李誉辉,四川大学硕士在读,研究数据分析与可视化,以及网络爬虫。誉辉兄最近出的文章都是很系统的,从R ggplot2的基础讲解到三维数据可视化plot3D,文章都整理讲解得很全面系统,我本人也是很喜欢这样的文章,故而推荐给大家。
今日心血来潮,看到一幅制作精良的图表,就想使用ggplot2代码实现,虽然不知道该怎么称呼这个图表,但是能顺利做出来也是很有成就感的! 加载数据包 library("ggplot2") library("grid") library("showtext") library("Cairo") font.add("myfont","msyh.ttc") 构造图形数据源 mydata<-data.frame( id=1:13, class=rep_len(1:4, length=13), Label=c("Eve
对于基因组突变全景图相信大家并不陌生,它是基因组学突变数据最基本的可视化展示方法之一。一张漂亮的,高大上的基因突变全景图不仅能展示出丰富的信息,还能为你的文章增色不少,其绘制方法也多种多样。今天我们则来看看最常用的两个包maftools和ComplexHeatmap在绘制基因组突变全景图上的异同。首先让我们来简单的了解下这两个包:
我们这次直接拿GSE118390上已经normalized 的数据进行下游分析。首先我们先看看文献的这张复杂热图,哈哈,这张热图画得真是好看。左边是不同的markers基因对应的细胞类型,上边是6个TNBC病人总共1189个细胞,cycling指的是处于细胞分裂期的样本,下边还有1189个细胞对应的是CD45阳性还是CD阴性的。代码作者都已经有提供,但是如果按照作者的代码跑,仍然会出现error,我把代码一些参数修改了一下并进行翻译,再结合文献的描述,跟大家一起学习。我们看看怎么画呗。
我们可以在执行shell脚本时实时传递参数从而指定某些具体的参数(在本例中包括表格的样式、颜色等),脚本中获取参数的格式为$n。其中除n为0表示执行的文件名外,1表示第一个参数,2表示第二个参数,以此类推。
pheatmap是热图中使用频率比较高一个R包,ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图。现在ComplexHeatmap 迎来新版本升级,支持pheatmap 参数转换。
原文:https://themockup.blog/posts/2020-09-04-10-table-rules-in-r/ Rmd[1]
word文档的自动化处理是一件比较头痛的事情,因为深耕于windows操作系统,对于跨平台需求的word文档编辑,是非常痛苦的一件事。在python的生态环境中,提供了python-docx这个模块,可以方便的进行跨平台的word文档处理,但是只适合word 2007以后的文档,即后缀为docx的文档。
很多CNS文章的fig1(寓指tsne/umap图谱),打眼一看就是Seurat出的。Seurat 确实用ggplot2 包装了大量的可视化函数。
官方文档:https://docs.microsoft.com/zh-cn/office/vba/api/powerpoint.shape.copy
在BBC数据团队开发了一个R包,以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形,并且使新手更容易到R创建图形。 例如:
作者:严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源
最近在做一些数据方面的东西。虽然处理 excel 很方便。有时候为了不写周报,可以用自动化来写。 比如可以从jira 里面捞数据。比如可以统计excel 里面数据,生成图表,生成doc, 自动发出来。
包作者:Kevin Blighe撰文:协和医学院 苑晓梅编辑:生信宝典 时间:2019-06-03
ggplot2是基于grid的绘图工具,它绘制的图像其实是由多个grob(grid graph object)组成的,比如一张点图,它的标题是titleGrob,点图的基本单元包括pointsGrob。
CSS中各种布局的背后,实质上是各种*FC的组合。CSS2.1 中只有 BFC 和 IFC, CSS3 中还增加了 FFC 和 GFC。 盒模型(Box Model) 上图为W3C标准盒模型,另外还有
参见:https://www.cedricscherer.com/2019/08/05/a-ggplot2-tutorial-for-beautiful-plotting-in-r/#prep(挑选的翻译了全文,并结合了一些自己的经验)
CSS网格布局(Grid)是一套二维的页面布局系统,它的出现将完全颠覆页面布局的传统方式。传统的CSS页面布局 一直不够理想。包括table布局、浮动、定位及内联块等方式,从本质上都是Hack的方式,并且遗漏了一些重要的功能(比如:垂直居中)。Flexbox的出现部分解决了上述问题,但Flex布局是为了解决简单的一维布局,适用于页面局部布局。而Grid天然就是为了解决复杂的二维布局而出现的,适用页面的整体布局。在实际工作中,Grid和Flexbox不但不矛盾,而且还能很好的结合使用。做为WEB程序员,我们在页面布局问题上都付出过努力,也将不断探索新的方案。而Grid是第一个专门为布局问题而生的CSS模块,我们有理由对Grid充满期待。
英文 | https://betterprogramming.pub/22-css-tricks-that-can-make-you-a-layout-ninja-452847fba639
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