插入n个等间距的间隔点，从而将区间分成n+1个相等区域，在画图中常用 ⑵函数 R可以非常灵活的处理数值与文本数据，并且有很好的面向对象的编程方式，对于标量与向量，常用内置基本函数如下所示（其中绿色部分为数值处理...；蓝色部分为字符串处理，R支持正则表达式；红色部分为对象属性及操作）： 函数含义round()round(x, 2)将数值对象x四舍五入法保留小数点后2位trunc()四舍五入去整，floor()向下取整...()对向量元素排序，decreasing=TRUE则为降序，na.last=TRUE将缺失值排在最后，返回值为元素排名sort()对对象元素排序（不限于向量），返回排序后的对象union()union(...名义型变量例如不同膳食类型、不同糖尿病类型，一般为字符型；有序型变量表示一种顺序关系，例如癌症的早、中、晚期，虽然也可以用数字表示，但不是数值关系，没有比较的意义，也无法衡量不同阶段间的差别大小；连续性变量可以为两个值之间的任何值...可以看到对于数值变量age会计算最大值、最小值、平均值等，但是对于因子变量，只会计算频数。变量类型不同，在统计中其处理方法也不同（例如RDA、CCA等），结果也不相同。
PART1 开篇前言 本期R语言教程，暂定分为两大部分：第一部分为“R语言快速入门和数据处理”，第二部分为“R语言可视化及绘图”。...PART3 初识向量 向量是用于存储数值型、字符型或逻辑型数据的一维数组。 执行组合功能的函数 c() 可用来创建向量，c为combine的缩写。...例：在这里我们命名一个名为data1和data2的向量，把c()括号中的内容赋值给data1，data2。...2.向量元素提取：通过在方括号[ ]中给定元素所处位置的数值，我们可以访问向量中的元素。 例1：通过data1[2]，将data1中处在第二位的元素返回出来。...> data1 [1] 2 3 4 5 6 > data1[2:4] [1] 3 4 5 例3：去除向量中的元素：通过'-'将向量中的第2，4，5位元素去除。
R的数据结构是数据类型的封装方式，就是怎么把各种数据类型的数据组合起来，储存相同类型的数据的（同质的），储存不同类型的数据的（异质的）， 在R中数据类型被分为字符型(character), 浮点型（double...在任何时候，c( )函数都是可以构建向量，下面是R中内置的向量数据包： R中的数据包 数据内容 euro 欧元汇率，长度为11，每个元素都有命名 landmasses 48个陆地的面积，每个都有命名 precip...长度为70的命名向量 rivers 北美141条河流长度 state.abb 美国50个州的双字母缩写 state.area 美国50个州的面积 state.name 美国50个州的全称 Factor...创建因子向量分为三个步骤： 将输入的数据转换成character型； 对所有的水平进行排序（可能是指定的排序，或者自然排序)，将排序后的水平保存在levels中； 使用levels中的水平序列号重新编码输入的元素...下面是R中内置的因子向量数据包： R中的数据包 数据内容 state.division 美国50个州的分类，9个类别 state.region 美国50个州的地理分类 Matrices and Data
在数据框中，列可以是不同的对象。可以把数据框看作是一个行表示观测个体并且（可能）同时拥有数值变量和分类变量的`数据矩阵’ 。...R的对象类型包括数值型，复数型，逻辑型,字符型,和原生型。向量必须保证它的所有元素是一样的模式。因此任何给定的向量必须明确属于逻辑性，数值型，复数型，字符型或者原生型....可以根据索引数组去给数组中不规则的元素集合赋值或者将数组中特定的元素返回到一个向量中 array() 除了用设定一个向量dim 属性的方法来构建数组，它还可直接通过函数array将向量转换得到....如果a 和b 是两个数值数组，它们的外积将是这样的一个数组：维度向量通过连接两个操作数的维度向量得到；数据向量则由a的数据向量元素和b的数据向量元素的所有可能乘积得到。...分量可以是不同的模式或类型，如一个列表可以同时包括数值向量，逻辑向量，矩阵，复向量，字符数组，函数等等。
同大多数编程软件相似，数学运算的符号: + – * / ^ 等等，同时也服从运算顺序的规则，例如： > (7-5)*3+4/2 [1] 8 R可将运算结果保存在用户命名的变量中 （这里”=”和”<-”都能够将符号右侧的表达式的值赋给左侧的变量...向量(vector)：向量大体上分为3种，数值向量，字符向量，逻辑向量。这三种向量也是R能够运行起来的除了单个元素之外最基础的单位了。...矩阵(matrix)：矩阵是一个二维的元素向量组，在数学上被广泛运用(如协方差矩阵)，在R中，矩阵里的元素可以是任意类型，但必须相同。...因子(factor)：因子是使用向量创建的R对象，它将向量与向量中元素不同值一起存储成标签，而不论是哪种类型的向量，最后都存储成字符型元素。有点类似统计学中的分类变量或者定性变量。...数据框(data frame)：是一系列等长度的向量或因子，每列之间元素类型可不同。
向量包含的元素数值需等于矩阵行数。 big_matrix <- cbind(matrix1, matrix2, vector1 ...)...rings_vector <- planets_df$rings 将 rings 列下的全部元素给新的向量 通过筛选分类下的布尔型数据，可以针对该数据筛选出目标数据。...R 会为每个独立的向量分配一个整数，创建一个value-label 对，value 对应向量中的元素，label 对应分配的数字。...factor_survey_vector summary a factor 通过summary() 函数了解因子中不同类型变量的数值。...R lists 一个R的列表包括了各种类型的变量，并将他们放置在同一个列表当中，这些变量可以是矩阵、向量、数据集，甚至是其他的列表。
函数( function)： 能够在R的workspace中存储的对象。我们可以通过函数来扩展R的功能。 二 简单操作，数值与向量 2.1 向量与赋值 R对命名了的数据结构进行操作。...也可以打印倒数： > 1/x > y <- c(x, 0, x) 也可以将向量作为元素。 2.2 向量运算 操作是按照向量中的元素一个一个进行的。...1 逻辑的向量。 > y <- x[!is.na(x)] 表示将向量x中的非NA元素赋给y； > (x+1)[(!...> x[is.na(x)] <- 0 表示将向量x中所以NA元素用0来代替 > y[y < 0] <- -y[y < 0] 表示将向量(-y)中 与向量y的负元素对应位置的元素 赋值给...当c是数值向量的时候，这个数值向量被分为一系列的条件区间（conditioning intervals），对应c的每个区间生成一个a对b的散点图。
可以在R环境下使用的命名字符集依赖于R所运行的系统和国家(系统的locale 设置)、允许数字、字母、“.”和“_” 1.命名 命名必须以”.”或者字母开头，以”.”开头时第二个字符不允许是数字。...在数据框中，列可以是不同的对象。可以把数据框看作是一个行表示观测个体并且（可能）同时拥有数值变量和分类变量的‘数据矩阵’。许多实验数据都可以很好的用数据框描述，处理方式是分类变量而响应值是数值变量。...向量中对应索引向量元素为TRUE的元素将会被选中，而那些对应FALSE的元素则被忽略。...索引向量中索引对应的元素将会被选中，并且在结果向量中的次序和索引向量中的次序一致。这种索引向量可以是任意长度的，结果向量的长度和索引向量完全一致。...实数或复数向量，逻辑向量和字符串向量之类的对象属于"原子"型的对象，因为它们的元素都是一样的类型或模式。R的对象类型包括数值型，复数型，逻辑型,字符型和原生型。向量必须保证它的所有元素是一样的模式。
你也可以通过在双重方括号中指明代表某个成分的数字或名称来访问列表中的元素。此例中，mylist[[2]]和mylist[["ages"]]均指那个含有四个元素的向量。...对于命名成分，mylist$ages也可以正常运行。由于两个原因，列表成为了R中的重要数据结构。首先，列表允许以一种简单的方式组织和重新调用不相干的信息。...❏ 将一个值赋给某个向量、矩阵、数组或列表中一个不存在的元素时，R将自动扩展这个数据结构以容纳新值。...x ＜- x[1:3]会重新将其缩减回三个元素。 ❏ R中没有标量。标量以单元素向量的形式出现。 ❏ R中的下标不从0开始，而从1开始。在上述向量中，x[1]的值为8。 ❏ 变量无法被声明。...在下例中，你将创建一个名为mydata的数据框，它含有三个变量：age（数值型）、gender（字符型）和weight（数值型）。然后你将调用文本编辑器，键入数据，最后保存结果。 ? ? ?
最直观的一种思路是先把文本分割成句子，再对句子特征表示，也就是把文本编码成数值向量，然后对编码后的向量进行分类。...基于不同思路的建模流程 4.1 基于文本分类的建模 基于文本分类的建模，需要首先将文章划分为句子，针对训练样本，可以直接将标注文件中的每个论述段作为一个句子，针对测试样本，可以直接采用nltk工具包中的...One-hot独热编码：基于全部文本建立一个维度为n的单词库，对其中的每个单词赋予一个数值，通常是索引，再将文本中的每个词表示成具有n个元素的向量，这个词向量中只有一个元素是1，其余元素都是0，不同词汇元素为...Word2vec本质上是一种词嵌入方法(Word Embedding),即利用神经网络，通过训练大量文本的方式，将单词从高维空间映射到低维空间，生成数值向量，同时向量间的余弦或内积可以用来描述单词间的相似性...图7 文本序列标注结果 然后对文本内容进行简单数值化，同时由于文本文件的长度不一，需要先进行补齐操作，将所有文本文件切分成指定长度MAX_LEN，长度不够的进行补0操作。
接下来我们将学习和使用purrr包，它提供的函数可以替代很多常见的for循环应用。R基础包中的apply应用函数族也可以完成类似的任务，但purrr包的函数更一致，也更容易学习。...使用purrr函数替代for循环的目的是将常见的列表问题分解为独立的几部分： 对于列表的单个元素，我们能找到解决办法吗？如果可以，我们就能使用purrr将该方法扩展到列表的所有元素。...）作为输入，并对向量的每个元素应用一个函数，然后返回和输入向量同样长度的一个新向量。...（即mean()、median()和sd()），而不是在所有元素中循环所需的跟踪记录以及保存结果。...比如我们现在想对某个数据集中的每一个分组都拟合一个线性模型，下面示例将mtcars数据集拆分为3个部分（按照气缸值分类），并对每个部分拟合一个线性模型： models = mtcars %>%
显示工作路径 getwd() 向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。 表格在R语言中叫数据框 要理解其中的命令、函数的意思!...标量和向量的区分： 元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词： 1）标量：一个元素组成的变量 2）向量：多个元素组成的变量 图片赋值就是赋予这个变量一个数值（其实也不一定是数值，...还可以是字符串/数据框等等x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。...:4)]#除了第2-4个元素 x[c(1,5)]#第1个和第5个元素 2) 根据值 x[x==10]#等于10的元素 x[x<0] x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素...作业： 图片是不同的，X没有命名？
因子（factor)是R语言中比较特殊的一个数据类型， 它是一个用于存储类别的类型，举个例子，从性别上，可以把人分为：男人和女人，从年龄上划分，又可以把人分为：未成年人（=18）。...R把表示分类的数据称为因子，因子的行为有时像字符串，有时像整数。因子是一个向量，通常情况下，每个元素都是字符类型，也有其他数据类型的元素。...因子具有因子水平（Levels），用于限制因子的元素的取值范围，R强制：因子水平是字符类型，因子的元素只能从因子水平中取值，这意味着，因子的每个元素要么是因子水平中的字符（或转换为其他数据类型），要么是缺失值...如果把其他字符串添加到gender列中，R会抛出警告消息，并把错误赋值的元素设置为NA，例如： > student$Gender[1]<- "female" Warning message: In `[...)函数可以把因子转换成对应的整数. > as.integer(sex) [1] 1 2 1 1 2 7 把连续变量分割为类别 函数cut()能够把数值变量切成不同的块，然后返回一个因子. cut(x,
R中的数据结构： 向量、标量 矩阵 数组 列表 数据框 因子 时间序列 ······ 接下来我们将一一介绍这些对象的概念、以及如何创建、访问、修改并运算这些对象。...3 向量、标量 向量是R中最重要的概念，构成其他数据结构的基础。与数学中的向量概念不同。R中的向量类似于数学上集合的概念，由一个或多个元素构成。...# 删除y向量中1-3的元素 修改元素 v <- c(1:6) v[2] <- 15 # 新的值会直接保存到原来的向量中 ## 若赋值的元素为字符串，则向量将变为一个字符型向量 3.4 向量的运算...在R中，矩阵是指有维数的向量，矩阵元素可以是数值型、字符型或者逻辑型。但是矩阵中每个元素必须为同一类型。...列表中的元素是向量，这些向量构成数据框的列，每一列必须具有相同的长度，所以数据框是矩形结构，而且数据框的列必须命名。
在上式中，使用 f[j] 来表示分类评分向量 f 中的第 j个元素。和之前一样，整个数据集的损失值是数据集中所有样本数据的损失值L[i]的均值与正则化损失R(W)之和。其中函数 ?...其输入值是一个向量，向量中元素为任意实数的评分值（z中的），函数对其进行压缩，输出一个向量，其中每个元素值在0到1之间，且所有元素之和为1。...该解释的另一个好处是，损失函数中的正则化部分R(W)可以被看做是权重矩阵W的高斯先验，这里进行的是最大后验估计（MAP）而不是最大似然估计。...该技巧简单地说，就是应该将向量中的数值进行平移，使得最大值为0。...Softmax分类器的命名是从softmax函数那里得来的，softmax函数将原始分类评分变成正的归一化数值，所有数值和为1，这样处理后交叉熵损失才能应用。
每次迭代是对于矩阵X(Γ)重构操作，同时获得一个新的点对应特征向量。同样特征向量的点分为一类，当分类不再发生变化时，得到稳定分拆，算法收敛。来最终获得canonical form....用现代图论语言来说原来论文中的方法，对图的点集V，获得有序的点对 V × V，(node_u,node_v)，将点对 V × V分拆为不同的颜色集合C1，C2，C3，... ,Cm-1, Cm....然后我们对列表中元素按照字典顺序排序，不同的元素对应一个新的颜色，然后直到这个过程收敛。...第一步：对于每个点设置一个初始值，和一个特征向量 第二步：对于图设计使用一个邻接矩阵A 第三步：通过替换邻接矩阵元素为特定值来获得矩阵X 第四步：定义算法获得的代数量algebra(A) 需要满足的条件...第八步：将第六步结果转化为一个message passing的算法过程，进行计算机程序化。
继续我们的R语言基础学习！ 今天要学习的是R中的数据类型 在这些数据类型中，向量和数据框对于生信学习者来说较为重要。...标量：一个元素组成的变量 向量：多个元素组成的变量 使用字符串时，必须使用引号哦"" 一个向量是一排有序排列的元素。...使用时，一般都会直接给变量定义，也就是“赋值”即赋予变量一个数值 <- x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。...ASCII文本文件 2)header 用来确定数据文件中第一行是不是标题 header=T # 第一行是标题 header=F # 第一行不是标题 3)sep 表示分开数据的分隔符 不同函数默认分隔符不同...5)dec 用于指明数据文件中小数的小数点 6)row.names 保存行名的向量 以向量的形式给出每行的行名，或读取表中包含行名称的列序号 df <- read.csv('example.csv',
向量的创建 执行组合功能的函数c()可用来创建向量，c是英文concatenate的缩写，代表连接的意思，可以将多个散在的元素合并成一个向量。如图2所示： ?...图2:向量的创建和数据类型 向量的类型 向量的类型包括数值型、字符型和逻辑型等等，我们可以通过上图中的函数typeof()可以用来查看数据类型，这里，a是数值型向量，b是字符型向量，c是逻辑型向量。...向量的索引 所谓“索引（index）”就是获取向量中的某一个元素的内容。具体怎么索引呢？我们在创建向量之后，通过在方括号中给定元素所在位置的数值就可以访问向量中的元素。如图3所示： ?...图3:向量元素的访问 （注意：R语言中向量的第一个元素所在位置是1，不是0，和其它编程语言不同！）...图9:数据框中元素的访问 以下内容了解即可：大家会发现，status在pdata中出现时，被附加了一个levels属性，这是因为在R中变量又可以分为名义型、有序型和连续型，比如pdata中的age就是连续型变量
可以通过分号; 连接不同的代码（如赋值加输出，赋值加输出还可以靠将赋值代码加上圆括号） > c(1, 'a');c(1:2) [1] "1" "a" [1] 1 2 R 的数据类型 Decimal values...R 中的向量存储单一类型的数据，比如： 数字 image.png 字符串 image.png 逻辑值 当我们欲求同时存放数字和字符的时候，R会将其同时转化为字符串： 生成向量 通过 paste(rep("id0000", time=4),1:4) [1] "id0000 1" "id0000 2" "id0000 3" "id0000 4" 元素命名 image.png 单个向量的操作...利用逻辑值选择 selection_vector 0 # 输出结果为原先向量中数值判断后返回的布尔值。...match 实例 x 中的列名与y中的列名一致但顺序不同，如果我们想要按照x 列的顺序来排列行，则可以分别将二者存于向量，并使用match 函数来修改y 向量。
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