Fayson的github：https://github.com/fayson/cdhproject 提示：代码块部分可以左右滑动查看噢 1.文档编写目的 内容概述 1.环境准备 2.示例代码编写及说明...2.环境准备 1.创建Java工程jdbcdemo 创建工程时注意加入Hadoop和Hive JDBC的依赖包 （可左右滑动） 3.示例访问代码 1.Hive示例代码 （可左右滑动） 由于集群启用了Sentry...4.代码测试 1.Hive测试 使用hive用户测试，hive用户拥有Hive库的所有权限，所以可以看到Hive下面所有的库。...使用faysontest用户测试，faysontest用户只拥有Hive库下的default库操作权限，所以我们可以看到只能获取到default库信息 5.Beeline命令行测试 关于Beeline...命令行访问Impala，Fayson在前面的文章也介绍过《如何使用Beeline连接Impala》，这里就不再重复说明。
Fayson的github：https://github.com/fayson/cdhproject 提示：代码块部分可以左右滑动查看噢 1.文档编写目的 ---- 在前面的文章Fayson介绍了《如何使用...java代码通过JDBC连接Hive(附github源码)》、《如何使用java代码通过JDBC连接Impala(附Github源码)》和《如何使用Java访问集成OpenLDAP并启用Sentry的Impala...和Hive》，关于Hive和Impala如何启用Sentry可以参考Fayson前面的文章《如何在CDH启用Kerberos的情况下安装及使用Sentry(一)》，《如何在CDH启用Kerberos的情况下安装及使用...Sentry(二)》和《如何在CDH未启用认证的情况下安装及使用Sentry》，在集群只启用了Sentry的情况下如何访问？...本篇文章主要介绍在集群只启用了Sentry后使用Java通过JDBC访问的区别以及在beeline命令行如何访问。
1.文档编写目的 ---- 继上一章介绍如何使用R连接Hive与Impala后，Fayson接下来讲讲如何在CDH集群中提交R的Spark作业，Spark自带了R语言的支持，在此就不做介绍，本文章主要讲述如何使用...内容概述 1.命令行提交作业 2.CDSW中提交作业 3.总结 测试环境 1.操作系统：RedHat7.2 2.采用sudo权限的ec2-user用户操作 3.CDSW版本1.1.1 4.R版本3.4.2...前置条件 1.Spark部署为On Yarn模式 2.CDH集群正常 3.CDSW服务正常 2.命令行提交作业 ---- 1.在R的环境安装sparklyr依赖包 [ec2-user@ip-172-31...Rstudio提供的sparklyr包，你可以连接到Spark本地实例以及远程Spark集群，本文档主要讲述了R通过调用sparklyr提供的SparkAPI接口与Spark集群建立连接，而未实现在Spark...如何在Spark集群中分布式运行R的所有代码（Spark调用R的函数库及自定义方法），Fayson会在接下来的文章做详细介绍。 醉酒鞭名马，少年多浮夸！ 岭南浣溪沙，呕吐酒肆下！
本文将跟大家分享如果在R语言中使用管道操作符优化代码，以及管道函数调用及传参的注意事项。...而R语言大佬们很早就已经意识到这个问题，开始在R语言中引入管道操作符函数，进行连续传参，实现了内存节省、代码优化的需求。...通常我们使用最多的管道函数来自于magrittr包，该包中管道操作函数写作%>%,这是一个在R语言中使用非常频繁的函数，很多比较成熟的项目扩展包都已经实现了管道操作函数的内置。...在大多数并没有默认加载magrittr包的扩展包函数中使用管道操作符，需要先加载该包之后才能使用该函数。...cran.r-project.org/web/packages/magrittr/magrittr.pdf 往期案例数据请移步本人GitHub： https://github.com/ljtyduyu
如果是其他情况，比如你想一劳永逸的修改R 包的环境，而非每次都通过.libPaths() 修改。...) [1] "/home/data/xx/miniconda3/envs/R4.0/lib/R/library" 如果退出conda 环境： > Sys.getenv("R_LIBS_USER") [.../4.0" [2] "/usr/local/lib/R/library" Sys.getenv("R_LIBS_USER") 获得的和.libPaths()获得的有什么差别呢？...直接conda 你也可以直接通过conda 创建多个R 和多个R 的环境。...比如区分R4.1_seurat3 和R4.1_seurat4，可以参见：[[112-R工具指南21-使用conda帮你在服务器上装R包]] 我们既可以通过conda 解决复杂包服务器安装所需的环境，也可以利用其特性天然地隔离不同项目版本所需的包
每个人都是从初学者走过来的，我当然是知道纯粹的初学者肯定是没办法凭空去获得如何查看自己的r包安装在电脑什么目录的知识点，但是我觉得这个不应该是在微信交流群里面讨论的，只需要简单的购买书籍去学习最基础r知识点即可...Sys.getenv(): 获取环境变量的值。 Sys.setenv(): 设置环境变量的值。 options(): 获取或设置R选项。这些选项可以影响R会话的各种方面，例如错误处理和图形设备。...这可以让你在中断工作后，恢复到你离开的地方。 使用环境变量：如果你的脚本需要敏感的信息，如数据库密码，你可以将这些信息存储在环境变量中，然后在你的脚本中使用Sys.getenv()函数来访问它们。...在R中与本地计算机进行交互主要涉及到文件和目录操作、系统命令执行、环境变量获取和设置等方面。...环境变量：Sys.getenv()和Sys.setenv()函数可以获取和设置环境变量。
随着Shiny的发展，越来越多的验证函数和测试函数加入了Shiny，帮助程序员更好地诊断和提醒错误。 当操作环境中没有其他变量时，req（）函数可以悄无声息地阻止一个操作的发生，并且不弹出错误提醒。...利用系统环境保密所有凭证 如果在分享代码时，设置了数据库登录凭证或类似的设置，可以利用系统环境，防止凭证被上传到Github或其他地方造成代码泄露。...= Sys.getenv("PASS")) 更加简便的是，如果频繁使用某些凭证，可以在操作系统中把它们设置为环境变量。...如果参数化了R Markdown文件，只要通过一个命令，就可以自动生成一份相似的关于猫的报告。 具体来说，需要在R Markdown文件的YAML标头中设置参数，并给每个参数赋值。...可以通过安装包并在YAML标头中调用来设置一个revealjs演示文稿。下面展出了使用revealjs做的一个演讲的YAML标头。
，dplyr 提供了向量化的操作[[37-R茶话会07-高效的处理数据框的列]]： > dplyr::case_when( + tmp %in% "a" ~ 1, + tmp %in% "b"...：[[05-R工具指南04-俺的技巧与Rstudio的快捷键]] 3-通过设置系统变量保护脚本中的密码不外露 如果你的脚本中需要你的某些签名或密码，最好不要把他们放在脚本里，因为你的脚本可能会分享给其他人...pwd = Sys.getenv("PASS") ) 4-代码格式化问题 其实我已经介绍过[[41-R茶话会08-优秀的R使用者，优秀的代码习惯]]，以及包：[[22-R茶话会03-美化代码]] 这一次来看看...5-学会在你的R 分享内容里使用变量 以Rmd 为例子: You can do this by defining parameters in the YAML header of your R Markdown...比如添加到启动环境里，见面就夸我，怪不好意思的，[[10-R工具指南09-自定义R的启动环境]] 花里胡哨的tag Most people don’t take full advantage of the
前几天开始装MRO后发现一切跟Github的操作都不工作了，比如说使用blogdown::install_hugo()。...opt/microsoft/ropen/3.5.1/lib64/R" > Sys.getenv("CURL_CA_BUNDLE", NA) [1] NA 所以我们的目标是让curl找到许可证。...操作如下： 第一步：在R控制台输入 > file.edit('~/.Renviron') 第二步：在打开的文件中输入： CURL_CA_BUNDLE=/opt/microsoft/ropen/3.5.1.../116 https://github.com/Microsoft/microsoft-r-open/issues/63 这是M R open的问题，不是R的问题。...如果你装R的位置不一样，下面代码可以获取R家目录。 > Sys.getenv('R_HOME') [1] "/opt/microsoft/ropen/3.5.1/lib64/R"
可是，我明明是安装在对应的R4.1环境下了啊。 我偏不信解决不了它。...automatically on R sessions launched by vscode-R via R: Create R Terminal command. ” 所以，还得是通过vscode...可是，这里调用的R却是我初始环境的R，还要重新安装一遍languageserver。...终于出来了： 不出意外的，View 也成功使用： 至此来看，问题主要在于，我的vs code 无法正确识别到我是用的R，自然R 插件的R Session watcher ，也没法正确运行。...但我的问题还是存在，我想要R Session watcher 在我指定的conda 环境中运行，而非是默认的R 或是base 环境中的R。 指定Rsessions使用 作者依然给了完整的解决方案。
本文将介绍如何使用 GitHub Actions 部署前端静态页面，以及如何自己创建一个 Docker 容器 Action。...Action 是组成工作流最核心最基础的元素。每个 Action 可以看作封装的独立脚本，有自己的操作逻辑，我们只需要 uses 并通过 with 传入参数即可。...coscmd upload -r ./dist/ / 但是我选择了第二种，顺便了解如何创建自己的 Action。...创建 Docker 容器 Action 官方提供了两种方式创建 Action，一种是使用 JavaScript 环境创建，另一种是通过 Docker 容器创建。...Actions 执行结果 结语 至此我们了解了如何使用 GitHub Actions 部署，以及如何自己创建一个 Action，可见这一项免费的服务真的非常好用，借助 Action 开源市场也可以大幅简化使用
绝大部分小伙伴不太可能去学习Java这个编程语言，但确实有很多生物信息学工具是基于Java开发的，比如broad研究所的IGV就是如此，再比如很多R包比如mailR就需要你电脑有完整的Java环境。...但是如果你电脑缺Java环境，你第一时间去搜索解决方案的时候，往往会有一个疑问：Java软件相关运行环境到底是jdk还是jre： Jre 是java runtime environment, 是java...程序的运行环境。...，在Windows和mac操作系统的路径不一样： library(mailR) Sys.getenv("JAVA_HOME") dir=system.file("java",package ="mailR...="/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-19.jdk/Contents/Home") list.files(Sys.getenv("JAVA_HOME"))
其中，最为关键的一步就是先安装 Rtools 。 1. 安装 R 和 RStudio 2. 安装 Rtools ，确保其安装目录已添加至系统环境变量中。...否则，请确保 Rtools 安装目录已添加至系统环境变量中。...配置 非必须操作，不会影响 RStan 正常工作，但强烈推荐。...创建一个 Makevars 文件，代码如下： 1 2 3 4 5 6 7 8 dotR <- file.path(Sys.getenv(“HOME”), “.R”) if (!...install.packages(“rstan”, repos = “https://cloud.r-project.org/”, dependencies=TRUE) 如果上述过程均失败，可通过下列代码按源码安装
写在前面 有时候各位使用R的用户不知道会不会有这样的感觉，visual studio和Rstudio由于负载过重，在打开或者加载R script时会出现加载过慢的情况，但对于很多数据工作者来说，variable...，具体可以见：https://github.com/Ikuyadeu/vscode-R。...("HOMEDRIVE"), Sys.getenv("HOMEPATH")) else Sys.getenv("HOME"), ".vscode-R", "init.R")) 一般来说Rprofile.site...6 打开Terminal中输入radian此时就可以运行R script，并且用View()函数浏览数据、环境中的变量以及图片 ?...因为此文件夹存储每一次的vscode-R临时环境，在这样的条件下才能在此folder中产生一个临时环境，让vscode-R识别一个临时环境，从而让R session watcher的临时文件写入： ?
一、 R启动文件 每次R语言启动读入.Renviron和.Rprofile两个文件，前者主要是环境变量，程序位置和API密钥等；后者是启动进需要运行的几行R代码。...启动时先找.Renviron，然后是.Rprofile，它们出现在3个目录中，安装目录（R_HOME，R.home())，家目录（HOME, Sys.getenv("HOME"))和当前工作目录（getwd...小插曲：关于不同操作系统的路径冲突问题，经常看到说反斜杠或者双斜杠解决，这里看到了另外两种解决方案：file.path("."...2、 .Renviron R_LIBS是这个文件的典型应用，Sys.getenv("R_LIBS") 二、 Rstudio Rstudio我们都很熟悉了，看下有什么更值得学习和记录的东西，杰出的调试支持...Alt+T访问工具菜单，方便使用。可以指定不同的R版本，脚本的git版本控制，Restore .Rdata，编码风格，诊断（硬件太老有用）以及字体大小等外观。
存储在 ~/.Rprofile 中的内容是一个 R 脚本，它会在 R 启动时自动运行，所以可以作为全局的配置使用。...根据我的 R 使用经验，结合 Y 叔和 Yihui 提供的一些便利函数，我构建了一个比较合适的 R 配置。推荐大家结合自己需求使用和自定义。 目前设定涉及的功能： 设置 UTF-8 编码。...设置 VSCode r 插件需要进行的设置。 提供一些工具函数，目前主要来自 Y 叔的 rvcheck 包和 Yihui 的 xfun 包。 该脚本配置我会长期维护（博客地址[2]）。...如果大家有问题或建议、增加新的工具函数，欢迎通过邮件或 https://github.com/ShixiangWang/MessageBoard/issues 进行反馈和交流。...("HOMEDRIVE"), Sys.getenv("HOMEPATH")) } else { Sys.getenv("HOME") }, ".vscode-R", "init.R" )
/public -r gz -e ${{secrets.ENV_ID}} 完成之后即可在静态网站托管处看到生成的hexo静态网站资源。...如何使用GitHub Actions部署hexo博客，网上有一大堆的教程，这里主要记录一下多个文件夹分离的GitHub仓库管理的场景下如何配置GitHub Actions。...: 主题文件，fork自原主题仓库 如何发布 由于GitHub对白嫖用户的私有仓库使用GitHub Actions每个月有时间限制。...耗时较长的操作都放到了可白嫖的public仓库。这样就算网站更新叫频繁，也不会使用多少GitHub actions的免费构建时间。...---- 通过以上一顿操作下来，除了域名之外其他资源基本白嫖。
这就不可避免的涉及一些访问权限的控制，你要向 GitHub 证明你对这些仓库有控制权限，有些操作，还需要你提供 RSA 的私钥，登录的口令，当然了，这些口令都是加密存放的，不会泄漏，可放心使用。...secrets.XXX 这个 XXX 表示本仓库的环境变量，配置在仓库设置里面的 secrets 菜单栏，都是加密的。...接下来设置 secrets.GITEE_RSA_PRIVATE_KEY ，在 GitHub 上打开仓库 1 的设置页面，点击 secrets，增加环境变量，name 就填写 secrets.GITEE_RSA_PRIVATE_KEY...环境变量中，即使仓库开源，也不至于泄漏自己的登录密码信息，这一步依然是在仓库 1 的设置页面添加 secrets 环境变量，和前述的操作一样，不再赘述。...本文讲述了如何编写 workflow，让 GitHub Actions 自动化部署静态博客，可以让程序员专心的写博客，无需处理重复的部署操作，提升写作效率。
在代码中直接使用这些密码或者秘钥是最直接的方式，但同时也带来了很大的安全问题，如何保证密码、秘钥不被泄露。 如果你的应用程序已经被容器化，且使用Kubernetes（k8s），那情况会好很多。...而且它没有风险，因为数据是加密的，只能用你的私钥解密。但是你把私钥放在哪里？ 如何存储加密密钥和管理整个加解密过程，可以使用Bitnami的Sealed Secrets[1]。...SealedSecret只能由运行在目标集群中的控制器解密，其他人，甚至包括原始作者，都无法从SealedSecret获得原始的Secret。...这些加密数据被编码在SealedSecret资源中，你可以将其视为创建Secret的配方。 下面是如何使用Sealed Secrets来管理Secret的具体步骤。...希望这篇文章能让你知道如何保护Kubernetes的机密信息。
现在，在RStudio IDE中使用两种语言进行操作确实非常容易。为此，您需要在R中安装和加载网状软件包。...您可以执行以下五项操作，以使您在同一项目中获得两种语言的无缝编码体验： 在项目启动时定义Python环境 为避免与使用错误的Python解释器相关问题，首先需要在项目启动时通过创建.Rprofile文件并将其保存在项目目录中来定义...Python环境。...("RETICULATE_PYTHON"))) 其中，是您要使用的Python环境中Python可执行文件的路径。...这是另一个实际的操作示例，其中我将R中的themtcars数据集引入了Python： ? 数据对象将根据不同的语言转换为它们的等效结构。例如，R中的列表将被翻译成Python中的字典： ?
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