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    使用fasterq-dump命令将sra格式数据转换为fastq格式遇到的问题

    从NCBI下载了一些转录组数据,这里用到的下载工具是kingfisher ,github的链接是 https://github.com/wwood/kingfisher-download 下载方法选的是...aws-http (下载速度超级快) 默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra...想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口重新链接服务器...github.com/ncbi/sra-tools/issues/463 大家的问题基本都是一样的 计算机集群,slurm这个命令提交系统 BeeGFS 这个存储系统 和我的硬件情况一样 没有找到解决办法...,如果没有下载就指定 SRR5187763 不带后缀名sra 文件下载好以后转换起来还是相当快的 大家如果遇到这个问题也可以试试这个替代方案

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    Druid 从控制台(Druid console)从 SQL 脚本转换为 JSON 格式的方法

    Druid 控制台中提供了一个将 SQL 脚本转换为 JSON 格式的方法。 JSON 格式便于通过 HTTP 发送给后台处理,因此有些 SQL 我们希望转换为 JSON 格式。...选择菜单 可以按照下面的菜单中的选择项进行选择,然后单击运行 根据官方的文档说明,Druid 的所有查询都是使用 JSON 格式进行查询的。...哪怕你使用的是 SQL ,Druid 还是会将你的 SQL 转换为 JSON 后查询。 可以从上面的语句中看到,Select 对应 JSON 中的查询类型为 topN。...因为在 Druid 的 JSON 查询中,提供了更多的功能和配置参数,因此官方还是建议对 JSON 查询有所了解。...https://www.ossez.com/t/druid-druid-console-sql-json/13632

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    【.NET开发福音】使用Visual Studio将JSON格式数据自动转化为对应的类

    因此在这个过程中就会涉及大量的JSON响应参数或者请求参数转化为对应的实体类的情况,因为只有转化为对应的实体类我们才好进行相关的数据操作。...那么问题来了,这样我们在遇到后很多JSON对象的情况下是不是要自己一个一个的去写对应类的属性那假如有二三十个那岂不是要疯了去,其实咱们强大的Visual Studio有一个强大的功能能够将JSON串自动转化为对应的类...一、首先进行Json格式化校验 http://www.bejson.com/ (推荐这个在线工具非常好用) image.png { "metaData": { "defaultLang...串,前往Visual Studio找到编辑=》选择性粘贴=》将JSON粘贴为类: 注意:首先根据自己的需求创建一个对应实体空白类 ?...三、JSON成功转化的实体类: namespace Domain.Model { public class Rootobject { public Metadata metaData

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    嵌入式博客介绍足迹地图HTML源码

    足迹地图可以展示你过去到访过的地方,以及到访地点的介绍与图片记录,图片点击可以放大显示,同时不同地标的半径大小表示了访问该地点的频率高低,如下图所示:源码截图配置你的足迹数据其中 /data/config.json...为配置数据,在里面可以配置你的足迹数据,结构如下:[ { "latLng": [36.44852263442782, 118.73921200195313], "name...,可以通过 https://jingweidu.bmcx.com查询得到name: 足迹地点的名称desc:足迹地点的描述, \n 为换行符photos:足迹地点的照片链接,为一组图片 url 数据freq...:足迹地点的到访次数,范围为 [1, 10]使用配置将足迹地图内嵌到你博客中的相应位置,示例代码如下:jvectormap-cn-merc-en.js为中国地图,你可以替换为世界地图,具体操作见 https://jvectormap.com足迹地图依赖的是 JVectorMap

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    JSON和AJAX知识点整理

    可以直接转,但是json字符串转化为list集合的时候,需要写一个类继承TypeToken,并在其泛型里面,填入要转换的list集合类型,具体步骤看下面: json和map相互转换---转换为map...例子2:将服务器获得的数据回显在页面上面 设置接收到的响应数据格式为json对象 Jquery的get和post方法----->不指定type返回的数据类型,默认是text Jquery的getJSON...JSON 字符串,可以将其转换为一个JS对象,多用于将服务器端数据进行转换 JSON.stringify()将JS对象转换为JSON字符串,多用于向服务器端发送数据 JSON的具体语法,参考菜鸟教程...("出错了"); }, //设置接收到的响应数据的格式 dataType: "text" });...()里面参数传入一个一个有效的 JSON 字符串,可以将其转换为一个JS对象,多用于将服务器端数据进行转换 JSON.stringify()将JS对象转换为JSON字符串,多用于向服务器端发送数据 JSON

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    【SpringMVC】基础入门(1)

    , 如果不传对应参数,Spring 接收到的数据则为null 所以企业开发中,对于参数可能为空的数据,建议使⽤包装类型 (2)传参顺序不影响结果 当有多个参数时,前后端进⾏参数匹配时,是以参数的名称进...数据 JSON:JavaScript Object Notation 【JavaScript 对象表⽰法】 JSON就是⼀种数据格式, 有⾃⼰的格式和语法, 使⽤⽂本表⽰⼀个对象或数组的信息, 因此...主要负责在不同的语⾔中数据传递和交换. JSON的语法: 1. 数据在 键值对 (Key/Value) 中 2. 数据由逗号 , 分隔 3....字符串和Java对象的转换 (1)第三方工具 (2)Person类 在json字符串转换为Java对象的时候,要先进行类加载,我们尽量把无参的构造方法也写入类中,避免后续,传参时,找不到对应的构造方法...Json字符串和java对象的转换 ObjectMapper objectMapper = new ObjectMapper(); //格式化JSON字符串

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    开发者在线转换工具

    我们的工具支持将JSON数据转换为多种编程语言和格式,方便在不同开发环境中使用。JSON 转 Big Query:将JSON数据转换为Big Query格式,适用于Google Cloud的数据分析。...JSON 转 Go Bson 和 Go:将JSON数据转换为Go语言的Bson格式和原生格式,适应Go语言开发需求。...JSON 转 io-ts:将JSON数据转换为io-ts格式,用于TypeScript的类型安全。...JSON 转 Kotlin:将JSON数据转换为Kotlin数据类,适应Kotlin语言开发需求。JSON 转 Protobuf:将JSON数据转换为Protobuf格式,适用于高效的二进制数据传输。...XML 转 JSON:将XML数据转换为JSON格式,适应前后端数据交互需求。YAML 转 JSON 和 TOML:将YAML数据转换为JSON和TOML格式,简化配置文件的管理和使用。

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    观视界Grandvision EDI项目案例

    成功完成连接测试是实现EDI直连的第一步,有着不可或缺的重要作用。数据格式转换如果供应商只需实现和GV的AS2连接,可选择自行处理XML文档。...如果供应商无法自行处理XML文档,我们将提供数据映射实施服务,根据需求将XML转换为供应商需要的格式,例如Excel,CSV,JSON等。...收到GV的订单后,进行格式转换,实现将接收到的文件转换为Excel格式,并将其自动发送给供应商指定的邮箱。2.业务负责人在做订单回复时,填写Excel模板,将其发送至指定邮箱。...知行之桥EDI系统实现从指定邮箱接收到的Excel中提取数据,并转换为GV要求的XML格式,通过AS2发送给GV。...发送方向:ERP系统将订单回复以及发票数据导出为Excel格式,发送到指定邮箱,EDI系统将这个Excel转换为GV要求的XML格式并发给GV。通过以上方案,解决了供应商的需求。

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    通信行业C公司与 TI EDI项目案例

    目前TI大力推进以电子数据交换EDI的形式,实现代理转直供的业务模式。...,首先调用知行之桥API,上传Json格式的文件到知行之桥EDI系统。...通过知行之桥EDI系统,文件转换为X12格式并自动发送给TI的EDI系统。 当C公司接收TI发出的数据时,首先TI的EDI系统会将X12格式的文件传至知行之桥EDI系统中,并进行格式转换。...具体实现如下图所示:TI_AS2_Prod端口实现与TI的AS2连接,AS2端口左侧工作流实现C公司向TI发送数据的操作,将转换为X12标准格式的850和860报文发送给TI;右侧工作流实现的功能则是接收数据的操作...,对接收到的TI 855和865标准报文进行处理,并且将经格式转换后的XML格式的数据通过调用Webservice,回传至C公司的SAP系统中。

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    JSON端口操作实例

    JSON 端口可直接实现在 JSON 和 XML 之间进行转换。端口会自动检测输入文件是 JSON 还是 XML,然后将文件在两种格式间相互转换。...该端口较多的是运用在API接口调用集成方案的项目当中,我们以百思买项目为例,知行之桥将接收到的百思买的EDI报文首先映射为XML格式文件,最后再通过JSON端口转换为Json;用户给百思买发送数据时,也会将...JSON格式数据推送至固定目录下,知行之桥经过一系列的转换,生成EDI报文之后发送给百思买。...具体的设置是这样的,以此工作流为例,在JSON端口前一般都连有XML MAP端口,该端口进行的操作是将指定格式的XML文件,映射为符合用户具体需求的XML文件。...此示例中为明细元素poDetail以及其中嵌套的poSubDetail数组都加上了[]。三、设置Json字段类型XML转JSON时,默认情况下,转换得到的JSON中,所有的数据类型都是字符串类型。

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    【JAVA-Day88】Java字符串和JSON对象的转换

    JSON作为一种轻量级的数据交换格式,常被用于前后端之间的数据传输。前端页面通过Ajax请求获取后端提供的JSON格式数据,然后将其解析并展示给用户。...数据存储: 一些NoSQL数据库(如MongoDB)以及一些文档型数据库支持以JSON格式存储数据。开发人员可以直接将JSON格式的数据存储到数据库中,而无需进行复杂的数据转换。...); } } 在这个示例中,我们首先导入了Gson类,这是Gson库中用于将Java对象转换为JSON字符串的核心类。...然后,我们创建了一个Gson对象,并使用toJson()方法将Java对象转换为JSON字符串。最后,我们打印输出了转换后的JSON字符串。...,JSON作为一种轻量级的数据交换格式将继续发挥重要作用。

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    对接莫仕Molex EDI项目案例

    企业A作为莫仕(Molex)的优质代理,近期也收到了建立EDI的请求。 需求分析和方案 ·企业A需求 1.企业A需要与莫仕(Molex)进行AS2连接。...本地化部署是将知行之桥EDI系统部署在企业A的本地服务器,可以在正常使用软件的同时有效地保障数据的安全,防止数据泄露。...2.知行之桥EDI系统获取指定邮箱中的指定格式的Excel订单,并转换成850、830、862报文发送至莫仕(Molex),也可以接收从莫仕(Molex)方发来的855、856、810报文,进行对应的格式转换...2.接着通过X12端口(端口名称为Molex_X12ToXML),转换类型选择为“X12转换为XML”,即可将接收到的X12文件转成国际标准格式的XML文件。...端口后加了一个CSV端口,用于将接收到的CSV格式的订单文件转换为XML文件,在Email Send端口前加了一个CSV端口,用于将接收到的XML格式的订单文件转换为CSV文件。

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    【JavaSE专栏88】Java字符串和JSON对象的转换,转来转去就是这么玩!

    前后端数据交互:JSON 常用于前后端数据交互,可以将服务器端的数据以 JSON 格式发送给前端,前端再使用 JavaScript 解析JSON数据进行展示和处理。...API接口设计:许多 Web 服务的API接口都使用 JSON 作为数据交换格式。通过将数据以 JSON 格式发送到 API 接口,可以实现数据的传输和交互。...日志记录:JSON 可以用于记录日志信息,将复杂的结构化数据以 JSON 格式记录下来,方便后续的分析和处理。...Java 对象转换为 JSON 字符串,可以根据自己的需求选择适合的库来实现 JSON 对象转字符串的功能。...八、如何处理 JSON 中的日期和时间? 可以将日期和时间转换为特定的格式的字符串进行存储和传输,然后在解析时再将字符串转换为日期和时间类型。 九、如何处理 JSON 中的特殊字符?

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