R 语言的矩阵可以使用 matrix() 函数来创建，语法格式如下： matrix(data = NA, nrow = 1, ncol = 1, byrow = FALSE,dimnames = NULL...) 参数说明： data 向量，矩阵的数据 nrow 行数 ncol 列数 byrow 逻辑值，为 FALSE 按列排列，为 TRUE 按行排列 dimname 设置行和列的名称 创建一个数字矩阵： 实例...col1 col2 col3 row1 3 4 5 row2 6 7 8 row3 9 10 11 row4 12 13 14 转置矩阵...例如有个 m 行 n 列的矩阵，使用 t() 函数就能转换为 n 行 m 列的矩阵。 ? ? ?...[,3] [1,] 2 6 5 [2,] 1 10 4 # 转换为 3 行 2 列的矩阵 print(t(M)) 执行以上代码输出结果为： [,1] [,2] [,3][1,] 2
tidyr 之前的版本主要包含以下几个重要函数： gather：宽数据变成长数据； spread：长数据变成宽数据； unite：将多列按指定分隔符合并为一列...总而言之，让数据变地更好用（符合下层函数参数的格式要求），方便用户查找和阅读。...tidyr 包主要就是用来将数据转换为“整洁数据”的包，主要功能为 1)缺失值的简单补齐 2)长形表变宽形表与宽形表变长形表； 1.2 长数据与宽数据 长数据 宽数据 1.3...稀疏矩阵与稠密矩阵 在矩阵中，若数值为 0的元素数目远远多于非0元素的数目，并且非 0元素分布没有规律时，则称该矩阵为稀疏矩阵；与之相反，若非 0 元素数目占大多数时，则称该矩阵为稠密矩阵...这些概念非常形象地描述了数据转换的过程。melt 将数据转换为长数据，cast 重新调整变量。tidyr 数据转换也是类似的方法。
data.frame生成指定数据框的列名及列的内容，如代码所示，此时列名不需添加""，df1为变量名，格式为列名=列的向量*matrix矩阵与向量一样只允许同一种数据类型，否则会被转换，可以理解为二维的向量...，可以保证代码的完整性Rdata的运用#将soft保存为Rdata并加载。...#Rdata是真实存在的文件，保存了数据框、向量、矩阵等变量而不是csv等表格文件#Rdata只有save与load两个操作，格式如下save(soft,file = "soft.Rdata")rm(list...#取子集方法同数据框t(m) #转置行与列，数据框转置后为矩阵as.data.frame(m) #将矩阵转换为数据框列表列表内有多个数据框或矩阵，可通过list函数将其组成一个列表l <- list(m1...5行，前4列，并转换为矩阵，赋值给a。
先看一个数据， data为data.frame格式 ? 进行转置 t(data) ? 数值型数据全部变成了字符型，怎么回事？其实是因为cluster那一列数据并不是数值型，而是字符型。...转置会先将data.frame用as.matrix()转成矩阵格式，然后再转置，最终得到一个矩阵。...因为data.frame可以存放多个类型的数据，但matrix只能存放同一种数据类型，对于输入的data.frame而言,如果有字符型数据，那么整个data.frame的数值型数据都会被转成字符型·。
前文我们讲到R处理数据面对的6种对象：向量，矩阵，数组，因子，列表，数据框。 A. 那我们就得好好给大家介绍一下这位能者的6个对象都长什么样子了。...· 2.矩阵 · 矩阵是一个二维的元素向量组，其实就是向量的一个升维版，内部元素也必须一致。换句话说也可以分成三种类型的矩阵。...，byrow/bycol如果参数的值为TRUE,那么就代表按照行/列填满数据（默认纵向优先），dimname代表每个行和列的表头名（不是标题），dimname必须是list的格式。...可以按列或者按行分别使用cbind和rbind函数将向量‘粘’在一起。...到这里，我们R的对象就介绍完了。这部分的内容是一个基础的部分，可以让你理解R是怎样工作的。之后我们将继续揭开R的神秘面纱，敬请期待吧。
哈喽，我是学习生物信息学的阿榜！非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记，将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误，欢迎指正。让我们一起加油，一起学习进步鸭?...= rep(c("up","down"),each = 2), score = c(5,3,-2,-4)) df1 注意：代码新建数据框的格式。...colnames(df1)[2] <- "CHANGE" 6、数据框的连接 我们如何将这两个数据框连接起来呢？...[,1] m[2,3] m[2:3,1:2] ②、矩阵的转置和转换 如上图所示，colnames()<-c()列名重新赋值，t()转置，行和列互相转换，as.data.frame()将矩阵转换为数据框...大家想想上篇笔记的某句话 大家想到了吗？它就是 ③、用我们目前学到的知识，用矩阵画个热图看看吧，正反馈奖励自己鸭?
条件和循环，if，for 碎碎念：这个东西每次好久不用就想不起格式要重新查，脑子是个好东西，就是漏的厉害 rm(list=ls()) #if的格式 if (){ #if后面的括号里只能是一个逻辑值...，不可以是多个逻辑值组成的向量 } #if+else的格式 if (){ }else{ } #ifelse的格式 ifelse( , ,) #第一个逗号前是逻辑值 #for的格式 for(){...碎碎念：这个挺绝的，代码把这类数据的变换都涵盖了，适合自己跑一遍体会代码的美丽 # 表达矩阵 set.seed(10086) #产生相同的随机数 exp = matrix(rnorm(18),ncol...2种方法 2.如何把数据框某列的“ ”转换为NA iris$Species[iris$Species=='']=NA 3.如何删除多余的信息 #这里示例数据中，a$tumor_stage.diagnoses....如何进行长脚本的管理 1.可以用if(F){}来进行长脚本的管理，带有{}的代码，可以被折叠 2.分成多个脚本，每个脚本最后保存Rdata，下一个脚本开头清空再加载，不推荐表格文件 生信技能树，生信马拉松
），然后应用（Apply）某些处理函数，最后将结果重新组合（Combine）成所需的格式返回，简单描述为：Split - Apply - Combine。...tidyr包主要涉及：gather（宽数据转为长数据），spread（长数据转为宽数据），separate（多列合并为一列）和unite（将一列分离为多列） （1）gather 使用gather()函数实现宽表转长表...日期需要转换为文本，才方便读取。...> # ymd将字符串转换为日期类型 : 年（y）月（m）日（d） > ymd('2020-01-23') [1] "2020-01-23" > class(ymd('2020-01-23')) [1]..."Date" > # ymd_hms将字符串转换为日期时间类型：时（h）分钟（m）秒（s） > ymd_hms("2020-01-23 12:29:24") [1] "2020-01-23 12:29
15、字符串处理函数 character：字符型向量 nchar：字符数 substr：取子串 format，format C：把对象用格式转换为字符串 paste，strsplit：连接或拆分 charmatch...：把数值型对象分区间转换为因子 table：交叉频数表 split：按因子分组 aggregate：计算各数据子集的概括统计量 tapply：对“不规则”数组应用函数 17、数学计算 +, -, *,...data.matrix：把数据框转换为数值型矩阵 lower.tri：矩阵的下三角部分 mat.or.vec：生成矩阵或向量 t：矩阵转置 cbind：把列合并为矩阵 rbind：把行合并为矩阵 diag...：矩阵对角元素向量或生成对角矩阵 aperm：数组转置 nrow, ncol：计算数组的行数和列数 dim：对象的维向量 dimnames：对象的维名 row/colnames：行名或列名 %*%：矩阵乘法...计算数组的概括统计量 aggregate：计算数据子集的概括统计量 scale：矩阵标准化 matplot：对矩阵各列绘图 cor：相关阵或协差阵 Contrast：对照矩阵 row：矩阵的行下标集 col
将这些元素筛选出来#提示：%in%length(g %in% s) # 错误，因为%in%产生的逻辑值中，T和F都存在，所以都会被计算个数，相当于length计算的是逻辑值的个数g[g %in% s]#...：向量二维：矩阵matrix 只有一种数据源类型数据框 data.frame 每列只有一种数据类型list列表：可以装的下一切（数据，向量，矩阵，数据框）数据框 新建新建数据框data.frame()...(有一个相同列的名字)merge(数据框1，数据框2，by.x = “x列的名字”, by.y = “y列的名字”) （没有相同的列的名字）矩阵 新建 （不适用$提取）m = matrix(向量，nrow...] [,3][1,] 1 4 7[2,] 2 5 8[3,] 3 6 9矩阵取子集m[x,y]矩阵的转置和转换 t()转置（将行和列互转，要先给列改名...9 > t(m) # 转置行和列 [,1] [,2] [,3]a 1 2 3b 4 5 6c 7 8 9转换为数据框 m = as.data.frame
sapply：与 lapply 类似，但它自动将结果转换为向量、矩阵或数组。 apply：用于对矩阵或数组的行、列或其他维度进行循环操作。...❝如果想要将结果转换为向量、矩阵或数组，可以使用 sapply 函数。它的基本语法与 lapply 类似，只是将 lapply 替换为 sapply 即可。...❞ 例如，下面的代码使用 sapply 函数将列表中的每个字符串转换为大写： # 创建列表 x <- list("apple", "banana", "cherry") # 使用 sapply 函数对列表中的每个字符串执行...6 9 例子 2：使用 apply 函数将矩阵转置 下面的代码使用 apply 函数将矩阵转置： # 创建矩阵 x <- matrix(1:9, nrow = 3) # 使用 apply 函数将矩阵转置...<- data.frame( gender = c("M", "F", "M", "F", "M", "F"), height = c(170, 160, 175, 155, 180, 165)
6.1操作过程图示 step1 对matrix进行转置：使gene名变为列名，将样本名转化为data.frame中的第一列 ggplot2对行名并不友好，通常要使样本名转化为data.frame中的第一列...，防止在后续代码运行过程中行名丢失 图片 图片 step2 把原来的行名转变为第一列 图片 step3 宽变长 ：test、gene、count数均在一行上（将上图的宽数据变为长数据） 图片 6.2实操代码...dat = t(exp) %>% #将matrix进行行列转置 as.data.frame() %>% #将matrix转为data.frame rownames_to_column() %...>% #将行名转化为1列 mutate(group = rep(c("control","treat"),each = 3)) #对data.frame新增一列分组信息 # 宽变长操作 pdat...### ggplot2 分面相关设置（facet）详解 7.一些实操中的便捷函数 7.1 match() 函数 load("matchtest.Rdata") x y ## 把y的列名正确替换为x里面的
0 前言 在数据分析过程中，不同的软件通常对数据格式有一定的要求，例如R语言中希望导入的数据最好是长格式数据而不是宽格式数据，而SPSS软件经常使用宽格式数据。...特别说明：不要将长宽格数据转换为宽格式数据理解为数据透视表，长转宽只是数据存储形式发生变化，并不对操作对象进行计算，而数据透视表一般对操作对象进行某种操作计算（计数、求和、平均等）。...3 长转宽函数 Python实现 两种方法： 1 pandas库中的pivot()和privot_table()函数； 2 dfply库中的spread()函数； 方法一： ##构造数据...参数columns是长格式数据中的key键对应的列名；参数values是长格式数据中的value对应的列。...参数names_from对应长格式数据key键对应的列；values_from对应长格式数据value值对应的列。
class3数据框、矩阵和列表向量-一维：表格—二维 ：matrix 矩阵-二维，只允许一种数据类型；data.frame数据框-二维，每列只允许一种数据类型。...colnames(df1)[2] <- "CHANGE"列名和行名都是向量#6.两个数据框的连接test1 <- data.frame(name = c('jimmy','nicker','Damon'...mm[2,]m[,1]m[2,3]m[2:3,1:2]mt(m):转置 行变列m<-as.data.frame(m) 转换为数据框 必须要赋值矩阵画热图： pheatmap::pheatmap(m)...5行，前4列，并转换为矩阵，赋值给a。...class(iris)iris[(1:5),(1:4)]a <- iris[(1:5),(1:4)]a <- as.matrix(a)aclass(a)# 3.将a的行名改为flower1，flower2
# 转换为matrix数据 is.data.frame(x) # 判断是否欸data.frame类型 array # 数组 list列表 list(x,df) ## 3、读存数据（read、save...） # 3.1设置工作目录【很重要】 setwd("E:/") #设置当前工作目录为"E:/" getwd() #读取当前工作空间的工作目录（文件读取保存路径） read.table() #读取带分隔符的文本.../数据文件 read.csv() #读取.csv格式的数据，read.table的一种特定应用 df <- read.csv("da.csv",header = T, stringsAsFactors=...readxl) df <- read_excel("da.xlsx",sheet=1) 保存为.Rdata write.table() write.csv(df,"dfx.csv") # .csv格式导出...gather # 宽数据转为长数据：（excel透视表反向操作） spread # 长数据转为宽数据：（excel透视表功能） unit # 多列合并为一列： separat # 将一列分离为多列
$c.Text1..Text2. )#这里的doc_id不可替换成别的词 创建数据框格式的文本 #创建数据框格式的文本，第一列是doc_id,第二列是文章内容 TEXT_ds<-DataframeSource...(TEXT_title) 构建语料库 Corpus<-VCorpus(TEXT_ds) 针对语料库文本转换 思路：删除语料库中的标点符号，字母转换为小写，删除数字，删除空白字符，过滤掉停止词库之后转换为纯文本...#计算频率 Term_matrix<-as.matrix(Term_matrix) #对词频权重矩阵的表头进行命名 colnames(Term_matrix)<-c("Text1","Text2") #...把矩阵转为便于后续统计分析的数据框 Data<-data.frame(Term_matrix) #导出两篇文章的频率分析结果，文件名为Term_matrix write.csv(Data,'Term_matrix.csv...绘制星形图 将Data数据计算频率Freq=n/sum(n)，根据频率绘制星形图。 wordcloud2(Data1,size=0.4,shape='star') ?
该资料是长格式，下面将其转换为宽格式。...direction：这是一个字符串，表示重塑的方向。在这种情况下，"wide"表示要将数据从长格式重塑为宽格式。...我们还可以将宽格式数据 wide 重新转换为长格式： long <- reshape(wide, idvar = "Subject", varying = list(2:12), v.names...tidyr 包以一种比较简洁统一的格式实现数据长宽格式的转换，其中，函数 pivot_wider( ) 用于把长格式数据转换为宽格式，而函数 pivot_longer( ) 用于把宽格式数据转换为长格式...在对医学数据进行分析之前，通常情况下应先把数据集转换为长格式，因为 R 中的大多数函数都支持这种格式的数据。
,即动态二维数组 #然后将双列表形式通过numpy转换为数组矩阵形式 def txt_strtonum_feed(filename): data = [] with open(filename...strip()默认移除字符串首尾空格或换行符 datamat[row,:]=line[:] row+=1 return datamat #数值文本文件直接转换为矩阵数组形式方法三...，最后在mian函数里使用np.arry()函数将其转换为数组形式，这里将两种形式结果都输出）： 2、调用numpy中loadtxt()函数快速实现。...首先这里csv文件编码格式必须为UTF-8，否则会报编码错误信息。（txt转csv文件流程：打开excel—>数据—>导入文本/csv—>编码格式选择UTF-8—>保存选择csv格式）。...scipy.io.loadmat(file_name, mdict=None, appendmat=True, **kwargs) #载入MATLAB文件 #保存一个带有名称和序列的字典到.mat文件中
[]前面是数据框或矩阵，[[]]前面是列#3单个向量4种操作：#（1）赋值加输出（2）数学计算，（3）条件判断生成的是逻辑值，生成长度相等的逻辑值（x==y，向量不一样长时，谁长取谁，（4）初级统计,（...第一次出现视为没有重复）length（X判断向量长度，连接paste0（rep（“studengt”，length（x），x）3个向量不一样长时，谁长取谁），unique去重复，输出的是数据，duplicated...)#4两个向量进行的操作，4种#（1）比较运算（逻辑比较），循环补齐，生成等长的逻辑向量（向量不一样长时，谁长取谁）（等位运算，向量长度不相等时，发生循环补齐，等位运算注意非整倍数有时会造成结果错误,如...[2:3,1:2]## a b## [1,] 2 5## [2,] 3 6m## a b c## [1,] 1 4 7## [2,] 2 5 8## [3,] 3 6 9t(m)#矩阵转置...它可以接受任何单个字符或字符串作为参数，用于将文本数据内容分割成列。常见的分隔符包括逗号（,），制表符（\t），分号（;）等。例如，当读取以逗号分隔的CSV文件时，应该将sep参数设置为逗号（,）。
> m[2:3,1:2] a b[1,] 2 5[2,] 3 6II.矩阵的转置和转换> m a b c[1,] 1 4 7[2,] 2 5 8[3,] 3 6 9#转置> t(m)...(m) #将矩阵转换成数据框的数据结构 a b c1 1 4 72 2 5 83 3 6 9重点：将数据框或举证转置之后，其数据结构都是矩阵。...，因此，转置后的矩阵数据都是字符串类型。...若此时将矩阵转换成数据框数据结构，则其数据类型依然全部为字符串类型。...gene2"#第一种方式还可以保留数据框的格式> df1[df1$score > 0,1,drop=F] gene1 gene12 gene2#将参数drop设置为FALSE，则只提取出对应的字段，
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