交流群有人询问一个包（oncoPredict）的安装问题，说是R版本问题，需要 大于4.1.0。 我下意识的认为他应该是有其它错误，但是看大家在群里讨论的热火朝天， 我就去试了试。...’ is not available (for R version 4.0.2) 确实是失败了，然后去 官网查看：https://cran.r-project.org/web/packages/oncoPredict...Version: 0.2 Depends: R (≥ 4.1.0) 哪怕是下载源代码进行安装，也是绕不过去这个版本依赖 ： > install.packages('oncoPredict_0.2.tar.gz...install.packages : installation of package ‘oncoPredict’ had non-zero exit status 虽然这次仍然是报错了，但是这个很容易解决，仅仅是缺几个依赖包而已...，以及基于Linux的NGS数据处理： 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》 把R的知识点路线图搞定，如下： 了解常量和变量概念 加减乘除等运算
简介 平常在各种R语言群里，总会遇到关于安装R包的问题，例如：搭载在github上的R包，由于网速（外网）原因而无法下载该怎么办？...这里小编分享下平常逼不得已才使用的“下三滥”方法——直接下载包，通过本地安装。 网上好多解决方案都是基于R gui的，但现实中使用Rstudio这个IDE会更多些。...接下来以gmm包在Rstudio下安装为例： 教程 使用bing搜索该包，找到相应网站[1]。 关键词：R包名称+R，或者可以再加上CRAN。 ?...搜索技巧：R包名称+R 找到Downloads板块，下载对应的压缩包 这里以mac为例 ?...这个方法对一些有很多依赖包的包可能会很头疼，就怕安装完成，他还说你有其他包没安装，那你只能“将错就错”了！
BiocManager安装R包失败——Bioconductor version cannot be validated; no internet connection 目录 前言1. 报错内容2....安装R包模板3.1 镜像设置3.2 下载方式设置3.3 安装R包4. 永久保存镜像设置后记 前言 最近因为需要安装ChIPseeker这个R包，需要使用BiocManager进行安装。...过去使用BiocManager安装R包就是手到擒来，轻轻松松。但是最近好像知识更新的有点快了，装个R包居然遇到了很多困难。 这里简单记录下。 1....然后再安装R包即可。 3. 安装R包模板 这里顺便记录下相关的代码。...永久保存镜像设置 为了更方便的安装R包，不用每次都进行设置。
为什么要批量安装R语言包 当你在新的环境下， 安装R语言时，你需要安装很多包，比如tidyverse，比如data.table，这里你可以写一个函数，将所有需要的包写进去，然后进行批量安装 2....编程思路 将当前已经安装的包读取 判断你的包是否已经安装 如果没有安装, 那就安装 返回安装状态, 是否安装成功 4....示例代码 比如, 这里我要安装如下包, 将其写为对象packages, 然后定义函数ipak批量安装包函数, 最后使用ipk批量安装packages packages=c("tidyverse","data.table...如何运行代码 将上面代码放到R语言中,运行即可安装定义的包 如果想要增加新的包, 放到packages里面即可.
，不用查说明文档了…… R语言包，就是别人编写好的程序、函数放到一起，你直接用就可以，不用重新编写，大部分的R包在CRAN中，用install.packages进行安装，还有一些在bioconductor...下面介绍一下如何查看已经安装的R包，应用场景很多，主要就是你想在另外电脑上配置同样的环境时，直接按图索骥就行了。当然，更简单的是把包直接copy进去，安装相同的版本，直接用就行了。...下面介绍几种R包的管理，包括如何查看已经安装的R包，如何查看已经加载的R包，如何安装R包，如何删除R包，如何查看R版本，如何查看R包的版本，所谓的一答解千文，就是说的本篇呀！ 1....查看已安装的包 installed.packages() 它会给出来，所有已安装的R包的详细信息，包括包名，路径，版本，优先级，建议等，提取已安装的包名： as.data.frame(installed.packages...安装和卸载R包 安装R包，如果是在CRAN中，直接用install.packages()， install.packages("ggplot2") 加载一下，看看是否成功： > library(ggplot2
R语言包安装问题： ?...这是一类包的安装问题： R包install失败：cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/PACKAGES' Warning: unable...://stackoverflow.com/questions/25599943/unable-to-install-packages-in-latest-version-of-rstudio-and-r-version...-3-1-1 注：重启R后又会变回原来的https的......然后要改个R studio设置： Tools -> Global Options -> Packages and unchecking the "Use Internet Explorer library
如果使用monocle（非monocle3）进行轨迹分析的话，由于这个包比较古老了，年久失修，所以monocle的函数则大概会报一个错误“Error: the condition has length...修改函数bug是对源码进行修改，然后实施本地安装。可以先在CRAN或者github上将monocle的源码包下载下来，然后解压 'tar -xvzf monocle.VERSION.tar.gz'。...cd monocle grep isSparseMatrix R/*R # R/expr_models.R: if (isSparseMatrix(exprs(cds))){ # R/methods-CellDataSet.R...matrix' %in% class(projection)) projection <- as.matrix(projection) 本地安装修改好bug的R包 本地安装可以使用命令行R CMD...INSTALL，也可以使用R函数install.packages，也可以使用devtools包的install命令。
2、作用：实现特定的功能，你需要什么功能，安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机，需要使用微信与人聊天，你就按照微信APP，需要上腾讯视频看电视剧，你就安装腾讯视频APP。...R包，使用 “BiocManager::install()来安装 （3）github网站，是R包作者写的，没有经过审核，使用”devtools::install_github...几乎不使用，使用时需要写明R包的作者，就是指明选择谁写的R包。...4、如何安装 安装如上 安装后需加载才能使用，加载的函数“library()”，“require()” 一次安装，每次打开新的窗口时（重启Rstudio)都需要加载。...5、如何实现快速下载 如果官网速度慢，请使用镜像网站 图片 图片 官方网站CRAN网站的镜像使用方法1，Bioconductor网站的镜像使用方法2，方法2也适用CRAN 三、安装R包会遇到问题
问题 你想安装和使用一个 R 包。...这里主要介绍如何用命令行来安装 R 包，如下所示： install.packages("reshape2") # reshap2为包名 在一个新 R 线程中使用该包之前，你必须先导入它。...其他 导入包也可以使用require()函数。下表显示了 R 包安装相关的命令及描述。...R包 remove.packages 移除一系列已安装的R包 installed.packages 将已经安装的R包更新到最新版本 setRepositories 设定当前的R包的资源库列表 通过命令行安装...R 包 R CMD INSTALL aplpack_1.1.1.tgz # 安装aplpack包 从其他资源库安装 R 包 devtools 包提供了从其他流行的 Git 资源库或其他 URL 上安装
在R包版本依赖有误、新版R包存在bug或者新版R包函数重大更新导致自己代码报错等情况下，一个可选的解决方案是安装特定的旧版本的R包来解决。...如何寻找旧版本的CRAN R包 CRAN是The Comprehensive R Archive Network，它是分发各版本R及R包的地方。...R包，也是最好安装的R包，不像R包的源码安装往往会出现编译错误； macOS binaries: 同上，mac平台的二进制R包； Old sources: 旧版本R包的源码。.../web/packages/car/index.html MASS包：https://cran.r-project.org/web/packages/MASS/index.html 如何自定义安装R包...之所以需要下载R源码安装，主要是因为可以将R包解压后然后调试、修改部分R源码文件，一般用于修bug的环节。
说实话，自从之前好好学习了一下入门的R以后，一直没有用过R，很多东西都忘了，还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包来源及安装方法 1....CRAN网站 可以理解为R包的官网，凡是需要通过CRAN下载的R包，都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。 2....Github 部分作者在写好R包以后还没来得及上传到CRAN上，便可通过其Github进行安装，通过devtools::install_github("用户名/pkg_name")安装。...安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时，就需要考虑安装某个特定版本的R包了，这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。...源码安装 在这里也许能找到你需要的R包历史版本。
安装命令 pip3 install mysqlclient 报错信息1 Collecting mysqlclient Retrying (Retry(total=4, connect=None,.../private/var/folders/mm/ wv2k__sx7yj9hyk61bf5j428 0000gn/T/pip-build-6qfg_m7 h/mysqlclient/ 解决办法 # 安装...mysql驱动，你的电脑很可能已经安装过了 brew install mysql-connector-c cd /usr/local/Cellar/mysql-connector-c/6.1.11/bin...# 然后重新运行mysqlclient安装命令，之后一切顺利，大功告成 pip install mysqlclient ? 修改位置
关于R和RStudio安装在这里就不再介绍了，网上有很多相关内容，如果安装过程有困难可以后台私信我。 PS.本次内容为R包安装及初识向量。 ? PART2 R包安装 问：什么是R包？...答：包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。它们提供了种类繁多的默认函数和数据集。...（对于刚接触R的同学来说可能看起来比较抽象，但是没关系，我们会在后续的学习中慢慢了解R包的概念） 1.R包安装：第一次安装一个包，使用命令install.packages()即可。...#示例：安装ggplot2包 install.packages('ggplot2') install.packages("ggplot2") 值得注意的一点是，包的名称需要放在单引号''或者双引号""...中 2.R包载入：安装完成后，想要调用这个包中的命令、数据等信息，就需要先载入这个包，需要用到的命令为library()。
但是今天有一个学员起初是下载R包无法联网，所以失败，根据我们的经验当然是options(download.file.method = 'libcurl')就轻轻松松解决啦，不过这次居然是仅仅是解决了R自带...R包下载问题，使用BiocManager仍然是无法安装R包，如下所示： ?...default download method to "libcurl" and see if that helps: options(download.file.method="libcurl") 但是尝试了，失败...='libcurl') 果然，现在在Windows电脑里面R语言的安装R包和下载文件就OK啦。...接下来就继续安装R包吧 使用管理员打开R哦，然后就 options()$repos options()$BioC_mirror options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn
说实话，自从之前好好学习了一下入门的R以后，一直没有用过R，很多东西都忘了，还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包的来源 1....CRAN网站 可以理解为R包的官网，凡是需要通过CRAN下载的R包，都可以通过install.packages("包名")来安装 2....Bioconductor 里面多是跟生信相关的R包，通过BiocManager::install("包名")来安装，今天的例子edgeR和limma都可以通过这种方法安装。 3....部分作者在写好R包以后还没来得及上传到CRAN上，便可以在其Github上安装，通过devtools::install_github("用户名/包名")安装 # 综上 install.packages(...安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时，就需要考虑安装某个特定版本的R包了，这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。
tidyverse安装失败，install.packages('tidyverse') 错误原因大概是其中有个依赖包xml2安装不上，解决办法是yum install libxml2-devel，这样就可以安装...xml2了，也可以安装tidyverse了
R包安装的方式 之前在学习数据挖掘课程的时候，就按照小洁老师教的方法整理过相应的笔记啦，R包安装与使用 那我们先回顾一下，基本的R包安装方法——配置好镜像，然后按照对应的来源安装需要的R包。...) #安装R包 括号里面写入需要安装的包的名字 2...."EnhancedVolcano") #安装需要的R包 3....Github上R包 如果是github上的包，可以采用输入作者名以及R包名字之后使用命令进行安装 安装Github上的包 #使用devtools安装 install.packages('devtools...() #查看已安装的R包 search() #查看已载入的R包 查看已经安装的R包 查看已经载入的R包 R包安装成功的唯一标准：library()没有error——小洁老师
导语 GUIDE ╲ 非root用户 如何在conda环境下，实现安装自由？...-------以R语言和R包为例。 背景介绍 之前我们介绍过：非root用户，如何在集群上安装Anaconda的方法，后台的很多小伙伴已经反馈顺利安装。...那么今天，小编继续为大家带来进阶版：非root用户，如何借助Anaconda，来安装R语言和R包。...退出当前环境 conda remove --name r --all #移除r环境 03 Step3.安装R包 Conda安装R包有两种方式（以ggplot2为例）： 第一种方式是使用conda命令安装...R和R包，你学会了吗？
介绍 R是一种流行的开源编程语言，专门研究统计计算和图形。它广泛用于开发统计软件和执行数据分析。R社区以不断为特定研究领域添加用户生成的包而闻名，这使其适用于许多领域。...在本教程中，我们将讨论如何安装devtools并使用它直接从GitHub安装R包。...第2步 - 安装devtools包 通过devtools，我们将能够直接从GitHub，BitBucket，本地文件安装和构建软件包，并从CRAN安装特定版本。...第3步 - 从GitHub安装R包 在这一步中，我们将直接从GitHub安装Shiny的最新开发版本，这是一个R的Web应用程序框架。...cat /usr/local/lib/R/site-library/shiny/DESCRIPTION 结论 在本教程中，我们直接从GitHub安装了最新的Shiny软件包，并学习了如何从CRAN重新安装其稳定版本
通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...接下来我将和大家分享R包的具体安装： 1）首先获取下载的R包的名字，比如下载metafor这个R包，可以先在官网（https://www.r-project.org/）上找到这个包，了解一下这个包的详细内容和使用说明...，接下来使用： install.packages('metafor') 即可顺利安装该R包。...3）接下来便是安装源自Github（https://github.com/）的R包了，它的步骤和安装源自Bioconductor的R包类似，需要先安装devtools包，然后用devtools包里的install_github...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。
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