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生信学习小组Day6笔记—Chocolate Ice

-微信公众号:生信星球首先用file.edit('~/.Rprofile')打开.Rprofile文件;然后在.Rprofile文件内添加下列两行代码# options函数就是设置R运行过程一些选项设置...”):安装Biocductor包加载R包library(包)或者require(包)Rstudio包只需要安装一次,但每次启动都需要重新加载R包dplyr包五个基础函数以R自带iris数据框为例...,能够通过管道数据从一个函数传给另外一个函数,从而用若干函数构成管道依次变换你数据。...管道运算符号为%>%(Windows快捷键为Shift+CTRL+M),其意思是左边运算结果,以输入方式传递给右边函数,若干个函数通过管道连接起来,叫做管道(pipeline)。..., by = 'x')反连接:返回无法与y表匹配x表所记录anti_joinanti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')简单合并bind_rows()函数需要两个表格数相同

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MLQuant:基于XGBoost金融时序交易策略(附代码)

,我们清理一下数据,所有列表放入一个单独数据框,计算每种资产每日收益并创建向上或向下方向,这将是分类模型试图进行预测。...nested_df % mutate(duplicate_ID = ID) %>% nest(-ID) 我们时间序列数据分为多个列表,以使该analysis()列表在每个列表包含...该函数对我们数据每项资产执行以下操作: 使用样本外t+1(assessment)数据,这些列表绑定到一个dataframe。...最后,我们使用bind_cols()两个数据集绑定在一起。...之后,我们使用重命名chng变量并使用~str_c("X", seq_along(.))时间序列特征变量重命名为更具动态性变量,因此我们只需向functions字符串添加函数,而不必担心为了让模型起作用而单独重命名变量

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非线性回归nls探索分析河流阶段性流量数据和评级曲线、流量预测可视化

如果预测变量和因变量之间关系预期为非线性多项式,则可以包括项。然而,称为广义加性模型线性回归扩展允许这些非线性项相对容易地拟合到数据。...## 制作要导入文件列表 list.files(path = here("Data ##创建一个空白tibble来填充 tibble() ## 遍历文件路径以读取每个文件...在数据探索过程,每个站点低流量数据明显存在过多噪声。在停滞或接近停滞条件期间,多普勒流量计记录高度可变流速并报告不切实际流量。由于过多数据噪声,从数据记录清除了极低或停滞流量时期。...未来部署需要考虑在什么条件下长期部署是合适。对于像这样小流,定期风暴流部署可能是最合适部署。...## 制作要导入文件列表 file_paths <- paste0(he ".csv")) ##创建一个空白tibble来填充 iq <- tibble() ## 遍历文件路径以读取每个文件 for

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生信星球学习小组Day6-R包学习 Jerry

镜像设置 (1)在Rstudio程序设置设置,可以用options()$repos来检验,但有时候还是不能成功,也不能下载Bioconductor包 (2)代码设置 # options函数就是设置R...运行过程一些选项设置 options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源 options(BioC_mirror...b. select(),按筛选 # (1)按号筛选 select(test,1) select(test,c(1,5)) selec(test,Sepal.Length) # (2)按列名筛选 select...group_by(Species) %>% summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length)) #管道上一个输出赋给了下一个输入 b. count统计某...简单合并 相当于base包里cbind()函数和rbind() bind_rows()要求两表列数相同,而bind_cols()函数要求两个数据框行数相同 test1 <- data.frame(x

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生信星球——生信入门DAY6:学习R包

package命名空间,并添加到搜索列表。...require() : require(package)加载名为package命名空间,并添加到搜索列表,与library(package)一致。...))跑出来会发现两个代码得出数据是一样,但是管道操作(%>%)在复杂数据起到更亮眼作用简单统计命令count(test,Species)默认是,意为统计此列unique值两表相连inner_join...(a, b, by = "x") #ab两表以x内容相同数据取交集,合成left_join(a, b, by = 'x') #左连,以a表x轴为准,b表内容补齐至表左侧left_join(b...= 'x') #半连接,与y表匹配x表所有记录(即以y为条件x)anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x') #反连接bind_rows()#函数需要两个表格数相同

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R语言第二章数据处理⑤数据框转化和计算目录正文

正文 本篇描述了如何计算R数据框并将其添加到数据框。一般使用dplyr R包以下R函数: Mutate():计算变量并将其添加到数据表。 它保留了现有的变量。...同时还有mutate()和transmutate()三个变体来一次修改多个: Mutate_all()/ transmutate_all():函数应用于数据框每个。...Mutate_at()/ transmutate_at():函数应用于使用字符向量选择特定 Mutate_if()/ transmutate_if():函数应用于使用返回TRUE谓词函数选择...mutate:通过保留现有变量来添加变量,通过保留现有来添加(sepal_by_petal): library(tidyverse) my_data <- as_tibble(iris) my_data...tbl:一个tbl数据框 funs:由funs()生成函数调用列表,或函数名称字符向量,或简称为函数。predicate:要应用于或逻辑向量谓词函数。

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day6-白雪

#含有多个函数使用代码以及方法R包安装和加载镜像设置# options函数就是设置R运行过程一些选项设置> options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...,先读一下.Rprofile代码用file.edit('~/.Rprofile') #编辑.Rprofile之后在脚本编辑区输入设置镜像代码保存,重启Rstudio即可安装 (必须要联网)R包安装命令...,经过前一步加工产品才能进入后一步进一步加工,其作用是前一步结果直接传参给下一步函数,从而省略了中间赋值步骤,可以大量减少内存对象,节省内存。...引用自微信公众号生信星球图片count统计某unique值计算数据对象(vector、dataframe)unique独特值: unique函数 从vector向量、dataframe 删除重复项...d 4简单合并bind_rows()函数需要两个表格数相同,而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同行数> test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y =

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R||R语言基础(三)_R包

,”怎么理解呢,在我们上一期推文中提到,提取元素时z[x,y]指代提取z第x行,第y,如果我们只需要提取行,则应该写作z[x,],同理,如果只需要提取,应该写作z[,y] dplyr五个基础函数...1. mutate() 增加 mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) #增加名为“new” 2.select() 按筛选 1)按号筛选...其核心包有ggplot、readr、tibble、purrr、 tidyr 、dplyr、ggplot、forcats 和stringr8个. 我们这里用是dplyr包,因此可以使用管道。...4.semi_join 半连接:返回能够与y表匹配x表所有记录semi_join(类似于excelvlookup函数) semi_join(x=test1,y=test2,by='x') 5....()和bind_cols() 简单合并(相当于base包里cbind()函数和rbind()函数) 需要注意:bind_rows()行连接起来,需要两个表格数相同;同理bind_cols()连接起来

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R包基础实操—tidyverse包

核心软件包是ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr和forcats,它们提供了建模、转换和可视化数据功能。...1 readr包:快速读写 1-1 readr包提供了几个函数,能够更快读取文件 readr包主要函数有: read_csv,read_tsv,read_table,read_delim, write_csv...metadata, 'metadata2.csv') write_tsv(metadata, 'metadata.tsv.gz') # write_rds()联合read_rds()使用,write_rds()数据保存为自定义二进制形式...0 ## TCTGATACACGTGT A g1 0 # saveRDS()联合readRDS()使用,saveRDS()数据保存为自定义压缩后二进制形式...,再 bind_rows 按行合并为一个数据框 map_dfc(.x, .f): 返回数据框列表,再 bind_cols 按合并为一个数据框 library(purrr) infos <- tibble

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使用 R 语言从 PDF 文档中提取表格

由于一个知识星球小伙伴急需学习如何从 PDF 文档中提取表格,所以先插这个课,「使用 R 语言处理 netCDF 数据」系列课程下次再发哈。...本课程介绍了如何使用 R 语言从 WHO(世界卫生组织)官网上下载冠疫情每日报告以及如何从这些报告表格里面提取数据。.../ 这个非常简单,我思路是直接获取网页所有 标签 href 属性,然后过滤出链接含 .pdf ,最后再用一个循环下载所有的 PDF 文件即可。...因为电脑系统关系,我不好演示,大家可以自己研究下,不难。我这里提供几个 tips,Java 安装之后可能还需要进行环境变量配置。...is.na(Total_confirmed_cases)) -> page3 bind_rows(page1, page2, page3) %>% fill(continent) -> fulldf

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