R语言很好,安装R包很烦心,正式由于这种烦心,让我非常淡定的给出我认为的解决方案,当然没有什么是重装系统或者是把电脑砸掉买新电脑不能解决的。如果不想砸电脑,看一下我的建议吧。
在学习了充足的孟德尔随机化研究的理论知识后,我们接下来将进入实战教程阶段,首先要和大家讲解的就是TwoSampleMR这个包。这个R包拥有三大优势使之几乎可以满足所有的MR研究需求:
终于,我们还是积累了一些 TBtools R Plugin 的用户,而他们常常会遇到一个问题,那就是 TBtools 的 R 插件本身是 R 脚本,而每一个
但是最近频繁看到粉丝留言表明安装clusterProfiler包失败,这个clusterProfiler是大名鼎鼎的Y叔开发,基本上是每个做生物信息学数据分析的人都会使用它的,做超几何分布检验(富集分析),而且内置了很多数据库,好用的函数。
很久很久以前,我期望通过 插件模式 让 TBtools 成为更多老师在生信数据分析中的得力助手。 插件模式
但它的前提是你安装过独立的包,有基础知识,才有可能hold住这个批量安装包的代码,这两天就碰到学生使用上面的简化代码失败了。
mean(), list(), sample(),这些function 都来自于某package中。这些函数以及它们的package 都作为基础的包默认安装在了R中。(安装R 就会默认安装它们)
把.apk包放入apk目录下,然后进入到install_apk_once_many.py所在目录,运行程序:
见Y叔的网络在线书籍《clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative study》的 Chapter 12 Visualization of Functional Enrichment Result , 自己简单搜索就可以直达这个在线书籍的链接:
这个对初学者来说,的确很难理解,如果你参加学习班的话,就有讲师和助教团队协助解决了(感兴趣的可以点击下面两个课程)
运行最后library代码,报错提示缺啥就安装啥,安装方法有 BiocManager::install('xx') 或 install.packages('xx'),逐一尝试,没有明显的 ERROR 关键词就不要管。
[外链图片转存失败(img-oesO8K09-1566652568838)(data:image/gif;base64,R0lGODlhAQABAPABAP///wAAACH5BAEKAAAALAAAAAABAAEAAAICRAEAOw== “点击并拖拽以移动”)]
最近升级了R,全部R包需要批量安装,所以有了昨天的教程:批量安装R包小技巧大放送 但是总会有一些R包安装失败,比如大名鼎鼎的WGCNA
如果直接装SQL server2008或者2012,就会报:无法安装一下功能 .NET Framework 3.5。
比如最近有小伙伴问到了popsicleR这个包,它还在GitHub上面,官网是:https://github.com/bicciatolab/popsicleR
1.SeuratData包,因为学习单细胞测序的很多示例数据全在这个包里,所以这个包的出镜频率其实是比较高的,但是我在成功下载后library出现了如下报错
在我CDH5.11集群中,默认安装的spark是1.6版本,这里需要将其升级为spark2.x版本。经查阅官方文档,发现spark1.6和2.x是可以并行安装的,也就是说可以不用删除默认的1.6版本,可以直接安装2.x版本,它们各自用的端口也是不一样的。我尝试了安装spark2.0版本和spark2.1版本,均告成功。这里做一下安装spark2.1版本的步骤记录。
现在无法直接用pip search,需要先安装pip_search: pip install pip_search。 使用pip_search搜索可用的包版本: pip_search requests
使用默认方法安装相关R中文文本挖掘包(tmcn、Rwordseg、Rweibo)时,会出现安装失败。合适的方法是:通过源代码安装相关包的程序:手工下载源代码及其依赖,然后编译安装。
该版本相对 2.7.5 版本以来,共有 26 个 contributors 提交了 114 个 commits 以及修改了 557 个文件。详情见:https://github.com/apache/ambari/compare/release-2.7.5...release-2.7.6
r语言的包中,集成了众多函数,大大扩展了r的功能且降低了使用难度。本篇文章就来介绍r语言中包的两种安装方式:install.packages和从github安装包。
1写在前面 本期介绍一下R语言基础部分,R包的安装。🧐 大家肯定都觉得很简单,但往往简单的东西会有不一样的解决方案。 来See~ See~ 吧!😘 2基础安装 我们最常使用的就是install.packages()函数,来安装CRAN上的R包。 我们可以选择将单个包作为变量传输进入,也可以通过向量的形式进行多个R包的安装。 2.1 安装单个R包 install.packages("tidyverse") install.packages("ggstatsplot") install.packages("gg
不使用下载速度会慢,甚至失败。如果你人在海外的话,在自己的电脑上安装,建议找一个离自己近的镜像地址。当然你也可以先试试看我们给大家推荐的这个,如果下载速度肉眼可见的非常慢,那再去找其他的镜像。
前言1. 报错内容2. 解决方案3. 安装R包模板3.1 镜像设置3.2 下载方式设置3.3 安装R包4. 永久保存镜像设置后记
前面整理了100多套R代码,因为时间跨度有点长,而且公众号写作后没办法修改,所以安排实习生进行代码审查,看看是不是确实复制粘贴就可以运行。
首先上图,安装过程一直都是无脑点“是”,然而到“XML”包却提示安装不成功,尝试多次均是相同报错。
Comprehensive R Archive Network CRAN是R包的最大集合。除了成功构建和安装之外,上传软件包的要求很少,因此文档和支持文件通常都很少,并且弄清楚如何使用这些软件包本身就是一个挑战。CRAN是R将搜索以查找要安装的软件包的默认存储库:
一般情况下,最新版R的安装非常容易。但如果是在linux服务器上,而又恰好没有root权限,安装就比较麻烦了。最直接粗暴的方法是自己在有读写权限的个人目录中编译安装,但操作很繁琐,需要解决非常多依赖库,整个过程几乎会让人爆炸。还好,有一种简便很多的方法,通过Anaconda的虚拟环境安装。
昨天我们发现需要更新BioManager至3.18的话,就需要更新600多个r包。R包安装失败怎么办?(一)msigdbr
Maybe 你会有这个烦恼,在开发的时候,测试突然告诉你,正式包上有点问题,需要看一下,这时候你打开测试机发现上面装的是测试包,没事,那就卸载了装个正式包呗。然后嘞,正式包的问题确认完了,发现不是 Bug,而是一个 Feature,你需要回到测试包继续开发,结果发现,又得把正式包卸载了然后装个测试包。
本章描述了如何配置本地环境,开始使用Go编程 我的机器是 mac ,本文按此环境配置。
图 1 R软件下载页面 下载之后是.exe执行文件,不是zip压缩格式文件,可以直接点击安装。
1、查看Linux当前操作系统位数 sudo uname --m 如果显示 i686,你安装了32位操作系统 如果显示 x86_64,你安装了64位操作系统 2、查看Ubunut当前版本号 sudo lsb_release -a 3、Ubuntu 安装SSH服务 sudo apt-get install openssh-server (如果报错,那么需要更新Ubuntu源) 4、Ubuntu 修改ROOT默认口令 sudo passwd (输入新口令) 成功后,此口令即为
但是今天有一个学员起初是下载R包无法联网,所以失败,根据我们的经验当然是options(download.file.method = 'libcurl')就轻轻松松解决啦,不过这次居然是仅仅是解决了R自带R包下载问题,使用BiocManager仍然是无法安装R包,如下所示:
最近接收到粉丝的求助,说她安装一个包data.table失败了,提示她R包data.table依赖于最新的4.0以上,所以被迫升级了R,结果仍然是搞不定它,又降级为3.6,折腾了三天三夜,仍然是折戟沉沙在包data.table上面。
下载安装Rtools,一次性安装到C盘(必须是C盘哦),再打开Rstudio运行packages的安装代码即可。
Warning: unable to access index for repository https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib: cannot open URL 'https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'
前面我们提到过表达芯片探针注释的3种方法,参见:第一个万能芯片探针ID注释平台R包, 并且帮助大家搞定了第一种bioconductor包的方法,大家无需下载几十个bioconductor包,然后自己一个个提取基因信息,我全部为大家做好啦,也就是 idmap1 这个目前host在GitHub的R包:
windows 环境请访问 Composer官网 下载安装包安装。unix 环境在命令行中执行以下命令安装。
这几天米老鼠频繁收到小伙伴关于安装不上TwoSampleMR包的问题,我后来查看了一下,应该是网络连接的问题。我后来尝试下载TwoSampleMR包后本地安装,成功解决。
if(!require())install.packages()----会返回:逻辑值!
mysql安装有三种方式,包括二进制包安装(Using Generic Binaries)、RPM包安装、源码安装。一般是前两种比较多
可以看到识别结果非常的准确,右侧在图片下面展示出调色板,Rstudio左侧控制台直接生成十六进制代码,还可根据自己的需要设置颜色的个数。
我们给出来的解决方案,仍然是;之前研发好的 url.method 这个配置的解决方案;
使用默认方法安装相关R中文文本挖掘包(tmcn、Rwordseg、Rweibo)时,会出现安装失败。合适的方法是:通过源代码安装相关包的程序:手工下载源代码及其依赖,然后编译安装。 首先是基础性的tm包。tm包是R文本挖掘的通用包。直接使用install.package即可安装。 install.packages("tm") tmcn、Rwordseg、Rweibo是李舰等人开发的中文文本挖掘包。三个网页(官网)中提供了包说明与安装方法。但经测试,其中的安装方法不可用。 正确的安装方法为: 先下载tmc
pip 应该是大家最熟悉的 Python 包安装与管理工具了,但是除了pip install 这个最常用的命令,还有很多有用的玩法。这里就介绍几个我平时会用到的,希望对大家有所帮助。
最近看到人民日报新媒体公布的疫情相关的图特别漂亮,想着利用疫情的数据学着画一画,R语言爬虫弱爆的我,只能想着站在“巨人的肩膀”学习,正巧Y叔更新公众号信息,Y叔竟然写了一个nCov2019的R语言包,简直太厉害了!nCov2019包的安装需要依靠remotes包,同时也要注意RStudio的版本是否适合,否则可能安装失败。
Rwordseg、Rweibo、tm的安装 使用默认方法安装相关R中文文本挖掘包(tmcn、Rwordseg、Rweibo)时,会出现安装失败。合适的方法是:通过源代码安装相关包的程序:手工下载源代码及其依赖,然后编译安装。 首先是基础性的tm包。tm包是R文本挖掘的通用包。直接使用install.package即可安装。 1 install.packages("tm") tmcn、Rwordseg、Rweibo是李舰等人开发的中文文本挖掘包。三个网页(官网)中提供了包说明与安装方法。但经测试,其中的安
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