作者接着对多个细胞系中1000多个转录因子的ChIP-Seq 数据进行类似的生物信息学分析，同样发现了“Stripe”转录因子的存在，从而进一步验证这一发现。...为了探索USF的功能，作者利用CRISPR技术对不同的USF进行了单基因敲除和不同组合基因敲除。...整体上，被敲除的USF基因数量越多，染色质开放性（chromatin accessibility）显著受影响的调控区域越多，但是多数调控区域受影响程度小于两倍。...考虑到USF的DNA结合位点高度重合，如果敲除部分USF，其它的USF可能会存在补偿效应。...综上所述，该研究通过综合分析不同转录因子在基因组调控区域共定位热图发现了 “Stripe”转录因子，并通过一系列功能验证实验，阐明“Stripe”转录因子可以帮助其它转录因子结合到同一调控区域，并维持调控区域的开放性
三、3D模型验证技术 基因组模型构建完成后，我们需要对模型进行验证。主要从两个方面对模型进行验证，一个是模型结构进行验证，一个是对模型功能进行验证。...对模型结构验证，我们也是从两个方面进行验证，一个利用DNA FISH对模型的空间定位进行研究，一个是利用3C对模型的空间结构进行验证。...对模型的功能验证，我们主要利用CRISPR技术去除模型结构，观察对应基因及细胞代谢的变化。...2. 3C-模型空间结构验证 3C的基本流程如下图所示。染色质先进行交联，交联后酶切，连接，再进行QPCR检测。3C技术主要捕获的是两基因间的互作，因此这种技术常用来验证基因间的互作。 ?...CRISPR的功能是强大的，您可以根据您的需要敲除增强子，沉默子，绝缘子，甚至基因。 ? CTCF位点被定点敲除 ? 酶切检测敲除效率 ? PCR检测位点敲除后的基因变化 ? 位点敲除后的功能检测
ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。...同时，为了识别与Sirt6缺失和脂肪肝直接相关的Sirt6下游 mediators，作者对8个月大的Sirt6co/co（Sirt6 Floxed）和Sirt6-LKO小鼠的肝脏进行了RNA测序（RNA-seq...因此，作者获得了4个符合特定标准的候选基因。 体外实验验证：Serpina12和Cyp2B10在原代肝细胞中的表达显著增加（图2D）。...共转染实验与荧光素酶报告基因检测：验证CEBPα转录因子可以调控 Serpina12基因的表达 1）与对照组相比，CEBPα显著增强了荧光素酶的活性（图3D和EV3A、B） 2）Serpina12基因座的转录起始位点...image-20241101231419546 六、Sirt6缺乏导致小鼠中富含脂质的环境加速肝细胞癌（HCC）的形成 对大约两岁的Sirt6基因敲除（LKO）小鼠进行检查，清晰地发现在7只突变小鼠中有
我们来解读一下题目~ 多数基础文献都可以总结为A因素通过B机制影响C疾病的D表型。如果没明白，没有关系，全文都会进行讲解和加深印象。...前文第1部分研究中提及，菌群亦可影响结肠Treg细胞，此部分研究即为研究者通过敲除部分菌株胆汁酸转化基因的手段验证，当抑制生物转化时，胆汁酸代谢物是否仍可调控结肠RORγ+Treg细胞，结果显示菌群可调节结肠...首先说明A因素对D表型的影响，而后探索不同的B机制对D表型的影响，最后在C疾病模型中进行验证补充。 这篇文章借鉴点非常多： 研究思路非常严谨，基本都有反向验证的实验设计。...影响因素的联合作用。比如补充胆汁酸反向验证时，设计多种胆汁酸Mix；构建联合基因敲除小鼠，明确主要作用受体。 补充生信数据：第3研究论点中补充了RNA测序的结果。...当然表述方式也可能存在一点差异，比如A基因通过B通路调控C疾病的D方面表型、A药物通过B通路影响C疾病的D表型、A药物通过B基因调节C通路影响D疾病的E表型……，但大概是这么个模式。
本篇帖子从功能方面来对转录组测序的结果进行验证，功能方面无非就是使感兴趣的基因的表达升高（功能获得）或降低（功能缺失）看样品表型是否有变化。基因过表达和基因沉默是研究基因功能的两个重要手段。...CRISPR/Cas9 CCRISPR/Cas9是一种由RNA指导的，利用Cas9核酸酶对靶向基因进行编辑的技术。...该技术可方便快捷对任意基因进行编辑改造，比如基因敲除，敲入，定点突变等，不过却有相当的脱靶概率 从哪些方面可以看到基因表达的变化对表型造成变化呢，一般都是由浅入深，由细胞模型到动物模型！...细胞表型的改变通常进行正反两种实验，如敲除某基因验证细胞凋亡时，做TUNEL实验验证其凋亡后，还需Rescue实验将敲除基因重新导入细胞看是否能挽救表型。...采用所研究的疾病/性状对应的动物模型，对动物模型采用上述技术对特定基因进行过表达或沉默处理，接下来去检测相应的指标。如采用NB技术检测相应基因的表达、肿瘤相应的生长曲线、HE检测组织的形态变化等。
SEanalysis支持通过Se、Samples、TF、路径或基因进行搜索。由这些因素形成的复杂的调控网络可以交互式地可视化。...KnockTF TF敲除/敲除的全面的人类基因表达谱数据库(KnockTF)，该数据库提供了与TF敲除/敲除相关的人类基因表达谱数据集的大量可用资源，并以组织/细胞类型特定的方式注释TF及其目标基因。...KnockTF进一步提供了与靶基因的启动子、超级增强子和典型增强子结合的TF的详细信息。此外，还构建了TF差异表达基因网络，并用于对感兴趣的基因集进行网络分析，如子网络定位、拓扑分析和超几何富集。...ENDB ENDB当前发布的文献737份经实验验证的增强子及其相关信息，包括384个靶基因，263个TF，110种疾病和人类和小鼠中的153种功能。...此外，增强子相关信息得到了实验证据的支持，如RNAi，体外敲除，western blotting，qRT-PCR，荧光素酶报告实验，染色质构象捕获(3C)和染色体构象捕获芯片(4C)分析。
对于肿瘤领域的研究来说，基本都会涉及基因功能、细胞功能以及分子机制研究，这就需要基因递送载体来实现对基因表达的调控。...常见的基因递送载体有质粒、慢病毒、腺病毒、腺相关病毒等，其中慢病毒由于高感染效率、可感染范围广、可稳定整合的优点，成为最常用的基因递送载体，既可以感染细胞验证基因功能，又可以通过构建稳转细胞系进行成瘤和癌细胞转移等实验...每2-3天换含puromycin完全培养液一次，至对照组细胞死光，可进行后续操作。有时还要进行T7E1实验验证CAS9酶切效果。 第一步CAS9稳转细胞株构建，完成。...第三步实验目的是获得因受体被敲除的靶细胞，并进行扩大培养，获得足够的细胞。 ? 这样，经过三个实验步骤，我们最终获得靶细胞。...这个细胞的基因组既含有CAS9基因，又含有基因被sgRNA特定靶向敲除的sgRNA片段。由于sgRNA及其靶向基因是明确的，通过sgRNA序列，我们就可以得出被敲除的基因了。
在旧金山的演讲中，马斯克和他的团队描述了猴子能够用大脑控制计算机的例子。目前他们还没有对人类进行任何测试，团队希望最早在今年获得FDA的批准，并开始人体试验。...为了验证新搞出来的CRISPR-SaCas9（以下用SaCas9指代）也可解决第一个问题，即编辑特定神经元亚群中的靶基因，他们选择了对神经元兴奋性和记忆形成至关重要的CBP作为靶基因（它可产生CREB结合蛋白...他们的验证思路是这样：既然CBP控制记忆形成，如果CBP被定点敲除，那么这个特定神经元亚群所携带的记忆就没有了，这就可以体现在大鼠的行为上。...二.行为学： 研究团队在两个不同的实验箱里诱发大鼠对箱子的恐惧记忆，进而将基因编辑技术与神经元功能标记技术结合，通过对特定印记细胞群的基因编辑，精确删掉大鼠对其中一个箱子的记忆，而对另外一个箱子的记忆完好保留...功能特异性敲除应该是指，在所有细胞中，只敲除正在表达特定蛋白质的细胞的特定基因。 2.这个研究验证了CREB 蛋白质对记忆环路的作用：敲除CREB阻断了长期记忆的形成。
使用ROC曲线分析确定PC的诊断标记。通过对TCGA数据进行生存分析来确定预后标记。在临床组织样本中验证了所识别基因的蛋白质表达模式。进而评估候选蛋白表达与患者生存时间之间的相关性。...此外，使用TCGA数据和临床数据对与PC预后相关的多种基因/蛋白质组合进行了综合分析。最后，进行体外研究以阐明这些生物标志物在PC细胞的克隆性和侵袭中的潜在作用。 发现: 识别了389个DEGs....对10个基因进行ROC曲线分析，评估其对PC诊断的敏感性和特异性。...作者进一步评估了这七个基因组合对PC的预后价值。使用七个基因在TCGA数据集上进行单变量Cox回归模型，使用Cox回归模型将患者分为高风险组和低风险组。...7 敲除差异表达蛋白抑制了PC细胞的克隆性和入侵 作者用这七个基因的shRNA瞬时转染人胰腺癌细胞系，通过western blot验证转染效率，软琼脂分析显示，与对照组相比，TMC7基因敲除组的细胞克隆数要少
只需提供所需状态的基因表达特征，该模型就能够为所需靶标设计类似活性（active-like）的分子，而无需对训练的化合物进行任何提前的靶标注释。...如从这些实施例中所见，进行基因敲除后靶标的基因表达特征，能够将分子的生成引向与活性分子相关的化学空间的特定区域。...图4b通过敲除AKT1、EGFR、ERG和TP53基因表达优化苯环生成的分子显示在虚线圈内，以及它们在圈外最近的活性近邻。 ?...图4：利用基因表达谱对不同靶标优化苯环支架的示例 4.4 比较条件GAN和相似性搜索 为了评估生成模型相对于经典相似性搜索的可能优势，文章中比较了这些方法仅使用目标敲除的基因表达特征来寻找(或生成)活性样分子的能力...下图5a是使用相似度搜索从训练集中选出的分子或化合物，与它们最接近的已知活性分子之间的结构相似度分布。条件GAN生成的类活性化合物比通过使用目标敲除的基因表达特征进行相似搜索发现的化合物更多。
那么这个突变是不是普遍的，大肠杆菌是否永远丢失了好氧铁元素转运功能？ 结果讨论 对PATRIC数据库12117个大肠杆菌基因组进行分析发现，有234个基因组的efeU基因发生碱基缺失变成假基因。...为了产生铁输入压力，作者敲除了内源铁载体合成酶entC，敲除该基因只会造成很小的影响，因为大肠杆菌还含有另一个铁载体合成酶menF，因此作者培养了两个基因全部敲除的菌株（ΔmenFΔentC）。...此外，作者同时敲除了另一个牵涉辅酶q合成的酶ubiC，这三个基因敲除的菌株（ΔmenFΔentCΔubiC）可以解决任何电子传递链的铁限制影响。 图1. efeU基因的破碎及修复（a....为此作者对无柠檬酸条件下进化出的ΔmenFΔentC和ΔmenFΔentCΔubiC菌株（ALE菌株）进行重测序，发现所有的ALE菌株的EfeU基因均包含插入或者缺失（图2a、b所示）。...此前研究认为假基因仅会参与到调控角色，而这篇文章作者对假基因EfeU进行研究发现，大部分假基因的断裂遵循一定的模式，很可能这种模式的假基因可以在某种条件下被修复而恢复功能，作者使用实验室进化实验证明了这一猜想
除了吃以外，鸡对脊椎动物的发育生物学、免疫学、生理学等研究领域也有不小的贡献。鸡是第一个进行基因组测序的家禽，基因组大小为 1.06 G，是人类的三分之一，但与人类基因组的同源性高达 60%。...如何对鸡进行基因编辑？目前效率较高的鸡基因编辑方法主要有两种：PGC 编辑法和精子载体法。...，从而产生基因敲除后的后代。...这个系统特异性地存在于大多数细菌和古生菌基因组中，能够抵抗噬菌体对细菌的破坏，被认为是细菌的适应性免疫系统[4]。...这一创新的出现简化了 CRISPR/Cas9 技术的操作过程。sgRNA 能与靶序列互补配对，引导 Cas 蛋白对靶基因进行切割。因此，设计出一个特异性高的 sgRNA 是这项技术成功的关键因素之一。
针对该问题，论文构建了人体多层生物分子网络模型，根据分子间的影响关系提出了鲁棒性分析框架，并发现多层生物分子网络中对模型鲁棒性重要的基因更倾向于是生物上的关键基因，敲除基因调控网络中代谢疾病相关基因会对代谢网络鲁棒性造成较大伤害...，验证了模型的有效性。...4 实验 在耦合的基因调控网络与蛋白质相互作用网络模型中，根据敲除基因调控网络中某基因对蛋白质相互作用网络鲁棒性的影响，定义了该基因的影响力分数。...图2 耦合和非耦合情况的比较 在多层生物分子网络模型中，敲除基因调控网络中的基因会影响到蛋白质相互作用网络，从而进一步影响代谢网络。...作者评估了敲除基因调控网络中基因对代谢层鲁棒性的影响，发现移除基因层中代谢疾病相关基因会对代谢层的鲁棒性造成更大的破坏。通过与度保留的随机删除实验对比，验证了该结果的统计有效性。 ?
CRISPR-Cas9介导的神经元特异性dOgdh基因敲除和cDNA挽救系统 为了确定神经元敲除dOgdh的影响，培育出携带dOgdh (gRNAdOgdh)gRNA的转基因果蝇，由U6：3启动子广泛表达...通过对果蝇头部进行Sanger测序，证明了gRNAdOgdh和Cas9.P2。在UAS转基因中有效地靶向dOgdh的基因组位点，而不是dOgdh cDNA。...一代测序验证 与dOgdh-T2A-Gal4分析不同，CRISPR-Cas9介导的神经元敲除结合cDNA拯救系统对8个错义突变体显示了不同的等位基因强度。...，利用LC/MS对dOgdh 敲除果蝇幼虫脑和对照脑进行了代谢物谱分析。...为了验证这一点，作者通过使用CRISPR-Cas9介导的基因编辑，建立了具有OGDHL突变的人神经母细胞瘤细胞系SH-SY5Y。
在生物医学研究和基因功能探索中，条件性基因敲除技术占据了举足轻重的地位。其中，Cre-LoxP 系统以其独特的工作原理和广泛的应用场景，成为了研究基因功能不可或缺的利器。...为了提高他莫昔芬或 4-OHT 诱导的效率，在 CreERT 后产生 CreERT2，它在体内对 4-OHT 的敏感性约为 CreERT 的 10 倍。...这些小鼠能够在特定的组织或细胞中表达 Cre 重组酶。3. 杂交与筛选：将 Flox 小鼠与 Cre 工具鼠进行杂交，通过多代交配筛选出同时携带 Flox 基因和 Cre 基因的小鼠。...可以通过分子生物学和遗传学方法验证是否敲除成功。如：Western blot、PCR、测序、组织学检查。...04小结大家在实际实验过程中要进行根据实验目的和基因表达特性选择合适的诱导时间，过早或过晚的诱导都可能影响实验结果。
文章大致思路： 作者对PTEN进行共免疫沉淀，找到一个与PTEN直接物理互作的蛋白WWP1（E3泛素连接酶） 证明WWP1引起PTEN聚泛素化，从而抑制PTEN的二聚化和膜定位，使其不能发挥抑癌作用 发现并验证...本次我们复现的图是Fig4F：野生型和Wwp1敲除小鼠RNA-seq的GSEA分析图，用于说明Wwp1敲除影响PI3K-AKT信号通路。 ? Fig4 Step1....和敲除样本 expr <- lapply(files, function(x){ # 只读取基因名和count...GSEA分析 GSEA：Gene Set Enrichment Analysis，一种基于基因集的富集方法，简单来说就是使用预定义的基因集（一般来自MSigDB数据库），将基因按照某种指标排序，查看这些基因在关注的基因集中是否出现显著统计学富集...关于GSEA需要了解的内容很多，我把一些相关的资料放在了文末，大家一起学习！ 这里我直接用了clusterProfiler包，按照log2FoldChange对基因排序，结果看起来还可以。
siRNA部分：会给出RNA敲低后的表达水平，弥补了生信分析时缺乏湿实验验证的缺陷。...HPA收录了18种血细胞的RNA表达信息，包括B细胞、T细胞、NK细胞、单核细胞、粒细胞、树突状细胞等，并对主要的细胞谱系进行分类。...此外，HPA还对“人体分泌体”进行了分析，包括对预测可以分泌到人体血液的基因进行注释，以及对预测可以分泌到人体其他部位的蛋白质的注释，并对蛋白质浓度进行估计。...如输入RBKS，可以得到该基因参与的代谢通路详情。 小编总结 这个宝藏数据库你get了吗？不论是你课题前期阶段的基因探索（如：该选择哪个基因敲除或选择什么细胞系？）...，还是课题后期的结果验证（如免疫荧光切片、敲除某基因后siRNA的表达等），都可以在这里找到有力的证据，快快行动起来吧！
在这份科研项目申报书中，关于小鼠购买的经费预算分出了普通小鼠和「基因敲除小鼠」，一只普通小鼠是25元，而一箱（20只）「基因敲除小鼠」的报价是3000元，也就是说，平均每只「基因敲除小鼠」需要150元，...「基因敲除小鼠」的价格昂贵自有其因，因为敲除每一个小鼠的基因都涉及到一系列「复杂的工程」。...基因敲除之后，可以改变生物的遗传基因，令特定的基因功能丧失作用，从而使部分功能被屏蔽。 直接购买还是划算的，假如你想要自建实验室，自己培养小鼠，并进行基因敲除，这恐怕成本更大。...然而，在国内整体模式动物资源仍然比较稀缺的背景下，高翔教授并未局限于科研，他认为成立一家模式动物公司对推动这一领域的可持续性发展非常重要。...就在几天前的4月12日，这家实验小鼠龙头IPO开启申购，预计募集资金总额11.27亿元。 此次募投将推动「斑点鼠计划」，即持续进行「基因敲除小鼠」。
m6A修饰酶METTL3的敲除导致R-loop结构的显著增加。基于以上发现，我们提出假设：m6A修饰和R-loop结构可能通过影响基因表达和基因组稳定性，共同参与前列腺癌的发生和发展。...我们计划通过以下几个方面来验证这一假设：使用前列腺癌细胞模型，通过敲除或过表达m6A修饰酶和R-loop相关蛋白，观察其对前列腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。...在小鼠前列腺癌模型中验证细胞模型的结果。 分析前列腺癌患者临床样本中m6A修饰和R-loop结构的表达水平与临床参数的关系。...通过qRT-PCR和Western blot分析基因和蛋白表达。 通过CCK-8、Transwell和划痕实验评估细胞增殖、迁移和侵袭能力。 小鼠模型 使用特异性敲除或过表达的小鼠模型。...与临床参数（如Gleason评分、TNM分期）进行相关性分析。
《BMAL1敲除猕猴表现出睡眠紊乱与精神相关异常》、《利用体细胞核移植技术克隆基因敲除猴模型》。...多年前，团队就开始了相关的研究。在2016年9月，研究团队利用CRISPR/Cas9方法，得到了5只生物节律核心基因BMAL1缺失的猕猴。但是这一代通过基因敲除方法获得的模型猴，很容易产生嵌合体。...最小的一只诞生于2018年10月12日，因为感染肺炎，这只猕猴已经去世。 新得到的克隆猴，成为理想的实验动物模型。 ? 此前，大多数生物研究主要在小鼠上进行。这次为什么选择克隆猴？...一般而言，实验研究需要在遗传背景一致的生物体上进行，这样可以减少药效验证的干扰。小鼠只需3到4个月即可繁殖出下一代，科学家能够在相对较少的时间内得到近亲繁殖的实验鼠，因而它们是比较好的实验对象。...这时，和人类最为接近的灵长类动物猕猴就成为最好的实验对象。 2016年，研究团队通过基因敲除方法得到的5只节律紊乱猕猴，出现了一些病症状况。
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