2.插入外部图形文件 如果一个图不是由一个R代码块生成的，你可以用两种方式包含它: 方法一 使用Markdown语法!...[caption](path/to/image)，你可以使用width和height属性来设置图像的大小，例如: !...方式三 在代码块中使用knitr函数knitr::include_graphics()。图片尺寸更改与插入R代码生成的图形的情况相同。...但是，在某些情况下，例如在经文和地址中，我们可能希望保留缩进。在这些情况下，我们可以通过以竖线（|）开头的线来使用线块。换行符和所有前导空格将保留在输出中。...通过块选项 attr.source =“ .numberLines”将行号添加到源代码块中，或者通过attr.output =“ .numberLines”将文本输出块添加到文本中，例如， ```{r,
’：表示plot在产生他们的代码后面 fig.show=‘hold’：所有代码产生的图片都放在一个完整的代码块之后 fig.show=‘animate’：表示将所有生成的图片合成一个动画图片 可以参考：...2.插入外部图形文件 如果一个图不是由一个R代码块生成的，你可以用两种方式包含它: 方法一 使用Markdown语法!...[caption](path/to/image)，你可以使用width和height属性来设置图像的大小，例如: !...方式三 在代码块中使用knitr函数knitr::include_graphics()。图片尺寸更改与插入R代码生成的图形的情况相同。...设置表格的字体大小 使用font_size = 20可以将字体大小改为20。
★借助于R的knitr和rmarkdown扩展包的帮助， 可以在Markdown格式的源文件中插入R代码， 使得R代码的结果能够自动插入到最后生成的研究报告中。”...关于输出的几个选项 另外，根据R 代码的几个特征： 是否运行 是否显示代码 是否显示输出结果 是否显示输出的图像结果 是否提示warning, message 或error 比如加载相关包的代码块，我们就可以使用...= TRUE) knitr::opts_chunk$set(warning = F, message = F) 这个setup 中配置的信息将会作用于全部的代码块了。...但是，rmarkdown::render()可以通过程序调用， 比如，循环地从同一个Rmd生成一系列不同的报告。为了不让当前会话环境干扰结果， 可以人为地打开一个新会话。...编译的第一步， 会调用knitr包的knit()函数将代码段中的程序依次运行， 结果保存为一个临时.md文件中， 图形结果暂存在单独的图形文件中， 文字结果会直接保存在临时.md文件中。
现在还可以将您的解释（阶段4）与R代码（阶段2）和结果（阶段3）结合起来，以生成美观，独立且可重复的报告。这些共同为希望节省时间和进行可重复研究的科学家提供了强大的工具集。...这些中的每一个都提供一组稍微不同的功能。 RStudio实现了一种称为“ RMarkdown”（或RMarkdown）的东西。此外，它包括“代码块”，这些代码块将由R运行。...knitr 报告 该 knitr 软件包的编写是在单个文档中结合了RMarkdown和R代码的元素 。从一个例子开始。...避免麻烦 我们建议您使用 setwd() 中的脚本。这在这里更重要。在Rmd文件中更改工作目录将导致麻烦。因此，建议您假设所有Rmd文件都在项目的根目录中运行，以使其运行。...安装后，您便可以使用pnadoc knitr软件包随附的 功能将生成的md文件转换为所需的任何格式。
我们可以使用HTML和LaTeX语法来更改单词的格式 对于HTML，我们可以将文本包装在标记中，并使用CSS设置颜色，例如 text </ span...但是，在某些情况下，例如在经文和地址中，我们可能希望保留缩进。在这些情况下，我们可以通过以竖线（|）开头的线来使用线块。换行符和所有前导空格将保留在输出中。...如果使用R代码导入图片的话，使用knitr::include_graphics()并结合R chunk中fig.align = 'center'参数进行居中。...如果结果不想显示代码块，可在chunck中加入：echo=FALSE 任何输出形式都适用，推荐使用 knitr::include_graphics() 当然还有另一种方法...代码块 通过块选项 attr.source =“ .numberLines”将行号添加到源代码块中，或者通过attr.output =“ .numberLines”将文本输出块添加到文本中，例如， ``
在书稿模板的选择与测试过程中遇到了很多的坑，幸运的是逐个踩过来了，但从 TEXTEX 到Rnw(Sweave+R), 再到Rmd (Knitr + R), 最后到Bookdown, 共经历了 4 个模板...，通常是原始数据或统计分析的结果以表格形式展示出来，它们可能被多次在不同的章节中引用; 定理是浮动的, 这里定理是指与之相关的一大类，包括常用的定理、引理、推论、命题、例子等，它们在文中也会被反复引用;...针对代码伴随，早期对这类图书有二个解决方案： Sweave/knitr + R 本质上它是在 TEXTEX 嵌入R代码块，并由R在后台运行后将结果也嵌入到 TEXTEX 中，再由 TEXTEX 的编译引擎生成...在数据科学时代，报告的快速生成成为新的要求，效率优先！随着knitr的出现Sweave退出舞台....前者以pdf类图书为主呈现给读者，同时可以完成标注等工作；后者以文字型的电子图书为主，消磨时间为主；而平板的使用者逐渐成为电子类图书的新势力，包括pdf和epub之类的电子书。
I 代码 eval 是否运行代码块，有些代码块是不运行的，仅仅是为了展示使用。 RMarkdown的代码选项是接受R变量的，所以可以根据特定条件去控制一个代码块是否执行。...下面的RMarkdown代表根据isShow的结果是否大于0来决定是否执行第二个代码块。...asis是非常有用的选项，可以使用代码模拟Markdown语法，比如如下的代码可以生成三级标题，它等同于在RMarkdown中书写### 测试三级标记可以通过代码产生 `。...hold和hide的含义同文本输出中的result的选项是一样的。 默认情况下是asis，就是图片显示的位置就是代码生成它的位置。 animate可以将生成的多幅图片转换成动画。...注意RMarkdown中图片的输出是不需要使用pdf或者ggsave等方法进行保存，只需要将图片plot或者print即可。
第 4 章 Bookdown中的公式与定理 这是第 4 章的内容, 讲述浮动对象定理与公式的标签与引用. 4.1 公式标签的设定 Rmarkdown中公式除了无标号的公式(用一对$$实现)，可以使用LaTeX...图 5.1: iris数据集Petal.Length} ~ Species的箱线图. 5.2 由R生成两个图形并置示例 在R的代码块选项中设置out.width='50%', fig.show='hold...右侧的图像中散点类型通过Species因子的水平给出，见图例....直线为数据集拟合线性模型的结果. 5.3 由R生成两个图形堆叠示例 在R的代码块选项中设置out.width='90%', fig.show='hold'就可获得二个图形的并置. 5.4 静态图形示例...在Bookdwon中插入本地图形可使用命令(示例为Rlogo) knitr::include_graphics("figures/Rlogo.png") R logo 5.5 图形引用 图形引用通过
以下是R Markdown的一些主要特点和用途： 可嵌入R代码：在R Markdown文档中，你可以直接嵌入R代码块，并使用R语言进行数据处理、分析和可视化。...代码块可以包含任何有效的R代码，并且可以在文档中的不同位置重复使用。 多种输出格式：R Markdown支持多种输出格式，包括HTML、PDF、Word、Markdown等。...你可以根据需要选择适合的输出格式，并使用相应的R包和设置来生成最终的文档。 可嵌入文本和标记：除了R代码，你还可以在R Markdown文档中嵌入文本、标题、段落、列表、链接、图片等。...你可以使用Markdown或HTML标记语言来格式化文本和添加样式。 动态生成结果：R Markdown可以自动执行R代码块，并将结果嵌入到文档中。...具体的文件格式 文件保存于导出：除了可以将文件保存为Rmd格式外，还可以使用Knit导出为HTML格式（常用）、PDF格式或者Word格式 导出为R初代码文件：使用knit命令可以将Rmd文件导出为纯
直接的可视调试 使用 Rmarkdown/knitr/Sweave 来生成好看的动态报告。...在科学模式下，你还可以在IDE中显示和改变图像、数据/数组。或者你还可以使用像VSCode或者Atom with Hydrogen这些具备这种功能的工具。...像Sphinx这类文档工具就是以这种思路构建的：将你的代码和文档写进同一个文件中，并从中生成一个可读版本。 对于你的 Python notebook，我建议你使用 Pweave。...这是我发现的目前为止最好用的 knitr 搬运包。也是一个完全支持 Python cell（或者Python和R的混合）的Rmarkdown。...在任何情况下，我发现使用 Pweave 的 pypublish 命令是最有效的。
我实际做的事情就是写了两个R的函数，可以通过调用的方式创建Rmarkdown文档，并利用knitr包的knit函数将其转换为markdown文档。...第一步 创建一个Rmarkdown文档模板，这样我们可以非常方便地在每次写新文章时生成YAML头信息。...第二步 将下面两个函数保存到一个R文件（以.R结尾）中： ################ ## 用rmd写博客 ## ################ # 作者：王诗翔 # 更新日期：2018-02...} 我把它保存为new_post.R，上述我进行了比较详细的注释，请在使用之前仔细阅读一下。 使用 我以现在以Rmarkdown写的这篇文章为例，简单讲一下使用。...特别是你固定你自己的写法之后，你将两个函数中的目录路径默认参数全部对应上，再使用R的TAB键补全，运行命令简直秒秒钟，专心写文章就好啦。
要在Apache Zeppelin中运行R代码和可视化图形，您将需要在主节点（或您的开发笔记本电脑）上使用R。...使用R解释器 默认情况下，将R解释显示为两个Zeppelin解释器，%r和%knitr。 %r将表现得像普通REPL。您可以像CLI中一样执行命令。 ? R基本绘图得到完全支持 ?...如果您返回一个data.frame，则Zeppelin将尝试使用Zeppelin的内置可视化进行显示。 ? %knitr接口直接针对knitr第一行的chunk选项： ? ? ?...如果您从Zeppelin运行一个更改变量的块，则再次运行相同的块，该变量已被更改。使用不变变量。...为什么knitr不是的rmarkdown？为什么没有htmlwidgets？为了支持htmlwidgets，它具有间接依赖，rmarkdown使用pandoc，这需要写入和读取光盘。
在书稿模板的选择与测试过程中遇到了很多的坑，幸运的是逐个踩过来了，但从 TEXTEX 到Rnw(Sweave+R), 再到Rmd (Knitr + R), 最后到Bookdown, 共经历了 4 个模板...针对代码伴随，早期对这类图书有二个解决方案： Sweave/knitr + R 本质上它是在 TEXTEX 嵌入R代码块，并由R在后台运行后将结果也嵌入到 TEXTEX 中，再由 TEXTEX 的编译引擎生成...在数据科学时代，报告的快速生成成为新的要求，效率优先！随着knitr的出现Sweave退出舞台....或由pandoc由md转化为html, 其中的数学公式由Mathjax完成渲染. 1.3.3 Rmarkdown向Bookdown过渡 在科技高度发达的互联系时代，读者使用的媒介基本有三类：较为专业的电脑...前者以pdf类图书为主呈现给读者，同时可以完成标注等工作；后者以文字型的电子图书为主，消磨时间为主；而平板的使用者逐渐成为电子类图书的新势力，包括pdf和epub之类的电子书。
通用主题 •shinythemes https://github.com/rstudio/shinythemes - 在 Shiny 中 使用 Bootswatch 主题 (Bootstrap 3) 。...•shinycustomloader https://github.com/emitanaka/shinycustomloader - 这个包是 shinycssloaders 包的扩展，支持使用自定义的加载图像文件...•flextable https://github.com/davidgohel/flextable - 轻松创建出版级别的表格。 ?...图片/音频/视频 •shinysense https://github.com/nstrayer/shinysense - 包含一系列模块以帮助 Shiny 感知周围的世界（绘图，刷卡，用摄像头记录图像...•heyshiny https://github.com/jcrodriguez1989/heyshiny - 将语音识别添加到 Shiny App 中。
另外，该包作者将表格相关的包做了个汇总，我也把它更新到了本文的下方。本文应当可以成为读者使用 R 构建表格的一大入口，值得点赞收藏。 RStudio 提供了出版级的表格解决方案gt包。...是的，我们正在尝试将数据表格（如tibbles、data.frame）和你在网页、期刊文章或者杂志中的表格区分开来。后面这种表格可以称为展示表格、汇总表格或者真实的表格。...使用简单的表格展示gt基础 让我们使用一个R datasets包中不是很流行的数据集islands：它是一个命名向量。...下面是一个例子： # 使用markdown将标题和子标题分别加粗和斜体化 gt(islands_tbl[1:2,]) %>% tab_header( title = md("**Large...在gt()函数中填入rowname_col参数即可生成根部分。另外，我们可以用另一个包含列名为rowname的数据集作为gt生成根部分的内容。
---- 我在日常更改 sigminer 手册后使用 knitr 生成网页文档时发现一直报错： Quitting from lines 42-43 (sigminer-doc.Rmd) Error in...真是奇怪，不可能存在两份代码，我 knitr 外不报错，而在 knitr 使用时报错。...紧接着问题来了，我发现在 knit 的过程中我是无法在控制台看到输出的！这该怎么办呢？？搜解决办法。 通过谷歌我找到 2 种比较靠谱的方法来查看 knit 时使用的根目录。...目前我在这个文档中我引入了外部 3 张 png 图片，我一个一个读取试试。 我 Ca，怎么有失败的。...RStudio 中使用 knitr::include_graphics() 预览是正常的呢？
自定义图注样式 同样可以用 css 自定义图注样式，比如把下面的代码添加到 style.css 文件中： p.caption { font-size: 0.9em; font-style...需要用到的 css 和 header.html 可从这里下载：https://github.com/holtzy/R-Markdown-Parallax 缓存 可以在代码块的 header 中添加 cache...在网页右上角加上 Github 链接 为了实现这种效果，我一般用的是 Tim Holman 的代码[3]，把这段代码粘贴到 header.html 中，使用方法同添加 footer 代码一样。 ?...2.将 .rmd 文件重命名为 index.rmd，并 Knit 生成 index.html 文件。...3.使用工作目录生成一个 github 仓库4.进入该仓库：Settings -> GitHub Pages -> Source -> Master Branch -> Save5.稍等一会你的 .html
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