主要介绍使用pivot_longer进行长宽数据转换，这两个函数都是来自于tidyr包 问题背景 现在有一个表达矩阵，要画箱线图 但是，上面表格不满足向ggplot2画箱线图的函数传递参数的需求，要变换成数据框把所有数字变成一列传递给...首先行列转置 把原来的行名变成第一列 把原来的列名变成第二列 就变成数据框形式了。也就是把宽数据变成长数据。 代码如何实现？...，用于画图上不同颜色 pdat = dat%>% pivot_longer(cols = starts_with("gene"), # gene开头的列 names_to...= "gene", # 列名归为gene列 values_to = "count") # 数据归为count列 library(ggplot2) p = ggplot(...列名中含有数值型数据，可以names_prefix/names_transform提取，可以用readr包中的parse_number()函数直接解析 列名中含有多个变量可以用正则表达式拆分成多列 一行有多个观测
索引数据框中的某一列 df$A可以索引数据框df中列名为A的列的所有值。那么假如列名是一个R对象怎么做？...Wrong # 注意是双方括号 df[[needed_column]] ## [1] 1 2 3 4 5 ggplot2绘图中指定所需的列信息 ggplot绘图时，可以直接提供列名字（如下面的A和B...分别指定为x轴和y轴）指定绘图属性，但如果列名字是一个R对象呢？...看新的例子中，xvariable="A"；xvariable_en 传的值传进去了。 # 注意sym和!!
install.packages(c("ggplot2","dplyr")) 2加载包 问题： 如何加载一个已经安装了的包？ 方法： 使用library()函数，括号中写上要加载的包名。...方法： 读取文件中逗号分隔组（CSV文件）数据的最常用的方法是： data <- read.csv("datafile.csv") 讨论： ①手动为列名赋值 如果一个数据文件的行首没有列名，那么得到的数据框的列名将是...以下图为例：得到的数据框会把First、Second等存储为因子，但是此时把他们视为字符串更为合理。 为了区别这一点，可以设置stringsASFactors = FALSE。...我们也可以通过将某些列的类型设置为"blank"来丢弃它们。...dplyr包中的filter()函数， #仅仅保留Expt为1的那些行，之后该结果传递给summary()函数计算统计结果 morley %>% filter(Expt ==1) %>% summary
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...如果你已经像上面的例子一样事先知道了列名，你可以使用来自rlang[2]的代词.data指代你要使用的图层数据。...这种tidy eval计算符号会捕捉用户提供的表达式，并将其传递给使用非标准计算的函数，如aes()或vars()。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...然而，提供一个 plot()用于一个对象的可视化总结帮助用户理解该对象是有帮助的。为了满足你的所有用户，我们建议写一个函数将这个对象转换为一个数据框（如果更加复杂，可以是包含数据框的列表）。
它的主要功能包括以下三个方面： 映射变量：aes()函数可以将数据框中的列名或变量名映射到图形属性上，例如将x和y变量映射到点图的x轴和y轴上，或将fill变量映射到柱状图的填充颜色上。...例如，使用ggplot()函数和aes()函数来指定数据集和变量映射，然后使用geom_point()函数生成散点图。 传递参数：aes()函数可以将参数传递给图形层函数，以便修改图形属性。...例如，可以将color参数传递给geom_point()函数，以便修改散点图中点的颜色。...总之，aes()函数是ggplot2包中非常重要的一个函数，它可以帮助我们将数据可视化，并控制图形属性，使得我们能够更好地理解数据。...dev.off() dev.new() dev.off()是一个用于关闭图形设备的函数。在R中，我们可以使用不同的图形设备来绘制图形，例如屏幕、PDF文件、PNG图像等。
bug，是数据框的列名居然会影响绘图，蛮适合我们的人工智能大模型答疑的专辑，所以我也视频演练了一下； 第一次提问：在r编程语言里面绘制一个箱线图 在R语言中，你可以使用ggplot2包来绘制箱线图，或者使用基础图形系统中的...的错误，这通常意味着在数据处理过程中，列名或其他标识符出现了重复。根据搜索结果，这个问题可能与数据处理方式有关，尤其是在使用dplyr包的select()函数时。...例如，如果你在创建一个自定义函数来绘制图形，并且函数内部使用了select()，你需要确保传递给select()的变量名在数据框中不是重复的。...如果需要从函数参数中动态选择列，可以使用rlang包中的sym()或!!操作符来避免非预期的列名重复问题。...在这种情况下，尝试减少数据点的数量，或者检查数据框确保没有重复的列名，可能会有所帮助。
# 透明度 50% shape = 8) # 点的形状 ##颜色：字符串，blue, red等； #2.2 映射：按照数据框的某一列来定义图的某个属性 ggplot(data...可用于向量取子集； str_replace(x,"o","a")#将x中的o替换为a，只替换出现的第一个o； str_replace(x,"o|s","a")#将x中的o或者s替换为a，只替换出现的第一个...o； str_replace_all(x,"o","a")#将x中的o替换为a，替换所有的o； str_remove(x," ")##将x中的第一个空格删除； str_remove_all(x," ")...##将x中的全部空格删除； 图片 library(stringr) str_split(x," ")##按照空格分隔 str_split(x," "，simplify=T)##列表简化为矩阵 玩转数据框...#对列表向量中的每个元素实施相同的操作 lappy(1:4,rnorm) 两个数据框的连接 #inner_join：取交集 #full_join：全连接 #left_join：左连接 #right_join
Q: 如何加载一个以符号分隔的文本文件中的数据？...read.csv('datafile.csv') #header=F时将没有列名，得到的列名会变成V1,V2......---Stata read.spss()-------SPSS *输入ls('package:foreign')查看foreign包中所有的函数 1.7链接函数和管道操作符%>% Q: 如何以一种易读的形式调用一个函数并且将结果传递给另一个函数...绘制散点图 library(ggplot2) ggplot(mtcars, aes(x= wt, y= mpg))+geom_point() #这里的第一部分ggplot2创建绘图对象，将数据框传递给该函数...plot(ToothGrowth$supp,ToothGrowth$len) 当两个参数向量在同一个数据框中时，使用boxplot(),其允许我们在x轴上使用变量 组合 #公式语法 boxplot(len
plyr包的主函数是**ply形式的，函数名的第一个字符代表输入数据的类型，第二个字符代表输出数据的类型，其中第一个字符可以是(d、l、a)，第二个字母可以是(d、l、a、_ )，不同的字母表示不同的数据格式.../矩阵 无 ddply 数据框 数据框 dlply 数据框 列表 daply 数据框 数组/向量/矩阵 d_ply 数据框 无 laply 列表 数组/向量/矩阵 ldply 列表 数据框 lldpiy...其意思是将 %>% 左边的对象传递给右边的函数。...，语法如下： gather(data, key, value, na.rm = FALSE,···) data：需要被转换的宽形表 key：将原数据框中的所有列赋给一个新变量key value：将原数据框中的所有值赋给一个新变量...，因为两种类型的时间数据不同的原因。
上期精彩回顾：ICDS——识别肿瘤功能失调子通路 导语 GUIDE ╲ 右删失数据：在随访中，观察起始时间已知，但终点事件的发生时间未知，无法获取具体的生存时间，这种类型的生存时间称为右删失。...右删失是实际研究中最常见的数据删失类型。进行生存分析需要标准的分析方法，常见于临床肿瘤学的试验报告论文中。...status), vars(rx, sex, age, obstruct, perfor, nodes, differ, extent)) %>% forest_plot() #%>%：dplyr包中的管道传参...data=survival::colon head(data)#数据要求非常简单，包含“time”&“status”列和其他病例信息的数据框 aa1=analyse_multivariate(data...sex", "age", "obstruct", "perfor", "nodes", "differ", "extent"));print(aa1) #sort_frame_by：包含一个或多个符号列名的
注意：代码可运行却画不出图——因为画板被占用，解决方法：多次运行dev.off(),到null device为止 画图的思维：1.我的数据适合什么样的图？...()箭头 axis()坐标轴 box()外框 title()标题 text()文字 #1.基础包 plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) #iris为数据框，以...iris第一列为横坐标，第三列为纵坐标，第五列有多少个不同的取值则有多少种颜色 text(6.5,4, labels = 'hello')#在(6.5,4)坐标处添加“hello” dev.off()...，x=和y=分别表示行名和列名,Sepal.Length为数据框中的列名 属性 参数 颜色 color 大小（单位mm） size 透明度 alpha 填充颜色(1-20均用不到fill函数）） fill...))+ scale_color_manual(values=c("blue","red","yellow")) 5.单分面：将大图按Species分为三个子图 ggplot(data=iris)+ geom_point
x—— 相关系数矩阵（或者数据框），矩阵行名和列名是必要的，若没有或者缺失值会自动补全名字，行名以“Y”开头，附上递增的整数序列，列名以“X”开头，附上附上递增的整数序列。...x—— 原数据矩阵（或者数据框），列名是必要的，若没有或者缺失值会自动补全名字，列名以“X”开头，附上附上递增的整数序列。...y—— 原数据矩阵（或者数据框），列名是必要的，若没有或者缺失值会自动补全名字，列名以“X”开头，附上附上递增的整数序列。当y不为空（NULL）时，相关系数是x中的每一列和y中的每一列的相关性。...当为cor_tbl时直接作为data参数传递给ggplot()；为矩阵（数据框）时，若是（is.cor = TRUE）相关系数矩阵（数据框）时，调用as_cor_tbl()函数处理成cor_tbl，若不是...若是列表，列表中每个元素构成一个群落； 若是数据框（最常见的情况），数据框中的每一列是一个物种（OTU），每行是一个样本，可以通过spec.select参数来指定哪些列构成一个群落。
文件读取read.csv("文件")#通常读取csv文件read.table("文件")#通常用于读取txt格式文件Tips：read.系列函数，参数通用，不同函数的默认值有所不同。...class(test)#判断test是什么数据类型。失败的表现是报错或意外的结果，一定要多检查分析流程中数据是否正确。...ex2ex3 数据框不允许重复的行名。...= aes())模板ggplot2特殊语法：列名不带引号，行末写加号属性设置（颜色、大小、透明度、点的形状、线型等）ggplot(data = iris)+ geom_point...5.2 映射：按照数据框的某一列来定义图的某个属性ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,y = Petal.Length
1.1准备工作ggplot2是tidyverse的一个核心R包，首先需要加载tidyverselibrary(tidyverse)此处用到内置数据mpg（mpg是一个数据框）复习数据框的概念：变量（列）...和观测（行）的矩形集合，数据框每一列都有一个唯一的列名，长度相等，同一列的数据类型需要一致，不同列的数据类型可以不一致。...图形属性映射1.3.1 基本定义将数据集中的变量（列）映射为图形的属性（图中对象的可视化属性：数据点的大小、形状和颜色）将图中点的颜色映射为变量class，来显示每辆汽车的类型：ggplot(data...优势：根据想要观测的变量将数据分为每一分面，显示出每一分面中的趋势及不同分面之间的差别劣势：由于数据被分割为一个个的分面，数据整体的趋势就看不出来了如果有一个更大的数据集，就需要根据目标判断，如果看整体趋势的话就不用分面...,mapping = aes(x=displ,y=hwy))+ geom_point()+ geom_smooth()这里x、y传递给了ggplot()函数作为全局映射可以在不同的图层中显示不同的图形属性
y = Petal.Length))2.属性设置（颜色、大小、透明度、点的形状，线型等） 2.1 映射：按照数据框的某一列来定义图的某个属性ggplot(data = iris)+ geom_point...WARNING①不要修改内置数据,你会忘记修改过②保留原始数据，防止可正常运行但错误的代码，不对原始数据进行修改3.分面3.1 根据映射分面ggplot(data = iris) + geom_point...，保留原始数据，防止可正常运行但错误的代码，不对原始数据进行修改dat$Group = sample(letters[1:5],150,replace = T)ggplot(data = dat) +...= aes(x = cut)) #geom_bar与stat_count相对应，属于ggplot中不同的体系，不用细究ggplot(data = diamonds) + stat_count(mapping...= aes(x = cut))5.1 使用表中数据直接做图,不统计(统计变化使用场景1)fre = as.data.frame(table(diamonds$cut))freggplot(data =
y=Petal.Length) ggplot2的特殊语法：列名不加引号，行末写加号属性设置（颜色、大小、透明度、点的形状、线型等）2.1手动设置（与数据内容无关）图片2.2映射：按照数据框的某一列来定义图的某个属性图片也可自行指定映射的颜色...(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length)) + facet_wrap(~ Species) 双分面dat = iris #把iris的内容传递给变量...ggplot函数不能识别文件，只能识别变量。看环境中是否有这个变量。画图是用数据画图。...= aes(x = cut))ggplot(data = diamonds) + stat_count(mapping = aes(x = cut))使用表中数据直接作图，而不统计ggplot(data...搜索画图的代码网站：STHDA画图的思维数据适合用什么图展示？
带着这个问题，我们将首先使用dplyr包对给出的航班数据进行处理。...包，该软件包中的飞机航班数据将用于本文中dplyr包相关函数的演示。...3.2 应用函数及组合结果 我们使用dplyr包中的summarize()函数，进行数据统计指标的获取及组合。计算出不同目的地的平行航行距离以及平均延误时间。...通过管道的连接方式，让数据或表达式的传递更高效，使用向右操作符%>%，可以直接把数据传递给下一个函数调用或表达式。...（%>%是最常用的一个操作符，就是把左侧准备的数据或表达式，传递给右侧的函数调用或表达式进行运行，可以连续操作就像一个链条一样。）
Class 6#本文引用自生信技能树【知识拓展】【1.当不确定自己输入的代码是否正确时，可以用attach（）括号内填入你想使用的数据，这样当你想用a数据里面的某列名字时，可以直接用Tab打出他的名字并且不会出错如图片...))【ggplot2的特殊语法：列名不带引号，行末写加号】2....shape = 8) # 点的形状3.映射作用：按照数据框的某一列来定义图的某个属性ggplot(data = iris)+geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length...中的数字来分配，同种类的同个颜色】【映射—与数据有关是aes，根据数据的某一列的内容分配颜色【自动分配颜色，修改颜色】】图片比较：映射与手动设置【手动---与数据内容无关，与第几个点有关系，易出错】ggplot...()+ geom_point()相同的部分可以放在全局的ggplot函数中，不相同的部分可以放在各自局部的函数中没有不一致的地方，可空着【局部与全局的区别，局部设置只对当前图层有效；全局设置，对所有图层有效
(pd), colnames(exp))这行代码取临床信息数据框 pd 的行名和表达矩阵 exp 的列名的交集。...5.2.5 差异基因热图过滤和重命名表达矩阵 exp = exp[deg$probe_id,]：将 exp 矩阵的行过滤为 deg 数据框中 probe_id 列对应的行。...这一步确保表达矩阵 exp 只包含差异表达基因分析结果中的探针。 rownames(exp) = deg$symbol：将表达矩阵 exp 的行名设置为 deg 数据框中的 symbol 列。...rownames(annotation_col) = colnames(n)：将注释数据框 annotation_col 的行名设置为表达数据矩阵 n 的列名，确保注释信息与样本数据对齐。...., space = "free_y", scales = "free_y")：使用 ggplot2 包中的 facet_grid 函数将不同GO分类的结果分开显示。
、矩阵和列表 1.区别 （1）Vector向量——一维；matrix矩阵——二维，只允许一种数据类型；data.frame数据框——二维，每列只允许一种数据类型 2.练习题 （1）#求c1第一列数值的中位数...colnames(df)[2]="CHANGE" （3）两个数据框的连接 merge(test1,test2,by=“name”) merge(test1,test3,by.x = “name”,by.y...3.将a的行名改为flower1，flower2…flower5。...语法 ggplot2特殊语法：列名不带引号 属性设置 映射：根据数据的某一列的内容分配颜色 手动设置：把图形设置为一个或N个颜色，与数据类型无关 实战 #1.入门级绘图模板：作图数据，横纵坐标 ggplot...或者 tidyverse中的arrange()函数 # order 可以给向量排序，也可以给数据框排序 sort(test$Sepal.Length) test$Sepal.Length[order(
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