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脚本分享—将GenBank格式的文件转换为GFF3格式

小编欢乐豆又放出一个珍藏多年的脚本,2749 行的长度,长到已经难以用 GPT 解读啦,不过用起来还是很方便的!这个 perl 脚本用于将 GenBank 格式的文件转换为 GFF3 格式。...脚本使用准备 perl 是前提啦,当然,如果用 Linux,有自带的,就不需要再安装啦!推荐使用windows10/11的 WSL2。...以下是我的依赖安装记录: # 修改 cpan镜像地址: vi ~/.cpan/CPAN/MyConfig.pm # 不习惯vi的话gedit也可以的,前提是安装了的 gedit ~/.cpan/CPAN...参数和用法 以下是脚本的一些主要选项和用法: perl Genbank_to_gff3.pl -h Usage: Genbank_to_gff3.pl [options] filename.../E_coli.gbk.gff GBK格式,从ncbi网页上下载下来的.gb后辍的,一样可以分析的,看下下是用的正则表达式匹配的: gbk格式: 转换好的GFF3格式: head E_coli.gbk.gff

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    java jsonobject转List_java – 将JSONObject转换为List或JSONArray的简单代码?「建议收藏」

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 我已经通过各种线程阅读并发现了类似的问题,但在找到解决我的特定问题的方法方面却相当不成功....[{“locationId”:2,”quantity”:1,”productId”:1008}]}orr’s type = class org.json.simple.JSONObject 我正在尝试将这些数据放入数组.../列表/任何可以使用密钥的地方,470,471来检索数据....orderOneKey = (JSONObject)orderOne.get(0); System.out.println(orderOneKey.get(“productId”)); 这就是我所追求的,...编辑: 显然我无法回答8个小时的问题: 感谢朋友的帮助和一些摆弄,我发现了一个解决方案,我确信它不是最有说服力的,但它正是我所追求的: for(Object key: orr.keySet()) { JSONArray

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    在Debian和Ubuntu上安装军团要塞2服务器

    /steamcmd.sh 在SteamCMD提示符下,匿名登录: login anonymous 或者使用您的Steam用户名登录: login example_user 将TF2安装到Steam用户的主目录.../tf2 app_update 232250 这可能需要一些时间。如果下载看起来好像已停住,请耐心等待。下载完成后,您应该看到以下输出: Success!...注意对于本文件的配置,0表示关闭而1表示开启。 启动脚本 使用以下内容为TF2创建启动脚本: 〜/ starttf2.sh1 2 3 4 #!/bin/sh cd ..../srcds_run -game tf +map ctf_2fort.bsp运行时,脚本将更改目录至~/Steam/tf2并在Screen会话中执行TF2 。...此外,更换cft_2fort.bsp为您所选择的地图文件名称,或将+map ctf_2fort.bsp更换为+randommap来随机选择一个地图。

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    数字合约如何将所有权下放?如何使用脚本系统将交易转换为可编程的智能合约?答案就在这篇文章里!

    通过签名和脚本以及称为CoinJoin的技术证明所有权。 证明所有权:签名 我们的资金计划使我们第二次把注意力集中在人的话题和“谁”的问题上。 你为发行新sat确定了条件,但转让它们又如何呢?...脚本和智能合约 不过,你不希望在接受共享资产负债表中的任何更改之前将每个对等方必须检查的条件限制为仅仅是数字签名的有效性。...你决定每个消息还可以包含脚本:一个描述说明接收帐户(或多个帐户)必须再次满足才能再次花费的其他条件。例如,发件人可能需要几个秘钥的组合(链接或分离)或特定的等待时间才能消费。...之外显示她的消息,至少对以后将获得相同sat的人而言)。...到目前为止,你已经了解到: 你可以使用数字签名进行所有权下放; 你可以使用脚本系统将交易转换为可编程的智能合约; 称为CoinJoin的更复杂的范式可以进一步增加黑暗度和规模。

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    掌握TensorFlow1与TensorFlow2共存的秘密,一篇文章就够了

    也就是说,基于TensorFlow1的代码不能直接在TensorFlow2上运行,当然,一种方法是将基于TensorFlow1的代码转换为基于TensorFlow2的代码,尽管Google提供了转换工具...本文将详细讲解如何通过命令行的方式和PyCharm中安装多个Python环境来运行各个版本TensorFlow程序的方法。 不管安装哪一个版本的TensorFlow,都需要Python环境。...-f env.yml -n tf2 在安装完相关的库后,可能当前的python可执行程序指向的不是/home/user/anaconda3/envs/tf2/bin/python,所以可以进入/home...当然,使用conda activate tf2命令切换到tf2环境后,就不需要切换路径了,直接执行python命令即可。...在后续的文章中,将利用这些技术来深入讲解关于机器学习、TensorFlow1和TensorFlow2的相关技术,欢迎关注我的后序文章。

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    ROS机器人TF基础(坐标相关概念和实践)

    观察上图绿点的位置,通常我们需要机器人本体坐标,但是传感器并非安装在本体中心,而传感器获取的各类信息都是相对传感器的数据,而非机器人本体,TF2工具可以直接维护这些位置姿态坐标关系,将其转换为机器人本体坐标...tf2常用功能包: examples-tf2-py: 使用tf2库的Python API示例。 geometry2: 用于在ros,tf2中引入默认软件包第二代坐标变换库的元软件包。...robot-state-publisher: 状态发布后,对于使用tf2的系统中的所有组件都可用。 该包使用机器人的运动学树模型将机器人的关节角度作为输入,并发布机器人链接的3D姿势。...tf2: tf2保持时间缓冲的树结构中的坐标系之间的关系,并允许用户在任意所需的时间点在任意两个坐标系之间转换点,向量等。...tf2-ros: 该软件包包含适用于Python和C ++的tf2库的ROS绑定。

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    【二】tensorflow调试报错、TF深度学习强化学习教学

    tf tf.disable_v2_behavior() tf.compat.v1.disable_eager_execution()#这句话可有可无 2.2 tensorboard显示问题 1.首先进入tf2...的环境下(这里才安装了)----conda的命令行 2.打开对应路径:比如进入D盘  d:就可以不用cd 3.进入d盘路径后,再cd D:\work_place 4.复制地址到  http://localhost...") 原因:在 plt.show() 后调用了 plt.savefig() ,在 plt.show() 后实际上已经创建了一个新的空白的图片(坐标轴),这时候你再 plt.savefig() 就会保存这个新生成的空白图片.../web_ddt') AttributeError: module 'tensorflow' has no attribute 'merge_all_summaries' 原因:由于不同的...TensorFlow版本之间某些函数的用法引起的错误,属性错误:模块“tensorflow”没有“merge_all_summaries”属性 解决:将 tf.merge_all_summaries(

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    解决AttributeError: DataFrame object has no attribute tolist

    结论​​AttributeError: 'DataFrame' object has no attribute 'tolist'​​错误通常发生在尝试将Pandas的DataFrame对象转换为列表时。...然后,我们使用​​.values.tolist()​​方法将DataFrame转换为列表,并将转换后的列表赋值给变量​​lst​​。...tolist()​​​方法是Pandas库中DataFrame对象的一个方法,用于将DataFrame对象转换为列表形式。....tolist()​​​方法的主要作用是将DataFrame对象转换为一个嵌套的Python列表。它将每行数据作为一个列表,再将所有行的列表组合成一个大的列表。...通过使用​​.tolist()​​方法,我们将DataFrame对象转换为列表。打印输出的结果是每一行数据作为一个列表,再将所有行的列表组合成一个大的列表。

    1.3K30

    都在关心TensorFlow2.0,那么我手里的1.x程序怎么办?

    因为TensorFlow 2.x版本的代码是基于TensorFlow 1.13.1转化而来。TensorFlow 1.13.1版本可以部分支持TensorFlow 2.0版本的代码。...②安装完软件包后,系统将会自动进行其他配置。如果出现如图2-23所示的界面,则表示创建Python虚拟环境成功。 ?...在图2-23中显示了使用虚拟环境的命令: conda activate tf2 #将虚拟环境tf2作为当前的Python环境 conda deactivate...具体命令如下: (base) root@user-NULL:~# conda remove --name tf2 --all 该命令执行后没有任何显示。...(2)将注入机制中的占位符(tf.placeholder)和字典(feed_dict)转化成函数的输入参数。 (3)将会话运行(session.run)后的结果转化成函数的返回值。

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    机器人编程实践-ROS2基础与应用-第⑦版

    文字版如下: 摘要: Learn Right Now, Prepare For Future 课程围绕机器人操作系统(ROS2)的应用展开,包括机器人学的基础理论和常用工具。...借助立体多样的示例,课程可以为使用ROS2进行机器人开发设计的学员提供一个扎实的基础和相关应用全貌。...课程将学习如何创建软件包、包括仿真、连接传感器和执行器以及集成控制算法,通过一套指导教程,掌握应用ROS2从零开始设置环境,连接各个传感器和执行器并实现机器人控制系统(导航)。...(URDF)和仿真环境(SDF) – 模拟工具 使用可视化(Rviz2)和用户界面工具(rqt)  – 人机交互(选修手势和语音) ROS2工具:TF2转换系统、时间、记录包  – 其他工具集 选修部分...ROS功能包结构 2 ROS C++客户端库 3 ROS Python客户端 4 ROS订阅器和发布器 5 ROS参数服务器 6 Rviz可视化工具 课程模块3 1 TF2

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    谈一谈|个人博客网站开发记录三-难点技术分析

    经过深思熟虑和认真调查,准备将word文档用软件批量转换为markdown格式,直接将其文本上传到数据库,前端请求后调用插件解析文本。...问题解决 1.Word格式转markdown格式 Work转markdowm的软件很多,可以自行百度’word转markdown’, 小编参照的是这篇文章: https://blog.csdn.net/...这样访问该端口就能直接显示对应文件夹的内容,在端口后添加文件名,就可下载该端口文件夹下对应文件。 ? 图2.1 图床 打开iis服务,新建网站,填写对应配置。 ? 图2.2 新建iis网站 ?...图2.5 图床内的图片访问 前端上传图片后返回对应https访问链接,大致效果如下。 ? 图2.6 前端上传图片 3.自动替换链接 获得图床链接后,还需要用这些链接替换文章中的原图片链接。...\)", strs_, file_txt) except AttributeError: pass for i in mdb_ls

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    有了TensorFlow2.0,我手里的1.x程序怎么办?

    具体命令如下: (base) root@user-NULL:~# conda create --name tf2 python=3.6.4 该命令创建一个名为“tf2”的 Python 虚环境。...② 安装完软件包后,系统将会自动进行其他配置。如果出现如下图所示的界面,则表示创建 Python 虚拟环境成功。 ?...在上图中显示了使用虚拟环境的命令: conda activate tf2 # 将虚拟环境 tf2 作为当前的 Python 环境 conda deactivate...具体命令如下: (base) root@user-NULL:~# conda remove --name tf2 --all 该命令执行后没有任何显示。...(2)将注入机制中的占位符(tf.placeholder)和字典(feed_dict)转化成函数的输入参数。 (3)将会话运行(session.run)后的结果转化成函数的返回值。

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    python--一文搞懂字符串的编解码

    编码(encode):将Unicode字符串转为特定编码格式对应的字节码的过程;就是将字符串转换为字节码str.encode(encoding="utf-8", errors="strict")表示将Unicode...编码的字符串转为utf-8编码解码(decode):将特定编码格式的字节码转为对应的Unicode字符串的过程;就是将字节码转换为字符串bytes.decode(encoding="utf-8", errors...="strict")表示将utf8编码的字节码转为Unicode编码在使用open读取文件后,read读取了字节码,这时候需要使用文本正确的编码格式进行解码decode为Unicode 。...python2和python3python2在读取文件后read(bytes.decode('文件编码格式'))进行一次解码;最后在写入时再write(txt.encode('写入编码格式'))将Unicode...而在python3后,认为python2的方式太复杂了,每次还要自己转一下。所以将decode和encode作为参数放入了IO接口中,不需要手动指定编码解码了。

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    解决pyinstaller时AttributeError:type object pandas._TSObject has no attribute reduc

    _TSObject has no attribute _reduce_cython_最近在使用 ​​pyinstaller​​ 将 Python 脚本打包成可执行文件时,遇到了一个 ​​AttributeError​​...在命令行中执行以下命令构建可执行文件:plaintextCopy codepyinstaller your_script.spec 这将使用更新后的 ​​spec​​ 文件来构建可执行文件,应该可以成功解决...希望本文能够帮助到遇到相同问题的开发者,祝大家打包愉快!示例代码为了更好地说明解决方法的实际应用场景,我将提供一个示例代码。...假设我们有一个脚本,它使用了 ​​pandas​​ 模块来读取和处理一个 CSV 文件。我们将使用 ​​pyinstaller​​ 将这个脚本打包成一个可执行文件。...在命令行中执行以下命令构建可执行文件:plaintextCopy codepyinstaller script.spec完成后,你将在生成的 ​​dist​​ 文件夹中找到可执行文件。

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