是“,”。这只是因为不同国家技术人员对数据值分隔符的见解或者好恶不同而造成的。...由代码可知，read.csv函数将所有数据都读取到了一列中。因为按照默认的参数设置，函数会寻找逗号作为分隔列的标准，若找不到逗号，则只好将所有变量都放在一列中。指定分隔符参数可以解决这个问题。...3. read.table：任意分隔符数据读取 read.table函数会将文件读成数据框的格式，将分隔符作为区分变量的依据，把不同的变量放置在不同的列中，每一行的数据都会对应相应的变量名称进行排放。...header：设置逻辑值来指定函数是否将数据文件的第一列作为列名。默认为假。 sep：不同变量之间的分隔符，特指分隔列数据的分隔符。默认值为空，可以是“,”、“\t”等。...以上读取的数据集都是规整的数据集，即每一行数据都有相同的观测值。
SAS中，informats可以用来告诉电脑如何读取这样的数值。...2.15 读取分隔符文件 分隔符文件中，变量值之间会用一些特殊的字符隔开，比如逗号或制表符。DLM=和DSD选项可以让SAS容易的读取这些分隔符文件。...DSD DSD (Delimiter-Sensitive Data)有三个作用：忽略引号中数值的分隔符；自动将字符数据中的引号去掉；将两个相邻的分隔符当做缺失值来处理。...2.16 用导入过程读分隔符文件 Proc import会浏览你的数据文件，自动决定变量类型（字符串或数值），为字符串变量分配正确的长度，辨认出日期变量。...Proc import会将两个连续的分隔符视为缺失值，会读取引号中的变量值。一行读完后，会自动分配缺失值给未赋值的变量。
第二步：从文件或标准输入(stdin)读取一行。然后运行pattern{ commands }语句块，它逐行扫描文件，从第一行到最后一行反复这个过程。直到文件所有被读取完成。 ...pattern语句块中的通用命令是最重要的部分，它也是可选的。假设没有提供pattern语句块，则默认运行{ print }，即打印每个读取到的行。awk读取的每一行都会运行该语句块。 ...在这里awk 后面没有BEGIN和END，跟着的是pattern，也就是每一行都会经过这个命令，在awk中$n，表示第几列，在这里表示打印每一行的第一列。...$0 当前记录（这个变量中存放着整个行的内容） 1~n 当前记录的第n个字段，字段间由FS分隔 FS 输入字段分隔符 默认是空格或Tab NF 当前记录中的字段个数，就是有多少列 NR 已经读出的记录数...FNR 当前记录数，与NR不同的是，这个值会是各个文件自己的行号 RS 输入的记录分隔符， 默认为换行符 OFS 输出字段分隔符， 默认也是空格 ORS 输出的记录分隔符，默认为换行符 FILENAME
awk 如何处理文本流 awk 每次从输入文件或流中一行一行地读取文本，并使用字段分隔符将其解析成若干字段。在 awk 的术语中，当前的缓冲区是一个记录。...有一些特殊的变量会影响 awk 读取和处理文件的方式： FS（ 字段分隔符(field separator)）。默认情况下，这是任何空格字符（空格或制表符）。...CSV 文件，替换第一个文件中的相关字段（跳过第一行），然后把结果写到一个叫 acceptanceN.txt 的文件中，每解析一行就递增文件名中的 N。...把 awk 程序写在一个叫 mail_merge.awk 的文件中。在 awk 脚本中的语句用 ; 分隔。第一个任务是设置字段分隔符变量和其他几个脚本需要的变量。...一个使用了这个概念的简单的程序就是词频计数器。你可以解析一个文件，在每一行中分解出单词（忽略标点符号），对行中的每个单词进行递增计数器，然后输出文本中出现的前 20 个单词。
，列的分隔符 RS横着切，行的分隔符 【语法格式】 awk [–F] [“[分隔符]”] [’{print$1，$NF}’] [目标文件] awk 'BEGIN{FS="[列分隔符]...当前记录的第n个字段，字段间由 FS分隔。...sed-command a 追加 i 插入 d 删除 c 替换指定的行 s 替换每一行匹配到的第一个字符 g 替换每一行的全部 p 输出 w 另存文件 e...执行bash命令 q 不继续往下读取 概括流程：Sed软件从文件或管道中读取一行，处理一行，输出一行；再读取一行，再处理一行，再输出一行…… 增删改查 a 追加文本到指定行后 i 插入文本到指定行前...sed '2c 106,dandan,CSO' person.txt #替换第2行的内容 文本替换 s：单独使用，将每一行中第一处匹配的字符串进行替换 g：每一行进行全部替换 -i：
二、基础语法 2.1.记录与字段 awk是一种处理文本文件的编程语言，文件的每行数据都被称为记录，默认以空格或制表符为分隔符，每条记录被分成若干字段(列)，awk每次从文件中读取一条记录。...文件名 2.2.内置变量 awk语法由一系列条件和动作组成，在花括号内可以有多个动作，多个动作之间用分号分隔，在多个条件和动作之间可以有若干空格，也可以没有。...' /etc/passwd #使用集合定义分隔符 2.6.内置变量RS、OFS、ORS RS 内置变量RS保存的是输入数据的行分隔符，默认为\n，可以指定其它字符作为行分隔符 awk -v RS="."...'{print $1}' /tmp/hosts #指定.作为行分隔符 OFS 保存的是输出字段的分隔符（列分隔符），默认为空格 awk -v OFS="-" '{print $1,$2}' /tmp/...) 将字符串按特定的分隔符切片后存储在数组中，如果没指定分隔符，则使用IFS定义的。
丢弃缺失值 两种方法可以丢弃缺失值，比如第四天的日记中使用的的城市人口数据： ? 将带有缺失的行丢弃掉： ? 这个逻辑是：“一行中只要有一个格缺失，这行就要丢弃。”...除了read_csv，还有几种读取方式： 函数 说明 read_csv 读取带分隔符的数据，默认分隔符为逗号 read_table 读取带分隔符的数据，默认分隔符为制表符 read_fwf 读取固定宽格式数据...（无分隔符） read_clipboard 读取剪贴板中的数据 read_table可以读取txt的文件，说到这里，想到一个问题——如果txt文件的分隔符很奇怪怎么办？...这个testSet.txt文件用“loves”做分隔符！ 隐隐觉得有人向我表白，但是有点恶心...... 在实际中，更可能是某种乱码，解决这种特殊分隔符，用 sep= 即可。 ?...从我多年统计师从业经验来看，学会了如何跳过行，也要学如何读取某些行，使用 nrows=n 可以指定要读取的前n行，以数据 ? 为例： ? 2.
，后者默认的小数点是“,”。这只是因为不同国家技术人员对数据值分隔符的见解或者好恶不同而造成的。...由代码可知，read.csv函数将所有数据都读取到了一列中。因为按照默认的参数设置，函数会寻找逗号作为分隔列的标准，若找不到逗号，则只好将所有变量都放在一列中。指定分隔符参数可以解决这个问题。...03 read.table：任意分隔符数据读取 read.table函数会将文件读成数据框的格式，将分隔符作为区分变量的依据，把不同的变量放置在不同的列中，每一行的数据都会对应相应的变量名称进行排放。...默认为假 sep：不同变量之间的分隔符，特指分隔列数据的分隔符。默认值为空，可以是“,”、“\t”等 quote：单双引号规则的设置。...以上读取的数据集都是规整的数据集，即每一行数据都有相同的观测值。
[A] NR 表示记录数，在执行过程中对应于当前的行号。 [A] OFMT 数字的输出格式（默认值是%.6g）。 [A] OFS 输出字段分隔符（默认值是一个空格）。...[A] ORS 输出记录分隔符（默认值是一个换行符）。 [A] RS 记录分隔符（默认是一个换行符）。 [N] RSTART 由match函数所匹配的字符串的第一个位置。...[N] RLENGTH 由match函数所匹配的字符串的长度。 [N] SUBSEP 数组下标分隔符（默认值是34）。...： awk '{ print $2,$3 }' filename 统计文件中的行数： awk 'END{ print NR }' filename 以上命令只使用了END语句块，在读入每一行的时，awk...从ls的输出中读取一行，并把它打印到屏幕。
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