Aspera是一项突破性传输协议，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。...Aspera在Ubuntu环境的安装过程如下： Step 1： 建立安装文件夹 mkdir ~/Biosofts cd ~/Biosofts Step 2： 下载Aspera软件....tar.gz Step 4： 安装Aspera 解压后是一个shell脚本，运行即可 sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh Step...5：测试Aspera是否安装成功 ascp命令默认安装地址在：~/.aspera/connect/bin ~/.aspera/connect/bin/ascp -h Step 6：将...aspera安装路径加入环境变量 echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc Step 7：使环境变量生效<
Aspera用法如下： Usage: ascp [参数] 目标文件 保存路径 一、 Aspera下载一个SRA文件 Step 1：建立Seqs文件夹保存下载序列 mkdir ~/Seqs...Step 2：下载SRA文件到Seqs文件夹 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra ~/Seqs/ 二、 Aspera...SRR6232299.sra 按Ctrl+O,Ctrl+X保存退出 Step 2：批量下载sra_list.txt列表中的文件 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera
虽然有aspera下载加速措施，但是每次下载至少失败一半！...fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR150/057/SRR15037157/SRR15037157_2.fastq.gz 继续使用脚本 step1-aspera.sh...~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh...1>step1-aspera.log 2>&1 & 然后前面失败的文件这次就成功下载了。
安装 $ tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz $ ..../aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh $ sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin...ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra EBI的aspera...命令 含义 ~/.aspera/connect/bin/ascp aspera的可执行文件 -k 1 断点续传 -QT 100M 提高下载速度 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...--user anonftp --file-list aspera_download.txt 4.
Aspera下载和安装 Aspera下载： http://downloads.asperasoft.com/connect2/。...zxf aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz sh aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh echo 'PATH=$...PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ascp --help 软件一般安装在 ~/.aspera/connect/ 目录下...Aspera使用： 使用说明：https://www.internationalgenome.org/faq/how-download-files-using-aspera Aspera 高速下载 NCBI...-i 免密从SRA和ENA下载的私钥，为·安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下的asperaweb_id_dsa.openssh 文件。
下面主要说说我的数据下载踩的坑，多亏了张老师的帮助让我从这两天的坑中跳了出来，我是用的aspera软件下载的。...在conda下安装aspera软件 conda install-y-chcc aspera-cli which ascp 找到要下载的数据的BioProject；一般知道它的GEO accession和
官网资源： https://ftp.gnu.org/pub/gnu/libiconv/libiconv-1.16.tar.gz CSDN资源：https://...
下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 Aspera是IBM公司的一款高速传输软件，创造了新一代的传输技术(faspTM)，并能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制，以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据...一、软件安装 使用conda安装 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp...ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 二、aspera的用法 安装完成以后，可以使用ascp...~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh...1>step1-aspera.log 2>&1 &
首先需要使用conda安装两个软件（kingfisher和aspera），大家现在可能会倾向于选择mamba来替代conda。...所以可以安装有mamba的conda，比如自己去搜索后下载（Mambaforge-pypy3-23.11.0-0-Linux-x86_64.sh）这个文件去bash执行即可哈！...执行conda的安装两个软件（kingfisher和aspera），是如下所示的代码： mamba create -n kingfisher python=3.8 mamba init mamba list...所以还需要单独再安转一下aspera才能正常使用，kingfisher的官网也有说明，如果要 ena-ascp发挥作用，必须要再单独安装 ASpera： 必须要再单独安装 ASpera 所以其实kingfisher...1>step1-aspera.log 2>&1 & # which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪，以及它配套的asperaweb_id_dsa.openssh 文件的路径
-linux-g2.12-64.tar.gz # 解压tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz# 安装 软件安装路径是用户根目录的....aspera/....安装方式简单，直接上github下载源代码，然后解压即可。...指定ascp脚本；2.指定密钥；3.设置下载速度[aspera]ASPERA_BIN = /home/zouhua/.aspera/connect/bin/ascpASPERA_PRIVATE_KEY...使用，参数为-a/--aspera，添加此参数则调用aspera。
安装 Aspera 首先进入aspera 官方网站，找到「IBM Aspera Connect」，进入下载页面，找到对应的版本与平台，这里以 Linux 平台最新的 3.10.0 版本为例进行介绍。...，运行该脚本，即可完成自动安装 sh ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.sh # 所有安装文件都在~/.aspera/connect目录下...「主要参数」 ❝-i 免密从 NCBI 或 EBI 下载的私钥，安装完成就有，位于~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 最大下载速度，如 100M...官网：https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?...list Aspera 使用说明 1：https://www.ibm.com/support/pages/downloading-data-ncbi-command-line#usage Aspera
目前越来越多的数据存储在该平台上面了，因此也有必要学习一下如何下载该平台中的数据~分析流程HRA003340鼻咽癌数据 如果还没有安装Anaconda需要先安装一下# 自行去官网查看一下最新版本wget...同时我们也需要下载安装一下aspera，如果命令行下载失败的话就需要去官网下载 # 可以尝试直接安装conda install -y -c hcc aspera-cli# 如果不行那就直接去官网下载，之后本地安装...(版本替换成下载的)tar xvf ibm-aspera-connect_4.2.12.780_linux_x86_64.tar.gz# 安装asperash ibm-aspera-connect_4.2.12.780...:/home/data/t200558/.aspera/connect/bin# 找到ascp的保存路径which ascp/home/data/t200558/.aspera/connect/bin/.../bin/ascp -P33001 -i /home/data/t200558/NPCdata/HRA003340/aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01
---- 第1选择--Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。...尽量不要用wget或curl下载，速度慢，且有时下载不完全 注意：Aspera>Sratools>ftp ---- 第1选择：Aspera Connect -Aspera connect是IBM的商业化高速文件下载软件...警告：尽量不要使用wget或curl命令来下载 原文链接 Aspera有两种方式可以下载 第一，安装客户端（支持windows）， 下载链接 具体可参考这篇文章 第二，命令行下载 关于第一种方式 ，...下载直接安装即可，下载链接h Aspera Connect命令行工具-ascp 首先，goto Aspera connect，选择linux版本，复制链接地址（这个需要代理下载） wget http...~/ # check help file ascp --help 恭喜，安装完成，开始下载，感受飞一般的速度 下载SRA数据：SRA数据库 注意：要找到下载地址，windows需要使用ie浏览器（
--mode=recv "fire/E-MTAB-/948/E-MTAB-11948/Files/Sample4.csv" ./ ascp -P33001 -i "C:/aspera/cli/etc...user=bsaspera --mode=recv "fire/E-MTAB-/948/E-MTAB-11948/Files/Sample5.csv" ./ ascp -P33001 -i "C:/aspera...秘钥文件的路径：C:/aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 服务器上的秘钥路径： # 安装了aspera的conda 环境rna conda activate...得到下载链接文件名： conda activate rna # 安装一个 lftp 软件 wget -c https://ftp.ebi.ac.uk/biostudies/fire/E-MTAB-/948...后面看看为啥aspera为啥下不了吧！
其次，安装过程复杂。虽然现在有万能的conda，但安装起来还是不那么友好。 最后，遇到很多未知bug。比如下载到一半就停了，下载的地址不正确等等。...---- Aspera安装教程 ---- 安装之前要注意：Aspera不能装在Root下，一定要先建立一个子用户才可以。...tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz bash aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh #查看是否安装成功...，~目录下有.aspera文件夹代表安装成功 cd ~ && ls -a #添加永久环境变量 echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc...一定要在之前安装的那个子用户下去使用！！！
如果你的服务器在中国大陆，基本上就放弃prefetch啦，直接aspera即可。但是如果是在海外，就可以尝试比较prefetch和aspera下载速度。...然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件： 比如一个文章的测序数据项目地址是：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB33490 可以使用conda安装...aspera和prefetch 其中prefetch属于 sra-tools，而aspera属于aspera-cli，都是需要先搜索它们拿到官方下载方式，我已经给大家找好了，如下： # wget https...conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...conda管理生信软件一文就够 生信技能树B站软件安装视频 https://www.bilibili.com/video/av28836717 开始测试 我们直接在 https://www.ebi.ac.uk
在经历了第一次做·RNA-seq的摸爬滚打之后，我大概对RNA-seq的流程和要使用的软件有了一些了解，并知道了它们的用法，于是便做了第二次的RNA-seq，然后想做一个总结笔记 1.原始数据下载软件Aspera...Aspera用于下载sra原始数据 将Aspera connect安装在Linux上 代码如下 wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect.../3.6.2/aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz tar -zvxf aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz...sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh ~/.aspera/connect/bin/ascp -h 2.sra文件解压软件SRA-toolkit在Linux...的安装 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz tar -zvxf
SRA Toolkit Documentation 配置安装 conda配置 conda install -y sra-tools 官网下载 除了使用conda直接配置安装以外，我们还可以通过其官网[...wget -c https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra35/SRR/015553/SRR15927225 Aspera Aspera[5]是IBM...prefetch使用HTTPS prefetch有一个-t参数，当安装了aspera时，prefetch会优先使用fasp（ascp）进行数据传输。...Default: both 配置安装 conda配置 conda install -c hcc aspera-cli -y # -c设置channel为hcc 官网下载 除了使用conda直接配置安装以外...使用conda安装的aspera私匙位置通常在anaconda3/etc/目录下（miniconda同），官网手动安装的私匙位置通常在~/.aspera/connect/etc/。
但是陆陆续续有小伙伴告诉我应该是使用aspera从ebi的ena数据库直接下载fastq文件即可，高速而且还少了一个sra文件转为fastq的步骤。...1>step1-aspera.log 2>&1 & 这个脚本会根据你在EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件，来批量下载fastq测序数据文件。...但是风水轮流转 没想到，也没有过去多少年，就风水轮流转， aspera从ebi的ena数据库这个手段时灵时不灵的。...转录组上游定量分析其实真不难，4步可定（一），从ncbi的sra数据库里面下载sra文件需要的是sra-tools这个工具套件， 如果你按照我的转录组流程配置：在全新服务器配置转录组测序数据处理环境，会发现安装的是...sra-tools-2.8.0 ，后面仍然是报错，所以得指定版本，比如从github安装最新版： https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.
这里要说明一下，以前你可以下载Aspera connect软件。它能嵌入到浏览器中，当浏览带有高速下载内容网址直接点击就好了。...下载方式三：神器Too~Aspera Connect对的还是这个东西，只不过是在linux的系统中采用命令行的方法去下载。...所以, 首先你得有个带有Linux的电脑或者服务器电脑么，去搞个虚拟机，装个linux服务器么，去搞个云服务器，怎么搞看下面的教程10元转录组分析：这次真的是干货了~灰常干 然后，安装与配置环境下载：wget...解压：tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz安装bash aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh...查看是否有.aspera文件夹去根目录ls -a 如果看到.aspera文件夹，代表安装成功永久添加环境变量echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH'
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