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文献阅读|Nomograms线图在肿瘤应用

线图,也叫诺莫图,在肿瘤研究文章随处可见,只要是涉及预后建模文章,展示模型效果除了ROC曲线,也就是线图了。...线图定义 线图是肿瘤预后评估常用工具,在医学和肿瘤相关期刊杂志上随处可见。典型做法是首先筛选患者生物学特征和临床指标构建一个预后模型,然后用线图该模型进行可视化。...2)Calibration 校准度,描述一个模型预测个体发生临床结局概率准确性。在实际应用,通常用校准曲线来表征。...线图限制 预后模型可以用于辅助决策,但也存在一定局限性,比如 1)线图认为生存结局随着时间线性变化 2)线图性能没有统一接受标准 3)线图临床决策帮助和患者满意度提高作用不清楚...只有这样,线图才能更好应用于临床。 ·end·

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R语言筛选方法--select

我们知道,R语言学习,80%时间都是在清洗数据,而选择合适数据进行分析和处理也至关重要,如何选择合适进行分析,你知道几种方法? 如何优雅高效选择合适,让我们一起来看一下吧。 1....数据描述 数据来源是我编写R包learnasremlfm数据集。...使用R语言默认方法:选择 这一种,当然是简单粗暴方法,想要哪一,就把相关号提取出来,形成一个向量,进行操作即可。...5.2 放到环境变量 「推荐方法:」 r$> select = dplyr::select r$> a3 = a2 %>% select(ID,F1,y1,y2,y3) 推荐在载入包时,将下面代码放在开头...,就可以肆无忌惮应用select了,毕竟,环境变量优先级是第一位

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如何在 Tableau 进行高亮颜色操作?

比如一个数据表可能会有十几到几十之多,为了更好看清某些重要,我们可以对表进行如下操作—— 进行高亮颜色操作 原始表包含多个,如果我只想看一下利润这一有什么规律,眼睛会在上下扫视过程很快迷失...第2次尝试:选中要高亮并点击右键,选择 Format 后尝试进行颜色填充,寄希望于使用类似 Excel 方式完成。...Tableau 官方加颜色操作提供了三种解决方法,上文中是第一种,其他两项可参考最后文章《在交叉表视图中将颜色应用于单个》。...自问自答:因为交叉表是以行和形式展示,其中SUM(利润)相当于基于客户名称(行维度)其利润进行求和,故SUM(利润)加颜色相当于通过颜色显示不同行数字所在区间。...而我期待利润一标注颜色(维度)。维度不同,结果自然不一样。 问:把SUM(利润)拖拽到Color可以解决什么问题?

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·Numpyaxis理解与应用

[开发技巧]·Numpyaxis理解与应用 1.问题描述 在使用Numpy时我们经常要对Array进行操作,如果需要针对Array某一个纬度进行操作时,就会用到axis参数。...一般教程都是针对二维矩阵操作axis,当axis为0时,计算方向时,当axis为1时计算方向为行。 但是这样描述并不能让我们真正理解axis含义。...2.用np.sum(arrays,axis = 0)时,我们可以这样理解,以最外面的[ ]为一个list,里面两个元素(每个元素都是二维Array)进行相加求和,所以得到Array和相加元素形状相同...2.用np.sum(arrays,axis = 1)时,以中间[ ]为一个list,里面三个元素(每个元素都是一维Array)进行相加求和,所以得到Array和相加元素形状相同,但是由于有两个中间...3.用np.sum(arrays,axis = 2)时,以最里面的[ ]为一个list,里面两个元素(每个元素都是一个人说)进行相加求和,所以得到Array和相加元素形状相同,但是由于有两个中间[

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R语言在数据科学应用

功能介绍 大数据时代,我们需要一个强大软件Runing!!!R语言出现了!!!这里是R语言最好学习交流平台,包括R语言书籍,R语言课程,R语言程序包使用,教你获取数据,处理数据,做出决策!!...通常是指西药,主要是基于化合物药 药物研发阶段主要研究药物作用到人体后各种反应 中药是很复杂混合物,研究难度比较高药市场 整个制药行业,每年销售额大约为 6 万亿元 每年新药研发花费成本约为...1 万亿元 每款能成功面市新药平均研发时间是 12 年 平均每款药物研发成本约为 50 亿元 实验室筛选化合物只有大约 1/1000 能够进入到人体试验阶段 ?...(来源:生物文摘 2015-08-25 摘自《数据科学在业界应用》) PPV课其他精彩文章: ---- 1、回复“干货”查看干货 数据分析师完整知识结构 2、回复“答案”查看大数据Hadoop...回复“每日一课”查看【每日一课】手机在线视频集锦 PPV课大数据ID: ppvke123 (长按可复制) 大数据人才摇篮!

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pythonpandas库DataFrame行和操作使用方法示例

'w',使用类字典属性,返回是Series类型 data.w #选择表格'w',使用点属性,返回是Series类型 data[['w']] #选择表格'w',返回是DataFrame...(0) #取data第一行 data.icol(0) #取data第一 ser.iget_value(0) #选取ser序列第一个 ser.iget_value(-1) #选取ser序列最后一个...6所在第4,有点拗口 Out[31]: d three 13 data.ix[data.a 5,2:4] #选择'a'中大于5所在第3-5(不包括5) Out[32]: c...,至于这个原理,可以看下前面的操作。...github地址 到此这篇关于pythonpandas库DataFrame行和操作使用方法示例文章就介绍到这了,更多相关pandas库DataFrame行列操作内容请搜索ZaLou.Cn以前文章或继续浏览下面的相关文章希望大家以后多多支持

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R语言用GAM广义相加模型研究公交专用道行程时间变异度数据影响

p=30508 原文出处:拓端数据部落公众号 现实情况是,我们经常要处理多个自变量和一个因变量之间关系,此外,虽然通过做散点图可以发现非线性关系,但很难归因其形式,多项式回归在广义线性模型,由于其不可解释系数...研究目的: 最近我们被要求探讨公交专用道,工作日,向西方向,早高峰,停驻时间系数,延误系数行程时间变异影响。...预期结果 所有因素,公交专用道 行程时间变异影响最大,且可以减少行程时间变异度。...P值:给定变量因变量统计显着性,通过F检验进行检验(越低越好)。调整后R平方(越高越好)。...P值:给定变量因变量统计显着性,通过F检验进行检验(越低越好)。从结果可以看到公交专用道行程时间变异度有显著影响。

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基于R竞争风险模型线图

以往推文我们已经详细描述了基于R语言实现方法,这里不再赘述。那么,您如何看待竞争风险模型呢?如何绘制竞争风险模型线图?在这里,我们演示如何绘制基于R线图。...因此,应避免在线图中使用哑变量。 regplot包regplot()函数可以绘制更多美观线图。但是,它目前仅接受由coxph(),lm()和glm()函数返回回归对象。...因此,为了绘制竞争风险模型线图,我们需要对原始数据集进行加权,以创建用于竞争风险模型分析新数据集。mstate包crprep()函数主要功能是创建此加权数据集,如下面的R代码所示。...实际上,这是一种灵活方法,即首先原始数据集进行加权处理,然后使用Cox回归模型基于加权数据集构建竞争风险模型,然后绘制线图。本文并未介绍竞争风险模型进一步评估。...RriskRegression包可以对基于竞争风险模型构建预测模型进行进一步评估,例如计算C指数和绘制校准曲线等。

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Sentieon | 应用教程: 使用DNAscopeHiFi长读长数据进行胚系变异检测分析

该设置为minimap2针HiFi数据推荐设置。参考基因组DNAscope将根据高质量参考基因组样本进行变异检测。除了参考基因组外,由samtools生成基因组索引文件(.fai)也是必须。...具体步骤如下:本流程在第⼀轮调用中会检测样本变异位点;利⽤第⼀轮检出SNV和长读长信息进行定相;第⼆轮调用:在定相区,从每个单倍型中分别进行变异调用;在非定相区,使用更准确⼆倍体模型进行变异调用...;将第⼀轮和第⼆轮变异位点合并生成最终结果;通过提供MHC bed⽂件,MHC区域进行特殊处理,进⼀步提高变异检测准确性;本流程所需DNAscope机器学习模型可从https://github.com...该文件将用于变异检测结果位点refSNP ID注释。-B MHC_INTERVAL:MHC区间文件,BED格式。该文件将用于MHC区域变异检测特殊处理。...流程输出文件本流程会输出⼀个以VCF4.2格式标准bgzip压缩文件(.vcf.gz)及其索引文件(.vcf.gz.tbi)。其他注意事项目前,该流程仅推荐应用于⼆倍体样本。

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Mysql类型

Mysql类型: 数字类型 字符串类型 布尔型 日期时间类型 数字类型: 1个字节=8比特,但数字里有一个比特用于符号占位 TINYINT 占用1个字节,表示范围:-128~127 SMALLINT...支持范围是1000-01-01 ~ 9999-12-31 TIME 支持范围是00:00:00 ~ 23:59:59 DATETIME 支持范围是1000-01-01 00:00:00 ~ 9999...电话、手机号码:有格式要求 用户名:必须唯一 登录密码:密码不能为空字符串且长度不能少于N位 员工所在部门:可取值必须在部门表存在过 主键约束: 列名 类型 PRIMARY KEY 声明为“...表中所有的记录行会自动按照主键列上值进行排序。 一个表至多只能有一个主键。 唯一约束: 列名 类型 UNIQUE 声明为“唯一”列上不能出现重复值,但可以出现多个NULL值。...非空约束: 列名 类型 NOT NULL 声明为“非空”约束列上不能出现NULL,但可以重复 检查约束对于Mysql不支持 默认值约束 列名 类型 Default 值 声明为“默认值”约束列上没有值将会默认采用默认设置

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R语言】因子在临床分组应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R因子(factor) 今天我们来结合具体例子给大家讲解一下因子在临床分组应用。 我们还是以TCGA数据CHOL(胆管癌)这套数据为例。...关于这套临床数据下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper...☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 接下来我们先读入临床数据 #读取临床数据 clin=read.table("clinical.tsv...参考资料: ☞【R语言】R因子(factor) ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper ☞R生成临床信息统计表...☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 ☞肿瘤TNM分期 ☞R替换函数gsub

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iOS应用文本进行本地化

iOS应用文本进行本地化 原文发表在我博客 www.fatbobman.com[1] 当我们使用一个英文app时,很多人第一时间会去查看是否有对应中文版本。...代码,order.totalQuantity对应是Int(Swift在64位系统上Int对应为Int64),因此我们需要在键值中使用%lld来将其进行替换。...或Info.plist,只要我们在InfoPlist.strings其进行了本地化键值设定,app将会优先采用该设定。...在应用,还有大量数字、日期、货币、度量单位、人名等等方面内容都有本地化需求。 苹果投入了巨大资源,为开发者提供了一个完整解决方案——Formatter。...•在Text应用Formatter Text(NSNumber(value: item.amount),formatter:currencyFormatter() ) 由于在Text,Formatter

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R8在Android手Q应用

R8是Android替换Proguard新一代混淆工具,同时它整合了class转Dex功能,将混淆和Dex功能集中到了一个工具混淆耗时以及包大小有明显优化。...但我们经过对比测试,打开R8后构建耗时有6分钟左右优化,因此开启了R8在手Q应用故事。...二、R8整体流程目前在手Q中使用R8版本为2.1.75 ,官网r8版本已经到了3.2.35, 因为AGP版本限制(目前手Q版本为4.1.3),无法单独升级R8,否则会有错误,因此本文R8分析都是基于...四 、 总结后面Android端混淆主流工具慢慢会替换成R8,因此手QR8应用也是不得不做事情。任何工具在手Q这个庞然大物面前应用需要花费更多成本。...R8本身性能还有很多路要走,希望有更多团队和同学能加入到R8应用和建设上来,欢迎大家交流。

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删除 NULL 值

图 2 输出结果 先来分析图 1 是怎么变成图 2,图1 tag1、tag2、tag3 三个字段都存在 NULL 值,且NULL值无处不在,而图2 里面的NULL只出现在这几个字段末尾。...有一个思路:把每一去掉 NULL 后单独拎出来作为一张独立表,这个表只有两个字段,一个是序号,另一个是去 NULL 后值。...比如 tag1 变成 t1 表,tag2 变成 t2 表,tag3 变成 t3 表。...一个比较灵活做法是原表数据做转行,最后再通过行转列实现图2 输出。具体实现看下面的 SQL(我偷懒了,直接把原数据通过 SELECT 子句生成了)。...,按值在原表列出现顺序设置了序号,目的是维持同一相对顺序不变。

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Java长度为0阻塞-TransferQueue详解

Java7加入了JSR 166y规范集合类和并发类库改进。其中一项是增加了接口TransferQueue和其实现类LinkedTransferQueue。...顾名思义,阻塞就是发生在元素从一个线程transfer到另一个线程过程,它有效地实现了元素在线程之间传递(以建立Java内存模型happens-before关系方式)。...在队列已有元素情况下,调用transfer方法,可以确保队列中被传递元素之前所有元素都能被处理。...考虑到executor在并发编程重要性,你就会理解添加这个实现类重要性了。...Java 5SynchronousQueue使用两个队列(一个用于正在等待生产者、另一个用于正在等待消费者)和一个用来保护两个队列锁。

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R语言在最优化应用】igraph 包在图与网络分析应用

由于它对实际问题描述,具有直观性,故广泛应用于物理学、化学、信息论、控制论、计算机科学、社会科学、以及现代经济管理科学等许多科学领域。...igraph 包在图与网络分析应用 igraph 包是一个非常强大包,它可以快速轻松地创建、绘制和分析无向图及有向图(图顶点和边允许百万以上),并解决了经典图论问题,如最小生成树、最大网络流量、...该图中任意两顶点之间最短路程(考虑方向)。 ? 解:这三个问题是图论典型问题。首先,应该在R构造该图,然后分别调用相关命令即可。...由15 – 23 行(最短路矩阵) 可以知道该网络上每两个定点最短路。如顶点0 到顶点7 最短路为10(矩阵第1 行第8 对应元素)。...需要说明是,第6,11 行结果表示这是R软件打开第35,36 个tk 图形设备,与本题具体内容无关。

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