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2 双序列比对(1)：算法及数据库
序列比对和序列特征分析总目录 包括dna,rna和蛋白组在内的生物序列（也就是一级结构）本质是固定的字母表中的字母组成的字符串，两条序列s和t的比对可以简单的解释为： s和t两条序列上下排列起来，在某些位置需要插入空位gap，然后依次比较它们在每个位置上字符的匹配情况，从而找出使这两条序列产生最大相似度得分的...
白话知识图谱及其在CMDB中的应用
如果用史密斯-沃特曼算法比对一下我俩的基因，剔除掉相似片段，找到不一致的片段，也许就能发现他早年谢顶的基因。? 回到正题，由于原生的smith-waterman算法是针对基因序列比对的（原始核函数是g-t与a-c匹配则得分），而运用到运维日志比对上就需要额外定制核函数，增加汉语字符的匹配权重。 经过不断的实验和调参...
scRNA-seq数据处理—文件格式小结
alignment行使用具有以下列的标准格式：qname：read名称（通常包括umi条形码）flag：数字标记表示比对的“类型”，链接：所有可能的“类型”的解释rname：参考序列名称（即染色体读数被比对到了什么序列上）pos：最左边的比对位置mapq：比对质量cigar：read的匹配不匹配部分的字符串（可能包括soft-clipping）rnext...
Bi-level error correction for PacBio long reads 双级错误校正PacBio长read
在第三个数据集果蝇中，双色校正后的长读序列比对参考基因组的读序列比对比对lordec的少一些。 它 可以看到bicolor 实现 更高的比对比率 (0.2%) and 更高...在这里，长读中的实k-mers被保留为正确的子字符串，假定没有错误。 我们假设误差只存在于弱k-mers中。 因此，弱k-mers可以通过搜索实k-mers之间的路径来...
来一份Python学习题
tcctacgagttgcatggattc简化的短序列匹配程序 (map.py)把short.fa中的序列比对到ref.fa, 输出短序列匹配到ref.fa文件中哪些序列的哪些位置。 (10分)find...(2分)一句话计算sheng xin bao dian字符串中n的数目？ (1分)写出下面10段程序的输出？ (1分段)alist = blist = alist blist.append(4) alist alist = ...
基因组分析工具包：Apache Spark
原始序列数据并不是非常有用，因为此时并未包含序列片段在基因组中的位置信息。 因此，需要使用一款称为对齐器的软件将待测序列与参考基因组序列进行比对...接下来，我们将每次读取的对齐信息字段提取到一个字符串中，并为该值构建pairedends对象。 读数通常是成对的，一对中的每个成员来自dna片段的任一末端进行...
LoRDEC:精确且高效的长read校正
1.1第二代测序相关工作在长序列(sanger或pacbio读取)的情况下，算法计算读取的多个对齐，并调用一致序列来纠正错误区域。 对齐计算有运行时间长和参数依赖的不便(salmela and schroder, 2011)。 在第二代读取的情况下，意味着更大的输入大小和适度的错误率，关键思想是利用排序的覆盖率。 通过计算读集中出现的错误子...
【万字长文】计算机系统概述
如用户程序需调用 内核的read系统调用服务读取磁盘文件，或调用内核的write系统调用服务把字符串写到显示器中等。 此外，程序的执行过程就是数据在cpu、主...需要进行算法分析以确定哪种算法在时间和空间上能够得到优化。 步骤2： 将算法转换为编程语言描述的程序，这个转换通常是手工进行的，也就是说程序员进行...
