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生信入门马拉松之R语言基础-脚本项目管理、条件循环、表达矩阵和一丢丢数据挖掘(Day 7)

2.3 if条件语句控制代码运行elseif(F){}啥都不敢if(F){}elese{}#运行else后的{}中的代码2.4 ifelse函数只有3个参数ifelse(x,yes,no)x：逻辑或逻辑值向量...yes：逻辑值T时返回的值no，逻辑值F时返回的值ifelse函数和str_detect()函数连用，王炸炸炸！！！...加载test1.Rdata，将两个数据框按照probe_id列连接在一起，按共同列取交集load("test1.Rdata")library(dplyr)merge1 <- merge(dat,ids,...数据分析筛选。表达矩阵：一行是一个基因在所有样品里的表达，一列是一个样本里所有基因的表达。在表达矩阵中，寻找在不同组有表达差异的基因。...7.5.3 箱线图的应用单个基因在两组之间表达量的差异可视化。分组信息：是一个有重复值的离散型的向量，分组向量的元素和表达矩阵的列是一一对应的。

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2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

-（2）列表使用不方便——simplify = T简化结果，简化成矩阵 -（3）注意：之前提到过，矩阵的某一列不能单独转换数据类型，需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型；或者把这列单独提取出来再转换其数据类型...()函数【重点】 -（1）三个参数：ifelse(x,yes,no) -（2）x：逻辑值或逻辑值向量 -（3）yes：逻辑值为TRUE时的返回值 -（4）no：逻辑值为FALSE时的返回值 -（5）支持单个的逻辑值...(x>0,"+","-") 4. ifelse()+str_detect()【王炸】 str_detect()可以检测样本中是不是含有某个字符，然后返回逻辑值，ifelse()对逻辑值T/F进行替换 samples...转换数据：把表格转换成两列数据 -（1） 第一步：转置 -（2） 第二步：把行名作为一列添加到数据中（因为ggplot2容易把行名丢掉，所以倾向于把行名作为一列） -（3） 第三步：新增一列“group...加载test1.Rdata，将两个数据框按照probe_id列连接在一起，按共同列取交集 #2.

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十二、R语言的综合应用

1.4.字符检测 str_detect(x2,"h") ### 看x2这个长度为8的向量中的每个元素是否含有h这个关键词，生成的与x2长度相等且一一对应的逻辑值向量 str_starts(x2,"...(x>0,"+","-") ## 返回的结果是TRUE时就替换成第二个位置的值“+”，返回的结果是FALSE时就替换成第三个位置的值“-” #ifelse()+str_detect(),王炸 ifelse...,s)) } 两组代码生成的结果是一样的。...# 对列表/向量中的每个元素（向量）实施相同的操作 test <- list(x = 36:33,y = 32:35,z = 30:27);test #返回值是列表，对列表中的每个元素（向量）求均值(...(dplyr) x=arrange(dat,logFC);head(x) # 2.将test1.Rdata中存放的两个数据框连接在一起，按共同的列取交集 x=merge(dat,ids,by = "probe_id

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R语言之 dplyr 包

下面的命令将数据框按照变量 bwt 的值从小到大进行排序后显示： arrange(birthwt, bwt) # 默认升序 在上面的输出中，第 6 行和第 7 行的变量 bwt 的值都是 1588，在这种情况下如果还想将数据框按照第二个变量排序...例如，下面的命令将数据框按照变量 bwt 的值从小到大排序，在 bwt 取值相等的情况下再按照第二个变量 age 的值从小到大排序。...使用 select( ) 选择列 函数 select( ) 用于选择数据框中的列（变量）。 # 下面的命令选择数据框里面的 bwt、age、race 和 smoke 这 4 个变量组成新的数据框。...我们可以用函数 as_tibble( ) 将传统的数据框转换为 tibble，也可以用函数 as.data.frame( ) 将 tibble 转换成传统的数据框。..., NA, wt), # 将变量wt中的0和大于99的值变成NA ht = ifelse(ht == 0 | ht > 300, NA, ht) # 将变量ht中的0和大于300的值变成

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Day07 生信马拉松-数据整理中的R

全文并非是对数据整理的实操整理,主要整理在数据整理/清洗中常用的R包介绍 library(tidyr) library(dplyr) library(stringr) library(tibble) 1...str_remove_all(x," ") #删除全部目标字符 2.玩转data.frame--dplyr包 2.1 arrange，数据框按照某一列排序,实际参数不能加" " library(dplyr...character.only = T)) install.packages(g,ask = F,update = F) } 4.隐式循环 4.1 apply()族函数 4.1.1 apply 处理矩阵或数据框...data.frame中的第一列 ggplot2对行名并不友好，通常要使样本名转化为data.frame中的第一列，防止在后续代码运行过程中行名丢失 图片 图片 step2 把原来的行名转变为第一列 图片...library(tidyr) library(tibble) library(dplyr) #加载数据整理需要的包 dat = t(exp) %>% #将matrix进行行列转置 as.data.frame

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R数据科学-1（dplyr）

忘记保存，白费时间 效率低，时间长 现在，我们将学习对处理数据有用的两个软件包： dplyr是用于简化表格数据操作的软件包。 tidyr使您可以在不同的数据格式之间快速转换。...两个软件包中的命令都可以与管道函数（％>％）很好地配合使用，这可以使代码更具可读性。详细内容可参考Cheatsheet手册。...但是往往会打印出来很长，tidyr中的tibble就解决了此问题，直接简单的看到数据结构及变量类型。...head(mtcars)，可以看到数据的前面6行，属于数据的一个预览。但是看不到各个列的属性。 %>%管道函数，其实就是将f（）写在了数据的后面，下面示例的两个操作，都得到df，效果一样。...只不过 %>%看起来更简单，将mtcars赋予新的tibble。 df以后的输出，很简洁，能看到32*11的数据行与列，也能看到各列的属性。

1.6K20

手把手教你R语言方差分析ANOVA

如果你的数据已经存储在一个外部文件中（如CSV、Excel或RData），你需要使用适当的R函数（如read.csv(), readxl::read_excel(), load()等）将其加载到R环境中...()等函数）或进行变量选择（使用子集选择或dplyr包的select()函数）。...(变量中的水平数减1)和残差的自由度(观察总数减1和自变量中的水平数减1)； Sum Sq列显示平方和(即组均值与总体均值之间的总变化)。...；Mean Sq列是平方和的平均值，通过将平方和除以每个参数的自由度来计算；F value列是F检验的检验统计量。这是每个自变量的均方除以残差的均方。...函数TukeyHSD(one.way)该结果给出每个两组之间的结果;diff: 两组的均值之差;Lwr, upr: 95%置信区间的下限和上限(默认值) ;P adj: 多次比较调整后的P值。

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生信技能树- R语言-day7

(x," ")) #确认是什么数据组合类型x2 = str_split(x," ")[[1]];x2 #是list 所以用[[]]y = c("jimmy 150","nicker 140","tony...(x," ")str_remove_all(x," ")玩转数据框arrange，数据框按照某一列排序sort是给向量排序的library(dplyr)arrange(test, Sepal.Length...elseif(一个逻辑值，不可以是多个逻辑值组成的向量){code1} else{code2}如果逻辑值是FALSE，就执行else里的codeifelse支持单个的逻辑值，也支持多个逻辑值组成的向量...else2， ifelse（，，ifelse）在ifelse里加一个ifelse补充 case_when练习题1.加载deg.Rdata,根据a、b两列的值，按照以下条件生成向量x：load("deg.Rdata...对列表/向量中的每个元素实施相同的操作lapply(1:4,rnorm)两个数据框的链接merge可以合并inner_join:交集都存在的取inner_join(test1,test2,by="name

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5R语言综合运用

R语言中，select函数用于选择数据框中的列，可以使用列名或者向量来指定要选择的列。...例如，若要选择数据框df中的列x和y，可以使用以下代码：library(dplyr)，df <- select(df, x, y)，filter函数用于筛选数据框中的行，它接受一个逻辑条件作为参数，返回符合条件的行...这两个函数都用于将字符串转换为小写字母，但是它们有以下区别：库依赖：str_to_lower()需要先安装和加载stringr包，而tolower()是R的内置函数，不需要任何额外的库。...输入类型：str_to_lower()仅适用于字符向量或字符串标量，而tolower()可以应用于所有字符数据类型，例如字符向量、字符串标量、因子等。...总的来说，两个函数都可以用于将字符串转换为小写字母，但str_to_lower()更具特定性，而tolower()则更通用且直接可用。

2.3K00

跟小洁老师学习R语言的第七天

xstr_length(x)#检测字符串内的字符数，空格也算length(x)#向量里面元素的个数2.字符串拆分str_split(x," ")#以空格为分隔符号将字符串拆分开x2 = str_split...(dplyr)arrange(test, Sepal.Length) #从小到大arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小，没有increasedistinct，数据框按照某一列去重复...explibrary(tidyr)library(tibble)library(dplyr)dat = t(exp) %>% #转置 as.data.frame() %>% #转换为数据框架 rownames_to_column....lapply(list, FUN, …) # 对列表/向量中的每个元素（向量）实施相同的操作test <- list(x = 36:33,y = 32:35,z = 30:27);test#返回值是列表...，对列表中的每个元素（向量）求均值(试试方差var,分位数quantile)lapply(test,mean)lapply(test,fivenum)#3.sapply 简化结果，返回矩阵或向量sapply

1.5K10

从零开始的异世界生信学习 R语言部分 06 R应用专题

Sepal.Length) #按照一列的顺序将所有数据框从小到大排序，列名不带引号， arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小 排序 图片 图片 2.distinct...list，使用下标循环，可以将每次循环的结果都保存到列表中 ## cbind 按列拼接 a = rnorm(10) b = 1:10 cbind(a,b) ##do.call() 函数是对列表 list...() %>% #将表达矩阵转换为数据框 rownames_to_column() %>% #将行名变成一列 mutate(group = rep(c("control","treat"),each...= 3)) ##给数据添加一列分组列 ##最终生成作图过程中间的转换的数据框dat 图片 pdat = dat%>% pivot_longer(cols = starts_with("gene...），右表中多余的数据舍去，没有的数据显示缺失值 right_join(test1,test2,by="name") ##右连接，以右侧的表的行为准构成新的数据框（第二个写的数据框），左表中多余的数据舍去

2.5K30

阿榜的生信笔记7—R语言的综合运用1

= T)，这行代码是用来从数据框test中筛选出不重复的Species列，并保留所有列数据。...* Sepal.Width)：这段代码使用了mutate函数，将test数据集中新增一个名为new的列，该列的值为Sepal.Length×Sepal.Width。...filter()函数是用于从数据框（data.frame）或数据集（dataset）中筛选出符合特定条件的行。...5列（即最后一列）之外的所有列，然后将结果转换成矩阵（as.matrix），接着再选出前50行（head函数），最后使用pheatmap包中的pheatmap函数绘制热图。...③、if条件语句的进阶 原理： ④、ifelse函数 原理如图所示：简单直接 下面这张图是运用到生信的数据清洗，很重要，大家用心去理会吧?

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生信马拉松 Day7

arrange()，数据框按照某一列排序 library(dplyr) a=arrange(test, Sepal.Length) #从小到大 b=arrange(test, desc(Sepal.Length...#新增列名为new，值为Sepal.Length * Sepal.Width的一列 2.4 管道符 #原始代码 x1 = select(iris,-5) #选择除了第5列的iris数据集 x2 = as.matrix...，不可以是多个逻辑值组成的向量 } #if+else的格式 if (){ }else{ } #ifelse的格式 ifelse( , ,) #第一个逗号前是逻辑值 #for的格式 for(){...0") 4.隐式循环 碎碎念：这个玩意儿是真好用，但是学了很多遍还是不进脑子 rm(list = ls()) # 1.apply 处理矩阵或数据框 apply(X, MARGIN, FUN, …) #...2种方法 2.如何把数据框某列的“ ”转换为NA iris$Species[iris$Species=='']=NA 3.如何删除多余的信息 #这里示例数据中，a$tumor_stage.diagnoses

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R语言的综合应用-1

例如 y=c("nihaoa 11","niyehaoa 22","zhangsongwen 33")向量：y字符串：一个引号内的所有东西 “nihaoa 11” 字符：引号内的单个字母/数字...#这是一个字符串x#2.字符串拆分str_split(x," ") #以空格为分割符号将字符串拆分开，这个函数输出的结果是一个列表x2 = str_split(x," ")[[1]];x2 #​y...#1.arrange，数据框按照某一列排序library(dplyr)arrange(test, Sepal.Length) #从小到大arrange(test, desc(Sepal.Length))...#从大到小#2.distinct，数据框按照某一列去重复distinct(test,Species,.keep_all = T)类似与unique（给向量去重复）#3.mutate，数据框新增一列mutate...x为逻辑值或逻辑值向量；yes为逻辑值为TRUE时的返回值；no为逻辑值为FALSE时的返回值​例如：x = rnorm(3)xifelse(x>0,"+","-")#3ifelse()+str_detect

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这些逻辑运算符你都使用正确了吗？

目录 1 基本逻辑运算符 2 异或（xor） 3 all()和any() 4 实例拆解：如何筛选非零列？ ---- 正文 1 基本逻辑运算符 注：这里将数学运算符也整理了一下，权当回顾一下。...2点 （1）逻辑值TRUE和FALSE可以缩写为T和F(两者都必须大写)；在算术表达式中，它们会转换为1和0。...上表中逻辑“与”【&】和逻辑“或”【 | 】是对向量的逻辑运算（虽然单个标量也适用），但其返回的结果是逻辑向量，是对逻辑运算中的每一组元素进行逻辑运算后返回的结果。...all(x==0)) #对x数据库做列操作，判断每一列中的所有元素是否为0，，然后渠非"!"...注图片来自于tidyverse网站：https://www.tidyverse.org/ 示例3：自建函数 + ifelse 来自拴小林（这个确实自己被搞复杂了 ） #---生成包含全0列数据集———

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